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Le contrôle de l’émergence de la Covid-19 en Europe, y compris en France, a été obtenu en combinant une réduction initiale de la transmission par des politiques de confinement, de rigueur variable et, un an plus tard, une forte incitation à la vaccination contre la Covid-19. Bien que réussie, cette expérience a révélé les défis soulevés par le contrôle des maladies infectieuses émergentes tout en respectant les bonnes pratiques de santé publique comme par exemple, maintenir la confiance au sein de la société et limiter les inégalités sociales. Le projet ACME vise à promouvoir – par le biais de la préparation aux épidémies – le développement et la mise en œuvre de mesures préventives de riposte (MPR), y compris la vaccination, efficaces, acceptables et accessibles, spécifiquement lors d’épidémies de maladies infectieuses (ré)émergentes en France. Ceci pourrait être atteint par des stratégies de communication et d’organisation facilitant la confiance et inclusives. Notre projet s’inscrit dans l’Axe 2 (Connaissance, expertise, communication) du PEPR-MIE, car il vise à mieux comprendre les facteurs clés qui influencent l’acceptation et l’accessibilité physique et psychologique des différents MPR en situation d’épidémie, et proposera des approches pour traduire les connaissances scientifiques en action de santé publique.

Nous avons identifié quatre thèmes clés « ACME » interdépendants, que nous pensons être essentiels pour permettre une acceptabilité et une accessibilité élevées des MPR pendant une crise épidémique : 1) efficacité des programmes ; 2) confiance dans le système au sens large (société, politiques…) et ses freins – réactance, politisation, conspiration ; 3) les professionnels de santé – leurs attitudes, formation et implication ; et 4) l’engagement du niveau local dans la communication et l’organisation.

Les objectifs généraux du projet ACME seront : 1. d’évaluer les déterminants, facilitateurs et barrières à l’adoption/adhésion, la confiance et l’équité sociale concernant les MPR en situation d’épidémie en France, et identifier des approches pour suivre ces facteurs pour la préparation aux épidémies ; 2. de développer des scénarios potentiels de maladies épidémiques et des MPR pertinentes, et évaluer les préférences, vis-à-vis des stratégies et programmes possibles, de la population générale, de sous-groupes spécifiques et des professionnels de santé ; 3. de préparer la recherche interventionnelle sur les programmes de MPR facilitant la confiance et inclusives, en identifiant les expériences évaluées à l’international et en étudiant leur transférabilité en France et aux situations épidémiques ; 4. d’élaborer des recommandations et des protocoles pré-évalués pour une mise en œuvre rapide de la recherche interventionnelle lors de futures émergences, et une feuille de route de recherche et pour un transfert actif vers la santé publique pour la préparation aux épidémies.

Conformément à ces objectifs, le projet ACME comportera quatre axes de travail scientifique reliés entre eux, soutenus par une coordination continue par l’Institut Pasteur. Le consortium ACME englobe diverses disciplines des sciences sociales et du comportement (anthropologie, psychologie, économie comportementale) et les combine avec une expertise pertinente en santé publique et biomédicale (promotion de la santé, épidémiologie et infectiologie). Tous les partenaires ont déjà démontré une forte expertise dans leurs domaines et ont une expérience en recherche fondamentale et en santé publique. Notre plan de travail sur 3 ans comprend de larges consultations répétées des parties prenantes (autorités et acteurs nationaux, régionaux et locaux, experts en sciences sociales et biomédicaux, professionnels de santé et représentants de la société civile). Le projet ACME créera des opportunités pour établir des liens avec d’autres projets de recherche en sciences sociales et avec les futurs projets PEPR-MIE traitant de l’émergence des maladies infectieuses, en particulier ceux qui développent des vaccins et des interventions préventives.

