Projets et candidats lauréats

Contexte. Des travaux récents montrent que les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) nées à l’étranger reçoivent moins fréquemment des traitements ARV « allégés » (incluant les bithérapies, orales et injectables, et les trithérapies administrées de manière intermittente – 5 ou 4 jours sur 7) que les PVVIH nées en France, malgré une situation immunologique et virologique comparable. L’hypothèse principale expliquant ces disparités dans les prescriptions est que les représentations sociales, pour les prescripteurs, diffèrent en fonction de l’origine des patients. Ces représentations pourraient intégrer des biais de racisme implicite. Néanmoins, de nombreux autres facteurs entrent en jeu dans les décisions de prescription et tous n’ont à ce jour pas été correctement évalués.

Objectifs. L’étude BABEL a pour but de : i) comparer les proportions de PVVIH recevant un traitement ARV « allégé » en fonction du pays de naissance (France vs. étranger), ii) déterminer les facteurs associés à la prescription d’un traitement ARV « allégé », incluant le pays de naissance, les conditions socio-économiques des patients, les paramètres immuno-virologiques, dont la résistance virale, et les caractéristiques du prescripteur, et iii) interroger, explorer et analyser les logiques psycho-sociales sous-tendant les pratiques de prescription auprès des médecins et auprès des patients. Nous avons choisi une approche interdisciplinaire combinant des méthodes quantitatives et qualitatives pour aborder ces questions complexes.

Méthodes. Cette étude s’articule autour de deux axes. L’axe 1 (volet quantitatif) est fondé sur un recueil de données cliniques et biologiques à partir des dossiers médicaux, sur un questionnaire administré aux participants, et sur la collecte de données succinctes portant sur les médecins prescripteurs des participants inclus ; il est prévu d’inclure 1500 PVVIH en succès thérapeutique (charge virale <50 copies/mL depuis au moins 12 mois) suivies dans 15 centres en France ; le questionnaire sera disponible en 5 langues ; l’analyse statistique permettra de comparer la proportion de traitements ARV « allégés » dans les deux groupes, et de déterminer les facteurs associés à la prescription de ces traitements. L’axe 2 (volet qualitatif) est fondé sur des entretiens non directifs et semi-directifs avec des médecins prescripteurs, qui exploreront les dynamiques socio-représentationnelles à l’œuvre dans les pratiques de décision du traitement ARV, et avec des PVVIH nées à l’étranger, qui exploreront les réticences potentielles au changement de traitement ; 40 entretiens sont prévus avec des médecins exerçant dans les centres associés à l’étude et ailleurs, pour élargir et diversifier l’échantillon, et 20 entretiens avec des patients ; ils seront retranscrits et analysés thématiquement.

Enjeux. L’étude BABEL fait suite à des premières publications ayant révélé des disparités de prescription du traitement ARV en fonction du pays de naissance des patients. Ce champ de recherche est très récent en France, et dans le domaine du VIH, nous sommes les seuls à nous y intéresser. L’étude est construite pour répondre à toutes les limites des rares travaux précédemment publiés sur ce thème, et novatrice par son approche double, quanti- et qualitative, indispensable pour comprendre en profondeur les déterminants de la prescription en consultation, et la manière dont l’origine des patients peut interférer avec les choix. La diffusion de cette recherche dans le milieu médical devrait permettre d’interroger et d’améliorer nos pratiques.

