Winning projects and candidates

L’équipe d’accueil, qui est internationalement reconnue dans la recherche sur les hépatites,  la polymérase du virus de l’hépatite C (Bressanelli, Science 2015, Ben Ouirane, J. Biol. Chem. 2019), a débuté depuis 2015 un nouvel axe de recherche en biologie structurale et biophysique de la protéine Core du virus de l’hépatite B (HBV Core). Cette protéine est le constituant de la nucléocapside du virus pour laquelle nous avons récemment émis l’hypothèse qu’elle pourrait liéer plusieurs atomes de zinc, ce qui modulerait son activité. Nous souhaitons caractériser cette interaction en combinant des méthodes expérimentales et de modélisation.

A)

La première question aborde la problématique de la stœchiométrie de l’interaction entre la protéine Core et le zinc. L’état de l’art fait apparaître une seule étude dans laquelle les auteurs décrivent qu’une addition de zinc favoriserait l’auto assemblage de capside formée àpartir de la protéine tronquée (sans sa partie C-terminale, domaine CTD). Nos premières expériences montrent que les capsides purifiées contiennent déjà du zinc, qu’elles soient constituées avec la forme tronquée ou la protéine Core entière. Il est important à ce stade de quantifier cette interaction dans différentes conditions (protéines complètes ou tronquées, contexte de la capside). Dans ce but nous utiliserons des méthodes de colorimétrie et de spectroscopie.

B)

En second lieu, il est reconnu que le domaine CTD de la protéine Core est important pour l’interaction avec l’ARN simple brin viral, mais aussi l’ADN double brin une fois importée dans le noyau, notamment à la forme épisomique du génome de HBV (ADNccc). Afin de définir clairement l’importance potentielle du zinc pour la formation de ces complexes et son éventuel rôle de switch biologique, nous étudierons les différentes combinaisons (protéine entière ou tronquée en présence d’ARN ou d’ADN avec ou sans zinc) par des méthodes de biologie moléculaire et biophysique. L’effet sur l’assemblage de la capside sera également abordé.

C)

Enfin, l’ensemble de données issues des expériences des parties A) et B) sera utilisée dans le but de modéliser la structure tridimensionnelle de la protéine Core avec ou sans zinc et en présence de matériel génétique. Les modèles 3D serviront à initier des calculs de dynamiques moléculaires afin d’étudier la stabilité et la dynamique des complexes formés. La modélisation de la structure tridimensionnelle du complexe Core-DNA ou Core-RNA sera également entreprise.

Contexte

Le contexte du VIH a radicalement changé ces deux dernières décennies avec l’accès à des traitements hautement efficaces et bien tolérés et l’élargissement des méthodes de prévention et notamment le TasP. Il devient donc urgent de dépister et de traiter le maximum de personnes infectées par le VIH. Un dépistage du VIH ciblant les personnes dont on est sûr qu’elles ont été exposées offre une option intéressante pour infléchir la propagation de l’épidémie. C’est ce que permet la notification des partenaires (NP). Il s’agit de conseiller les personnes recevant un diagnostic VIH (patients index) pour qu’elles identifient leurs partenaires sexuels et leurs partenaires de partage de matériels de consommation de drogues, leur notifient le plus tôt possible leur exposition au VIH et les incitent à se faire dépister. La NP donne l’opportunité aux partenaires séropositifs d’accéder aux soins rapidement et aux autres, d’accéder à la prévention.

Objectif principal

Evaluer l’efficacité d’une démarche de notification assistée aux partenaires (NP) auprès d’hommes ayant des rapports sexuels avec les hommes (HSH) découvrant leur séropositivité.

Objectifs secondaires

Evaluer l’acceptabilité d’une démarche assistée de NP auprès des patients index et des partenaires notifiés

Méthodes

1. Etude interventionnelle, réalisée lors du diagnostic de VIH ou de l’accès aux soins, opposant :

• Bras contrôle : information simple du patient index sur la NP (notification passive)
• Bras intervention : Notification assistée par un conseiller formé à la NP sous forme d’entretien de counseling, avec une mise à disposition d’outils (plateforme d’envoi de messages types par emails ou textos anonymes, notification via des profils adhoc sur les applications de rencontre) et l’option pour le patient index de confier la notification de tout ou partie de ses partenaires au conseiller.

Randomisation des centres 1 :1.

