Projets et candidats lauréats

Les arbovirus sont à l'origine responsables de zoonoses qui opèrent dans un cycle sauvage impliquant des animaux et des vecteurs zoophiles. Les infections humaines se produisent par « spillovers » à partir de cycles enzootiques, et leur transmission des animaux aux humains se fait par la piqûre de vecteurs anthropo-zoophiles. Traditionnellement confinés aux régions tropicales, les arbovirus, tels que les virus West Nile (WNV) et Usutu (USUV), sont de plus en plus détectés dans les zones tempérées, y compris les pays du bassin méditerranéen. Au cours des dernières décennies, les régions du bassin méditerranéen, notamment le Maghreb, la région du Moyen-Orient et l'Europe du Sud ont été soumises à des incursions répétées de WNV et USUV transmis par les moustiques du genre Culex, en particulier, Culex pipiens et Culex perexiguus. Cependant, nous ne savons pas si les circulations de WNV et USUV dans ces régions du bassin méditerranéen pourrait résulter d'introductions répétées de nouveaux génotypes viraux par des oiseaux migrateurs et/ou de réservoirs viraux déjà établis localement. De plus, l'influence du réchauffement climatique sur la transmission de ces deux arbovirus est peu étudiée. Dans le cadre de ce projet, nous étudierons la dynamique de circulation de WNV et USUV transmis par Culex et cela, en suivant le virus dans les moustiques et les hôtes animaux. Les objectifs de ce projet sont : (i) Déterminer la dynamique de circulation saisonnière de Culex spp et identifier les espèces virales circulant dans ces vecteurs, (ii) Estimer et comparer la compétence vectorielle de Cx. pipiens et Cx. perexiguus pour le WNV, l'USUV, (iii) Étudier les infections virales transmises par Culex chez les oiseaux migrateurs et sauvages indigènes par détections d'ARN viral et sérologie, et (iv) Établir une cartographie des risques et une modélisation prédictive de la transmission des arbovirus dans le bassin méditerranéen dans un contexte de réchauffement climatique. La réalisation de ces objectifs fournira des données essentielles pour permettre aux autorités sanitaires de développer des stratégies de contrôle ciblées et d'améliorer les systèmes d'alerte précoce pour les épidémies d’arbovirus dans les pays concernés et dans le bassin méditerranéen.

Les formes prolongées de COVID-19 pourraient concerner de 10 à 20 % des patients, y compris des personnes ayant fait un épisode initial modéré. Troubles cognitifs, fatigue et dyspnée sont au premier plan, altérant la qualité de vie. Les symptômes les plus fréquemment identifiés pour la COVID-19 sont : la fatigue, les douleurs neurologiques (cognitifs, sensoriels, céphalées), les troubles cardio-thoraciques (douleurs et oppressions thoraciques, toux) et les troubles de l’odorat et du goût. Les conséquences de la COVID-19 sont donc multiples et les atteintes portent très souvent sur divers organes.

Certains hôpitaux proposent des programmes adaptés de réhabilitation post-Covid. Mais la demande est très forte et l’offre est encore insuffisante, parfois inaccessible sur le territoire AURA et inexistante au Cameroun. Notre projet SPACO+ ambitionne donc de proposer un parcours innovant qui, de part son caractère international, va permettre de produire des données comparatives.

L’objectif principal de la présente recherche est d’évaluer l’efficacité du parcours de soin intégrant une Intervention Multifactorielle Personnalisée (IMP) par l’évolution de la qualité de vie chez les participants ayant des symptômes persistants à la Covid-19 à travers l’évolution de leurs symptômes (partie épidémiologique).

