Projets et candidats lauréats

En 2020, un nouveau coronavirus a plongé en seulement quelques mois le monde dans une des plus graves crises sanitaires qu’il ait connu. Prise de court comme de nombreux pays sur le plan sanitaire, politique et scientifique, la France dut imposer des mesures d'une ampleur inédite pour préserver son système de santé. La succession de (sous-)variants du SARS-CoV-2 depuis 2021 et la circulation intense de la grippe aviaire en 2024 ont fait de la préparation intersectorielle aux futures menaces virales respiratoires une priorité internationale.

Dans ce contexte, l'OMS a renouvelé en 2022 sa liste de pathogènes prioritaires en y faisant figurer la Maladie X, causée par “un agent pathogène inconnu susceptible de provoquer une grave épidémie internationale”. L'OMS incite ainsi la communauté internationale à élargir la recherche aux pathogènes encore inconnus, afin de se préparer à la prochaine pandémie, qui sera probablement causée par un nouveau virus respiratoire. Pour ce faire, il est nécessaire de développer rapidement des modèles innovants et de protocoles de recherche déployables dès le début d'une telle épidémie, afin d'informer en temps réel toutes les autorités et acteurs de la santé, au moyen d'analyses, de prévisions précoces et de projections robustes.

Le projet PReViX développera un cadre scientifique et sanitaire opérationnel pour les virus respiratoires, qui répondra à l’incitation de l’OMS. Il tire parti du corpus scientifique et de l'expérience acquise au fil des épidémies et des pandémies de grippe et de coronavirus des deux dernières décennies. Chacun de ses six axes utilisera des approches adaptées aux défis à venir, relevant de la diversité des sources de données, de l’analyse en temps réel de ces dernières, ainsi que de l'aide à la décision sanitaire de crise. Ces travaux permettront d'établir les contours microbiologiques, infectiologiques et épidémiologiques des futures menaces virologiques respiratoires, tout en développant des méthodes innovantes pour surveiller, caractériser, modéliser en temps réel et freiner la propagation précoce d'un virus respiratoire (ré-)émergent, à partir des premières données disponibles, hétérogènes tant en nature qu’en qualité.

Les principaux défis sont les suivants : 1) l'évaluation précoce du potentiel pandémique et de crise sanitaire du virus respiratoire, 2) l'utilisation des dynamiques intra-hôte virales et immunologiques pour mieux cibler les politiques de dépistage et de vaccination, 3) le développement d’outils d’analyses de séquences génomiques virales plus performants et plus accessibles, 4) une meilleure caractérisation de la dynamique des anticorps et l'amélioration des prévisions épidémiques à partir des données antigéniques, 5) la conception de stratégies précoces d’interventions non pharmaceutiques et 6) d’adaptation rapide du système de santé à l’épidémie du virus respiratoire, en fonction des caractéristiques de ce dernier.

Ce projet est mené par un consortium national de 9 unités de recherche réparties sur 4 sites. Son expertise collective est interdisciplinaire et couvre les domaines de l'épidémiologie et de la modélisation, de la santé publique, de la phylogénomique, de la virologie, de l'infectiologie, des sciences comportementales et sociales, et fut à l’origine de plusieurs résultats majeurs lors de la pandémie de COVID-19. Le projet contribuera à consolider la communauté de recherche française en approches quantitatives des maladies infectieuses. Il en résultera des résultats scientifiques de niveau international ainsi que la production, en étroite collaboration avec les principaux acteurs de la santé publique en France, d'évaluations de risques décisives pour les futures épidémies de viroses respiratoires. En catalysant l’émergence d’une nouvelle génération de chercheurs interdisciplinaires en maladies infectieuses à travers le pays, tout en consolidant les interactions entre la recherche publique, les agences de santé et les décideurs autour de l'anticipation d'un virus respiratoire pandémique encore indéterminé, ce projet vise à contribuer, scientifiquement et sanitairement, à la préparation du pays à de futures épidémies et crises sanitaires.