Les syndromes post-infectieux (Post-Acute Infection Syndromes, PAIS) sont des maladies chroniques et débilitantes qui apparaissent après la phase aiguë des maladies infectieuses. Bien que connus depuis plusieurs décennies, les PAIS sont encore mal compris, les mécanismes de leur pathogenèse sont largement inexpliqués et doivent être abordés pour restaurer la qualité de vie et la productivité des personnes souffrant de cette affection. Le Mayaro (MAYV) et le Chikungunya (CHIKV) sont des alphavirus transmis à l'homme par les moustiques, endémiques dans les régions tropicales du globe avec un potentiel évident d'émergence en Europe. Le MAYV et le CHIKV sont les agents responsables de maladies caractérisées par une incidence élevée de complications rhumatismales, telles que l'arthrite et la myalgie, qui peuvent évoluer vers des syndromes d'infection post-aiguë très débilitants pouvant persister pendant des mois ou des années chez environ 20 à 40 % des patients, entraînant une incapacité physique et même mentale, et ayant un impact sur la qualité de vie de la population. Les mécanismes impliqués dans le développement du PAIS après une infection par le virus MAYV ou CHIKV sont difficiles à cerner et il n'existe pas de thérapie spécifique pour traiter ces syndromes. L'inflammation médiée par les cellules immunitaires et les réservoirs viraux sont des acteurs centraux du processus, les cellules immunitaires myéloïdes infiltrant des tissus tels que le foie et les articulations. L'équipe A (P1, F REAL) et l'équipe B (P2, A DA POIAN) ont décidé d'unir leurs forces pour étudier les mécanismes cellulaires/moléculaires du PAIS causé par MAYV/CHIKV, après que l'équipe B de P2 – qui a plus de 20 ans d'expérience avec les arbovirus tels que MAYV, CHIKV, DENV, ZIKV – a observé que le foie des souris infectées par MAYV est enrichi en progéniteurs myéloïdes et en mégacaryocytes (MK). L'équipe A de P1 étudie actuellement la participation des MK en tant qu'acteurs du PAIS et en tant que cellules hôtes de virus persistants tels que le VIH-1 et (potentiellement) le SARS-CoV-2.

Les MK sont des cellules polyploïdes géantes de la lignée myéloïde présentes dans la moelle osseuse et responsables de la formation des plaquettes, composants sanguins essentiels à la coagulation du sang et à la cicatrisation des plaies. Les MK réagissent également aux agents pathogènes et aux signaux inflammatoires comme de véritables cellules immunitaires, jouant le rôle de cellule immunitaire régulatrice dans les infections virales. Les MK peuvent également quitter la moelle osseuse et se loger dans d'autres tissus – on parle alors de MK extramédullaires – mais leur rôle lorsqu'elles résident ou sont piégées dans la microvasculature d'autres organes est moins clair. Dans le cas de maladies chroniques ou de conditions de stress telles qu'une infection aiguë, la fréquence des MK est plus élevée que chez les individus non infectés dans le cerveau, les poumons, le cœur, la rate, le foie et dans d'autres organes. Nous émettons l'hypothèse que MAYV/CHIKV altère les MK localement dans la moelle osseuse, générant par la suite des MK inflammatoires extramédullaires entraînées par le système immunitaire (reprogrammées) qui sont inflammatoires et fibrogènes, immunologiquement dysfonctionnelles et sont des produits collatéraux de l'infection aiguë. Ces MK se logeront dans différents organes et tissus, alimentant potentiellement un réservoir tissulaire d'alphavirus, endommageant les tissus et compromettant les fonctions des organes, conformément à la nature multiorganique des syndromes post-infectieux. Des stratégies ciblant les facteurs exprimés par les MK extramédullaires (par exemple CXCR4) seront proposées dans des modèles in vivo, dans le but d'établir et cibler les mécanismes immunologiques/moléculaires impliquant les MK dans le PAIS MAYV/CHIKV.