Critères de jugement

1. Proportion de partenaires notifiés un mois après la NP passive/assistée

Un questionnaire permettant de faire le bilan de la notification (nombre de partenaires, nombre de partenaires contactés, …) sera administré par téléphone par un enquêteur aux patients index

2. Proportion de partenaires dépistés après notification.

Un questionnaire sera administré aux partenaires notifiés un mois après la notification par un enquêteur. Leurs coordonnées seront collectées auprès des patients index lors du bilan de notification.

Le vécu de la NP passive et assistée et de la réception du message, les difficultés et freins rencontrés seront également collectés.

Populations d’étude: (1) HSH ≥18 ans, découvrant leur séropositivité au VIH 3 mois avant l’entretien de NP (patients index) ; (2) Partenaires notifiés ≥18 ans

Pour montrer une efficacité d’au moins 10% de la NP assistée, il faut au moins 50 patients index par bras soit une période d’intervention d’environ 9 mois dans les 10 centres ayant accepté de participer.

2. Etude qualitative (focus groups) sur un sous-échantillon de participants (patients index issus du bras intervention et partenaires notifiés) afin d’étudier en détail l’acceptabilité de l’offre de NP.

Echéancier

• 09-12/2018 : finalisation du protocole; démarche réglementaire (CPP + CNIL) ; préparation de la formation des conseillers ; développement des outils
• 01-02/2019 : randomisation des centres ; information des centres ; formation des conseillers
• 03-12/2019 : période d’intervention et de recueil de données auprès des patients index et des partenaires et étude qualitative
• 01-08/2020 : analyse des données quantitatives et qualitatives, rapports

Résultats attendus et perspectives

Faisable et efficace, cette démarche de notification aux partenaires viendrait compléter l’offre de dépistage du VIH (et par extension des IST) et de prévention.

Dans un second temps, nous pourrons évaluer la plus-value de l’entretien par rapport à la mise à disposition seule des outils et la plus-value de la notification par le conseiller par rapport à l’entretien. Il s’agit d’implémenter le mieux possible la démarche de NP dans la prise en charge d’une découverte de séropositivité au VIH.

Une part importante des patients du COVID-19 conserve des symptômes plus de 3 mois après l’infection initiale par le SARS-CoV-2. Ces symptômes persistants ou réémergents sont variés, avec une prédominance d’asthénie, d’altérations cognitives, et de dyspnée. La persistance de ces symptômes invalidants définit le syndrome de COVID Long, qui est maintenant considéré comme un réel problème de santé publique. Or, l’étiologie du COVID Long demeure inconnue. Nous testerons l’hypothèse qu’une réponse T antivirale inefficace sous-tend le COVID Long. Le rationnel est qu’une immunité T sous-optimale pourrait faciliter la persistance virale, et que le virus résiduel pourrait à son tour induire un dommage localisé dans les tissus et y causer une inflammation persistante.

L’étude comprendra une analyse approfondie des réponses T spécifiques du SARS-CoV-2, des marqueurs inflammatoires circulants, et de la charge virale résiduelle chez les participants de la cohorte COVID Long PERSICOR. Les patients ont déjà été recrutés par l’équipe clinique de D. Salmon-Ceron (Equipe B). Les analyses principales porteront sur un groupe de patients avec COVID long séropositifs (n=25) comparés à des convalescents avec un COVID résolu (n=25). Une analyse exploratoire sera également menée sur des patients avec COVID long séronégatifs (n=25), les données préliminaires montrant que ces patients ont parfois des réponses T antivirales faibles mais détectables. Un 4ème groupe de volontaires non-infectés (n=15) a également été inclus pour déterminer le niveau de réponses T préexistantes liées à une réactivité croisée avec les coronavirus du rhume.

Nous comparerons tout d’abord l’amplitude et l’état de différentiation des réponses T, en stimulant les PBMC avec des pools de peptides correspondant à 5 protéines du SARS-CoV2 et en analysant la productions de cytokines intracellulaires sur un cytomètre spectral (n=37 paramètres). Nous déterminerons en particulier si les réponses T folliculaires helper sont déficientes, ce qui pourrait expliquer une maturation insuffisante de la réponse anticorps.

Dans le second objectif, nous générerons des lignées T CD4+ primaires spécifiques d’épitopes immunodominants du SARS-CoV-2, car ce test sensible permet de révéler des réponses faibles, et pourrait aider ainsi à documenter l’infection dans le groupe de patients séronégatifs. La sensibilité à l’antigène des cellules T CD4+ spécifiques sera analysée, pour tester la possibilité d’une altération qualitative plus que quantitative de la réponse antivirale. Pour évaluer l’efficacité de la réponse T au niveau moléculaire, nous séquencerons les récepteurs T (TCRs) spécifiques du peptide le plus immunodominant, et déterminerons si l’avidité fonctionnelle des TCRs dominants est diminuée dans le COVID Long.

