Projets et candidats lauréats

Dans le cadre d’un essai vaccinal au Bresil pour evaluer l’efficacite du vaccin contre la fievre jaune chez des personnes infectees par le VIH, la presente etude propose d’etudier certaines caracteristiques de la reponse immunitaire innee et adaptative dans cette population cible, y compris les profils cellulaires et inflammatoires de l’immunite innee avant et apres la vaccination, et le developpement d’une memoire immunitaire innee post-vaccination. Un echec de la vaccination contre la fievre jauneest observe chez les patients infectes par le VIH, comparativement aux individus non infectes, etant

donne que la frequence reduite de la production d’anticorps neutralisants specifiques de la FJ. Nous avons emis l’hypothese que l’etat inflammatoire et le profil cellulaire innee chez ces patients, prealablement a l’immunisation, ainsi que le statut general d’activation cellulaire et l’epuisement immunitaire et le immuno-sénescence qui en decoulent, pourraient etre lies a la qualite de la reponse au vaccin. En effet, ces facteurs pourraient avoir un impact sur la memoire de l’immunite innee et, par consequent, sur la reponse anticorps et la memoire a long terme. En effet, des decouvertes recentes dans le domaine de la memoire immunitaire ont demontre que l’immunite adaptative mediee par les lymphocytes B et T contre des pathogenes est renforcee par un nouveau concept qui est le developpement d’une memoire par systeme immunitaire inne ;

≪ training immunity ≫ ou memoire innee. L’etude proposee sera menee aupres de 78 patients infectes par le VIH, regroupes selon le nombre absolu de CD4 + T au depart (≥200≤500 cells/mm3; n=42, and >500 cells/mm3; n=36) et 35 personnes non infectees par le VIH comment groupe controle. Les visites de suivi comprennent les jours 0, 5, 30 et un an apres la vaccination. La cytometrie en flux sera utilisee pour etudier differents sous-populations cellulaires et leurs recepteurs /molecules co-stimulatrices des cellules NK (KIR, NCR, NKG), NKT, T γδ, macrophage, les cellules B et T (CD38, HLA-DR, CD40L, PD-1, CD57), afin de mieux caracteriser les populations cellulaires, l’etat d’activation et de senescence et le profil memoire. Les facteurs solubles lies a l’inflammation et a l’activation (sCD163, IL-6, IL-12, IL-18, IP-10,MCP-1, IL-1Ra, sCD14, IFN-γ, TNF-α, D-dimeres, PCR) seront egalement evalues par ELISA et par Luminex. La memoire innee englobant NK et les macrophages, sera exploree in vitro. Enfin, la reactivite au de Bacillus Calmette-Guerin sera egalement abordee au depart et a J30, par ELISpot. Suite aux reglements de recherche au Bresil, cette etude a ete approuvee par le comite local pour l’ethique dans la recherche. Tous les participants signeront le terme de consentement eclaire. Ainsi, la caracterisation de l’immunite innee et certains aspects de l’immunite adaptative permettront l’identification des parametres qui peuvent etre lies au success de la vaccination contre la fievre jaune chez les individus infectes par le VIH.

