Projets et candidats lauréats

Efficacité, sécurité et coût-efficacité de la prévention de l'infection infantile au VRS par immunisation active des femmes enceintes ou immunisation passive des nourrissons en Thaïlande

Objectifs

Déterminer laquelle des deux stratégies de prévention du VRS chez le nourrisson –vaccination maternelle ou anticorps monoclonaux administrés à la naissance– est la plus effective dans le contexte thaïlandais. L'essai évaluera également la sécurité maternelle et infantile des deux interventions, leur acceptabilité, leur faisabilité logistique et leur rapport coût-efficacité, afin de guider les décisions de santé publique en Thaïlande et dans l'ensemble de la région.

Sujet

Le virus respiratoire syncytial (VRS) est la cause la plus fréquente d'infection des voies respiratoires inférieures chez le nourrisson. Chaque année, environ 33 millions d'enfants de moins de 5 ans contractent des infections respiratoires aiguës liées au VRS, 3,2 millions sont hospitalisés et 60 000 meurent, principalement dans les pays à ressources limitées. Deux produits ont récemment été approuvés pour la prévention : l'anticorps monoclonal nirsevimab (BEYFORTUS) administré au nouveau-né, et le vaccin maternel bivalent RSVpreF (ABRYSVO) avec transfert passif d'anticorps au fœtus. En Thaïlande, le VRS représente près d'un quart des pneumonies sévères chez l'enfant, avec des épidémies saisonnières marquées de juin à octobre.

Problématique

Très efficaces et sûrs dans les essais pivots, ces deux produits n'ont jamais été comparés directement. Ils diffèrent considérablement en termes de logistique, d'acceptabilité et de coûts de mise en œuvre. Les données disponibles proviennent exclusivement de pays à hauts revenus sous climats tempérés. Or, chaque pays devra déterminer dans son propre contexte la meilleure utilisation de ces interventions qui peuvent sauver des vies mais restent coûteuses et complexes à mettre en œuvre. Cette absence de données précises issues de pays à revenus intermédiaires constitue un obstacle majeur pour les décisions de santé publique en Thaïlande et en Asie du Sud-Est.

Méthodes

Nous proposons un essai ouvert, randomisé et contrôlé comparant les deux approches préventives en Thaïlande. Les femmes enceintes consentantes seront randomisées (1:1) pour recevoir soit le vaccin anti-VRS entre 28 et 36 semaines de grossesse, soit des anticorps monoclonaux pour leur nouveau-né à la naissance. Le critère principal sera l'infection respiratoire symptomatique associée au VRS jusqu'à 12 mois. Huit cents couples mère-enfant seront recrutés dans 8 hôpitaux thaïlandais. Cette étude s'inscrit dans la plateforme européenne PIPELINE d'essais adaptatifs mère-enfant, dont les protocoles et critères d'évaluation sont harmonisés en intégrant données directes provenant de Thaïlande et les données indirectes provenant des essais européens grâce à une méta-analyse en réseau pour répondre aux questions clés de la prévention pédiatrique du VRS à l'échelle mondiale.

Échéancier des travaux

Le projet s'étend sur 36 mois. Dès l'obtention du financement, les protocoles seront soumis aux comités d'éthique nationaux et locaux. L'essai clinique démarrera début 2026, avec un recrutement de juin/juillet à novembre 2026 correspondant à la première saison du VRS. Le suivi des nourrissons se poursuivra jusqu'à 12 mois post-partum. Les analyses seront intégrées à celles de la plateforme PIPELINE européenne. Des symposiums annuels de dissémination seront organisés en Thaïlande. Les publications des résultats d'efficacité, de sécurité et d'économie de santé sont prévues en 2028/29.

Résultats attendus

Premières données comparatives directes entre vaccination maternelle et anticorps monoclonaux dans un pays à revenus intermédiaires. Ces résultats éclaireront les décisions d'inscription de ces interventions sur la Liste Nationale des Vaccins Essentiels et les propositions de Prestations de Santé en Thaïlande, avec une applicabilité directe aux autres pays d'Asie du Sud-Est confrontés aux mêmes questions. Le projet renforcera les capacités de recherche clinique régionales et contribuera activement à la plateforme internationale de préparation aux pandémies mère-enfant.