Les objectifs secondaires de la recherche sont les suivants : 

1. Étudier les freins et les leviers à la participation et à l’adhésion au dispositif (partie sociologique) ;
2. Évaluer la satisfaction des patients et des professionnels.
3. Évaluer le ratio coût/utilité de ce parcours de soin global (partie médico-économique) ;
4. Suivre la mesure du goût par électrogustométrie (quantitative) et échelle EVA (qualitative) chez les patients atteints de Covid Long

Il s’agit d’une étude randomisée par minimisation qui se déroule sur une période de 36 mois. Après l’inclusion et avant l’évaluation, les participants vont être répartis dans deux groupes (intervention et contrôle) par procédure de randomisation par minimisation. L’évaluation va être dirigée par deux infirmières diplômées d’état qui vont évaluer les personnes âgées de 40 ans et plus avec des questionnaires validés. Les principales variables qui vont être évaluées sont : la fatigue, la dépression, le sommeil, la fragilité, etc. En fonction des résultats de l’évaluation, l’infirmière va orienter le groupe intervention qui bénéficiera d’une IMP. Les deux groupes test et contrôle (dont les patients seront orientés selon le standard of care) seront suivis pendant 6 mois.

Contexte et justification : La surveillance des arbovirus au Burkina Faso est confrontée à plusieurs difficultés. Le nombre d’arbovirus sous surveillance est très limité. En plus de la fièvre jaune et de la dengue, seulement deux autres arbovirus sont recherchés dans les échantillons de cas suspects d’infection aux arbovirus au Laboratoire national de référence des fièvres hémorragiques virales (LNR-FHV), les virus Chikungunya et Zika. On note aussi un nombre limité de laboratoire équipé pour le diagnostic biologique des Arbovirus. En effet il existe un seul laboratoire (LNR-FHV) qui assure la surveillance des arbovirus pour tout le pays. Une surveillance intégrée des arbovirus qui prend en compte les données climatiques, les informations sur les vecteurs, les animaux potentiels réservoirs et les humains permettrait d’identifier précocement le risque et d’anticiper sur les épidémies.

Objectif : L’objectif général de ce projet est d’évaluer et de surveiller le risque arboviral au Burkina Faso selon une approche de santé globale en intégrant des études chez les humains, les animaux domestiques (chevaux et volailles) et sauvages (oiseaux et chauves-souris) ainsi que les vecteurs (moustiques).

Méthodes : Il s’agira d’une étude transversale descriptive à recueil prospectif qui se déroulera sur 3 ans, de février 2023 à janvier 2026. L’étude s’effectuera en milieux urbains : Ouagadougou et Bobo-Dioulasso et semi-urbain : Banfora, Houndé, Ziniaré et Koudougou. Les collectes des échantillons de patients se feront dans les centres de santé et la collecte des échantillons des personnes saines se fera dans les domiciles aux alentours des lieux de collecte des échantillons des animaux domestiques. Le Burkina Faso comptant 2 saisons : une saison pluvieuse (juin à octobre) et une saison sèche (novembre à mai), les échantillons seront collectés pendant chaque saison pour voir la dynamique de la circulation des arbovirus en fonction des saisons.

Résultats attendus : Les résultats de notre travail auront sans doute un impact dans la surveillance des arbovirus au Burkina Faso et permettra ainsi d’anticiper sur la survenue de potentielles épidémies dues aux arbovirus. A la fin de notre étude, nous auront une information plus fine sur les arbovirus qui circule au Burkina Faso ainsi que leur impact sur la santé des populations. Nous aurons également un aperçu sur le niveau d’immunisation de la population par rapport aux arbovirus étudiés. Nous pourrons à l’issu de cette étude identifier les animaux impliqués comme réservoirs dans la circulation des arbovirus et proposer ainsi l’utilisation de ces animaux comme sentinelles dans la surveillance des arbovirus au Burkina Faso. Les résultats obtenus sur les moustiques nous permettront d’identifier les vecteurs impliquer dans la transmission des arbovirus au Burkina Faso et de proposer des orientations de lutte anti vectorielle. Une cartographie du risque arboviral sera élaborée et pourrait servir de repère aux autorités dans la lutte contre les arbovirus. Enfin, une note technique sera adressée au Ministère de la santé du Burkina Faso avec des propositions qui permettront d’améliorer la surveillance et la lutte contre les arbovirus au Burkina Faso.

Le dépistage du cancer anal se base depuis 2024 sur la recherche d’HPV16 sur frottis anal suivie, en cas de positivité, d’une cytologie anale et d’un examen proctologique. La recherche unique d’HPV-16 pour ce dépistage pourrait engendrer un sous-diagnostic chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) : 31% des lésions cancéreuses anales chez les PVVIH étaient dues à la présence d’un HPV à haut-risque oncogène (HPVHR) autre que HPV16 (versus 13% en population générale) dans une méta-analyse de référence. Certaines lésions anales de haut grade (HSIL) pouvant régresser spontanément, la connaissance de la durée et des facteurs associés à la persistance des HSIL en fonction du type d’HPV-HR apparait primordiale, notamment les niveaux de méthylation des marqueurs cellulaires.