La pandémie de COVID-19 continue de s’étendre, notamment en Afrique, et une augmentation rapide des cas dans de nombreux pays africains est à craindre. Le 11 avril, plus de 12 000 cas confirmés et 700 décès répartis sur 52 pays ont été recensés sur le continent africain. En Afrique de l’Ouest, tous les pays sont touchés avec plus de 3000 cas et 70 décès déclarés. Le Burkina Faso, la Côte d’Ivoire, le Gabon, le Mali et le Sénégal comptent parmi les pays les plus touchés. Afin de contrôler l’épidémie, il est nécessaire d’intervenir à tous les niveaux de la prise en charge médicale en incluant les soins primaires et les cliniciens non infectiologues qui sont parmi les acteurs les plus importants de la réponse épidémique. Cependant, les praticiens de soins primaires exercent souvent dans des structures isolées sans accès facile aux recommandations nationales, lorsqu’elles existent. Il a été montré que des outils numériques peuvent aider les praticiens dans leurs décisions diagnostiques et thérapeutiques lors de la prise en charge des malades. Cependant, selon l’OMS, la diffusion des outils de santé digitale ou numérique est encore très limitée en Afrique. Ce projet a pour objectif d’améliorer la prise en charge clinique des patients COVID-19 en Afrique de l’Ouest. Pour cela, nous proposons de créer, et mettre à disposition, un outil électronique gratuit et indépendant d’aide à la décision clinique (Clinical Decision Support System, CDSS) pour la prise en charge des patients d’Afrique de l’Ouest suspects ou confirmés de COVID-19 : Aphroclic. Aphroclic permettrait aux cliniciens de soins primaires d’obtenir en quelques « clics » des recommandations personnalisées de prise en charge diagnostique et thérapeutique adaptées à chaque situation clinique. Il permettrait également de les conseiller sur les aspects de prévention (organisation de leur lieu de consultation), et sur les conseils à donner aux patients. Plusieurs étapes sont indispensables à l’aboutissement et au succès de ce projet : (i) développement d’un outil électronique d’aide à la prise en charge clinique des patients en s’appuyant sur l’architecture d’Antibioclic qui utilise une méthode systématique de traduction des recommandations cliniques en arbres décisionnels (ii) adaptation au contexte de l’Afrique de l’Ouest dans 5 pays différents en tenant compte du contexte local, de l’organisation du système de soins et de la diversité des structurés de santé et de la formation des prescripteurs (iii) implémentation du CDSS guidée par l’utilisation de cadres théoriques et de stratégies systématiques en sciences de l’implémentation afin d’optimiser les chances de succès (iv) diffusion de l’outil en s’appuyant sur les réseaux des porteurs du projet et notamment de la structure PAC-CI en Côte d’Ivoire, de la Société Africaine de Pathologie Infectieuse et de REACTing (v) monitoring et mise à jour d’Aphroclic afin qu’il fournisse une aide à la décision adaptée aux recommandations en vigueur. Ce projet sera associé à un projet de recherche qui visera à évaluer le processus de mise en œuvre, par des méthodes tirées des sciences de l’implémentation. Les sciences de l’implémentation se définissent comme « l’étude scientifique de méthodes visant à promouvoir l’adoption systématique des résultats de recherche et autres pratiques fondées sur des preuves dans les pratiques de routine et, ainsi, d’améliorer la qualité et l’efficacité des soins ». Ces méthodes sont basées sur une évaluation du contexte local, la définition d’interventions adaptées à ce contexte, et l’évaluation du processus de mise en œuvre. Cette méthodologie visera à optimiser l’outil d’aide à la décision par son adaptation, son utilité, son efficacité, et son coût (de développement et de mise en place, l’outil étant gratuit), et surtout son utilisation durable par les cliniciens en soins primaires en Afrique de l’Ouest. Les informations scientifiques recueillies lors de ce projet alimenteront les connaissances sur l’implémentation d’outils électroniques d’aide à la décision (i) en soins primaires (ii) en Afrique de l’Ouest et (iii) en contexte pandémique.

Les hépatites virales (A à E) sont des problèmes de santé majeurs dans le monde, entraînant plus d’un million de décès chaque année, dont environ 80 % sont causés par le virus de l’hépatite B (VH). Le virus, responsable de l’infection et de ses complications, doit détourner la machinerie cellulaire de l’hôte pour pénétrer dans les hépatocytes, répliquer son génome et libérer de nouveaux virions à partir des cellules infectées. Pour réaliser les processus biologiques nécessaires au cycle de vie viral, les protéines virales doivent acquérir leur structure tridimensionnelle pour accomplir leurs fonctions, y compris les interactions avec d’autres protéines virales et cellulaires. Les progrès considérables et récents de l’intelligence artificielle (IA) pour les prédictions de la structure tridimensionnelle (3D) des protéines et des complexes protéine-protéine à partir de la séquence, avec une qualité proche de celle de la détermination expérimentale, offrent un aperçu des mécanismes moléculaires des protéines et aideront concevoir de nouveaux vaccins et médicaments pour lutter contre les agents pathogènes. Dans ce projet, des algorithmes d’apprentissage profond pour la prédiction de la structure 3D de protéines seront utilisés pour acquérir des connaissances sur les structures tertiaires et quaternaires (complexes) des protéines du VHB. Cela permettra d’aborder des questions allant de l’amélioration du rationnel des expériences de biologie moléculaire ou de biophysique, l’élucidation des mécanismes d’action, à la conception de nouvelles thérapies ciblant le virus. Le projet poursuit deux objectifs principaux. Premièrement, évaluer la version la plus récente des algorithmes et optimiser leurs paramètres dans le contexte des protéines du VHB et de leurs complexes avec les protéines humaines. Deuxièmement, générer un réseau d’interaction entre protéines humaines et du VHB structurellement résolu, avec les modèles prédits avec une haute confiance mis à librement à la disposition de la communauté via le site Web de la base de connaissances du VHB (HBVdb; https://hbvdb.lyon.inserm.fr).