Le MPX est une zoonose et la transmission interhumaine est censée être très limitée. Le MPXV est resté initialement limité à l’Afrique centrale et occidentale, principalement dans les zones de forêts tropicales humides. Cependant, le nombre de cas continue d’augmenter. La récente épidémie de MPX identifiée en mai 2022 et depuis documentée dans > 35 pays non endémiques en Europe, les Amériques et l’Asie illustre qu’il est important de se préparer à de nouvelles épidémies (re)émergentes. L’analyse phylogénétique du MPXV a montré que les virus de l’épidémie de 2022 descendaient d’un clade échantillonné en 2017-2019 à partir de cas diagnostiqués à Singapour, en Israël, au Nigeria et au Royaume-Uni. Le MPXV peut infecter une grande variété de mammifères, mais seul un nombre limité de virus MPVX ont été amplifiés à partir d’animaux, et la prévalence exacte des virus  dans la faune n’est pas connue, ni la variété d’espèces qui peuvent etre infectés. Peu d’informations sur la diversité génétique des souches humaines de MPXV sont également disponibles pour comparer les souches humaines et animales afin d’identifier clairement dans quelle mesure les épidémies sont le résultat de nouvelles transmissions inter-espèces ou d’une évolution continue à partir des transmissions interhumaines des patients pauci ou asymptomatiques non reconnues .
L’objectif général de ce projet est de fournir de nouvelles informations sur les virus du monkeypox (MPXV) dans les pays africains à forte probabilité de (ré)émergence d’infections zoonotiques. L’étude sera menée en Afrique centrale (Cameroun et RDC) et en Afrique de l’Ouest (Guinée et Bénin) ou les deux clades de MPXV circulent et permettra de : (i) documenter plus en détail le réservoir animal du MPX ; (ii) documenter l’étendue des infections asymptomatiques au MPX chez l’homme dans les pays et (iii) documenter la diversité génétique et l’évolution du MPXV chez l’homme afin de mieux comprendre si les différentes épidémies dans les pays endémiques correspondent à des transmissions zoonotiques indépendantes ou à des transmissions interhumaines non reconnue. Nous testerons des échantillons d’animaux sauvages (primates non humains (4,000), chauves-souris (6000), rongeurs (4000) et autres mammifères chassés pour la viande de brousse) pour la présence d’anticorps anti-MPXV et/ou avec des outils moléculaires pour identifier la présence du virus. Nous mènerons des enquêtes sérologiques dans les populations humaines dans les zones où des épidémies de MPXV sont en cours et/ou antérieures ou dans les régions à risque d’épidémies, pour la présence d’anticorps MPXV afin d’évaluer la présence d’éventuelles cas pauci ou asymptomatiques en RDC et au Benin. Nous séquencerons le génome complet des virus MPXV nouvellement identifiés chez les animaux et chez l’homme lors d’épidémies et comparerons les souches humaines et animales  pour évaluer dans quelle mesure chaque épidémie représente une nouvelle transmission zoonotique ou une transmission interhumaine. Il s’agit de la première étude à grande échelle qui documentera les taux d’infection par le MPXV  chez les animaux dans plusieurs pays africains et en utilisant les mêmes techniques permettant ainsi la comparaison des résultats entre les zones géographiques et les espèces. Une meilleure connaissance de la circulatoin de MPXV dnas la faune et chez l’Homme permettra d’affiner les modèles mathématiques qui prédisent l’émergence et d’identifier avec une plus grande précision les zones géographiques pour la mise en œuvre des efforts de lutte dans ces zones qui sont des « hot-spots » pour les transmissions zoonotiques du MPXV. Cette étude permettra également d’améliorer les connaissances scientifiques sur le MPXV. Les informations obtenues par ce projet contribueront également à améliorer les diagnostics, les vaccins ou les cibles antivirales.
 