Les arénavirus du Nouveau Monde (NWAs) provoquent des fièvres hémorragiques en Amérique du Sud (ex. Junín, Machupo, Chapare) et circulent principalement chez des rongeurs de la sous-famille des Sigmodontinae. Leur diversité génomique, la possibilité d’infections multi-hôtes et de réassortiments accroissent le risque de transmission zoonotique. Chez l’humain, l’infection cause d’abord des symptomes grippaux puis peut évoluer vers des formes sévères, rendant le diagnostic précoce difficile en contexte d’épidémies d’arboviroses (Dengue, Chikungunya…).

L’objectif principal d’ANDES-B est d’identifier les facteurs environnementaux, écologiques et sociocomportementaux favorisant l’exposition humaine aux NWAs en Bolivie, en cartographiant leur circulation et en produisant des outils opérationnels pour la prévention et la préparation aux épidémies. Les objectifs secondaires sont :

(i) développer des outils et des tests moléculaires et sérologiques, qui pourront être transférés aux laboratoires de surveillance boliviens (INLASA, CENETROP) à travers des formations pratiques ;

(ii) constituer une biobanque d’échantillons issus de la faune, de l’environnement et de patients humains provenant de quatre zones à risque, afin de fournir une ressource précieuse pour les analyses actuelles et futures sur les virus zoonotiques émergents ;

(iii) évaluer la faisabilité d’une surveillance environnementale pour identifier les zones à haut risque de transmission ;

(iv) surveiller la faune sauvage afin de mieux caractériser les espèces réservoirs et la diversité des NWAs circulant dans cet écosystème ;

(v) mener une surveillance des patients fébriles hospitalisés dans les zones à risque, afin d’améliorer la compréhension des NWAs circulant dans les populations humaines et de renforcer les capacités de diagnostic des maladies fébriles indifférenciées en Bolivie ;

(vi) réaliser une étude de séroprévalence afin d’évaluer la présence d’anticorps anti-NWAs dans la population générale et chez les groupes à risque ;

(vii) séquencer les NWAs détectés dans l’environnement, la faune et les populations humaines afin d’enrichir les bases de données publiques, d’améliorer la compréhension phylogénétique et d’étudier les dynamiques virus-hôte ;

(viii) développer des modèles prédictifs à partir des données obtenues des autres Work Packages pour produire des cartes de risque spatial, identifier les facteurs clés de transmission, anticiper les événements zoonotiques et orienter les interventions de santé publique.

En résumé, ce projet multidisciplinaire s’inscrit dans une approche One Health, visant à améliorer la détection, la compréhension et la prévention des NWAs en Bolivie, un pays particulièrement vulnérable aux maladies zoonotiques en raison de sa biodiversité exceptionnelle et des changements d’usage des terres (déforestation, expansion agricole) accentués par le changement climatique. Il contribuera également à renforcer les capacités boliviennes en matière de diagnostic et de surveillance, tout en favorisant le transfert de technologies et la formation locale, pour une gestion durable des fièvres hémorragiques émergentes.

L’objectif est d’analyser par une approche One Health divers facteurs socio-, entomo-, et zoo-logiques, environnementaux, institutionnels, sanitaires, susceptibles d’influencer la survenue des épidémies de dengue, mais aussi de manière connexe, d’autres épidémies émergentes en Côte d’Ivoire.

Ce pays connaît depuis 15 ans une augmentation, en fréquence et intensité, des épidémies de dengue principalement dans des quartiers aisés d’Abidjan. Cette dynamique, combinée à la présence attestée de 7 virus émergents, offre un terrain optimal pour comprendre les contextes d’émergence en milieu urbain.

L’analyse de ces facteurs dans leur complexité et leur enchevêtrement repose sur 3 axes. Chaque discipline y développe des problématiques qui lui sont propres, lorsque d’autres plus transverses se font grâce à la transdisciplinarité épistémologique, conceptuelle ou méthodologique.