Problématique et contexte

Selon le rapport 2021 de l’OMS sur la résistance du VIH aux antirétroviraux, sur les 38,4 millions de personnes qui vivent avec le VIH dans le monde, 27,5 millions recevaient un traitement antirétroviral (TAR). Ceci représente une augmentation significative de 25% à 75% de toutes les personnes vivant avec le VIH qui ont eu accès au traitement entre 2010 et 2021. L’accès à la thérapie antirétrovirale hautement active (HAART) a été le plus impressionnant en Afrique subsaharienne. Ainsi, le nombre de personnes vivant avec le VIH et recevant une multithérapie est passé de 0,1 à 1,3 million entre 2003 et 2006, ce qui correspond à une multiplication par 13 en seulement 3 ans. Sur les 44 pays/territoires africains qui ont communiqué à l’OMS leurs données de couverture antirétrovirale entre 2010 et 2021, une variation géographique comprise entre 2 % et 49 % en 2010 et entre 15 % et 98 % en 2021 est observée. Cette utilisation accrue du TAR pour le traitement ou la prévention (PTME, PrEP) a conduit à une détection plus fréquente des mutations de résistance aux médicaments chez les patients non traités des pays à revenu élevé ou faible.

Madagascar est, dans la Région africaine de l’OMS, le pays où la couverture antirétrovirale est la plus faible (15 %) en 2021. En ce qui concerne la résistance du VIH aux médicaments, le rapport 2021 de l’OMS sur le sujet indique que le pays ne présente aucune donnée.

Objectifs

L’objectif principal de ce projet est donc d’estimer la proportion de mutations du VIH-1 associées à la résistance aux médicaments antirétroviraux chez les personnes vivant avec le VIH à Madagascar.

Le projet a 3 objectifs spécifiques: (1) Déterminer la proportion de mutations de résistances transmises (PDR) chez les personnes vivant avec le VIH à Madagascar; (2) Déterminer la proportion de mutations acquises chez les personnes vivant avec le VIH et sous multithérapie à Madagascar et (3) Caractériser, dans des échantillons de patients en échec virologique et sous traitement contenant un inhibiteur de l’intégrase, la séquence complète du génome pour estimer la proportion de virus porteurs de mutations dans d’autres gènes que dans la polymérase.

Méthodes

Pour atteindre rapidement ces objectifs, nous réaliserons une étude rétrospective sur des restes de plasma récemment archivés prélevés pour un test de charge virale et conservés au Centre d’Infectiologie Charles Mérieux (CICM) de Tananarive, Madagascar. Nous adapterons les recommandations de l’OMS pour les protocoles de surveillance de mutations transmises (TDR) et acquises (ADR) afin de sélectionner 300 échantillons pour chaque catégorie. Pour le génotypage, nous utiliserons le protocole PCR de ANRS pour les tests de résistance génotypique. Nous utiliserons les NGS sur les plateformes Illumina pour le séquençage. Les données obtenues seront analysées à l’aide des algorithmes ANRS et Stanford. Le projet est prévu pour une durée de 24 mois, avec les 3 premiers mois consacrés à la sélection des échantillons et les 9 mois suivants aux PCR, au séquençage et l’analyse de ces séquences. Les résultats obtenus seront rendus immédiatement aux médecins prescripteurs pour le bénéfice immédiat des patients. De 4 à 6 mois seront consacrés à la détermination des génomes complets et leur analyse. Le dernier trimestre sera consacré à la communication scientifique et au rendu des résultats aux autorités locales.

Résultats attendus

Les résultats attendus comprennent la mise en œuvre de tests génotypiques de résistance aux ARV à Madagascar grâce à la formation d’un jeune scientifique malgache et au transfert de technologie. Le projet apportera également aux autorités sanitaires et à la communauté scientifique des données fiables et récentes sur la prévalence de la résistance du VIH aux antirétroviraux à Madagascar.