 

Les foyers de l’orthopoxvirus émergent connu comme le ‘Virus de la vaccine’ (VACV) affectent les agriculteurs et le bétail du Brésil depuis plus de vingt ans. Malgré son impact considérable sur la santé publique et son potentiel d’épidémies plus importantes, l’épidémiologie, l’origine et les espèces impliquées dans la circulation du VACV au Brésil restent mal comprises. L’équipe interdisciplinaire ZOOPOX intégrera des écologistes de la santé, des virologues, des biologistes de la faune sauvage, des vétérinaires et des professionnels de la santé publique afin de mieux comprendre la dynamique et les réservoirs sauvages du VACV à l’interface homme-animaux domestiques-faune sauvage. En combinant l’échantillonnage One Health des humains, des animaux domestiques et de la faune sauvage avec des méthodes innovantes de diagnostic du VACV, y compris la détection moléculaire à partir des fèces, notre objectif général sera de détecter et de caractériser génétiquement le VACV parmi les primates sauvages, les capybaras, les tatous, les animaux domestiques et les humains du Brésil. L’hypothèse de recherche de ZOOPOX est que le virus de la vaccine (VACV) circule parmi les capybaras sauvages, les tatous et les primates non-humains du Brésil, et qu’il circule dans le biome du Pantanal à l’interface homme-animaux domestiques-faune sauvage. Les objectifs spécifiques du projet incluent: (1) Détecter l’exposition et l’infection par le VACV chez les agriculteurs, les chiens, le bétail et les tatous sauvages des biomes du Pantanal et du Cerrado dans l’État du Mato Grosso do Sul ; (2) Estimer la séroprévalence et détecter l’infection par le VACV à partir d’échantillons de sang et de matières fécales de primates sauvages des États du Minas Gerais, de Bahia, de Pernambuco, de Paraiba, de Rio Grande do Norte, de Rio de Janeiro et de Rio Grande do Sul ; (3) Estimer la prévalence d’infection par le VACV à partir d’échantillons fécaux de capybaras sauvages dans les États du Mato Grosso et de Rio de Janeiro ; (4) Séquencer et caractériser le génome du VACV de différentes espèces animales du Brésil. ZOOPOX contribuera à identifier un point chaud potentiel inconnu de circulation du VACV dans le Pantanal, où le VACV a déjà été détecté sur des capybaras. ZOOPOX permettra également de déterminer si les primates sauvages sont exposés au virus dans plusieurs localités du Brésil et si les capybaras sont infectés par le virus dans les zones urbaines et périurbaines, confirmant ainsi leur rôle de réservoirs du VACV. ZOOPOX constituera également la plus grande tentative de séquençage des génomes du VACV, afin de mieux comprendre son origine et son épidémiologie.  Incluant dix équipes de recherche dont 8 laboratoires brésiliens de 5 états, ZOOPOX renforcera également les collaborations de recherche franco-brésiliennes dans le domaine de Une Seule Santé, en soutenant la dimension internationale du consortium brésilien INCT-Pox financé par le CNQP, tout en promouvant les collaborations interdisciplinaires entre les écologistes, les virologues, les vétérinaires et les professionnels de la santé publique des deux pays. Enfin, ZOOPOX permettra de transférer des technologies et de renforcer les capacités des équipes brésiliens en charge de diagnostiquer le VACV, en étendant leurs techniques à l’exctraction et séquençage du génome complet.