Dans le troisième objectif, nous évaluerons les marqueurs de l’inflammation résiduelle, principalement par une analyse protéomique des sérums de patients, ce qui pourrait mener à l’identification de nouvelles signatures protéiques associées au COVID Long. La charge virale sera évaluée sur les sérums et les prélèvements nasopharyngés à l’aide d’une technique sensible de PCR digitale en gouttelettes (ddPCR) mise en œuvre par l’équipe d’H. Péré (Equipe C). Une analyse intégrée de ces différents paramètres aidera à déterminer si des réponses T inefficaces corrèlent avec une inflammation résiduelle et une persistance virale. La comparaison d’échantillons obtenus avant et 3 mois après la vaccination pour les réponses T, l’inflammation, les paramètres viraux, et les symptômes sera informative sur l’effet bénéfique ou délétère de la vaccination dans le COVID Long, ce qui demeure une question d’actualité.

L’étude PERSICOT clarifiera la nature de la réponse antivirale T dans le COVID Long, qui reste peu connue. Si l’hypothèse d’une réponse T inefficace associée à une inflammation persistante est confirmée, ces données aideront à orienter la prise en charge du COVID Long, en fournissant un rationnel pour booster les réponses T spécifiques du SARS-CoV-2 par la vaccination ou l’immunostimulation.

Hypothèses : Les usagers de drogues (UD) représentent la population la plus à risque d’infection par l’hépatite C (VHC). L’organisation Mondiale de la Santé (OMS) envisage une réduction drastique de l’incidence de cette infection ainsi que des décès liés à ce virus d’ici 2030. Actuellement les mises en traitement en France stagnent et ne permettent pas d’envisager cet objectif d’ici 2030 alors que les traitements sont universels et efficaces dans plus de 95% des cas. Afin d’augmenter la mise en traitement des UD, notre hypothèse est d’aller vers eux, de proposer un dépistage de l’hépatite C et de son caractère chronique et de débuter rapidement le traitement selon un modèle de «Test and Treat hors les murs ». Cette démarche innovante est basée sur les pairs qui participeront au recrutement des UD et à leur suivi.

Objectif: L’objectif principal de cette étude est d’évaluer l’efficacité d’un modèle à base communautaire de dépistage de masse du VHC et de traitement immédiat du VHC sur l’amélioration de la cascade de soins parmi les UD actifs de la ville de Montpellier. Les objectifs secondaires sont (i) d’estimer la séroprévalence de l’hépatite C chez les UD actifs (ii) d’estimer la taille de la population des UD de la ville de Montpellier grâce à une méthode de capture/recapture, (iii) de déterminer les facteurs associés à l’échec du traitement VHC, (iv) d’estimer la séroprévalence de l’hépatite B et du VIH chez les UD de Montpellier.

Design de l’étude. Etude hybride ‘effectiveness-implementation’ de type 2. Ce type de design permet d’évaluer simultanément l’efficience du modèle sur des critères cliniques de guérison du VHC, et sa faisabilité en mesurant les obstacles potentiels à son implementation.

Population de l’étude: Sujets majeurs usagers de drogues actifs pour toute substance psychoactive sauf cannabis et/ou mésusage médicamenteux. L’usage de drogues est défini par un déclaratif et un test urinaire positif.

Implementation: Le recrutement des UD se fera par une méthode basée sur les pairs et une incitation financière (Respondent-Driven Sampling – RDS). Accueillis sur le site de l’étude, lieu extérieur aux structures de soins existantes sur la ville, les participants de l’étude bénéficieront du dépistage du VHC, de la recherche de l’ARN du virus de l’hépatite C par PCR hors les murs (Point Of Care), d’une mesure de la fibrose hépatique, de la mise en traitement rapide, du suivi du traitement au cours du premier mois et d’outils de réduction des risques et des dommages liés à leurs pratiques à risques. Les pairs seront présents dans cette structure unique et accompagneront les participants tout au long de l’étude. Les participants seront référés à la fin du premier mois de traitement vers les structures existantes de soins mais suivis dans l’étude jusqu’à 48 semaines après l’initiation du traitement.