Francisella tularensis sous-espèce tularensis est une bactérie de la menace NRBC, hautement virulente et hautement infectieuse par aérosol et responsable de la tularémie. Sa haute virulence est liée à sa capacité à se multiplier dans le cytosol des macrophages suite à la lyse du phagosome. Cette étape clef est sous le contrôle du système de sécrétion de type VI (T6SS) de Francisella et de ses effecteurs. Malgré son rôle central dans la virulence, le T6SS de Francisella reste très mal connu. Le projet Ft6SS-Méca rassemble un consortium multidisciplinaire alliant cryo-microscopistes, cristallographes, biologistes cellulaires et des microbiologistes cliniques du Centre National de Référence de la Tularémie. Les objectifs du projet sont de résoudre la structure du T6SS de Francisella, les mécanismes de sécrétion et la fonction moléculaire des effecteurs de Francisella. Les approches innovantes développées combinant tomographie, cryo-microscopie électronique, cristallographie, cribles génétiques innovants et approches ciblées devraient permettre de résoudre les mécanismes moléculaires de la sécrétion et des effecteurs du T6SS. A terme, ces connaissances pourraient permettre des traitements spécifiques ciblant cette nanomachine qui est au cœur de la virulence de F. tularensis.

Par le nombre très important de sujets atteints après 2 ans de pandémie, le COVID long est un enjeu de santé publique. Si cette entité est de mieux en mieux définie et cliniquement identifiée, sa physiopathologie reste incomprise, et sa prise en charge uniquement symptomatique.

Parmi les symptômes les plus fréquemment rapportés par les patients atteints de COVID long, certains (fatigue, troubles neurocognitifs, faiblesse musculaire notamment) sont évocateurs d’une anomalie du métabolisme énergétique. D’autre part, des anomalies du système immunitaire inné et adaptatif ont été identifiées non seulement à la phase aiguë d’une infection par le SARS-CoV-2 mais aussi à distance, suggérant que des anomalies immunitaires persistantes pourraient participer à la physiopathologie du COVID long.

Le projet LoCo-ImMet vise à identifier des signatures immuno-métaboliques discriminantes dans le plasma et les cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) des patients présentant un COVID long par rapport à une population guérie. Il est porté par des équipes cliniques ayant une grande expérience de la prise en charge des patients atteints de COVID à la phase aiguë comme à distance de l’infection, et par deux laboratoires spécialisés dans l’analyse métabolomique et immunologique.

Quatre-vingt patients (40 atteints de COVID long et 40 sujets appariés ayant guéri d’un COVID-19 sans développer de symptômes prolongés) seront inclus. Les patients ayant développé des affections organiques au cours de leur infection seront exclus, de même que les patients présentant une symptomatologie dépressive ou anxieuse avérée.

Un recueil des données cliniques et une analyse biologique sera réalisée à l’inclusion et 6 mois plus tard. Une caractérisation du métabolome, du profil des médiateurs solubles de la réponse immunitaire innée et des molécules reflétant la souffrance tissulaire sera réalisée sur le plasma des. Les résultats seront soumis à une analyse statistique uni- et multivariée ciblée, afin d’identifier une signature immuno-métabolique discriminante, qui sera testée sur une partie de la cohorte non utilisée pour l’élaboration du modèle.

Les résultats de ce projet permettront l’identification de biomarqueurs potentiellement utiles au dépistage précoce, à l’évaluation pronostique de la sévérité et au suivi et à la stratification des essais thérapeutiques dans le COVID long. Ils contribueront à identifier de nouvelles pistes thérapeutiques dans cette affection.

L’épidémie de COVID-19 apparue en décembre 2019 a été accompagnée chez près de 60% des malades d’un syndrome de perte d’odorat (anosmie). Si la plupart récupère en quelques semaines, ce n’est pas le cas de près de 10% des patients qui souffrent encore de troubles de l’odorat 6 mois après le début de la maladie. Comme des millions de gens sont contaminés par ce virus, les personnes souffrant d’anosmie à long terme se comptent par millions. La perte d’odorat a un impact très important sur leur qualité de vie puisque ce sens est notamment très important pour la détection de dangers et l’alimentation. Sa perte est très souvent associée à des pertes d’appétit et à des dépressions. En utilisant le modèle hamster qui présente également le symptôme de la perte d’odorat liée à la COVID-19, les évènements cellulaires aboutissant à la perte d’odorat liée à la COVID-19 ont pu être identifiés. L’olfaction est basée sur la détection des odeurs par des neurones olfactifs qui sont entourés par des cellules de soutien. Ce sont les cellules de soutien qui sont infectées par le virus de la COVID-19. Suite à cette infection, il y a très rapidement une invasion massive de cellules immunitaires ainsi qu’une desquamation de l’épithélium où résident les neurones olfactifs. L’épithélium est capable de se régénérer rapidement et dans le modèle hamster, il est restauré au bout de 21 jours ce qui est cohérent avec la récupération rapide observée chez la majorité des patients souffrant d’anosmie liée à la COVID-19. Cependant que se passe-t-il pour ceux qui ne récupèrent pas ? Les traitements actuels de l’anosmie à long terme liée à la COVID-19 consistent de manière empirique à utiliser des corticoïdes couplés à des séances d’entrainement de l’odorat mais leur efficacité reste à démontrer. Afin d’améliorer la prise en charge des patients souffrant d’anosmie à long terme il est important de disposer d’un modèle animal mimant ce symptôme.