Dans l’axe “Hôtes”, les vétérinaires et mammalogistes caractérisent des espèces animales possiblement porteuses de virus. Des rongeurs sont capturés, identifiés et prélevés, ainsi que des chats et chiens. Ces prélèvements sont envoyés aux virologues pour détermination virale. Les géographes géolocalisent les espèces et les individus infectés. Les anthropologues analysent les rapports entre espèces humaines et animales dans les espaces domestiques.

Dans l’axe “vecteurs”, les entomologistes recensent des gîtes larvaires, collectent larves et moustiques, les identifient, évaluent leur susceptibilité aux insecticides, calculent des indices de risque, déterminent l’origine du repas sanguin, envoient des lots en virologie pour détermination virale. Les géographes localisent, analysent et cartographient les données entomologiques, d’urbanisation, d’habitats, de couvert végétal. Les anthropologues analysent les représentations et pratiques sociales en lien avec les moustiques. Une des originalités consiste en une expérimentation de diverses modalités de communication sur les gîtes larvaires.

L’axe 3 “expériences sociales de la maladie” porte sur l’analyse anthropologique des cheminements de soin. L’une des hypothèses est que l’ampleur des épidémies serait en partie liée aux modalités de prise en charge. Une autre est que la séro-ignorance, induite par des cheminements longs, favoriserait une plus grande transmission vectorielle. Les anthropologues réalisent entretiens, observations, recueil de documents, photos et vidéos. Les géographes produisent une analyse spatiale des cheminements, articulés avec les autres données (gîtes, animaux, habitat, couvert végétal, extraits localisés des données épidémiologiques).  

Les résultats attendus et temps d’exécution sont fournis dans un chronogramme et une présentation des work-packages. Par ex., l’anthropologie, après 18 mois de terrain fournira à M30 des analyses des cheminements de soins et des expériences sociales de la dengue, des relations humain/animal/moustique, du rapport à l’environnement. La géographie produira des cartes de l’urbanisation avec analyses spatiales combinant géolocalisations de : moustiques, gîtes, réservoirs animaux, couvert végétal, cheminement de soins, données épidémiologiques. L’entomologie auront fait 12 collectes de 24j de M4 à M30, un inventaire spatialisé des gîtes et des moustiques, produit 480 lots pour recherche de virus et 200 femelles gorgées pour analyse du repas sanguin, calculé les indices de risque entomologique ou évalué des actions de sensibilisation. 800 à 960 rongeurs seront capturés, identifiés et prélevés ainsi que 200 chats et chiens en 4 fois entre M4 et M22, puis envoi des échantillons aux virologues qui feront les détections de 7 virus. Enfin, l’épidémiologie harmonisera les données nationales pour les sites d’étude et signalera les événements épidémiques.

En fin de projet, les résultats seront partagés et discutés avec les acteurs institutionnels étatiques, associatifs ou communautaires ; des policy briefs et des recommandations auront été co-écrites (surveillance, préparation et réponse aux épidémies, lutte antivectorielle, stratégie de communication, prise en charge dans le système de soin). Enfin, des films documentaires et éducatifs auront été réalisés.

