COVTree, coévolution et gènes chevauchants

Les gènes chevauchants se rencontrent fréquemment, notamment chez les génomes des virus. Pour ces organismes, la coévolution moléculaire est un mécanisme qui permet de tolérer ou de compenser une mutation défavorable.

Dans la publication parue le 6 mai dans Nucleic Acids Research, une équipe de chercheurs du laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative de Sorbonne Université (CNRS, IBPS, UMR 7238) présente le site COVTree (Coevolution in OVerlapped sequences by Tree analysis), qu’elle a développé pour offrir une meilleure compréhension des contraintes évolutives des gènes chevauchants.

Cet outil, accessible à tous, permet l’étude en ligne de la coévolution d’acides aminés dans des paires de protéines, chevauchantes ou non. À partir d’un alignement de séquences de nucléotides fourni par l’utilisateur, le site produit des arbres phylogénétiques et des alignements pour chaque protéine, ainsi qu’une liste de signaux de coévolution situés à l’intérieur ou à l’extérieur de la région chevauchante. Dans la publication, les auteurs ont utilisé cet outil pour analyser la coévolution « en miroir » dans deux protéines du virus de l’hépatite B, l’antigène de surface et la polymérase.

Source : 

COVTree: Coevolution in OVerlapped sequences by Tree analysis server

Elin Teppa, Diego J. Zea, Francesco Oteri, Alessandra Carbone

Sorbonne Université, CNRS, IBPS, UMR 7238, Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative (LCQB), 75005 Paris, France

Nucleic Acids Research, 6 mai 2020

Contact scientifique :

Alessandra Carbone – alessandra.carbone@lip6.fr