Pour l’instant, toutes les études de récupération de l’odorat chez le hamster a été réalisée sur un petit nombre d’animaux ne permettant pas de mettre en évidence un phénomène d’anosmie à long terme. Dans ce projet, nous allons étudier une large cohorte de hamster et moduler l’action du système immunitaire dans le cadre d’infection par le SARS-CoV-2 afin de développer un modèle permettant d’envisager des traitements efficaces contre les anosmies à long terme.

La tuberculose à bacilles résistants (DR-TB) est un problème croissant associé à des taux de mortalité élevés (qui représentent presque un quart de la mortalité liée à la tuberculose ; ±300 000 décès par an) et à des coûts de traitement insoutenables (consommant plus de 50% du budget total de la tuberculose dans l'Afrique du Sud). L'OMS a désormais reconnu la DR-TB comme une menace mondiale majeure qui représente environ 25% des coûts supplémentaires de santé liés à la résistance aux antibiotiques, estimés à 1000 milliards de livres sterling d'ici 2050. Des données récentes montrent que, même avec de nouveaux antibiotiques prometteurs comme la bédaquiline et le linézolide, environ 30-40% des patients atteints de DR-TB ont toujours des résultats défavorables (échec du traitement ou décès). Un déterminant majeur du résultat est le schéma thérapeutique utilisé, qui est choisi d’après le résultat de tests diagnostiques sous-optimaux. Nous avons constaté que l'utilisation d'un schéma thérapeutique empirique ou "prêt-à-porter", entraîne de mauvais résultats et, plus important encore, amplifie la résistance. En effet, nous constations déjà l’émergence de la résistance aux nouveaux antibiotiques:les taux de résistance à la bédaquiline signalés dans des isolats de tuberculose non sélectionnés en Afrique du Sud approchent 10%, avec des taux encore plus élevés signalés dans d'autres pays. Il est urgent d'optimiser le traitement et de guider le choix approprié des antibiotiques en utilisant un profilage de résistance rapide pour que le test diagnostique conduise au choix d’un schéma de traitement optimal, ce qui manque actuellement. Le test Xpert-XDR (Cepheid) est devenu un test de première ligne, capable de fournir des résultats rapides mais seulement pour un nombre limité d’antibiotiques (excluant 3 des 4 antibiotiques du régime BPaL-L, le traitement des tuberculoses ultrarésitantes). Par conséquent, les cliniciens "naviguent à l'aveugle" lorsqu'ils prescrivent un schéma thérapeutique. Une stratégie de traitement basé sur un diagnostic complet et précis est nécessaire sans quoi les résultats resteront sous-optimaux, et nous perdrons rapidement des antibiotiques efficaces existants.