Au cours des dernières décennies, le monde a dû faire face à de nouvelles émergences d'arbovirus, notamment le chikungunya en 2005-2006, 2013-2014 et à nouveau en 2024-2025, le Zika en 2013 et la fièvre jaune (FJ) en 2016. Le virus de la fièvre jaune (YFV), principalement transmis par le moustique anthropophile Aedes aegypti, est historiquement endémique en Afrique subsaharienne et en Amérique du Sud. Malgré la disponibilité du vaccin 17D depuis 1931, 200000 cas et 20 à 30000 décès sont encore signalés chaque année, dont 90% en Afrique. En janvier 2016, une épidémie de FJ s'est déclarée en Angola, avec plus de 3000 cas et des centaines de décès. Le YFV s'est propagé vers les pays voisins et des cas importés ont également été signalés en Chine sans initier une transmission locale. Aujourd'hui, la FJ est toujours absente de la région Asie-Pacifique, malgré l'intensification des échanges commerciaux entre l'Afrique et l'Asie. Nous avons déjà démontré que les moustiques Ae. aegypti urbains d'Asie étaient capables de transmettre expérimentalement le YFV et, dans une moindre mesure, les moustiques Aedes albopictus ruraux et Aedes malayensis forestiers. Par conséquent, ces trois espèces de moustiques ne semblent pas constituer un frein à l'émergence de la FJ sur le continent asiatique. Dans le cadre de ce projet, nous explorons l'hypothèse selon laquelle la transmission épidémique repose sur des « spillovers » à partir d'un cycle selvatique, comme cela s'est produit en Afrique subsaharienne et Amérique du Sud. En considérant la question sous l'angle du vecteur, le projet comporte quatre objectifs spécifiques : (i) dresser un inventaire des moustiques dans trois régions du Vietnam (nord, centre, sud) en considérant trois écosystèmes (urbain, rural, forestier) et préciser les préférences trophiques des moustiques, (ii) reproduire expérimentalement un scénario d’introduction de YFV en transmettant un YFV africain successivement à trois espèces différentes (Ae. aegypti, Ae. albopictus et Ae. malayensis), identifier les mutations adaptatives du virus à chaque étape et évaluer les effets sur la compétence vectorielle, (iii) vérifier si la bactérie Wolbachia, qui infecte naturellement Ae. albopictus pourrait empêcher la transmission du YFV en bloquant la réplication virale et donc en agissant comme une barrière contre l'établissement d'un cycle sylvatique, et (iv) déterminer si nous pouvons lever le frein imposé par Ae. albopictus par des infections répétées d'Ae. albopictus avec le YFV, conduisant à la sélection de variants viraux qui échappent aux effets « négatifs » de Wolbachia sur la réplication virale. Ces travaux permettront de mieux comprendre les facteurs susceptibles de conduire à l'établissement d'un cycle selvatique, condition préalable à la propagation du YFV et aux infections humaines au Vietnam et plus largement, en Asie.

L’immunité liée aux interférons (IFN) de type I constitue la première ligne de défense antivirale chez l’Homme. Depuis 2003, nous et d’autres équipes avons identifié des défauts génétiques affectant les voies d’induction ou de réponse aux IFN de type I (IFN-I), impliquées dans plusieurs infections sévères : encéphalite herpétique (TLR3, UNC93B1, TICAM1/TRIF, TRAF3, TBK1, NEMO, IRF3, TFIIIA/GTF3A, IFNAR1, TYK2, STAT1, STAT2), pneumonie grippale sévère (TLR3, IRF7, IRF9, STAT1, STAT2), COVID-19 (TLR3, UNC93B1, TBK1, TICAM1/TRIF, IRF3, IRF7, IFNAR1, IFNAR2, TLR7, IRAK4, MYD88), et pneumonie à rhinovirus ou RSV (MDA5/IFIH1). Nous avons également découvert que des auto-anticorps neutralisant les IFN-I (autoAb-IFN) expliquent 5 % des pneumonies grippales sévères, 15 % des pneumonies COVID-19 critiques, 20 % des cas de pneumonie hypoxémique liée au syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), 30 % des réactions indésirables sévères au vaccin anti-fièvre jaune vivant atténué (YFV-17D), 40 % des encéphalites à virus du Nil occidental (WNV), ainsi que la majorité des cas plus rares d’encéphalites à virus Usutu ou Powassan. L’analyse de plus de 34 000 donneurs sains a révélé que ces autoAb-IFN sont relativement fréquents : ~0,5 % avant 70 ans et 5 % après 70 ans. Contrairement aux maladies génétiques rares, les autoAb-IFN expliquent une part importante des formes graves d’infections virales, probablement en raison de leur prévalence élevée, surtout chez les personnes âgées. Ainsi, ils apparaissent comme des déterminants majeurs et communs d’un nombre croissant de maladies virales sévères, y compris les infections émergentes et ré-émergentes.