Faisabilité : l’étude est portée par un groupe de chercheurs ayant l’expérience de la méthodologie RDS, de la prise en charge de l’hépatite C, et de la population cible. Ce groupe présente un fort ancrage local dans la communauté des UD via les associations partenaires du projet. De nombreuses réunions préliminaires ont permis d’envisager de façon cohérente le rôle de chacun dans cette étude innovante.

Résultats attendus: Cette étude permettra d’estimer la population des UD à Montpellier, et ainsi d’adapter l’offre de prise en charge globale de cette population. Par ailleurs, le modèle communautaire de dépistage de masse et de traitement immédiat permettra de traiter les patients non engagés dans les soins ou ceux échappant à la prise en charge thérapeutique du VHC, contribuant ainsi à l’élimination du VHC dans ce groupe à risque.

Les personnes vivant avec le VIH constituent une population à risque élevé de cancer anal. Avec une incidence en augmentation dans un contexte de hausse de l’espérance de vie à l’ère des antirétroviraux, la mise en place de mesures de prévention est largement justifiée, particulièrement pour les hommes ayant des relations sexuelles avec les hommes (HSH) pour lesquels le risque est le plus élevé. Si certaines recommandations préconisent la détection et le traitement des lésions anales intraépithéliales épidermoïdes de haut-grade (HSILs), dans un modèle semblable à celui de dépistage du cancer du col utérin, il reste toujours d’importants obstacles avant d’atteindre un consensus sur les modalités de dépistage. Ces obstacles incluent : (1) les conditions difficilement réalisables de la détection des HSILs par anuscopie haute résolution (AHR) à grande échelle (manque de proctologues, expertise nécessaire), procédure qui devrait donc être réservée à ceux qui ont le risque le plus élevé de cancer ; et (2) le ratio bénéfice-risque toujours inconnu du traitement systématique des HSIL, étant de mieux en mieux compris que les HSILs sont très fréquents dans les groupes à haut-risque, et seule une minorité, non caractérisable actuellement, évoluera vers un cancer.

L’équipe de pathologie expérimentale de l’université d’Amsterdam est un pionnier dans la recherche des marqueurs épigénétiques dans les pathologies HPV-induites, et a montré la performance de tels marqueurs pour le triage des femmes HPV+ dans le dépistage du cancer du col utérin. Ces résultats ont été obtenus sur des prélèvements réalisés par frottis que par auto-prélèvement et ont été également confirmés chez des femmes VIH+ dans une étude collaborative avec le Centre international de Recherche sur le Cancer. Parallèlement, cette équipe a développé un test équivalent pour le dépistage du cancer anal, avec des résultats meilleurs qu’anticipés. Toutefois, ces études préliminaires n’ont été réalisées qu’aux Pays-Bas. L’étude ANRS EP57 APACHES qui suit plus de 500 HSH VIH+ dans 6 centres en France est une des rares études au monde capable d’évaluer des biomarqueurs dans la perspective du développement d’un programme de prévention du cancer anal dans des conditions optimales, grâce notamment à un suivi prospectif détaillé de chacune des lésions anales détectées à l’AHR et l’absence de traitement des lésions imposée par le protocole.

L’objectif global de ce projet est d’évaluer l’intérêt de biomarqueurs épigénétiques (notamment la méthylation d’ADN de gènes de l’hôte) dans la prévention du cancer anal chez les HSH VIH+. Un premier objectif est d’évaluer la performance d’un panel de marqueurs de méthylation mesurés dans les biopsies anales (guidées par AHR) pour détecter les hHSILs persistants, avec pour finalité clinique de permettre le triage des lésions anales qui nécessitent un traitement de celles qui peuvent n’être que surveillées. Un deuxième objectif est d’adapter ce test de méthylation aux frottis anaux, et permettra d’identifier les individus auxquels une AHR doit être proposée, c’est-à-dire ceux sont le plus à risque de présenter un hHSIL persistant. La performance de ce test, basé sur un prélèvement commun (frottis), accessible et acceptable, sera comparée à celle de la cytologie anale, la détection d’HPV16, d’autres marqueurs (p16/Ki67, marqueurs cliniques etc…) et nous déterminerons l’algorithme optimal combinant ces marqueurs.