La dernière vague de Covid-19, largement due au variant omicron, a été marquée par une incidence décuplée chez les enfants. Les conséquences physiologiques d’un Covid-long sur la population pré-pubère représentent un tout nouveau champ d’investigations. Chez les enfants, deux symptômes majeurs ont été rapportés : la persistance de troubles olfactifs et une puberté précoce imputée à la pandémie. La nécessité d’une action concertée entre différentes fonctions métaboliques et neuronales fait de la puberté un processus aux multiples facettes. Ainsi, plusieurs causes différentes peuvent être à l’origine du phénotype d’avancement observé lors de la pandémie. Cependant, il parait légitime de penser que la modification bien définie de la perception des odeurs dans le cadre d’un Covid-long peut impacter l’activité des neurones hypothalamiques. Par conséquent, le projet LoCos_PPub veut définir les liens de causalité fonctionnelle entre les troubles olfactifs observés chez les enfants souffrant de Covid-long et la puberté précoce. Nous avons des données préliminaires solides indiquant que ces troubles olfactifs persistants dus au Covid long, comme les anosmies ou les phantosmies, sont suffisants pour induire une « puberté » précoce chez l’organisme modèle Drosophile. En dépit des différences morphologiques évidentes entre les mammifères et les insectes, de nombreux travaux ont montré que le système neuroendocrinien ainsi que les modalités sensorielles de l’olfaction sont très conservés entre ces deux classes d’animaux. De plus, la modélisation de maladies humaines chez la Drosophile connait un véritable regain d’intérêt depuis quelques années. Ici, nous proposons donc d’utiliser ce modèle, certes original, mais néanmoins bien conservé et possédant toute une panoplie d’outils pour explorer, de manière fiable et rapide, cette zone d’ombre qu’il faut éclairer de toute urgence. Nous allons (WP1) déterminer les effets de l’anosmie, de la parosmie, de la phantosmie et de l’hyposmie sur la temporalité de la transition du stade juvénile au stade adulte. Pour se faire, nous activerons ou inactiverons génétiquement chaque neurone sensoriel olfactif présent dans l’organe sensoriel olfactif de la larve de Drosophile, afin d’imiter des phénotypes de phantosmie ou d’hyposmie complexes. Quant à la parosmie, nous exprimerons de manière ectopique chaque récepteur sensoriel olfactif dans tous les neurones sensoriels olfactifs pour simuler ses symptômes. Dans tous les cas, nous déterminerons les effets de nos manipulations sur la temporalité de la transition juvénile-à-adulte. En outre, nous allons (WP2) caractériser le mécanisme par lequel l’olfaction (ou son absence) est intégrée au niveau du circuit neuroendocrinien. Nous tirerons profit de la publication récente du connectome de la larve de Drosophile, combiné à des techniques de cartographie des circuits neuronaux assorties d’analyses au microscope confocal pour évaluer une éventuelle connexion neuronale indirecte.

Un grand nombre de maladies humaines sont transmises par les moustiques, notamment le paludisme et les arboviroses. L’OMS estime que l’une des principales conséquences du réchauffement climatique sera une augmentation importante de ces maladies. De nombreux agents pathogènes transmis par les moustiques sont encore actuellement limités aux régions tropicales et subtropicales, mais devraient étendre leur aire de répartition géographique actuelle, envahissant les régions plus tempérées. C’est notamment le cas pour le Sud de la France, avec des cas autochtones de dengue. Plusieurs maladies transmises par les moustiques sont préoccupantes, car ces espèces vectrices s’adaptent bien à l’environnement urbain. C’est le cas d’Aedes aegypti, le principal vecteur des virus de la dengue, du Zika, du chikungunya et de la fièvre jaune ainsi que de de plusieurs nouvelles espèces de moustiques invasives en Europe, capables de  transmettre des arbovirus, tel que le moustique tigre Aedes albopictus, également présent en Asie du Sud-Est. 

Ainsi, l’augmentation globale des températures et l’implantation d’espèces vectrices en milieu urbain représentent un risque important d’épidémies d’arboviroses. La région de l’Asie du Sud-Est est affligée depuis des décennies par des épidémies de dengue se produisant à intervalles réguliers, et représente une aire géographique dans laquelle une meilleure compréhension des maladies urbaines transmises par les moustiques est nécessaire, dans le but de développer des stratégies de lutte appropriées. 

Les principaux défis à relever pour orienter l’élaboration des stratégies d’atténuation sont (i) une compréhension plus complète de la distribution spatiale intra-urbaine du risque d’agent pathogène transmis par les moustiques, (ii)  l’amélioration de la surveillance entomologique actuellement inadéquate et (iii) l’amélioration des outils de surveillance aux niveaux local, national et régional. Ce projet propose une approche multi-niveaux pour comprendre le risque de dengue, de l’échelle intra-urbaine à l’échelle nationale et enfin à l’échelle régionale. Afin de comprendre le risque local, il est essentiel d’intégrer la mobilité humaine et l’adéquation entre habitats réels et habitats projetés des moustiques dans les scénarios de changement climatique à ces échelles géographiques.