Nous formulons l’hypothèse que certaines infections respiratoires virales sévères pourraient être la conséquence de défauts génétiques rares touchant les voies des IFN-I et/ou III, ou à la présence d’auto-anticorps les neutralisant. Nous prévoyons (1) de recruter des patients pédiatriques et adultes présentant des infections respiratoires virales sévères, notamment aux virus influenza A zoonotiques (IAV) tels que H5N1 et H7N9, ainsi que les virus ré-émergents tels que le SARS-CoV-2, les IAV et IBV saisonniers, et le virus respiratoire syncytial (RSV); (2) d’identifier de nouveaux défauts génétiques, en ciblant des défauts partiels à pénétrance incomplète via le séquençage de l’exome ou du génome WES/WGS pour détecter des variants et gènes candidats, notamment des mutations hypomorphes; (3) de rechercher des phénotypes auto-immuns mimant ces IEIs.

Nos données préliminaires sont prometteuses : nous avons identifié des autoAb-IFN chez des patients atteints de pneumonie létale à H5N1 et H7N7, et deux nouveaux gènes candidats — un déficit monoallélique IFNLR1 et un déficit biallélique IFNW1 — chez des patients atteints de COVID-19 sévère. Nos équipes collaborent depuis 10 ans et ont publié ensemble plus de 30 articles de haut impact. Depuis 2020, elles ont caractérisé des patients présentant des déficits complets ou partiels dans le gène IFNAR1 et une COVID-19 sévère, publiés dans Science (2020), Science Immunology (2021) et JEM (2022, 2025). Nous avons également identifié des patients porteurs d’autoAbs-IFN-I, rapportés dans Science Immunology (2021), PNAS (2022) et JEM (2024). Ces résultats illustrent la force et la complémentarité de nos équipes, qui se révèlent plus efficaces encore lorsqu’elles travaillent ensemble.

Comme ailleurs dans les grandes villes du sud Global, l’urbanisation rapide d’Antananarivo crée des environnements souvent très dégradés où humains, animaux domestiques, rongeurs et déchets coexistent dans une grande promiscuité. Les marchés urbains, essentiels à l’approvisionnement alimentaire d’une population en pleine croissance, concentrent ces interactions dans des contextes particulièrement insalubres et deviennent ainsi des zones à fort risque de circulation et d’échanges de pathogènes zoonotiques. À Isotry, un des grands marchés de la capitale malgache, nos premières investigations montrent une prolifération spectaculaire de rats, principalement Rattus norvegicus, ainsi qu’une circulation élevée d’agents zoonotiques, dont des leptospires pathogènes, des Orthohantavirus et des Rotavirus. Ces agents infectieux sont susceptibles d’induire de nombreuses pathologies humaines qui pourraient passer inaperçues faute de diagnostic adapté.

Le projet RASTA-TANA vise à documenter en détail et de manière intégrée la présence, la circulation et l’éventuelle transmission aux humains de quatre pathogènes zoonotiques majeurs à fort potentiel d’émergence – Orthohantavirus, leptospires pathogènes, Rotavirus et virus de l’hépatite E du rat (ratHEV) – au sein de ce grand marché urbain. Il s’appuie sur une approche One Health combinant de façon simultanée l’étude des populations de rongeurs, l’analyse de matrices environnementales variées (eaux stagnantes, surfaces de travail, poussières, atmosphère), la surveillance de l’exposition et des infections symptomatiques humaines chez les commerçants, usagers et patients fébriles, ainsi que l’exploration des représentations et usages qui influencent les risques d’exposition. Cette démarche interdisciplinaire mobilise les expertises du CBGP (IRD et INRAE) et de quatre unités des Instituts Pasteur de Madagascar et de Paris pour permettre un dialogue entre virologie, bactériologie, écologie urbaine, anthropologie et santé publique.