L'OMS a recommandé d'utiliser le séquençage génomique ciblé pour élucider le profil de résistance de Mycobacterium tuberculosis directement à partir des échantillons de patients. L'avantage de cette approche est qu'elle permet de déterminer rapidement la résistance à plusieurs antibiotiques, plutôt que d'attendre plusieurs semaines comme avec les tests phénotypiques actuels dépendant de la culture. Le test AmPORE-TB® (Oxford-Nanopore-Diagnostics), a démontré d’excellentes performances par rapport à l’antibiogramme phénotypique. Les autres avantages sont un coût inférieur, l’absence de nécessité de laboratoire de confinement, un taux de succès de 80% dans les échantillons avec de faibles charges bacillaires et la fourniture simultanée de résultats de résistance pour 16 antituberculeux. Cependant, l’impact de tels tests sur la prise en charge des patients n’a pas été évalué. Cet impact a été identifié comme une priorité majeure de recherche par l'OMS et est cruciale avant que le nouveau test puisse être intégré dans les programmes de tuberculose à grande échelle. L'étude T3 (‘Test-To-Treat’) évaluera l'impact de l'utilisation d'AmPORE-TB® sur l'amélioration des issues de traitement des patients atteints de DR-TB en permettant aux cliniciens de sélectionner des régimes thérapeutiques adaptés aux profils de résistance individuels. L'étude va aussi directement comparer l'efficacité du test AmPORE-TB® à un autre test de séquençage ciblé, le Deeplex Myc-TB®. T3-ECR (essai contrôlé randomisé) évaluera la faisabilité de cette approche, son impact clinique et son impact économique potentiel dans le contexte africain. Nous prévoyons que le T3-ECR démontrera que l'utilisation d'une approche thérapeutique ciblée aura un impact sur les résultats importants pour les patients et empêchera l'amplification de la résistance. Les données fourniront une justification pour l’implémentation du séquençage génomique comme norme de soins dans les pays à tuberculose endémique.

La fréquence croissante des virus zoonotiques souligne l'importance cruciale de caractériser les chaînes de transmission de certains virus d’intérêt, en termes de santé publique, entre les communautés d’animaux sauvages et les populations humaines. Ce projet vise donc à caractériser chacune de ces étapes et à définir comment leurs interactions peuvent impacter l'émergence de zoonoses. Les chauves-souris sont les réservoirs naturels de nombreux virus zoonotiques, mais leur rôle dans l’excrétion virale environnementale reste peu documenté. Or l'excrétion environnementale de virus zoonotiques par les chauves-souris peut induire l'infection d'espèces intermédiaires, telles que les rongeurs, qui partagent une partie de leur environnement avec les chauves-souris et les humains, favorisant ainsi les échanges viraux. Ce projet cherche donc à déterminer si les rongeurs jouent un rôle de pont entre les espèces sauvages et les populations humaines dans la transmission virale. Plus précisément, le projet TRANSVI se concentrera sur l'émergence potentielle de deux virus à ARN, les Coronavirus et Hantavirus, connus pour pouvoir donner des fièvres hémoragiques ou étant des viroses respiratoires une fois adaptés à l'homme. En se focalisant sur les populations humaines vulnérables de la péninsule du Yucatan (Mexique), région reconnue comme l'un des points chauds potentiels pour l'émergence des zoonoses, la première partie du projet vise à identifier les Coronavirus et Hantavirus circulant entre les chauves-souris et les rongeurs en évaluant la présence de souches virales similaires dans les excréments de chauves-souris (guano), ainsi que dans les échantillons sanguins de chauves-souris et de rongeurs. Ce travail permettra de faire un inventaire des virus ciblés, circulant dans les populations de chauves-souris et de rongeurs, mais aussi de déterminer l’impact de l’excrétion virale environnementale par les fèces sur l'exposition des rongeurs. Le second Work Package permettra d’évaluer le rôle des chauves-souris et des rongeurs dans l’exposition humaine aux mêmes virus. Ce volet analysera statistiquement le lien entre l'exposition humaine, obtenue à partir d'une étude sérologique en cours menée dans les villages proches des sites de prélèvement d’animaux, et la circulation de ces virus chez les chauves-souris et les rongeurs. Cette analyse intégrera également les facteurs favorisant le contact entre les populations humaines et les communautés de chauves-souris/rongeurs (activités en extérieur, consommation de viande de chauve-souris, etc.) identifiés lors d'une étude socio-épidémiologique afin d'identifier les voies de transmission. Au cours des trois dernières années, un échantillonnage intensif des espèces de chauves-souris et de rongeurs a été réalisé sur 3 sites de la péninsule du Yucatan, tous proches de populations humaines vulnérables. Des échantillons de sang provenant de chauves-souris et de rongeurs sur ces sites sont déjà disponibles et la collecte va se maintenir de 2025 à 2027. Des projets extérieurs financeront la collecte de sérum auprès de 3 populations humaines proches des sites de prélèvement de chauves-souris/rongeurs. TRANSVI financera le prélèvement et l'analyse des excréments de chauves-souris collectés sur le terrain, ainsi que l'analyse des échantillons de sang déjà obtenus (PCR et séquençage). Le projet soutiendra également l'analyse sérologique des échantillons de sérum humain (Luminex), ainsi que la collecte de données socio-épidémiologiques pour identifier les facteurs d'exposition au sein des communautés humaines. En conclusion, ce projet propose une approche complète et novatrice pour mieux comprendre, prévenir et contrôler les futures zoonoses en caractérisant chaque étape de la chaîne de transmission virale dans un environnement propice au développement de nouvelles pandémies potentielles. À moyen terme, ce projet identifiera les espèces de chauvessouris et de rongeurs à cibler pour renforcer les systèmes de surveillance, mais aussi améliorer l’élaboration des stratégies de prévention pour limiter la transmission aux populations humaines.