Le projet calibrera ainsi un modèle intra-urbain basé sur des agents intégrant la mobilité et l’adéquation de l’habitat à Bangkok en utilisant de nouveaux indices de moustiques qui vont au-delà des indices traditionnels actuels qui restent inefficaces. Ce modèle sera ensuite extrapolé aux autres grandes villes d’Asie du Sud-Est et validé à l’aide d’informations locales sur la dengue et les densités de moustiques. A partir du niveau de la ville, nous passerons ensuite aux échelles nationale et régionale en utilisant des mesures plus agrégées de la mobilité humaine liées à l’incidence de la dengue provenant des systèmes de surveillance nationaux. Enfin, nous développerons une couche d’ interopérabilité pour connecter chaque plateforme de surveillance nationale au niveau d’un tableau de bord régional. La plateforme intégrera des éléments de modélisation utilisant différentes sources de données, en mettant l’accent sur la surveillance environnementale par satellite, afin de fournir la base d’un système d’alerte précoce. 

Cet ambitieux projet vise à générer un système de prédiction et de surveillance pouvant être mis en œuvre dans les villes du monde entier, permettant aux autorités de santé publique de répondre rapidement à l’émergence d’un agent pathogène transmis par les moustiques. Ce projet contribuera directement à plusieurs objectifs du programme PRFI EMERGENCE 2023 en accélérant l’acquisition de connaissances sur les maladies infectieuses émergentes, en partageant les connaissances entre les pays et les disciplines, et en nous permettant de définir des outils de surveillance standardisés. Il cible l’émergence chez l’homme en développant des méthodes et des outils de surveillance permettant de comprendre la dynamique à plusieurs échelles et de modéliser la survenue d’épidémies.

L’insuffisance respiratoire aiguë hypoxémique (IRA) est la cause principale d’admission en réanimation dans le monde. Au cours des dernières décennies, l'augmentation de l'incidence des IRA et de l'utilisation des lits de soins intensifs a été principalement liée aux infections respiratoires émergentes. Il est aujourd’hui urgent de développer des outils de médecine de précision permettant d’offrir à ces patients les interventions thérapeutiques les plus appropriées. Dans ce contexte, la caractérisation précise des endotypes d’IRA virales est une étape indispensable. Au cours des 2 à 5 prochaines années, on peut s'attendre aux scénarios suivants de situations exceptionnelles de santé publique :  i) l’émergence et la diffusion de pathogènes ayant un potentiel pandémique chez l’homme associé à une létalité (ou case fatality ratio) élevée; ii) l’émergence et la diffusion de pathogènes ayant un potentiel pandémique chez l’homme associé à une létalité plus basse; et/ou iii) des périodes inter-pandémiques, caractérisées par des épidémies de virus respiratoires saisonniers ou non (e.g., grippe saisonnière A/B, VRS, hMPV, PIV, SARS CoV-2).

Objectif principal: Le projet SURVI3 a pour objectif de caractériser  les déterminants biologiques de différentes formes d’infections virales respiratoires sévères, en identifiant des sous-groupes de patients de soins critiques à partir de caractéristiques communes, comprenant des variables cliniques et des biomarqueurs biologiques. Nous identifierons ainsi des endotypes définis à partir de variables cliniques, virologiques, immunologiques et/ou de marqueurs multi-omiques chez des patients adultes hospitalisés en réanimation, en recourant à des approches intégratives et translationnelles. Nous nous appuierons sur le groupe de recherche SEVARVIR, qui inclut un réseau national de 55 réanimations et laboratoires de microbiologie/virologie en France métropolitaine. L’ambition du projet est de structurer durablement une très grande étude multidisciplinaire et translationnelle, incluant des patients adultes atteints d’infection respiratoire sévère, en s’adossant à un réseau multicentrique déjà existant.

