Etude SEVARVIR : caractéristiques des malades atteints de Covid-19 hospitalisés en réanimation ou en soins intensifs, comparatif des infections par variant Delta et Omicron

La Covid-19 est une maladie infectieuse due au coronavirus SARS-CoV-2, apparue en 2019 et responsable d’une pandémie de grande ampleur. Après la découverte de la maladie chez l’homme, la France a mis en place une surveillance active de l’émergence et de la circulation des variants du virus, accompagnée de programmes de recherche, au sein d’EMERGEN, coordonné par l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes et Santé publique France. Ainsi, de nouveaux variants ont pu être détectés, dont Delta et Omicron, et des études lancées pour répondre aux questions scientifiques qui s’y rapportaient.

L’infection par le variant Omicron du SARS-CoV-2 et ses sous-linéages est considérée comme moins grave que l’infection par les variants pré-existants, en particulier le variant Delta.

L’objectif de cette étude était de définir les caractéristiques des différents phénotypes des patients infectés selon les variants Omicron et Delta ayant présenté des cas sévères.

L’équipe de recherche a analysé les caractéristiques cliniques et virologiques selon les données de 20 services de réanimation en France, pour 377 patients admis entre décembre 2021 et mai 2022 pour une infection sévère à SARS-CoV-2.

Après séquençage, 259 patients ont ainsi été inclus dans l’étude,148 infectés par le variant Omicron et 111 par le variant Delta.

Les résultats de cette étude montrent que, parmi les personnes ayant eu une forme sévère de la maladie, le phénotype clinique des patients infectés par Omicron diffère de celui des patients infectés par Delta.

La part de patient immunodéprimés infectés par le variant Omicron était trois fois supérieure à celle des patients infectés par le variant Delta : 43 % des patients infectés par Omicron étaient immunodéprimés contre 13 % des patients infectés par Delta.

Parmi les patients infectés par Omicron, 85,9 % avaient reçu deux doses de vaccin ou plus mais affichaient une mauvaise réponse humorale à la vaccination.

Parmi les patients infectés par Omicron, le taux de mortalité des patients immunodéprimés était significativement plus élevé (47 %) que celui des patients immunocompétents (2).

Par rapport aux patients infectés par le variant Delta, ceux infectés par le variant Omicron étaient plus âgés et présentaient des comorbidités significativement plus fréquentes, notamment une hypertension, une insuffisance respiratoire chronique et une insuffisance rénale chronique, ainsi qu’un score sur l’échelle de fragilité clinique plus élevé.

En conclusion, le phénotype clinique des malades atteints de Covid-19 hospitalisés en réanimation ou en soins intensifs était différent en fonction du variant : les patients infectés par le variant Omicron étaient davantage vaccinés mais majoritairement plus immunodéprimés que ceux infectés par le variant Delta. La mortalité à 28 jours n’était pas différente entre les deux groupes.

A propos de l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes : Créée le 1er janvier 2021, cette agence autonome de l’Inserm a pour missions l’animation, l’évaluation, la coordination et le financement de la recherche sur le VIH/sida, les hépatites virales, les infections sexuellement transmissibles, la tuberculose et les maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes (notamment les infections respiratoires émergentes, dont la Covid-19, les fièvres hémorragiques virales, les arboviroses). L’agence couvre tous les domaines de la recherche : recherche fondamentale, clinique, en santé publique et en sciences de l’homme et de la société ; son organisation met l’accent sur l’innovation et le renforcement de partenariats internationaux.Avec une approche One Health, s’intéressant à la santé humaine, animale et à l’impact de l’homme sur l’environnement, l’agence prépare la réponse aux enjeux scientifiques posés par les maladies émergentes et à son déploiement en temps de crise. L’ANRS | Maladies infectieuses émergentes est placée sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation et du ministère des Solidarités et de la Santé. Elle est dirigée par le Pr Yazdan Yazdanpanah. L’agence fédère et anime plusieurs réseaux nationaux et internationaux de chercheurs et de médecins employés par les principaux organismes de recherche, universités, centres hospitaliers ou associations. Les associations de patients et les représentants de la société civile sont pleinement intégrés à sa gouvernance et à son fonctionnement. www.anrs.fr

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