Réseau de virologie et pharmacologie clinique
Ce réseau fédère des dizaines de laboratoires en France et à l’international, et travaille à l’interface entre l’animation scientifique, la surveillance et le montage de projet.
Dernière mise à jour le 17 septembre 2025
L’essentiel
Le réseau de virologie et pharmacologie clinique de l’ANRS MIE est un réseau fédérant plus de 250 membres et des dizaines de laboratoires sur l’ensemble du territoire, y compris dans les départements ultra-marins, ainsi qu’à l’international, avec des laboratoires partenaires dans les pays à revenu faible et intermédiaire (PRFI).
Le réseau de virologie et de pharmacologie clinique
« Le réseau de virologie a été créé quelques mois après la naissance de l’ANRS. L’idée était de développer et coordonner les études de virologie clinique menées par l’agence. Très vite, une quarantaine de laboratoires ont rejoint l’initiative, et ils sont toujours là aujourd’hui. On a ainsi construit un maillage national extrêmement puissant : pratiquement tous les sites qui font de la virologie hospitalo-universitaire et académique en France en font partie. » Pr Vincent Calvez, co-coordinateur du réseau
Le réseau de virologie et de pharmacologie clinique de l’ANRS Maladies infectieuses émergentes vise à renforcer la surveillance des maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes tout en développant les collaborations internationales afin de répondre aux défis mondiaux en matière de santé infectieuse.
Il œuvre également à l’animation scientifique, à la veille épidémiologique et au développement de projets de recherche dans le domaine des maladies infectieuses, notamment à travers la caractérisation des résistances aux antirétroviraux (ARV), l’évaluation de la pharmacologie des traitements existants ou innovants, ou encore l’élaboration de recommandations pour la pratique clinique.
A l’origine, les modèles d’investigation étaient principalement le VIH et les hépatites virales, mais aussi d’autres virus assimilables aux IST. Plus récemment, la crise à SARS-CoV-2 a démontré la capacité du réseau à se mobiliser sur de nouveaux pathogènes viraux présentant un risque pour nos sociétés, et cette expérience a conduit à l’élargissement du réseau aux virus respiratoires.
Le réseau s’organise autour de cinq groupes thématiques, chacun porteur de missions spécifiques :
- Le groupe VIH vise à caractériser les résistances aux antirétroviraux, actualiser les algorithmes d’interprétation de la résistance, appuyer les essais cliniques de l’ANRS MIE et renforcer la surveillance des résistances émergentes.
- Le groupe Virus respiratoires développe des projets intégrés sur les polymorphismes, la résistance antivirale, l’impact des co-infections, l’immunité et la réponse vaccinale.
- Le groupe Pharmacologie évalue la pharmacocinétique et la pharmacodynamie (PK/PD) des antirétroviraux et antiviraux, soutient les essais en cours et élargit ses activités aux virus émergents avec des approches transversales.
- Le groupe Technologies structure les outils de séquençage, de métagénomique et les tests rapides pour mieux répondre aux défis actuels de santé publique.
- Le groupe Hépatites virales coordonne des études sur les résistances aux traitements, la surveillance des infections et l’investigation des nouveaux marqueurs et génotypes.
Virologie de précision : un algorithme français devenu référence mondiale
L’une des réalisations les plus marquantes du réseau est la création, dès les années 1990, d’un algorithme d’interprétation des tests de résistance. A cette époque, la résistance aux traitements était un problème majeur en virologie. Ce système permet, à partir des résultats bruts d’un test de résistance, de déterminer si une souche virale est sensible, intermédiaire ou résistante à un traitement donné pour lutter contre le VIH-1 afin de guider les médecins dans le choix du traitement antirétroviral.
« À l’époque, rien de tel n’existait. Aujourd’hui, cet algorithme est l’un des deux seuls au monde — avec celui de l’université de Stanford — et il est utilisé dans de très nombreux pays. Il permet d’interpréter les tests de résistance VIH, hépatites ou infections respiratoires, et il est mis à jour deux fois par an par un comité d’experts sur la base d’une analyse bibliographique exhaustive et de données produites par nos propres études pour répondre aux questions non résolues.
Cela donne au réseau une visibilité scientifique internationale considérable, car cet outil est consulté et utilisé partout dans le monde, y compris par des équipes qui s’appuient sur nos protocoles pour démarrer leurs propres tests de résistance. » Pr Vincent Calvez, co-coordinateur du réseau
Extension aux viroses respiratoires
La même méthodologie d’interprétation de tests de résistance a été étendue aux viroses respiratoires. Le séquençage des génomes viraux, notamment ceux des virus respiratoires tels que le SARS-CoV-2, le virus respiratoire syncytial (VRS) et les virus de la grippe, est désormais couramment réalisé dans les laboratoires cliniques. Grâce à de nombreuses études, la corrélation entre les génotypes et les phénotypes est désormais connue, et les séquences peuvent être analysées à l’aide d’algorithmes afin d’identifier les mutations associées à une sensibilité réduite aux traitements antiviraux ou aux anticorps monoclonaux.