Ce projet associe une équipe composée d’épidémiologistes, pathologistes expérimentaux, cliniciens et biologistes (experts reconnus dans le domaine et qui ont déjà l’habitude de travailler ensemble), des marqueurs de méthylation prometteurs, une biothèque déjà constituée issue du protocole ANRS EP57 APACHES parfaitement adapté à la question étudiée et une méthodologie optimisée. En évaluant, pour la première fois, la performance de ces marqueurs épigénétiques détectés dans des frottis anaux (et non pas des biopsies guidées par AHR), nos résultats permettront d’orienter le développement de programmes de prévention réalistes et pourraient constituer une avancée majeure dans le développement d’une stratégie de prévention du cancer anal.

Notre groupe d’étude a identifié une épidémie dans la région du Sud-Ouest Burkina Faso en 2010, avec une prévalence du VHC de 13,2% chez les adultes âgés de 15 à 49 ans (ANRS 12270). En 2020, une enquête transversale auprès de personnes sans limite d’âge (n=2887) a confirmé ces résultats avec une prévalence du VHC augmentant régulièrement avec l’âge, atteignant 36-44% chez les 70+ ans, et traduisant une transmission actuelle du VHC à tous les âges. Les facteurs de risque associés aux infections prévalentes ont mis en évidence le rôle probable de l’immunisation par pistolet à air dans les années 1990, et suggéré des facteurs de risque mais n’ont pas pu préciser les voies de transmission actuelles. L’identification de ces dernières et de stratégies de contrôle du VHC peu chères, efficaces et acceptables est urgente pour contrôler l’épidémie de VHC.

L’objectif principal est d’identifier des stratégies de contrôle acceptables et rentables de l’épidémie VHC dans la région du Sud-Ouest du Burkina Faso.

Les objectifs spécifiques, concernant la prévention du VHC, comprennent i) l’estimation de l’incidence du VHC chez les participants de REVERSO testés négatifs en 2020, ii) les facteurs associés à ces infections récentes, iii) l’élaboration d’interventions pour contrôler ces facteurs, iv) une modélisation de l’épidémie afin d’identifier parmi ces interventions les plus (coût)-efficaces. Concernant le dépistage et les soins, nous estimerons la disposition à payer des patients pour les soins de l’hépatite C et utiliserons la modélisation pour estimer le nombre minimum de traitements nécessaires pour réduire l’incidence du VHC de 80% d’ici 2030.

Nous réaliserons une nouvelle enquête transversale parmi les participants de REVERSO 1 afin d’identifier les infections VHC incidentes et de déterminer les facteurs causaux ou comportementaux associés. Dans une étude cas-témoins nichée, chaque cas incident de VHC sera ensuite apparié à 3 témoins pour l’âge, le sexe et la zone géographique afin d’identifier les facteurs de risque actuels. Un séquençage profond avec analyse phylogénétique sera effectué pour identifier les transmissions verticale et intrafamiliale. Tous ces résultats seront utilisés pour la modélisation mathématique afin d’estimer la contribution de chaque facteur de risque à l’épidémie. Un modèle dynamique de transmission du VHC sera développé, incorporant les données démographiques de la population, la transmission du VHC (horizontale/verticale), la progression de l’hépatite C, son traitement, et la stratification des facteurs de risque. Le modèle de transmission du VHC sera utilisé pour projeter les trajectoires épidémiques évolutives du VHC, la morbidité et la mortalité liées au VHC, et estimer la contribution dynamique des facteurs de risque identifiés.

Ensuite, la phase de “méthode d’analyse de groupe – GAM” invitera les acteurs clés et les représentants de la communauté à considérer et contextualiser ces facteurs, puis à concevoir et estimer le coût des interventions potentielles pour les contrôler. Le modèle mathématique élaboré précédemment sera utilisé pour estimer l’impact de ces interventions. Pour chaque scénario d’intervention de prévention, nous modéliserons ensuite la couverture de traitements antiviraux nécessaire pour réduire l’incidence du VHC de 80 % d’ici 2030, (objectifs 2030 de l’OMS). La faisabilité de ces scénarios, en particulier le niveau requis de couverture du traitement, sera examinée à la lumière de la disposition à payer des patients pour les soins hépatite C (estimée dans une enquête dédiée parmi les patients avec hépatite C dans la région) et du coût réel des soins de l’hépatite C pour les patients.

Notre projet comprendra une forte composante de renforcement des capacités dans le domaine des analyses phylogénétiques et de la modélisation des maladies infectieuses.

Notre projet innovant aura un impact important en fournissant au ministère de la santé un plan clair, acceptable et rentable pour contrôler l’épidémie de VHC dans la région du Sud-Ouest. Nos méthodes et nos résultats seront également pertinents pour le contrôle d’autres épidémies de VHC en Afrique et ailleurs.