ESCMID 2025 : les projets de recherche soutenus par l'ANRS MIE retenus cette année

Quelques thèmes abordés à l’ESCMID 2025

La métagénomique et l’infectiologie clinique

À la croisée de la génétique, de l’écologie et de l’informatique, la métagénomique permet l’étude de l’ensemble du matériel génétique présent au sein d’un échantillon à l’aide de techniques de séquençage haut débit, comme le séquençage métagénomique de nouvelle génération (Metagenomic next-generation sequencing, mNGS). Ce matériel est alors comparé à une base de données pour identifier les micro-organismes d’intérêt, par exemple les pathogènes, au sein d’un échantillon. Le but est de permettre de faire un diagnostic microbiologique là où les techniques conventionnelles (cultures standard, PCR…) sont prises en défaut.

Il s’agit actuellement de l’outil diagnostique le plus puissant qui permet aussi de retrouver des agents infectieux oubliés ou nouveaux. Sans la métagénomique, de nombreuses infections restent sans agent identifié (c’est le cas d’environ 50 % des méningites ou des encéphalites). Deux travaux ont mis en évidence l’intérêt de cet outil par rapport aux techniques conventionnelles. L’analyse NGS a permis d’identifier des bactériémies cliniquement significatives chez 12/186 (6,5 %) des patients chez qui la suspicion de bactériémie était forte et pour lesquels les hémocultures s’étaient révélées négatives (Nielsen, et al. Abstract O0011). L’analyse NGS a été utilisées, par ailleurs, de manière rétrospective en réanimation. Elle s’est révélée positive dans 56% des cas, tandis que les hémocultures n’étaient positives que dans 16 % des cas. Les micro-organismes identifiés en NGS se partageaient entre bactéries (78,5 %), virus (19,5 %) et champignons (2,1 %). Les auteurs ont conclu que les identifications supplémentaires auraient pu permettre, après revue rétrospective des dossiers, une adaptation de l’antibiothérapie dans 40 % des cas (Schroeder, et al. Abstract O0014).

Un bilan de cinq ans d’implantation de la métagénomique clinique en France a fait l’objet d’une présentation par une équipe AP-HP de l’Hôpital Saint-Louis (Dutkiewicz, et al. Abstract O0020). Ce projet s’inscrit dans le cadre du groupe de travail de l’ANRS MIE ‘Innovation technologique sous groupe métagénomique’. De 2019 à 2024, la métagénomique a été utilisée comme outil complémentaire de diagnostic microbiologique lorsque les méthodes conventionnelles ne permettent pas d’établir un diagnostic. L’analyse NGS a identifié des agents pathogènes responsables dans 17 % des échantillons (54/323). Ce résultat souligne son intérêt en tant que complément des méthodes conventionnelles. Cependant, le type d’échantillon a une influence importante sur le diagnostic. Les taux de détection sont plus élevés avec les liquides de ponction (OR 5,92), les échantillons de selles (OR 8,8) et les échantillons cutanés (OR 16,50) qu’avec les biopsies (OR 2,78) et le liquide céphalo-rachidien (OR 0,38). Il s’avère donc nécessaire de continuer d’étudier l’utilité clinique de l’analyse NGS et son intégration en pratique courante.

La prise en charge des IST dues à chlamydia trachomatis

Ce thème abordé par Cécile Bébéar, directrice du CNR des infections sexuellement transmissibles (IST) bactériennes en France et présidente de l’action coordonnée IST à l’ANRS-MIE, a reçu un intérêt particulier pendant le symposium ‘STIs: an ongoing crisis ‘. Cécile Bébéar a présenté les dernières recommandations européennes publiées en 2025 actualisant l’utilisation de la doxycycline en prévention des IST. Son intervention s’est poursuivie avec la présentation des essais cliniques utilisant la doxycycline en prévention des IST chez les HSH* sous PrEP (DoxyPEP). Elle a notamment montré qu’aucune résistance acquise à la doxycycline n’a été décrite chez les patients infectés par chlamydia (ANRS DOXYVAC). Des inquiétudes persistant néanmoins sur les risques liés à une future mise en place de cette DoxyPEP, en raison du risque de sélection d’antibiorésistance sur les bactéries responsables d’IST, mais aussi sur des pathogènes présents dans les microbiotes digestifs et cutanéo-muqueux.

* hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes

Les infections respiratoires

• Femmes enceintes et COVID-long

Une étude menée à Singapour s’est intéressée à l’effet du COVID- long sur les femmes enceintes (Tan, et al. Abstract E0360). Elle a comparé de manière rétrospective une cohorte de 11 200 femmes infectées par le SARS-CoV-2 pendant leur grossesse (et dont plus de 99 % avaient un schéma vaccinal complet) à 15 200 femmes enceintes n’ayant pas contracté le virus et à 332 000 ayant été infectées en dehors d’une période de grossesse. Le risque de présenter des symptômes liés à l’infection en post-aigu était plus élevé chez les femmes enceintes infectées (aHR = 13,39 [10,55-16,98]). Les principales manifestations observées étaient d’ordre neurologique. Le risque de développer un COVID-long était accru au cours du 3^e trimestre de grossesse (aHR = 4,16 [2,38 – 7,30]). Ce surrisque était présent quel que soit l’âge de la femme au moment de sa grossesse, indépendamment du seuil des 35 ans au-delà duquel une grossesse est dite « tardive ou gériatrique ».

• Le rôle des enfants dans la propagation des infections

Le Dr Vittoria Colizza de Sorbonne Université et de l’Inserm s’est demandée durant le symposium ‘Exploring children’s role in infection spread‘ si les écoles devaient être fermées dès le début de la prochaine pandémie. Le travail présenté à cette occasion a été co-financé par le projet EMERGEN (co-piloté par l’ANRS MIE) pendant la pandémie de Covid-19. Deux études de son équipe ont révélé qu’en France les personnes cas contact en milieu scolaire représentaient environ 50 à 70 % de la transmission globale entre enfants. Historiquement, des études de modélisation et des études observationnelles ont montré que les vacances scolaires planifiées pouvaient réduire la transmission pendant les épidémies de grippe saisonnière. Il ne faut cependant pas oublier que de telles fermetures ont des répercussions collatérales importantes sur l’apprentissage, la santé mentale et le développement social. Vittoria Colizza en conclut donc que le positionnement devrait plutôt tourner autour d’un maintien sans conséquences de l’ouverture des écoles en période de pandémie. Elle s’appuie pour cela sur des résultats obtenus en France et en Suisse, qui ont montré que des protocoles de dépistage hebdomadaire recevant un haut niveau d’adhésion pouvaient réduire efficacement la transmission, tout en minimisant les perturbations de l’enseignement. Ces stratégies offrent ainsi une approche plus équilibrée et acceptable pour protéger à la fois santé et apprentissage. Cependant, les pathogènes étant différents, la réponse aux futures épidémies doit être souple, adaptée et axée sur la question de savoir si les enfants constituent un groupe épidémiologique clé ou s’ils présentent un risque clinique élevé.

• Les virus respiratoires chez l’adulte

Les virus respiratoires affectant l’adulte sont principalement ceux de la grippe, du Covid-19 et le virus respiratoire syncytial (VRS). Parmi les virus à ARN appartenant à la même famille que le VRS, on peut citer le métapneumovirus humain (hMPV), pour lequel on a peu de données.

Une étude française a été menée dans cinq CHU entre 2012 et 2022 avec pour objectif de comparer le profil et le devenir de 1 812 patients hospitalisés pour une infection respiratoire due à hMPV (143), à VRS (216) ou au virus de la grippe (1 453). Il s’agit d’une analyse post-hoc de l’étude FLUVAC créée initialement pour évaluer l’efficacité des vaccins antigrippaux.