Nous avons mis en place un consortium de haute qualité et un fort partenariat interdisciplinaire au sein du projet SURVI3, qui rassemble 2 réseaux cliniques (la cohorte de réanimation SEVARVIR et une cohorte de patients moins sévères hospitalisés en médecine conventionnelle) et 9 groupes de recherche. La durée prévue du projet est de 36 mois et le nombre total de patients à inclure est de 1500 (1000 patients de réanimation et 500 patients de médecine conventionnelle). Le projet comprend les work-packages (WP) suivants: WP0: Coordination du projet (aspects éthiques et réglementaires, collection biologique et banking); WP1: Réseau de recherche SEVARVIR (caractérisation clinique des patients admis en réanimation ou médecine conventionnelle pour insuffisance respiratoire aiguë secondaire à une infection respiratoire virale sévère; WP2: Plateformes de multi-omique; WP3: Réponse immune à l’infection (immunité innée, anomalies innées de l’immunité, immunité adaptative); WP4: Caractérisation du pathogène (génétique virale et caractérisation fonctionnelle); WP5: Biostatistiques et machine learning (identification de sous-phénotypes, modélisation immunologique et de cinétique virale).

Résultats scientifiques attendus et impacts potentiels: Le projet SURVI3 aura pour ambition de caractériser de façon extensive les mécanismes sous-jacents aux sous-classes d’infections respiratoires sévères en réanimation en utilisant des approches intégratives et translationnelles. La méthodologie utilisée permettra d’identifier des endotypes et/ou des phénotypes dérivés de biomarqueurs clinico-biologiques chez des patients en état critique, associés à des pronostics différents, afin de dessiner des stratégies de médecine personnalisée. Le projet contribuera activement aux objectifs globaux du PEPR et à la stratégie nationale d’accélération en prenant en compte le besoin d’une recherche interdisciplinaire et multi-institutionnelle sur les maladies infectieuses émergentes et la préparation pandémique.

Le virus de la rougeole (MeV), le virus parainfluenza de type 3 (hPIV3) et le virus Nipah (NiV) sont des Paramyxovirinae, une sous-famille de virus constituant une menace pour la santé humaine. Ils peuvent causer diverses pathologies (bronchiolites, pneumonies, encéphalites) pouvant évoluer vers des formes graves et parfois mortelles. Ces virus pénètrent dans l’organisme par les voies respiratoires, le MeV étant considéré comme l’un des virus aéroportés les plus contagieux. Le NiV est un virus zoonotique émergent capable d’infecter de nombreux mammifères, hautement contagieux et associé à un taux de létalité extrêmement élevé (allant jusqu’à 75 %). En raison de ces caractéristiques, le NiV ne peut être manipulé qu’en laboratoire de biosécurité de niveau 4 et figure sur la liste de l’OMS des virus pour lesquels le développement de traitements et de vaccins est une priorité. Enfin, la grande susceptibilité de ces virus à subir des mutations augmente le risque d’émergence de nouveaux pathogènes pouvant causer des pandémies. Il n’y a pas de vaccin commercialisé contre les Paramyxovirinae, à l’exception de la rougeole, et les approches conventionnelles ciblant la polymérase virale ou l’étape d’entrée ont toutes échoué en phase clinique. Face au risque que représentent ces virus, il y a donc urgence à développer des thérapies innovantes pour limiter l’impact de ces virus et contenir une pandémie en cas d’émergence majeure. Une approche innovante pour inhiber la réplication des virus à ARN est de perturber le processus de séparation de phase liquide-liquide. Ce phénomène permet la concentration des protéines et des ARN viraux au sein d’organites sans membrane qui jouent le rôle d’usines virales (UVs). Des composés qui stabilisent les interactions protéine-protéine au sein des UVs et modifient ainsi leur nature liquide inhibent la réplication du virus respiratoire syncytial humain (hRSV) et du virus de la grippe A (IAV). Chez deux Paramyxovirinae, MeV et hPIV3, la formation des UVs nécessite l’interaction du domaine NTAIL de la nucléoprotéine virale (N) avec le domaine X (XD) de la phosphoprotéine (P). Étant donné le niveau de conservation de ces deux protéines, l’interaction NTAIL-XD est une cible thérapeutique d’intérêt pour interférer avec la formation des UVs des Paramyxovirinae dont NiV. Dans cette optique, le Partenaire A a déjà identifié deux composés qui inhibent l’interaction NTAIL-XD du NiV. En outre, les partenaires B, C, D, E et F ont identifié, parmi les métabolites et composés pharmacologiques modulateurs du métabolisme, deux molécules capables d’inhiber la réplication des Paramyxovirinae et d’interférer avec la formation des UVs. Fort de ces résultats, notre consortium a pour ambition de développer une stratégie antivirale innovante contre les Paramyxovirinae en combinant ces antiviraux qui ciblent l’hôte avec des composés optimisés dirigés contre l’interaction virale NTAIL-XD. Ainsi, les objectifs de ce projet sont 1) de développer des composés qui inhibent ou stabilisent l’interaction NTAIL-XD et interfèrent ainsi avec les UVs de NiV, hPIV3 et MeV, 2) de combiner ces composés ciblant le virus aux modulateurs métaboliques déjà étudiés par le consortium pour les tester dans des modèles in vitro et ex vivo d’infection par NiV, hPIV3 et MeV, 3) de tester les meilleures combinaisons de médicaments in vivo et de les formuler sous forme de poudre pour une administration pulmonaire et enfin, 4) de déterminer la meilleure stratégie pour assurer l’acceptabilité de ce traitement par la population. Pour atteindre ces objectifs, huit équipes ayant une expertise complémentaire en chimie, technologie pharmaceutique, biochimie, virologie, développement de médicaments et sciences sociales vont combiner leurs savoir-faire capitalisant sur des résultats antérieurs solides. Ce projet doit ainsi permettre l’élaboration d’une stratégie thérapeutique innovante contre les Paramyxovirinae afin de limiter leur impact sur la santé humaine. En outre, ce projet permettra d’établir un réseau collaboratif et transdisciplinaire spécialisé dans le développement de stratégies antivirales innovantes contre les virus aéroportés hautement pathogènes.