Les fièvres hémorragiques virales (FHV) sont un problème de santé publique. Parmi elles, le virus Lassa (LASV) tue des milliers de personnes chaque année en Afrique. La fièvre de Lassa (FL) a été reconnue par l’OMS comme une menace émergente pour laquelle il est urgent de se préparer. Il n’y ni traitement ni vaccin contre la FL, et les mécanismes associés à la survie ou à la mort sont peu connus. Les seuls modèles animaux pertinents sont les primates non-humains. Nous avons étudié la FL chez les singes cynomolgus (SC) pour caractériser les réponses immunes impliquées dans le contrôle du LASV ou dans la FL fatale. Un modèle reproduisant les issues observées chez l’homme a été développé en infectant des SC avec la souche Josiah ou AV de LASV, induisant une FL toujours fatale ou une FL non léthale. La survie était associée à un contrôle rapide de la réplication virale accompagné de réponses immunes innée, humorale et cellulaire équilibrées. Au contraire, chez les SC infectés par Josiah, l’absence de contrôle dans les organes lymphoïdes secondaires (OLS) est à l’origine d’une dissémination systémique. L’accumulation de produits viraux induit des réponses inflammatoires exacerbées conduisant à une défaillance multiviscérale ressemblant au syndrome de choc septique. Aucune réponse T spécifique n’a été détectée chez les animaux fatalement infectés, et des phénomènes d’immunosuppression ont été mis en évidence chez ces animaux. Nous proposons ici de caractériser l’immunosuppression et la pathogenèse associées à la FL sévère chez le SC mais aussi de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans le contrôle de la maladie. De plus, nous aurons aussi accès à des échantillons de plasma de patients infectés par LASV pour conforter les résultats obtenus chez les CM. Cette étude permettra de valider les hypothèses suivantes : 1, l’inflammation excessive et l’infiltration de cellules inflammatoires sont à l’origine de la défaillance multiviscérale et de la mort ; 2, des mécanismes immunitaires menant à la suppression de la réponse T sont induits au cours de la FL fatale ; 3, des médiateurs solubles peuvent être utilisés pour le diagnostic précoce et le pronostic de la sévérité de la FL ; 4, l’évolution vers la mort ou le contrôle de LASV est déterminée très précocement dans les SLO. Les résultats obtenus démontreront que les thérapies basées sur la réponse de l’hôte amélioreraient le pronostic de survie et mettront en évidence les voies immunitaires d’intérêt pour des perspectives thérapeutiques. Des échantillons déjà obtenus au cours d’études chez le SC par notre équipe seront mis en œuvre (SLO, foie, rein, poumon, intestin, cerveau) à différents temps après l’infection (période d’incubation, apparition des symptômes, pic de la maladie), et aucune expérimentation animale ne sera nécessaire. Nous mettrons en œuvre des approches innovantes d’immunohistologie permettant de marquer des coupes de tissus avec 7 fluorescences différentes, puis de microdissection laser, ce qui permettra de déterminer les profils transcriptomiques et protéomiques de cellules isolées en fonction de leur localisation et de leur phénotype, grâce au séquençage d’ARN et à de la spectrométrie de masse (SM), respectivement. Le profil protéomique des plasmas issus de patients LASV seront également déterminé par SM et 50 cytokines/chemokines seront quantifiées par Luminex, et les réponses analysées en fonction de l’issue de la maladie et de la présentation clinique. La quantité très importante de donnée générée au cours du projet sera analysée de manière profonde et exhaustive grâce à des outils bioinformatiques et statistiques avancés. Cette approche innovante basée sur la biologie des systèmes apportera un panorama complet et exhaustif des mécanismes impliqués dans la pathogenèse et des réponses immunes impliquées dans les différentes issues de la FL, dans le modèle ultime du SC et chez l’homme. Des avancées substantielles dans la connaissance des FHV émergeront de ce travail, et en particulier une compréhension complète du syndrome aigu induit par les virus responsables de FHV ainsi que des perspectives pour des thérapies innovantes ciblant la réponse de l’hôte.