Les patients infectés par le hMPV étaient plus âgés que ceux infectés par le virus de la grippe (78 vs 71) et étaient plus vaccinés contre la grippe. La fréquence des comorbidités était élevée et équivalente entre les groupes (80 %). Les patients infectés par le hMPV avaient plus souvent une pathologie cardiaque chronique. Ils ont également eu plus de complications au cours de leur hospitalisation (60 % vs 50 %), principalement des décompensations cardiaques (22 % vs 11 %). Les complications des patients infectés par le hMPV et ceux infectés par le VRS étaient, par contre, similaires. La mortalité intra-hospitalière (4 %) était équivalente entre les trois groupes.

La survenue de complications était équivalente chez les patients vaccinés contre la grippe et infectés par le hMPV ou la grippe. Ceci souligne le bénéfice du vaccin sur la réduction des complications, même en cas d’infection malgré la vaccination.

L’étude a montré que le hMPV est responsable d’hospitalisation chez l’adulte âgé et porteur de comorbidités, et entraine fréquemment des complications, notamment cardiovasculaires, dans les mêmes proportions que le VRS ou la grippe. À noter, toutefois que la principale limite de cette étude était la période d’inclusion qui correspondait à la circulation du virus de la grippe, ce qui sous-estime la prévalence du hMPV, étant donné que leurs circulations ne sont pas exactement superposables.

Des vaccins combinés VRS/hMPV sont en cours de développement et pourront, peut-être, dans le futur élargir les options de prévention du fardeau des virus respiratoires chez l’adulte.

Traitement du VIH

Monica Gandhi, directrice du service 86 de San Francisco, a rappelé qu’il y a plus de 40 millions de personnes vivant avec le VIH dans le monde et qu’il y a eu 1,3 million de nouvelles infections en 2024, un nombre inchangé par rapport à 2022, 630 000 morts/an (comme en 2022) et seulement 77 % de personnes sous traitements antirétroviraux (ART), dont 72 % sont virologiquement contrôlés.

Les traitements antirétroviraux (ART) actuels réussissent à supprimer la charge virale avec de moins en moins de comprimés, une seule fois par jour, et beaucoup moins d’effets secondaires que les premiers traitements.

Comme l’a souligné Pedro Cahn, de l’Hôpital Juan Fernandez de Buenos Aires, il reste cependant encore des problèmes liés à la stigmatisation associée à la prise de médicaments, surtout pour les jeunes qui, parfois se cachent dans leur famille ou à leur travail pour prendre leurs médicaments, et ont peur de dévoiler leur statut VIH. Un autre problème peut concerner la difficulté à avaler les grosses pilules. L’impact psychologique de la prise quotidienne (angoisse de savoir si on les a pris ou pas) et le fait d’avoir une maladie incurable à traiter à vie (avec arrêt des traitements pour des raisons comme une opération chirurgicale, une rupture d’approvisionnement…) sont également la source de mauvaise adhérence au traitement et finalement d’échec.

Un autre sujet de préoccupation concerne les interactions entre les différents traitements et les problèmes d’absorption qui n’existent toutefois pas ou moins pour les formes injectables.

Les nouvelles spécialités, la question du prix et la mise à disposition dans les pays du Sud relèvent de choix économiques et politiques.

• La bithérapie

Pour Pedro Cahn, de l’Hôpital Juan Fernandez de Buenos Aires, l’ « avenir de la trithérapie est la bithérapie ! », soit par voie orale (dolutégravir/3TC, dolutégravir/rilpivirine), soit sous forme injectable avec les combinaisons cabotégravir/rilpivirine, doravirine/islatravir, lénacapavir/bictégravir, lénacapavir/islatravir, lénacapavir/b-Nabs, ….

Des formes orales à prendre une fois par semaine sont attendues.

• Les traitements à longue durée d’action du VIH

L’ART à longue durée d’action a le potentiel d’alléger le fardeau psychosocial associé au fait de vivre avec le VIH. D’après Pedro Cahn, 43,1 % des patients interrogés (N =2 389) mettent en première ou deuxième priorité d’avoir accès à des traitements à longue durée de manière à ne pas être obligés de prendre des médicaments tous les jours.

