Projets et candidats lauréats

Les infections par le virus de l’hépatite delta (HDV) représentent un problème de santé publique au niveau mondial. Une progression rapide de la maladie et l’absence de traitement efficace se traduisent par un risque augmenté de complications qui incluent la cirrhose, l’insuffisance hépatique, le carcinome hépatocellulaire (CHC) et la mort. L’interféron pégylé, le seul traitement sur le marché pour les patients chroniquement co-infectés par le HDV et le virus de l’hépatite B (HBV), peut contrôler la maladie mais n’a qu’un faible taux de succès à long terme. De nouveaux traitements sont en cours de développement. Le cycle viral du HDV est unique: en effet, les étapes d’entrée et de relargage de ce virus sont dépendantes du HBV. Ceci a été exploité pour développer de nouvelles stratégies thérapeutiques. L’inhibiteur d’entrée Myrcludex-B®, les inhibiteurs de la sécrétion de HBsAg REP2139® and REP2165® et l’inhibiteur de l’assemblage et de la sécrétion lonafarnib, qui sont en développement clinique précoce, interfèrent tous avec les fonctions des protéines d’enveloppe du HBV ou l’interaction entre HDAg et l’enveloppe du HBV. Une inhibition directe de la réplication du génome HDV n’a jamais été obtenue jusqu’à présent mais pourrait représenter une piste intéressante pour la guérison du HDV, seule ou en combinaison avec d’autres stratégies ayant pour but de supprimer la sécrétion de HBsAg et de HDV par les cellules infectées.

Ce projet est basé sur nos résultats récents impliquant le recrutement de facteurs de remodelage de la chromatine de l’hôte sur la ribonucléoprotéine (RNP) HDV dans la réplication du HDV. HDV est unique étant donné qu’il ne code pas pour une réplicase virale mais redirige l’ARN polymérase ADN-dépendante cellulaire (Pol II) pour prendre en charge une matrice ARN pour synthétiser l’ARN HDV génomique (ARN G). La synthèse d’ARN G par la Pol II dépend de l’acétylation du résidu K27 de la petite protéine delta (S-HDAg). Nous avons montré un mimétisme moléculaire entre une séquence spécifique dans S-HDAg et le motif SLiM (short linear motif) acétylé (AcSLiM) utilisé par les histones H3 et H4 pour interagir avec BAZ2B (Bromodomain Associated to Zinc Finger Protein 2B), la sous-unité régulatrice de facteurs de remodelage à bromodomaine (BRF). Cette interaction est essentielle pour le recrutement de la Pol II sur la RNP HDV et la réplication virale. Ainsi, la séquence « Ac-SLiM-like » dans S-HDAg permet au virus de détourner les co-facteurs de transcription de l’hôte nécessaires à sa propre réplication. La caractérisation des mécanismes moléculaires sous-jacent à cette nouvelle fonction de S-HDAg permettant de compenser l’absence de réplicase virale représente une découverte importante.

En plus d’une avancée majeure dans la compréhension du cycle viral du HDV, la caractérisation du recrutement de complexes BRF sur la RNP HDV et du rôle de l’intéraction S-HDAg- BAZ2B-BRD dans la réplication virale a permis d’identifier le rôle d’autres facteurs cellulaires que la Pol II et ses partenaires impliqués dans la machinerie basale de la transcription qui pourraient représenter des cibles thérapeutiques pour la guérison du HDV.

Ce projet a pour but

1. de mieux caractériser le mimétisme moléculaire entre S-HDAg et les histones ainsi que le rôle du complexe BRF dans le cycle viral du HDV
2. d’étudier le rôle potentiel de la séquence “acidic patch” que nous avons récemment identifiée comme domaine hautement conservé dans S-HDAg
3. d’explorer les implications de l’interaction entre la RNP HDV et les complexes BRF dans des cellules infectées par HDV pour la progression de la maladie hépatique et le développement du CHC.