En France, l’allaitement maternel au sein est contre-indiqué en cas d’infection maternelle par le VIH en raison du risque de transmission postnatale, ceci malgré les bienfaits de l’allaitement.  Avec les  thérapeutiques désormais disponibles (Treatment as Prevention, Pre-Exposure Prophylaxis), cette contre-indication est rediscutée. En Suisse, l’allaitement maternel sécurisé est autorisé depuis 2018 (Wagner N. et al, 2020). Il est envisagé que les prochaines recommandations nationales françaises du groupe d’experts du VIH proposeront l’allaitement maternel au sein aux mères vivant avec le VIH sous certaines conditions. Toutefois, très peu de données sont disponibles à ce jour pour confirmer un risque nul. La plupart des publications sont issues de pays à ressources limitées, où l’allaitement est recommandée pour toutes les femmes vivant avec le VIH, y compris en l’absence de contrôle virologique optimal. Les experts, les praticiens et les associations de personnes vivant avec le VIH en France souhaitent que l’ouverture à l’allaitement s’accompagne d’une surveillance de la sécurité de cette pratique. Nous proposons de mettre en place un observatoire national avec un recueil exhaustif des cas d’allaitement maternel au sein. L’objectif principal sera d’évaluer la sécurité de l’allaitement maternel au sein par des mères allaitantes vivant avec le VIH en France. Le critère de jugement principal sera la survenue d’éventuelles infections par le VIH chez des enfants allaités au sein par des mères vivant avec le VIH, avec un recul de 3 mois après le sevrage complet. La population d’étude sera constituée des mères allaitantes vivant avec le VIH résidant en France Métropolitaine et dans les DROM-COM. L’observatoire proposera une déclaration simplifiée des cas d’allaitement maternel au sein par les professionnels de santé qui seront en contact avec des mères allaitantes vivant avec le VIH. Les comptes rendus de consultation et d’hospitalisation (CRH) de la mère allaitante vivant avec le VIH seront téléversés, par le professionnel de santé qui aura vérifié la non-opposition de la patiente, sur une plateforme sécurisée, certifiée Hébergement des Données de santé et respectant la conformité RGPD. Un technicien d’études cliniques (TEC) centralisé du Centre de méthodologie et de gestion de Bichat sera habilité et aura accès aux données téléversées. Ces informations seront ensuite transcrites dans un eCRF qui aura été créé par le TEC et qui permettra la constitution de la base de données de l’observatoire. Le TEC centralisé appelera par la suite les praticiens qui font le suivi clinique pour recueillir des données de suivi nécessaires à l’observatoire. Il n’y aura donc pas de déplacement physique du TEC vers les centres sur le territoire français entraînant donc un gain de temps, un gain financier et une réduction de l’empreinte carbonne pour l’étude. La déclaration des cas d’allaitement maternel au sein se fera sur 3 ans et la dernière patiente  sera suivie dans l’observatoire jusqu’à 9 mois après sa déclaration d’allaitement.

Tout en visant l’exhaustivité des cas d’allaitement maternel au sein, nous estimons un nombre annuel de l’ordre de 300 à 500 cas de mères allaitantes vivant avec le VIH. Des analyses descriptives seront faites sur les données de l’observatoire et les méthodes statistiques habituelles seront utilisées pour des comparaisons éventuelles entre sous-groupes.

Les résultats de cet observatoire pourront permettre l’optimisation des politiques de santé dans le domaine du VIH.

Les maladies infectieuses, notamment celles causées par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), continuent de poser d’importants défis de santé mondiaux, exigeant des approches innovantes en vue d’une guérison fonctionnelle. Bien que les traitements actuels suppriment la réplication virale, ils n’éliminent pas le virus, nécessitant ainsi un traitement à vie.

Notre recherche vise à explorer une voie peu explorée pour une éventuelle intervention thérapeutique dans l’infection par le VIH, en se concentrant sur la reconnaissance immédiate et l’élimination des lymphocytes T CD4+ infectés par le VIH avant l’intégration virale et la production de novo. Une telle approche promet un meilleur contrôle viral et une réduction de l’établissement du réservoir viral, reflétant le phénomène observé chez les rares « Contrôleurs du VIH ».

Ces individus uniques contrôlent naturellement la réplication du VIH sans médication, offrant ainsi des perspectives précieuses pour d’éventuelles guérisons fonctionnelles. Plusieurs équipes de recherche ont rapporté des observations similaires, mettant en évidence la reconnaissance et l’élimination des lymphocytes T CD4 infectés peu de temps après l’entrée du virus. Cependant, les facteurs moléculaires impliqués dans ce processus restent largement inconnus, à l’exception de l’implication des molécules HLA-I et du protéasome.

Pour combler cette lacune de connaissances, nous proposons une approche de criblage CRISPR-Cas9 sur les lymphocytes T CD4+ afin d’identifier les acteurs moléculaires critiques impliqués dans cette voie unique de présentation de l’antigène. En collaboration avec des experts en technologie CRISPR-Cas9, nous réaliserons des criblages à l’échelle du génome sur des lignées de lymphocytes T CD4 infectés par le VIH. Les gènes délétés enrichis au sein de la population de lymphocytes T CD4 survivants après coculture avec les lymphocytes T CD8 spécifiques du VIH représenteront des candidats prometteurs impliqués dans ce processus crucial de présentation de l’antigène.