2020 a été un grand changement dans le traitement du VIH avec l’approbation du premier schéma thérapeutique injectable cabotégravir/rilpivirine (CAB/RPV) à longue durée d’action (« long acting »). La combinaison a été conçu pour être utilisée dans le cadre d’une « stratégie de substitution », les patients devant déjà suivre un ART oral et avoir une charge virale supprimée.

En 2024, les recommandations de l’IAS-USA et du ministère de la Santé américain (DHHS) ont été modifiées pour recommander l’utilisation des traitements à longue durée d’action du VIH chez les patients qui ont une virémie persistante sous traitement oral malgré un « support intensif », après une décision commune du patient et du médecin, en étant conscient du risque de résistance qui limite les choix de traitement ultérieur et qui peut occasionner des contaminations.

Monica Gandhi a présenté une revue des études cliniques. Pour la combinaison CAB/RPV, la plupart des études ont concerné des patients préalablement traités par ART orale : dans l’étude FLAIR, les patients naïfs étaient préalablement traités par injectable et par une combinaison DGT/RPV/3TC per os pendant 20 semaines ; dans l’étude ATLAS, CAB/RPV était administré toutes les 4 semaines chez des patients indétectables depuis au moins 6 mois ; dans l’étude ATLAS 2M, la population, identique, recevait CAB/RPV toutes les 8 semaines ; dans l’étude CARES, CAB/RPV a été administré toutes les 8 semaines chez des patients sous ART oral.

Toutes les études ont montré d’excellents résultats chez la plupart des patients et un taux d’échec virologique très bas lié à l’apparition d’une résistance dans 0,7 à 2,3 % selon les études.

L’étude IMPAACT 2017/MOCHA menée chez 140 adolescents aux États-Unis, Ouganda, Botswana et Afrique du Sud et Thaïlande n’a conduit à aucun échec virologique et a atteint 100 % de suppression de la charge virale.

Le cabotégravir injectable (600 mg IM) a été utilisé en prévention (PrEP) toutes les 8 semaines et a montré qu’il était 66 % plus efficace à 3 ans que l’association orale ténofovir/FTC dans une étude chez les HSH et transgenres (N = 4 566) (Landovitz. NEJM 2021).

1. Le passage au CAB/RPV

Le passage de traitement à CAB/RPV (switch) est un succès. Monica Gandhi a ainsi présenté une étude se déroulant dans son centre à San Francisco au sein d’une population de 370 personnes séropositives, plus ou moins marginalisées. Un tiers avait une charge virale > 50 copies/ml. Les patients étaient vus après le switch au centre deux fois/semaine. À la 48^e semaine, 99,4 % de ceux qui avaient commencé avec une charge virale indétectable étaient toujours virologiquement contrôlés. Surtout, 97,9 % de ceux qui avaient une charge virale détectable au début de l’étude étaient contrôlés (la différence était toutefois non significative entre les deux groupes).

2. Autres ART injectables

Le lénacapavir (LEN) est l’autre antirétroviral injectable disponible, un inhibiteur de capside qui agit à plusieurs niveaux de la réplication. Extrêmement puissant, il peut être administré en sous-cutané toutes les 26 semaines. Des essais sont en cours qui associent LEN 2 fois/an et CAB toutes les 8 semaines (étude CAPELLA).

D’autres associations sont prometteuses comme la combinaison islatravir (inhibiteur de la reverse transcriptase) 2 mg/lénacapavir 300 mg par voie orale, une fois/semaine, qui va être étudiée dans un essai clinique de phase 3.

L’efficacité du lénacapavir injectable en prévention a également été évaluée dans l’étude PURPOSE 1. Injecté deux fois par an (n = 2 134), LEN est plus efficace que l’association F/TAF (n = 2 136) ou F/TDF (n = 1 068) chez des jeunes femmes (16-18 ans) en Afrique du Sud et Ouganda (durée médiane de 52 semaines). Aucune contamination n’a été rapporté dans le bras LEN, 39 l’ont été dans le bras F/TAF (2,02 %) et 16 dans le bras F/TDF (1,69 %). L’étude PURPOSE 2 chez des hommes et transgenre (Kelly. NEJM 2024) a donné des résultats similaires.