Contexte : Le nombre d’Enfants et Adolescent(e)s en situation de rue (EASR) est estimé à environ 30 millions en Afrique. Au Burkina Faso, en 2016, il a été recensé un total de 9313 EASR. Cet effectif était de 1302 EASR (1066 garçons et 236 filles) pour la ville de Bobo-Dioulasso. Chez ces EASR,  plusieurs facteurs (promiscuité, faible accès aux services de santé, sexualité précoce, nombre élevé de partenaires sexuels, consommation de stupéfiants, etc.) augmentent leurs vulnérabilités aux problèmes de santé prioritaires (infection par le VIH, hépatites virales, Santé Sexuelle et Reproductive (SSR), etc.).

Malgré cette forte vulnérabilité, l’absence chez les EASR de données épidémiologiques sur ces problèmes de santé prioritaires, limite leur prise en compte par les programmes et les efforts nationaux de lutte contre ces pathologies. A ce jour, la conduite des études épidémiologiques dans ce groupe vulnérable est confrontée entre autres à deux défis majeurs. Ce sont : (i) la résolution des enjeux éthiques et juridiques relatifs au recueil du consentement éclairé chez ces EASR en situation de rupture de lien familial et social ; (ii) la définition d’un paquet d’interventions adaptées au contexte pour la prise en charge médicale et psychosociale des EASR qui sont dépistés/diagnostiqués.

Objectifs de la recherche : En complément des entretiens exploratoires déjà réalisés par notre équipe dans les deux principales villes du Burkina Faso, le présent contrat d’initiation permettra dans la ville de Bobo-Dioulasso de :

• Géolocaliser les sites fréquentés par les différentes catégories d’EASR et estimer la taille de leur population
• Identifier les besoins non couverts en santé chez les EASR âgés de 6 à 17 ans
• Définir avec l’ensemble des acteurs, un paquet d’interventions adaptées et ses modalités de mise en œuvre comprenant des activités de prévention, de dépistage et de prise en charge médicale et psychosociale du VIH, des hépatites virales, des infections sexuellement transmissibles (IST) et des autres problèmes de SSR chez les EASR âgés de 6 ans à 17 ans. Le paquet d’interventions pourra éventuellement varier selon l’âge de l’EASR.
• Identifier les indicateurs d’évaluation de ce paquet d’interventions lors de sa mise en œuvre future.
• Analyser les enjeux éthiques et juridiques pour la conduite d’une étude épidémiologique (prévalence et évaluation de l’efficience du paquet d’intervention) chez les EASR

Méthodes : Les activités du Contrat d’Initiation seront organisées en trois Work Packages (WP). L’enquête qualitative auprès des acteurs impliqués dans la prise en charge des EASR (WP1) et l’enquête quantitative de cartographie des sites potentiels d’intervention (WP2) seront menées en parallèle. A partir des résultats de ces enquêtes, un atelier final avec l’ensemble des acteurs dont les EASR (WP3) sera organisé pour construire le paquet d’interventions et ses modalités de mise en œuvre et d’évaluation (dont les aspects éthiques et réglementaires).

Ce projet est une collaboration entre différentes structures du Burkina Faso (Université Nazi Boni, Centre MURAZ, Institut des Sciences des Sociétés, l’Association « Collectif Femmes et Solidarité », la Direction Provinciale de la Femme de la Solidarité Nationale de la Famille et de l’action humanitaire) ; et de la France (IRD- CEPED : Centre Population & Développement (UMR 196, Université de Paris, IRD, Inserm ERL 1244), Fondation Mérieux, Lyon).