Le monkeypox est une maladie virale endémique dans certaines zones d’Afrique de l’Ouest. En dehors de quelques cas d’importation et d’épidémies très localisées autour de ces cas d’importation, jusqu’à présent, la maladie n’existait pas dans les pays du Nord. Depuis début mai 2022, une épidémie de monkeypox s’étend en Europe et aux États-Unis. L’agent responsable, le Monkeypox virux (MPXV) se transmet par contact direct avec les lésions cutanées ou les fluides corporels des personnes infectées, par contact indirect avec la literie et les vêtements, et par voie respiratoire par le biais de grosses gouttelettes. La voie sexuelle n’avait jamais été évoquée auparavant, mais la concentration des cas actuels dans la population des hommes ayant des rapports sexuels avec d’autres hommes (HSH) et la forte prévalence des lésions muqueuses ano-génitales au cours de cette épidémie supportent cette hypothèse.

La cohorte observationnelle MOSAIC vient d’être créée, dans le but de décrire la présentation et l’évolution clinique du monkeypox en Europe, que les patients reçoivent ou non un traitement antiviral. MOVIDA est une sous-étude de cette cohorte, ayant pour objectif principal de déterminer la distribution du MPXV au sein des différents sites anatomiques des participants : peau, muqueuses, gorge, nasopharynx, salive, anus, sang, urine, sécrétions génitales (sperme, sécrétions vaginales). Les objectifs secondaires de la sous-étude sont d’évaluer la durée de positivité des prélèvements aux différents sites (prélèvements répétés dans le temps), la viabilité des virus détectés par PCR (culture cellulaire), la dynamique de l’infection chez les participants recevant ou non un traitement antiviral (dont le teicovirimat), la variabilité génétique intra-individuelle et inter-individuelle (séquençage en technique ultrasensible à partir des prélèvements issus de différents sites chez un même participant, et à partir des prélèvements issus de différents participants), la reprise potentielle d’une réplication virale VIH dans le sang et dans le sperme des participants vivant avec le VIH (mesure de la charge virale VIH dans les deux compartiments), la présence d’autres infections sexuellement transmissibles, l’immunité humorale et cellulaire acquise post-monkeypox (quantification des anticorps anti-MPXV et des réponses spécifiques cellulaires B anti-MPXV), et les concentrations . Un auto-questionnaire explorant les comportements socio-sexuels sera demandé à l’inclusion. De cette manière, les résultats virologiques pourront être corrélés à la présentation clinique initiale et aux pratiques sexuelles. Nous prévoyons d’inclure 100 participants.

Ces résultats devraient permettre de mieux comprendre comment le virus se transmet d’un individu à l’autre, en fonction des comportements sociaux et sexuels, et quelle est l’immunité acquise après la maladie, ce qui est un point clé pour savoir quelle pourrait être la dynamique de l’immunisation contre le monkeypox à l’échelle de cette population. Nos résultats devraient également permettre d’adapter les messages de prévention à destination des populations les plus exposées.