L’objectif principal est de déterminer chez des FVVIH de plus de 30 ans si la régression des lésions HSIL HPV-HR non HPV16 est supérieure à celles avec HPV16.

Méthodologie : Étude de cohorte, multicentrique.

Critères d’inclusion

• FVVIH de plus de 30 ans
• Sous ARV depuis plus de 6 mois

Critères d’exclusion

• Absence de traitement ARV
• Esperance de vie estimée par l’investigateur comme engagée
• Patiente sous tutelle ou curatelle
• Présence d’une symptomatologie anale ou gynécologique
• Dernier test HPV-HR anal négatif datant de moins de 5 ans
• Dernier test HPV-HR anal positif datant de moins d’1 an

Procédures diagnostique : 

Adaptation des recommandations de la Société Nationale Française de Colo-proctologie et du groupe d’experts de prise en charge des PVVIH pour le dépistage des lésions pré-cancéreuses et cancéreuses au niveau anal par la réalisation et le rendu d’un test ADN HPV-HR comme 1er examen selon l’algorithme de la figure 3 du projet.

Deux prélèvements anaux et cervicaux (inclusion) : un frottis cervical et anal analysés localement; et un frottis cervical et anal pour une analyse centralisée uniquement si le test local positif (laboratoire de virologie, hôpital Bichat-Claude Bernard) : génotypage et rendu individualisé d’HPV-HR (Seegene AnyplexII HPV-HR), et niveau de méthylation des marqueurs cellulaires

Critères de jugement :Proportion de FVVIH présentant une régression des lésions anales HSIL liées à HPV16 ou à un/des autre(s) HPV-HR au cours du suivi. Le diagnostic d’HSIL et de LSIL est histologique sur des biopsies anales de lésions identifiées en AHR. Une régression se définit par une disparition ou une régression de grade de la lésion intra-épithéliale de haut à faible grade.

Critères de jugement secondaires :

• Prévalence des lésions anales HSIL HPV-HR ou HPV-16 à l’inclusion
• Prévalence et incidence des lésions HSIL ayant des critères de mauvais pronostics
• Taux de prévalence et taux de régression des lésions LSIL
• Prévalence et distribution des HPV-HR (dont HPV16) au col et à l’anus
• Taux de clairance des infections HPV-HR anales et cervicales, selon le type d’HPV-HR
• Prévalence des HSIL au niveau du col de l’utérus
• Concordance des génotypes d’HPV-HR détectés au niveau anal et du col utérin 
• Niveaux de méthylation des marqueurs cellulaires au niveau cervical et anal chez les porteuses d’HPV-HR en fonction de la sévérité de la lésion
• Niveau de méthylation et évolution des lésions anales ou cervicales
• Incidence des cancers anaux ou cervicaux
• Proportion de FVVIH adressées au proctologue dans le cadre de l’étude par rapport à la population totale des FVVIH incluses, ou celles ayant un antécédent de CIN2 ou de cancer-précancer vulvaire, ou ayant un HPV-16 anal

L’inclusion de 2000 FVVIH est nécessaire, pour un suivi de 65 FVVIH avec des lésions HSIL HPV-HR non HPV16 et de 81 FVVIH avec des HSIL HPV-16.

Période d’inclusion et participation par patiente : 1 an et 3 ans respectivement

Analyses finales : 24 semaines

Durée du projet : 4 ans

Attentes : l'étude apporterait potentiellement des modifications dans l’algorithme de dépistage du cancer anal, en la détection de l’ensemble des HPV-HR et non HPV-16 uniquement, et de positionner les marqueurs anaux de méthylation dans un algorithme de triage pour identifier une population tout particulièrement à risque de non-régression d’HSIL.

