L’analyse moléculaire fine des virus VIH permet de mieux surveiller l’épidémie en France

06 mars 2019
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Lors de la 26e CROI (Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections, Seattle, du 4 au 7 mars), Benoît Visseaux (Hopital Bichat, Unité Inserm UMR 1137) présente un travail soutenu par l’ANRS (AC43) et coordonné par Marie-Laure Chaix (CNR VIH). Comparée aux années précédentes, cette étude, incluant 1121 patients infectés entre 2014 et 2016, met en évidence une augmentation en France de la circulation des virus d’un sous-type encore minoritaire : le CRF02_AG. Les patients infectés par ces virus ont souvent une charge virale plus élevée laissant suggérer une diffusion plus rapide des virus CRF02_AG. Par ailleurs, la comparaison génétique des virus permet également d’identifier dans 41% des cas des groupes de patients appartenant à un réseau de transmission appelés "clusters".

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En comparant la séquence nucléotidique des virus VIH, il est possible de construire un arbre phylogénétique et ainsi d’une part de surveiller l’évolution de la diversité et d’identifier de nouveaux virus recombinants et d’autre part d’identifier des groupes de patients infectés par des souches phylogénétiquement proches. Ces groupes constituent des Clusters de Transmission Récente (ou CTR), groupes de patients infectés par des virus très proches, souvent dans un même lieu ou région ou selon un même mode de transmission. Ces clusters permettent de disposer de données précises concernant les profils, localisations, vitesse de transmission et taille de ces micro-épidémies, parfois massives.

 

En se basant sur l'analyse génétique des VIH ayant infecté 1121 personnes entre 2014 et 2016 (population composée de 90% d'hommes dont 70% d'hommes ayant des rapports sexuels avec d'autres hommes (HSH)), Benoît Visseaux et ses collègues montrent que la prévalence du sous-type CRF02_AG augmente d'année en année. En effet, sa proportion est passée de 14% avant les années 2010 à 22% en 2016. La charge virale des patients infectés par ce virus est significativement plus élevée que chez les patients infectés par les virus de sous type B majoritaire en France. Ce sous type CRF02 est également plus représenté dans les clusters comprenant un grand nombre de patients (≥4 patients). Ces résultats pourraient laisser suggérer une capacité de ce sous type à diffuser plus rapidement.

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Comparés aux patients qui ne sont pas inclus dans des clusters de transmission, les patients appartenant à l'un d'eux sont en plus grande proportion des HSH et sont plus jeunes. Près de la moitié des CTR étudiés sont localisés à Paris et 31 des 39 clusters de grande taille (4 à 14 patients) identifiés en France incluent des patients diagnostiqués à Paris.

 

Cette étude souligne l'importance de la surveillance continue des virus VIH au niveau national. L’analyse des clusters de transmission du VIH permet d’identifier les populations et les zones géographiques où ces virus se diffusent rapidement. Cela devrait permettre de  déclencher des actions de dépistage, de traitement et de prévention spécifiques. Benoît Visseaux, Marie-Laure Chaix et leurs collègues virologues de l’AC 43 de l’ANRS en association avec Santé Publique France travaillent aujourd’hui à « la mise en place d'un réseau de surveillance national visant à identifier les lieux et modes de transmission les plus à risque, en vue d'une prévention davantage ciblée permettant d'enrayer la progression de l'épidémie de VIH ».

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Source:

Cluster surveillance of French primary infections: toward a more virulent CRF02_AG?

Benoit Visseaux, Lambert Assoumou, Mary-Anne Trabaud, Brigitte Montes, Laurence Bocket, Samira Fafi-Kremer, Marc Wirden, Corrine Amiel, Anne De Monte, Karl Stefic, Camille Tumiotto, Anne Maillard, Diane Descamps, Marie-Laure Chaix on behalf of the AC43 ANRS Resistance Group