Ce projet vise à dévoiler les mécanismes moléculaires régissant la présentation de l’antigène viral à partir des particules virales entrantes du VIH dans les lymphocytes T CD4, éclairant ainsi une voie potentielle pour de futures stratégies thérapeutiques visant à lutter contre l’infection par le VIH. Notre projet s’inscrit dans le cadre des efforts mondiaux visant à trouver un remède contre le VIH et offre une perspective novatrice sur l’interaction entre le système immunitaire et le VIH, pouvant conduire à des stratégies thérapeutiques innovantes en matière de lymphocytes T.

De nouvelles options sont nécessaires pour vacciner contre des agents infectieux tels que le VIH. L’ingénierie génomique au locus des gènes des immunoglobulines à l’aide des outils CRISPR Cas9 est une nouvelle approche permettant d’introduire de nouveaux paratopes dans le répertoire des cellules B humaines, notamment pour exprimer des anticorps neutralisants contre le VIH-1. En modifiant le répertoire des lymphocytes B naïfs capables de répondre à une stimulation antigénique pour se différencier en plasmablastes et lymphocytes mémoire spécifiques du VIH-1, cette approche pourrait permettre une vaccination contre le VIH-1. En utilisant des stratégies CRISPR Cas9 efficaces et récemment publiées ainsi que des nouveaux vecteurs lentiviraux pour la modification génétique des cellules B primaires humaines naives ou activées, nous proposons d’insérer des nouveaux HIV-1 bnAbs LN01 ou LN02 dans le locus du gène IgH variable des cellules B humaines. L’approche d’édition du génome sera optimisée en terme d’éfficacité, de spécificité et de maintien de la viabilité et de la fonction cellulaire. Les cellules reprogrammées seront testées in vivo dans dans des souris humanisées pour définir la persistence des cellules et les niveaux de production d’anticorps reprogrammés. Les souris seront également soumise à un stimulation antigénique avec un nouveau système couplant un anticorps anti-CD40 fusionné à des peptides HIV-1 portant des épitopes T.  Un challenge HIV-1 dans un modèle thérapeutique, permettra de définir si les cellules reprogrammées ont permettent de réduire la réplication du VIH-1. Le projet sera mené grâce à la collaboration entre une équipe spécialisée dans la thérapie génique translationnelle (accélérateur de recherche technologique) et une équipe spécialisée dans le développement de vaccins anti-VIH (institut de recherche sur les vaccins). Trois tâches seront conduites pour développer les constructions, optimiser la livraison des composants d’édition de gènes aux cellules B et tester la production d’anticorps des cellules B reprogrammées in vitro et in vivo. Les résultats de ce projet HIV-B-VAC pourraient avoir un impact important sur le développement de vaccins contre le VIH. Des résultats positifs seraient applicables à de nombreuses autres maladies pour lesquelles une thérapie par anticorpsa démontré son utilité.

La Caraïbe est la 2 ème région la plus touchée par le VIH après l’Afrique Subsaharienne. Les départements Français d’Amérique sont des territoires Français particulièrement touchés. Dans un contexte migratoire complexe et evolutif l’épidémie VIH est en fait composée de sous épidémies imparfaitement décrites. La compréhension de cette (ces) dynamique(s) est importante pour optimiser les actions de prévention. Outre les efforts de modélisation qui buttent sur les mouvements de populations, l’étude des séquences du gène de la polymérase ont été utilisées pour améliorer notre compréhension. Cette collaboration scientifique débutante -pour l’instant essentiellement épistolaire- ne fait que commencer. L’objectif est de réunir les chercheurs virologues et épidémiologistes pour recenser les sources de données, et proposer des hypothèses spécifiques à tester sur la dynamique de l’épidémie dans une région complexe. Pour commencer la dynamique de transmission (temps moyen entre infection et transmission) sera estimée pour différents sous groupes ce qui pourrait permettre de cibler des actions de prévention. En Guyane, il semblerait que la majorité des patients étrangers s’infecte en Guyane ce qui signifie que la prévention doit être optimisée. Des hypothèses spécifiques seront testées: les séquences des patients de Haiti seront analysées si elles sont similaires aux séquences Guyanaises décrites ceci confirmerait l’hypothèse, si elle sont similaires aux séquences de Haiti l’hypothèse serait réfutée.  Ce contrat d’initiation permettra déjà des livrables à partir des données déjà préparées et permettra de chercher à étendre les données épidémiologiques et les séquences disponibles grace à l’inclusion des autorités de santé publique de la Région.