Retrouvez les algorithmes développés par le réseau de virologie et pharmacologie clinique sur le site Viral resistance interpretation algorithms.
HIV-1 genotypic drug resistance interpretation’s algorithms Viral resistance interpretation algorithmsDes partenariats du Sud au Nord
Depuis le début des années 2000, le champ d’action du réseau, initialement français, a évolué avec l’entrée des sites d’Afrique centrale, d’Afrique de l’Ouest et d’Asie du Sud-Est. Également, le réseau participe activement à des projets européens avec l’Angleterre, l’Espagne, la Suisse, la Belgique, le Danemark, le Portugal ou encore l’Allemagne.
« Le réseau permet de mettre en commun des expertises du Nord et du Sud et de ce fait contribue significativement à réduire le gap entre ces deux contextes, tout particulièrement à ses débuts avec du transfert de compétence et de technologie.
Aujourd’hui, beaucoup de travaux combinent des sites et laboratoires du Nord et du Sud, avec les mêmes exigences en qualité et en résultats. C’est aussi un formidable levier de recherche de financements, autrement plus difficiles à trouver pour un grand nombre d’équipes au Sud. Enfin, le réseau a contribué et continue d’accompagner la formation de jeunes chercheuses et chercheurs du Sud, dont beaucoup sont aujourd’hui impliqués dans le fonctionnement et l’animation de ce réseau. »
Dr Avelin Aghokeng, co-coordinateur du réseau
Coordinateurs du réseau
- Dr Avelin F. AGHOKENG
- Pr Vincent CALVEZ
- Pr Astrid VABRET
4 questions au Pr Vincent Calvez
- Comment le réseau a-t-il évolué depuis ses débuts ?
Vincent Calvez : Initialement il s’agissait d’un réseau de virologie centré sur le VIH, créé peu de temps après la naissance de l’ANRS. Ensuite, il s’est ouvert aux hépatites virales, puis, plus récemment, aux infections respiratoires et aux maladies émergentes, en suivant les priorités de l’agence. À chaque étape, de nouveaux acteurs nous ont rejoints, apportant leurs expertises spécifiques.
Depuis cinq ou six ans, la dimension pharmacologique s’est ajoutée, avec la structuration d’un réseau dédié à la pharmacologie clinique des antiviraux dirigé par Caroline Solas à Marseille et Gilles Peytavin à Paris. Avant cela, une quinzaine de centres travaillaient chacun de leur côté. Aujourd’hui, ce réseau se réunit chaque mois, mène des études multicentriques et publie en ligne ses recommandations. Cette intégration avec la virologie renforce considérablement la capacité à analyser, en temps réel, les nouveaux traitements.
- Qu’est-ce qui rend ce réseau particulier ?
V.C. : C’est un réseau unique au monde, qui permet de mener rapidement des études multicentriques. Si vous voulez étudier la résistance à un nouveau médicament, vous avez immédiatement 40 sites prêts à travailler en parallèle, avec un esprit collaboratif qui existe depuis le début. Cela nous permet de réaliser des choses que quasiment aucun autre pays ne peut faire, et c’est une des raisons pour lesquelles nous sommes reconnus à l’international.
- Comment le réseau s’est-il mobilisé pendant la pandémie de COVID-19 ?
V.C. : Lorsque la pandémie de COVID-19 frappe en 2020, le réseau est immédiatement mobilisé. Nous avons pris en main tous les aspects virologiques : tests, analyses de résistance, évaluation des vaccins… Le réseau s’est mis en marche immédiatement, de manière coordonnée à l’échelle nationale. Cela a permis d’éviter la dispersion des efforts et de soutenir la recherche, tout en maintenant un lien fort entre les équipes. Aucune autre structure en France ne pouvait faire cela à ce moment-là.
- Quelles sont aujourd’hui les principales activités du réseau ?
V.C. : Nous travaillons sur les nouvelles molécules antivirales dans tous les domaines — VIH, hépatites, infections respiratoires — pour comprendre leurs mécanismes de résistance et mettre à jour nos algorithmes. Nous développons et évaluons aussi de nouveaux tests diagnostiques, grâce au groupe Technologies qui adapte ses solutions aux besoins et contraintes des pays à ressources limitées. Enfin, nous participons à de nombreuses études européennes, souvent à l’initiative du réseau français.
Nous avons une réunion annuelle pour l’ensemble du réseau français. Ensuite, chaque groupe de travail a son rythme : la pharmacologie se réunit une fois par mois, la virologie quatre fois par an, et nous avons plusieurs réunions par an avec nos collègues du Sud. La visioconférence a beaucoup facilité ces échanges, même si nous continuons à nous voir en présentiel.