Actuellement, peu de données scientifiques sont disponibles pour caractériser les personnes transgenres et leur état de santé. Le besoin de recherche auprès de cette population est bien identifié dans le contexte national et international, mais pas encore satisfait. Il est important de combler ce retard qui impacte l’éducation et la promotion de la santé auprès de cette population et contribue à augmenter sa vulnérabilité face au VIH et aux autres IST. Ceci, alors même que les quelques données disponibles font état d’une vulnérabilité considérablement accrue chez ces personnes. Parmi les personnes transgenres, toute la lumière reste à faire sur les personnes transmasculines, particulièrement méconnues. Nous proposons de conduire une recherche spécifiquement orientée vers les personnes transmasculines et qui va s’intéresser aux fonctions et représentations de leurs sexualités face au VIH.

Nous adoptons une logique de la recherche communautaire. Ce projet se base sur les besoins des personnes concernées qui sont impliquées à chaque étape du processus de recherche. Il implique directement et concrètement une association issue de la communauté transmasculine. Cette association se dédie à l’autosupport de personnes transgenres et se donne pour objectif de « développer des actions visant à améliorer l’accès à la santé chez les personnes trans ». Son implication est effective depuis la rédaction de ce projet, suite à la réorientation du protocole en vue de sa resoumission.

Le premier objectif principal est d’investiguer les fonctions et représentations des sexualités transmasculines, dans leur rapport au VIH et aux autres IST. Il s’agira de documenter et de comprendre les comportements au regard du contexte de production de ceux-ci. Ce contexte est composé de différentes strates : individuelle, sociale, légale, symbolique, qui seront appréhendées afin de saisir avec précisions les différents déterminants de la santé des personnes transmasculines. Le second objectif principal, dans une visée de recherche communautaire, ambitionne d’accompagner l’association partenaire vers la production de données scientifiques. Ceci, par un transfert de compétences et la formation d’une personne issue de l’association, notamment.

Cette recherche s’inscrit dans le champ de la psychologie sociale et mobilise la théorie des représentations sociales, appliquée à la santé et à la sexualité des personnes transmasculines. S’intéresser aux représentations sociales permet de comprendre les conduites des individus dans leurs contextes social et idéologique et ainsi adopter une vision holistique de la situation. Nous mobiliserons des méthodologies qualitatives concordantes avec nos objectifs.

Nous aspirons à contribuer à la production de données scientifiques concernant les fonctions et représentations des sexualités transmasculines. Ces données permettront de saisir le plus finement possible les conditions de vie, les situations socio-économiques et les préoccupations des personnes transmasculines. Ceci permettra de mieux saisir son rapport à la prévention et au VIH et aux autres IST. L’adéquation de l’offre aux besoins de prévention sera directement questionnée et les résultats du projet contribueront à l’amélioration de la santé de cette population. Par un soutien méthodologique, ce projet participera à la montée en compétence d’une association communautaire de personnes transmasculines et favorisera son autonomisation.

Différents processus cellulaires controlant la stabilité de l’ARN peuvent avoir de effets sur la réplication virale. C’est notamment le cas du nonsense mediated mRNA decay (NMD) qui dégrade les ARN messagers présentant un codon stop dans un contexte atypique. Récemment, la caractérisation des ARN retroviraux comme des cibles potentielles du NMD nous a amené à nous demander comment ces retrovirus arrivent à contourner cette menace et comment cela peut modifier l’expression des genes cellualires : une cis-inhibition du NMD qui n’impacte que l’ARN viral et/ou une trans-inhibition du NMD qui modifie également la stabilité des ARN cellulaires. Dans le cas du VIH, l’ARN viral semble globalement protégé mais nous ne savons pas encore ce qui empeche le NMD de cibler cer ARN. De plus, il n’a jamais été demontré si l’expression du VIH peut moduler l’efficacité du NMD en trans, affectant alors les ARN cellulaires et comment cela se traduit sur les voies associées que sont le splicing alternatif et la traduction.  

