Comme ailleurs dans les grandes villes du sud Global, l’urbanisation rapide d’Antananarivo crée des environnements souvent très dégradés où humains, animaux domestiques, rongeurs et déchets coexistent dans une grande promiscuité. Les marchés urbains, essentiels à l’approvisionnement alimentaire d’une population en pleine croissance, concentrent ces interactions dans des contextes particulièrement insalubres et deviennent ainsi des zones à fort risque de circulation et d’échanges de pathogènes zoonotiques. À Isotry, un des grands marchés de la capitale malgache, nos premières investigations montrent une prolifération spectaculaire de rats, principalement Rattus norvegicus, ainsi qu’une circulation élevée d’agents zoonotiques, dont des leptospires pathogènes, des Orthohantavirus et des Rotavirus. Ces agents infectieux sont susceptibles d’induire de nombreuses pathologies humaines qui pourraient passer inaperçues faute de diagnostic adapté.
Le projet RASTA-TANA vise à documenter en détail et de manière intégrée la présence, la circulation et l’éventuelle transmission aux humains de quatre pathogènes zoonotiques majeurs à fort potentiel d’émergence – Orthohantavirus, leptospires pathogènes, Rotavirus et virus de l’hépatite E du rat (ratHEV) – au sein de ce grand marché urbain. Il s’appuie sur une approche One Health combinant de façon simultanée l’étude des populations de rongeurs, l’analyse de matrices environnementales variées (eaux stagnantes, surfaces de travail, poussières, atmosphère), la surveillance de l’exposition et des infections symptomatiques humaines chez les commerçants, usagers et patients fébriles, ainsi que l’exploration des représentations et usages qui influencent les risques d’exposition. Cette démarche interdisciplinaire mobilise les expertises du CBGP (IRD et INRAE) et de quatre unités des Instituts Pasteur de Madagascar et de Paris pour permettre un dialogue entre virologie, bactériologie, écologie urbaine, anthropologie et santé publique.
Le projet mettra en œuvre des méthodes récentes voire innovantes de détection et de caractérisation des agents pathogènes (qPCR spécifiques, sérologie, séquençage haut débit des génomes viraux, métagénomique virale et utilisation de panels syndromiques) associées à des technologies de métagénomique environnemental (ex. filtration d’air). Il permettra de documenter la co-circulation éventuelle des Orthohantavirus Seoul et Thailand dans des populations de R. norvegicus, de produire les premières données sur ratHEV et Rotavirus à Madagascar, ainsi que de mieux comprendre le rôle des interfaces rongeurs-environnement-humains dans les risques sanitaires infectieux. L’approche anthopologique contribuera à identifier les pratiques favorisant l’exposition, à comprendre les marges de manœuvre des acteurs du marché et à co-construire des recommandations réalistes, adaptées aux contraintes locales.
RASTA-TANA apportera des avancées scientifiques et opérationnelles majeures en introduisant des protocoles innovants de détection environnementale, en documentant des risques zoonotiques urbains négligés mais potentiellement majeurs tout en renforçant durablement les capacités de surveillance et diagnostiques de l’Institut Pasteur de Madagascar. Ainsi, le projet contribuera directement à décrire les risques d’exposition dans les marchés des grandes agglomérations de Madagascar, à mieux détecter la circulation d’agents pathogènes pouvant causer d’importants problèmes de santé publiques tout en générant des enseignements transposables à d’autres villes en forte croissance dans les pays du Sud.
Demandeur
DOBIGNY Gauthier / ANDRIAMANDIMBY Soa Fy
Type de financement
AAP Flash