La tuberculose (TB) infantile reste sous-diagnostiquée au niveau mondial, avec moins de 50% de notification à l'OMS en 2022 parmi les 1,25 million de cas chez l'enfant. La faible détection, dûe en majorité à la faible sensibilité des tests microbiologiques, alimente la mortalité liée à la TB, qui survient presque exclusivement chez les enfants non diagnostiqués et non traités pour la TB. Des biomarqueurs basés sur l'expression de l'ARN de l'hôte (transcriptomiques) développés pour la TB de l’adulte, ont été testés chez les enfants, avec des résultats sous-optimaux qui ne leur permettent pas d'être utilisés seuls. Des algorithmes de décision de traitement (ADT) ont été mis au point pour faciliter le diagnostic de la TB chez les enfants vivant avec le VIH (EVHIV), chez ceux souffrant de malnutrition aiguë sévère (MAS) et dans la population pédiatrique générale. Les ADT ont été recommandés conditionnellement en 2022 par l'OMS qui a aussi suggéré l'utilisation de 2 ADT et a demandé leur validation externe. Les ADT existants sont sous-optimaux en termes de spécificité et pourraient être améliorés par l'ajout de biomarqueurs, maximisant ainsi spécificité, sensibilité et détection des cas. L'objectif de TARGET est de valider des biomarqueurs transcriptomiques existants et innovant pour le diagnostic de la TB chez les enfants, en évaluant leur validité diagnostique chez les EVVIH, les enfants avec une MAS et les enfants souffrant de pneumonie sévère dans les hôpitaux tertiaires, ainsi que chez les enfants évalués pour une TB à des niveaux inférieurs de soins de santé. Les biomarqueurs d'intérêt comprennent : i) la cartouche Cepheid MTB Host-Response, ii) la signature transcriptomique RISK-6, iii) une nouvelle signature transcriptomique à 6 gènes de la TB infantile développée par l'Imperial College London (ICL, Royaume-Uni), et iv) une signature transcriptomique multi-classes (TB versus autres maladies chez l'enfant). TARGET comprendra une évaluation rétrospective de la validité diagnostique des biomarqueurs sur des échantillons précédemment collectés dans le cadre de grandes études diagnostique de la TB pédiatrique, et une évaluation de la valeur ajoutée des biomarqueurs dans les ADT sur base de données individuelles de patients des mêmes études, qui sont i) les études TB-Speed HIV, SAM, Pneumonia et Decentralization, dirigées par l'Université de Bordeaux (UBx ; France), ii) RaPaed, dirigée par l'Université Ludwig Maximilian (LMU ; Allemagne), et iii) Umoya, dirigée par l'Université de Stellenbosch (SU ; Afrique du Sud). Nous sélectionnerons au hasard des échantillons de 610 enfants issus des études participantes (360 TB dont 110 confirmés et 250 non-TB). Nous testerons le sang total conservé en biothèque dans les laboratoires TB-Speed au Mozambique, en Ouganda et en Zambie, et les laboratoires LMU et SU par les tests Cepheid MTB-HR et RISK-6, dans le laboratoire d’ICL pour la signature TB 6 gènes ICL, et dans le laboratoire BioMérieux (Lyon, France) pour la signature multi-classe. Nous évaluerons la validité diagnostique des biomarqueurs et nous évaluerons leur valeur ajoutée dans les modèles de développement des ADT par des comparaisons d’AUROC et des tests de McNemar. Les résultats de l'étude seront examinés par le conseil scientifique. Les ADT optimisés seront développés une fois les biomarqueurs sélectionnés sur la base de leur valeur ajoutée, de leur rapport coût-efficacité et de leur potentiel de déploiement à des niveaux de soins de santé peu élevés. L'étude durera deux ans. TARGET innove en exploitant des collections d’échantillon et bases de données existantes d'enfants bien phénotypés provenant d'études antérieures afin d'évaluer les biomarqueurs dans des populations très vulnérables et d'intégrer les biomarqueurs dans les ADT. Par l’apport de données probantes sur la validité diagnostique de biomarqueurs de la TB basés sur l'hôte dans une population d'enfants bien caractérisée et diverse et en améliorant la précision diagnostique des ADT existants, cette étude contribuera à réduire le déficit de détection des cas de TB chez l'enfant, réduisant ainsi la mortalité infantile due à cette maladie dévastatrice.