La famille des Hepeviridae dont le virus prototype est le virus de l’hépatite E (HEV) comprend plusieurs espèces virales dont les spectres d’hôte ne sont pas encore bien définis. De par le nombre important d’espèces animales pouvant servir de réservoir à ce virus, le HEV est un virus à très haut potentiel zoonotique. L’émergence de cas d’hépatite aiguë ou chronique chez les humains suite à l’infection par le virus de l’hépatite E du rat est préoccupante et il est nécessaires d’acquérir de nouvelles connaissances sur le patho-territoire des virus HEV des rongeurs et d’évaluer leur potentiel zoonotique. Le projet ZORRO a pour objectif de caractériser et d’évaluer le potentiel zoonotique des virus de l’hépatite E (Rocahepevirus ratti) circulant en France chez les rongeurs dans des modèles de cellules humaines.

Objectifs
Ce projet vise à développer et valider une plateforme d’étude immunologique cutanée à partir d’explants de peau humaine, dans le contexte de l’infection par Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA), agent de la syphilis. Les cellules immunitaires cutanées seront identifiées et isolées par cytométrie en flux, puis caractérisées par séquençage d’ARN à l’échelle unicellulaire (scRNA-seq). Cette approche permettra d’identifier de façon exhaustive les sous-populations impliquées et de définir les programmes transcriptionnels activés, en particulier au sein des cellules dendritiques (DC), acteurs clés de l’initiation de la réponse adaptative. À terme, cette plateforme constituera un outil innovant pour décrypter les mécanismes d’activation locale et tester des candidats vaccinaux capables d’induire une immunité cellulaire protectrice, en alternative aux modèles animaux lourds tels que le lapin.

Situation du sujet et problématique

La syphilis demeure un enjeu majeur de santé publique mondiale, avec environ 6 millions de nouveaux cas par an et une recrudescence marquée dans les pays industrialisés, notamment chez les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes et les personnes vivant avec le VIH. Malgré l’efficacité de la pénicilline G, l’incidence reste élevée et la syphilis congénitale constitue une cause évitable de morbi-mortalité fœtale. Les lésions précoces sont caractérisées par un infiltrat riche en macrophages, lymphocytes T CD4+ Th1 et DC, associé à une production de cytokines pro-inflammatoires. Toutefois, cette réponse ne prévient ni la dissémination systémique ni les réinfections, suggérant une activation incomplète ou inadaptée de l’immunité. Les mécanismes d’échappement immunitaire de TPA, incluant la variation antigénique et l’induction de voies immunorégulatrices, sont encore mal compris. En particulier, le rôle des DC cutanées dans la capture antigénique, leur maturation et leur capacité à initier une réponse T mémoire protectrice restent insuffisamment caractérisés. Or, la peau abrite un réseau immunitaire spécialisé (cellules de Langerhans et DC dermiques) dont l’activation conditionne la qualité de la réponse adaptative. Nous faisons l’hypothèse qu’une activation inadéquate des DC par TPA conduit à une réponse mémoire inefficace, favorisant la persistance bactérienne et les réinfections. Le développement d’un modèle ex vivo humain constitue une opportunité unique pour analyser ces événements précoces dans un contexte physiologique pertinent.

Méthodes
Des explants de peau humaine issus d’abdominoplasties seront stimulés pendant 24 h par deux souches de TPA (Nichols et SS14), cultivées en micro-anaérobiose sur cellules épithéliales Sfe1Ep. Les contrôles incluront LPS, peptidoglycane et Poly(I:C). Les cellules immunitaires migrantes seront récupérées puis analysées par cytométrie en flux. Le profil cytokinique sera déterminé par ELISA multiplex. Pour caractériser l’hétérogénéité cellulaire, les cellules immunes cutanées CD45+ seront triées et analysées par scRNA-seq (technologie 10x Genomics). Les gènes d’intérêt seront validés par qRT-PCR et cytométrie. Enfin, pour déterminer si les DC activées par TPA induisent une réponse adaptative efficace ou dysfonctionnelle une validation fonctionnelle sera réalisée par culture lymphocytaire mixte. La prolifération, le phénotype d’activation et la production de cytokines seront évalués.

Ce projet établira une plateforme translationnelle innovante pour comprendre l’immunité cutanée anti-TPA et identifier des cibles pertinentes pour le développement vaccinal.

Echéancier des travaux : Durée du projet 1 an.

Résultats attendus :

• Détermination du profil d’activation des DC par TPA (cDC1, cDC2, pDC, Langherans) et comparaison avec les stimuli contrôles (LPS, PGN, Poly(I:C).
• Caractérisation fine de l’ensemble des sous populations cellulaires activées lors du contact avec TPA.
• Mise en évidence de l’expression des gènes impliqués lors de la reconnaissance de TPA.