Le projet mettra en œuvre des méthodes récentes voire innovantes de détection et de caractérisation des agents pathogènes (qPCR spécifiques, sérologie, séquençage haut débit des génomes viraux, métagénomique virale et utilisation de panels syndromiques) associées à des technologies de métagénomique environnemental (ex. filtration d’air). Il permettra de documenter la co-circulation éventuelle des Orthohantavirus Seoul et Thailand dans des populations de R. norvegicus, de produire les premières données sur ratHEV et Rotavirus à Madagascar, ainsi que de mieux comprendre le rôle des interfaces rongeurs-environnement-humains dans les risques sanitaires infectieux. L’approche anthopologique contribuera à identifier les pratiques favorisant l’exposition, à comprendre les marges de manœuvre des acteurs du marché et à co-construire des recommandations réalistes, adaptées aux contraintes locales.

RASTA-TANA apportera des avancées scientifiques et opérationnelles majeures en introduisant des protocoles innovants de détection environnementale, en documentant des risques zoonotiques urbains négligés mais potentiellement majeurs tout en renforçant durablement les capacités de surveillance et diagnostiques de l’Institut Pasteur de Madagascar. Ainsi, le projet contribuera directement à décrire les risques d’exposition dans les marchés des grandes agglomérations de Madagascar, à mieux détecter la circulation d’agents pathogènes pouvant causer d’importants problèmes de santé publiques tout en générant des enseignements transposables à d’autres villes en forte croissance dans les pays du Sud.

Les Entérovirus (EV) sont des virus à ARN très répandus pouvant avoir un impact significatif en santé publique comme les poliovirus ou certains coxsackievirus B. Le genre Enterovirus est divisé en 15 espèces dont 7 infectent l’humain : EV-A, EV-B, EV-C, EV-D ainsi que les trois espèces de rhinovirus. À l'exception de quelques épidémies, l'impact des EV-D sur la santé humaine est resté limité jusqu'aux années 2010. Cependant, en 2014, EV-D68 a réémergé comme agent responsable de détresses respiratoires sévères, soulignant le potentiel pathogène des EV-D chez l'homme. Mon projet porte sur EV-D111, un virus mal connu détecté dans des échantillons humains et simiens ayant une origine zoonotique potentielle. L’étude de ce virus constitue une opportunité unique pour mieux comprendre les déterminants moléculaires impliqués dans le franchissement de la barrière d’espèce et l’adaptation à l’hôte humain.

Des études précédentes avaient démontré l’utilisation des acides sialiques (Sias) par différents membres des EV-D. De plus, l’utilisation préférentielle de certains isoformes de Sias varie selon les EV-D, résultant probablement d’une adaptation à certains tissus. En effet, EV-D68, virus induisant des pathologies respiratoires, se fixe préférentiellement aux Sias a2,6 qui sont majoritaires au niveau de l’appareil respiratoire haut, tandis que EV-D70, connu pour causer des conjonctivites hémorragiques, utilise les Sias a2,3, qui sont ceux présents dans les yeux.  Afin de déterminer si EV-D111 les utilise également, des traitements enzymatiques et des expériences de pertes de fonction ont été combinées afin de retirer les Sias à la surface cellulaire. Mon travail a démontré que EV-D111 utilise les Sias a2,3 comme facteur d’attachement. Ce caractère phénotypique partagé par tous les EV-D pourrait être un trait ancestral de cette espèce virale et a pu jouer un rôle dans le franchissement de la barrière d’espèces et le passage de certains d’entre eux chez l’humain.

Pour identifier d’autres facteurs proviraux, nous avons réalisé le premier criblage CRISPR à l’échelle du génome dans des cellules humaines infectées par EV-D111. Cette approche à large spectre non biaisée a permis d’identifier plusieurs facteurs potentiellement proviraux et nécessaires au cycle de EV-D111. Parmi les divers candidats identifiés, nous avons validé les propriétés provirales d’une protéine de la membrane du réticulum endoplasmique, SEC63. L’inactivation de ce gène augmente fortement la survie cellulaire lors de l’infection par EV-D111 et diminue significativement la production virale.