L’épidémie de COVID-19 apparue en décembre 2019 a été accompagnée chez près de 60% des malades d’un syndrome de perte d’odorat (anosmie). Si la plupart récupère en quelques semaines, ce n’est pas le cas de près de 10% des patients qui souffrent encore de troubles de l’odorat 6 mois après le début de la maladie. Comme des millions de gens sont contaminés par ce virus, les personnes souffrant d’anosmie à long terme se comptent par millions. La perte d’odorat a un impact très important sur leur qualité de vie puisque ce sens est notamment très important pour la détection de dangers et l’alimentation. Sa perte est très souvent associée à des pertes d’appétit et à des dépressions. En utilisant le modèle hamster qui présente également le symptôme de la perte d’odorat liée à la COVID-19, les évènements cellulaires aboutissant à la perte d’odorat liée à la COVID-19 ont pu être identifiés. L’olfaction est basée sur la détection des odeurs par des neurones olfactifs qui sont entourés par des cellules de soutien. Ce sont les cellules de soutien qui sont infectées par le virus de la COVID-19. Suite à cette infection, il y a très rapidement une invasion massive de cellules immunitaires ainsi qu’une desquamation de l’épithélium où résident les neurones olfactifs. L’épithélium est capable de se régénérer rapidement et dans le modèle hamster, il est restauré au bout de 21 jours ce qui est cohérent avec la récupération rapide observée chez la majorité des patients souffrant d’anosmie liée à la COVID-19. Cependant que se passe-t-il pour ceux qui ne récupèrent pas ? Les traitements actuels de l’anosmie à long terme liée à la COVID-19 consistent de manière empirique à utiliser des corticoïdes couplés à des séances d’entrainement de l’odorat mais leur efficacité reste à démontrer. Afin d’améliorer la prise en charge des patients souffrant d’anosmie à long terme il est important de disposer d’un modèle animal mimant ce symptôme.

Pour l’instant, toutes les études de récupération de l’odorat chez le hamster a été réalisée sur un petit nombre d’animaux ne permettant pas de mettre en évidence un phénomène d’anosmie à long terme. Dans ce projet, nous allons étudier une large cohorte de hamster et moduler l’action du système immunitaire dans le cadre d’infection par le SARS-CoV-2 afin de développer un modèle permettant d’envisager des traitements efficaces contre les anosmies à long terme.