Dans ce programme de recherche nous prévoyons de démontrer tout d’abord que le NMD est sensible à l’expression du virus VIH en mesurant la stabilité des ARN et les niveaux de protéines traduites dans des cellules. Pour ce faire, nous utiliserons des ARN rapporteurs sensibles au NMD que nous avons déjà largement utilisés dans le passé. Dans un second temps, nous décrirons le mécanisme d’inhibition après avoir identifié son effecteur viral.Chaque protéine d’VIH sera testée seul ou en combinaison. Des résultats préliminaires ont déjà montré que Rev peut inhiber le NMD. Sur la base de ce travail et notre connaissance de l’autre rétrovirus humain HTLV  (notamment de l’homologie entre Rev et HTLV-1 Rex), nous suspectons que l’inhibition dependante de Rev soit liée à son activité de transfert nucléo-cytoplasmique à travers son interaction avec CRM1. La caractérisation de l’effet de Rev sera aussi analysé du point de vue des facteurs du NMD : en utilisant des protéines mutantes et des drogues déjà décrites, nous pourrons definirà quelle(s) etape(s) du nmd VIH manipule. dans la troiseme partie du projet, nous voulons cribler  les arn dont la dérégulation est liée 0 l’inhibition du NMD. La caractérisation des ½ vies des ARN cellulaires srea réalisée par RNAseq dans des cellules exprimant Rev. Nous avons déjà mis au point cette procédure pour des analyses similaires avec des portéines d’HTLV-1 au laboratoire.  De ces résultats de RNAseq et en utilisant des outils de bioinformatique developpées par d’autres équipe du LBMC, nous analyserons l’impact de cette inhibition du NMD sur le splicing alternatif. Finallement nous réaliserons des ribosomes footprintings afin de corréler la dérégulation du NMD à une possible modification de l’éfficacité traductionnelle.

Des résultats préliminaires ont déjà validé Rev comme inhibiteur du NMD. Ainsi, dès le début du projet, nous pourrons commencer à travailler sur 2 axes en parallèle : la description du mécanisme d’inhibition et l’identification des cibles NMD cellulaires en RNAseq.

Le programme « Au labo sans ordo » a pour objectif d’augmenter la couverture du dépistage du VIH, afin d’améliorer le premier palier de la cascade de prise en charge du VIH à Paris et dans les Alpes Maritimes, territoires qui font face à une épidémie VIH beaucoup plus élevée que les autres régions de France métropolitaine. Les deux départements sont engagés dans Fast Track Cities Initiative et développent un large programme de prévention combinée « Vers Paris sans sida » (VPSS) et « Objectif sida zéro. Nice et les Alpes-Maritimes s’engagent » (OSZ).

Le programme s’appuie sur l’hypothèse qu’une offre de dépistage du VIH gratuite, proposée dans tous les laboratoires de biologie médicale (LBM) de ville, sans rendez-vous ni prescription préalable et associée à une communication ciblée sur l’offre augmentera de manière significative la couverture du dépistage. Cette offre peut lever certains des multiples freins au dépistage du VIH et faciliter le passage à l’action, en particulier dans des populations clés qui contribuent à la plus grande part de la dynamique de l’épidémie.

Ce programme nouveau dans les conditions d’accès au dépistage a été décidé conjointement par les collectivités territoriales, l’Assurance maladie et les Agences régionales de santé, face à la trop faible augmentation du dépistage malgré la diversification de l’offre et les recommandations de 2010, renouvelées en 2017, en faveur d’un dépistage généralisé et répété dans les  populations clés.

L’expérimentation sera engagée pour 12 mois dans tous les LBM des départements de Paris (n=170) et des Alpes-Maritimes (n=116) dans l’objectif d’augmenter de 15% le volume total des tests réalisés hors de l’hôpital. L’évaluation portera sur le nombre de dépistages réalisés et de nouveaux diagnostics VIH portés, ainsi que sur l’effet de substitution potentiel vis-à-vis de l’offre existante, notamment les CeGIDD (Centre gratuit d’information, de diagnostic et de dépistage) et les actions de dépistage communautaire. Le lien au soin des utilisateurs recevant un test positif sera organisé et évalué. Les caractéristiques des utilisateurs du programme seront recueillies et comparées à celles des usagers se présentant dans les LBM avec une prescription médicale et des usagers de CegGIDD. La faisabilité et l’acceptabilité du programme par les LBM seront évaluées, puis seront menées une analyse du cout-efficacité d’une telle stratégie de dépistage à l’échelle nationale et une estimation de son impact budgétaire.

Le contrat d’initiation doit permettre de préparer l’évaluation du programme, d’affiner les hypothèses épidémiologiques ; de définir les circuits nécessaires à la collecte d’informations ; de créer des procédures et outils de recueil des données ; d’établir des fiches de parcours de soins permettant le recueil systématisé des données depuis le laboratoire jusqu’à la première consultation hospitalière ; enfin de préparer les questionnaires auto-administrés recueillant le profil des usagers du programme d’une part et mesurant la faisabilité du programme auprès des personnels de laboratoires d’autre part ; enfin mettre en place le cadre réglementaire de la recherche.

La décision d’arrêter ou pérenniser le dispositif sera prise à l’issue de l’évaluation de l’objectif principal et le cas échéant, son extension sur le territoire sera prise à l’issue de l’analyse économique.