La suite de ce projet visera à caractériser les mécanismes par lesquels SEC63 influence le cycle viral. De plus, nous allons étudier un inhibiteur du complexe SEC63 avec un potentiel effet antiviral contre EV-D111. Ces travaux permettront non seulement de mieux comprendre le rôle clé de SEC63 dans le cycle viral de EV-D111, mais aussi d’ouvrir des perspectives thérapeutiques innovantes pour contrer les infections à EV. Mon travail permet d’apporter une meilleure compréhension de la biologie de EV-D111, ce qui est essentiel pour déterminer son tropisme viral et son potentiel à émerger dans la population humaine.

Ce projet de thèse porte sur le virus influenza aviaire H9N2, un virus zoonotique et largement répandu dans les élevages de volailles en Asie, au Moyen-Orient et certaines régions d'Afrique .Les virus H9N2 ont un potentiel pandémique reconnu par l'OMS. Contrairement aux virus H5 et H7, il n’est pas hautement pathogène pour les volailles et donc non réglementé.  L’utilisation de la vaccination et la circulation intense de ce virus dans certaines régions du monde, favorisent l’émergence de variants pouvant échapper à l’immunité acquise, par dérive antigénique. L’objectif principal de ce projet est d’identifier les mutations de l’hémagglutinine (HA) permettant au virus d’échapper à l’immunité acquise, et d’évaluer les conséquences de ces mutations pour la santé publique, à travers leur impact sur l’affinité pour des récepteurs humains et/ou aviaires (en lien avec le franchissement de barrière d’espèce) et sur la stabilité de la HA en fonction du pH (en lien avec la transmission inter-humaine). La problématique repose sur les limites des approches virologiques classiques (passages sous pression d’anticorps en cellules ou œufs embryonnés), qui n’ont pas permis d’identifier de mutants d’échappement pertinents malgré de multiples adaptations expérimentales. Les résultats obtenus ont été très limités, avec peu de mutations détectées et aucun phénotype d’échappement clairement démontré, conduisant à une réorientation stratégique du projet. La méthode repose désormais sur une approche puissante et innovante : le « deep mutational scanning » (DMS), permettant d’explorer de manière quasi systématique l’ensemble des mutations possibles de l’hémagglutinine et dans notre cas, en utilisant des pseudolentivirus. Pour cela, une banque de HA mutante de virus H9N2 (~10,659 substitutions d’acide aminé, ~1–2 mutations par HA mutée) a été générée par mutagenèse, chaque variant étant associé à un code-barre permettant un suivi précis par séquençage haut débit. A partir de cette banque de mutants incorporée dans des cellules HEK293T-rtTA de manière stable par transfection et sélection, des pseudovirus VSV-G (nécessaire pour les conditions témoins notamment et vérification de la banque de HA) contenant chacun un segment HA mutée encapsidé, ont pu être produits et les pseudovirus contenant la HA mutée encapsidée et exprimant la même HA mutée à leur surface sont actuellement en cours de production, à partir de ces mêmes cellules. Les étapes à venir incluent des tests parallèles évaluant l’échappement immunitaire (en présence de sérums polyclonaux), la spécificité de liaison aux récepteurs (via des systèmes cellulaires exprimant des récepteurs humains ou aviaires) et la stabilité de l’hémagglutinine (tests de stabilité à différentes conditions de pH) à partir des pseudovirus produits. Ces expériences seront couplées à un séquençage Illumina des codes-barres afin de quantifier les effets phénotypiques spécifiques à chaque mutation dans différentes conditions. Certaines mutations d’intérêt seront ensuite validées individuellement par mutagenèse dirigée et essais phénotypiques ciblés. L’échéancier de la quatrième année prévoit successivement : la finalisation de la production de pseudovirus exprimant HA à leur surface, le criblage fonctionnel à haut débit des mutations vis-à-vis des différents critères : échappement immunitaire, affinité des récepteurs et stabilité de la HA et la validation expérimentale des mutations clés, puis l’analyse des données et la rédaction des publications et de la thèse. Les résultats attendus incluent la génération de la première carte fonctionnelle complète des mutations de l’hémagglutinine H9, reliant mutations et propriétés phénotypiques (échappement immunitaire, affinité pour les récepteurs, stabilité). Ce travail permettra d’anticiper l’émergence de variants à risque, d’améliorer les stratégies de surveillance et de vaccination, et surtout de contribuer à la préparation aux pandémies dans le cadre d’une approche une seule santé. Il devrait également conduire à plusieurs publications scientifiques et renforcer les capacités du laboratoire en évolution virale.