La dengue, transmise par les moustiques Aedes, représente un défi sanitaire mondial majeur, avec un nombre sans précédent de plus de 6,5 millions de cas et plus de 7 300 décès liés à la dengue signalés en 2023. L'Afrique subsaharienne (ASS) est confrontée à de nombreux bouleversements, dont le changement climatique et l'urbanisation, qui favorisent l'émergence de la dengue. Sur 200 000 cas suspects de dengue (45 % confirmés, 900 décès, létalité ≈0,5 %) signalés dans plus de 30 pays de la région OMS Afrique entre 2013 et 2023, plus de 170 000 (750 décès) ont été enregistrés en 2023. Malgré la circulation croissante du virus de la dengue (DENV) en ASS, les données concernant la maladie y restent fragmentaires, limitant la compréhension de la charge de morbidité de la dengue. Les principales lacunes comprennent les capacités diagnostiques insuffisantes, une connaissance limitée de la maladie, des investigations entomologiques inadéquates et l'absence de systèmes de surveillance robustes. DENGAFRICA vise à combler certaines de ces lacunes et à améliorer notre compréhension de la dengue en tant que menace sanitaire mondiale en ASS, grâce à une approche de recherche intégrée, interdisciplinaire et multinationale. L'objectif est de décrypter le fardeau de la maladie humaine, les facteurs influençant la transmission de DENV par des vecteurs locaux et la diversité des souches de DENV grâce à la génomique.

DENGAFRICA aborde plusieurs questions de recherche liées à la maladie humaine, aux vecteurs et à la génomique virale. Chez les humains, l'objectif est de déterminer la prévalence de la dengue chez les patients atteints de maladie fébrile aiguë indifférenciée, d'évaluer les performances diagnostiques en soins primaires des tests rapides ainsi que des définitions de cas de l'OMS, d'évaluer le risque de dengue grave chez les personnes présentant des comorbidités, en particulier la drépanocytose, et d'explorer les perceptions, les croyances et les comportements concernant la dengue, la protection antivectorielle et les vaccins contre la dengue. Chez les moustiques, l'objectif est d'étudier l'utilité de la surveillance des stades immatures, la dynamique temporelle des vecteurs, la performance des technologies de surveillance, la compétence vectorielle et l'impact du paysage et du climat sur la distribution et la résistance des vecteurs. Concernant la génomique virale, l'objectif est d'identifier les sérotypes et génotypes circulants de DENV, leur dynamique d'introduction et de remplacement, ainsi que leurs associations potentielles avec les phénotypes cliniques.

DENGAFRICA est organisé en six groupes de travail :

1. Coordination, gouvernance et données du projet : assure l'exécution du projet, la collecte et l'intégration des données.
2. Épidémiologie clinique : se concentre sur le diagnostic de la dengue en soins primaires, l’établissement de cohortes de cas de dengue et l’étude des cas hospitalisés.
3. Entomologie : examine les données existantes concernant la transmission vectorielle, effectue une surveillance systématique des moustiques Aedes et évalue la compétence vectorielle.
4. Virologie et génomique virale : fournit des solutions diagnostiques de la dengue, réalise une évaluation externe de la qualité, isole les souches de DENV et réalise des études génomiques et phylogénétiques.
5. Sciences humaines et sociales : Étudie les perceptions et les croyances liées à la dengue, les comportements protecteurs et l’acceptabilité de la vaccination.
6. Formation, engagement, communication et diffusion : Forme les professionnels de santé, renforce les capacités par le transfert de technologie, mobilise les communautés et diffuse les résultats.

Résultats attendus : DENGAFRICA vise à produire des indicateurs clés sur la dengue en ASS, à améliorer la détection et la surveillance de la maladie, à renforcer la sensibilisation et la prise en charge clinique, et à fournir des données probantes pour des approches innovantes de surveillance des vecteurs et de prévision des risques. Le projet contribuera à l’innovation technologique, au renforcement des capacités et à la structuration d’un réseau de recherche en sciences arbovirales en ASS.