Résultats attendus : Le présent contrat d’initiation permettra de mettre à la disposition de l’ensemble des intervenants (gouvernementaux, associations/ONG) : (i) un paquet d’interventions adaptées pour la prévention, le dépistage/diagnostic et la prise en charge médicale et psychosociale des problèmes de santé (incluant l’infection par le VIH et les hépatites virales et les autres problèmes de SSR) des EASR ;  (ii) des solutions éthiques et juridiques pour la conduite ultérieure d’études épidémiologiques chez les EASR dans la ville de Bobo-Dioulasso. Ce paquet d’interventions défini dans ce projet sera mis en œuvre et évalué à la suite d’une réponse à un prochain appel d’offre (L’Initiative, Sidaction, ANRS etc.).

Le virus de l’Hépatite B (VHB) induit une infection chronique qui affecte plus de 250 millions de personne dans le monde et augmente le risque de développer des maladies hépatiques sévères tel que la cirrhose du foie et le carcinome hépatocellulaire, la deuxième cause de décès par cancer. Par conséquent, malgré l’existence d’un vaccin prophylactique, le VHB reste un problème de santé mondial et est classé comme deuxième agent cancérigène au monde, après le tabac.

Le VHB est un petit virus à ADN enveloppé, mais il pourrait être assimilé à un pararetrovirus, car il requiert une phase nucléaire avec un intermédiaire ARN pour sa réplication. Les virions infectieux contiennent un ADN détendu circulaire (rcDNA) partiellement double brin associé de manière covalente à la protéine de polymérase virale. Pour être transcriptionnellement actif, le rcDNA doit être converti en un épisome d’ADN circulaire fermé de manière covalente (ADNccc) dans le noyau des hépatocytes infectés. Les histones, la protéine Core du VHB (HBc) et l’ADNcc sont étroitement liés pour former une structure chromatinienne dynamique qui se transcrit aux différents niveaux d’activité biologique.

Les mécanismes conduisant au dépôt d’histones sur les rcDNA entrants et régulant le remaniement des histones au cours de la transcription de l’ADNccc sont encore inconnus. Nous avons démontré que le complexe de l’histone chaperon HIRA, connu pour déposer le variant d’histone H3.3 sur le site des lésions de l’ADN, sur l’ADN nu et sur les gènes actifs, est crucial pour l’établissement des molécules d’ADNccc après l’infection des hépatocytes par le VHB. De plus, le silencing de HIRA affecte gravement les taux d’ARN viral et la réplication du VHB, suggérant son implication dans la régulation de l’activité de l’ADNccc une fois que le pool d’ADNccc est déjà formé. La protéine Core du VHB (HBc) s’est avérée être associée à la fois à l’ADNccc et à HIRA et des expériences de co-immunoprécipitation indiquent une interaction possible entre les deux protéines.

 Ce projet de recherche , en continuité avec les résultats obtenus, vise à mieux étudier le rôle du complexe HIRA dans la deposition de l’histone H3.3 sur l’ADNccc et le rôle spécifique de la protéine Core dans ce phénomène. En particulier, pour

– caractériser les composants du complexe HIRA associés à l’ADNccc et à HBc ;

– caractériser les domaines des protéines HIRA et HBc nécessaires pour la deposition d’hisontes sur l’ADNccc ;

– investiguer la nature de l’interaction entre le complexe HIRA et HBc.

De nouvelles approches thérapeutiques sont nécessaires pour surmonter la persistance de l’ADNccc dans les cellules infectées, ou du moins pour contrôler son activité transcriptionnelle et réplicative car les antiviraux actuels pouvent inhiber la productivité des virions, mais ils n’affectent ni le réservoir d’ADNccc ni son activité. Les objectifs de cette proposition de bourse aideront à comprendre comment l’ADNccc est formé et régulé et pourraient potentiellement fournir une nouvelle stratégie thérapeutique spécifique au virus pour influer à la fois sur la formation et l’activité des minichromosomes du VHB. Dans l’impossibilité d’éliminer l’ADNccc dans les cellules infectées, la réduction de nouvelles infections en bloquant l’établissement de l’ADNccc et le contrôle de l’activité du pool déjà formé apporterait une hypothèse de travail pour atteindre le contrôle à long terme de l’hépatite B chronique.