L’immunité innée est essentielle pour initier les réponses antivirales et orienter l’immunité adaptative. Dans le contexte des virus à ARN ainsi que des vaccins à ARNm formulés en nanoparticules lipidiques (LNP), les mécanismes moléculaires impliqués dans la reconnaissance initiale de l’ARN et l’activation subséquente de la réponse immunitaire innée restent controversés. Les récepteurs de reconnaissance de motifs (PRRs) détectent des structures moléculaires non-soi, telles que les ARN viraux, et activent des voies de signalisation conduisant à la production d’interférons de type I/III (IFNs) et de cytokines pro-inflammatoires. Parmi ces récepteurs, les récepteurs de type RIG-I (RLRs : RIG-I, MDA5, LGP2) sont des protéines cytosoliques liant l’ARN avec des spécificités de ligands distinctes. Mon projet de thèse vise à élucider (1) la reconnaissance des ARN viraux et endogènes par les RLRs lors d’une infection par le virus Influenza A (IAV) et (2) la reconnaissance par l’immunité innée des candidats vaccins à ARNm à travers leur interaction avec différents PRRs ; toutefois, ce second objectif ne sera pas approfondi en raison des contraintes de confidentialité liées à la collaboration industrielle avec Sanofi.

Pour le premier objectif, nous avons étudié les rôles de RIG-I, MDA5 et LGP2 dans la reconnaissance des infections par le virus influenza sauvage (WT), ainsi que de leurs ligands ARN aux niveaux de la séquence nucléotidique et des modifications post-transcriptionnelles. RIG-I et MDA5 se sont révélés essentiels pour la détection des virus influenza A (IAV) et B (IBV). Les ligands ARN issus des purifications de RIG-I et de LGP2 ont montré une activité immunostimulatrice dans des essais d’IFN de type I. RIG-I se lie au segment NS de polarité négative, et RIG-I ainsi que LGP2 ciblent le segment M de polarité négative. Les segments viraux de polarité négative présentent une capacité plus élevée à activer la signalisation IFN de type I que leurs homologues de polarité positive, ce qui est cohérent avec les valeurs d’IC50 des segments NS et M pour leur liaison à RIG-I. De plus, RIG-I reconnaît des transcrits de l’ARN polymérase III présentant une diminution des niveaux de 5-méthylcytosine (m5C) lors de l’infection.

La quatrième année de thèse sera consacrée à la réalisation d’expériences ciblées visant à valider ce mécanisme, incluant la génération de lignées cellulaires RLR étiquetées Strep déficientes pour NSUN2 (NSUN2-KO) à l’aide de CRISPR–Cas9, l’analyse par qPCR de l’enrichissement des ARN transcrits par Pol III sur RIG-I, ainsi que la caractérisation des interactions ARN–RIG-I dans le contexte de la méthylation m5C. Cette période permettra également l’intégration des résultats, la rédaction d’un article scientifique et la finalisation de la thèse. Les résultats attendus de ce projet incluent l’étude d’une hypothèse émergente concernant la mobilisation d’ARN endogènes sur RIG-I lors d’infections virales, ainsi qu’une meilleure compréhension des mécanismes régulant leurs propriétés immunostimulatrices en lien avec la méthylation de l’ARN. Ces travaux sont directement pertinents pour la recherche sur les maladies infectieuses et pourraient contribuer à la conception de stratégies antivirales et de thérapies à base d’ARN, en identifiant des déterminants moléculaires régulant l’immunogénicité des ARN dans le contexte des pathogènes viraux émergents.