Projets et candidats lauréats

Les traitements antirétroviraux actuels bloquent efficacement l’infection mais ne peuvent pas éliminer les cellules infectées. En conséquence, le traitement antirétroviral doit être conservé à vie. Cependant, l’étude ANRS EP47 VISCONTI a montré que certaines personnes étaient capables de maintenir une charge virale indétectable après interruption du traitement pendant de très longues périodes (contrôleurs post-traitement, PTC). Tous les PTC de l’étude VISCONTI ont en commun d’avoir initié le TARV très tôt au cours des premières semaines suivant l’infection. Contrairement aux contrôleurs naturels du VIH (qui n’ont jamais reçu de TARV pour contrôler l’infection), les PTC portent souvent des allèles HLA-B35 (53), qui sont généralement associés à une progression rapide de l’infection en l’absence de traitement. A travers des analyses rétrospectives des données disponibles dans la cohorte ANRS CO6 PRIMO et des PTC de VISCONTI, nous avons identifié un génotype du CMH [B35 (53) Bw4TTC2, comprenant au moins un allèle portant un ligand Bw4 et un ligand C2 des cellules NK] qui est fortement associé à une probabilité accrue de contrôler la virémie après une interruption du TARV précoce: (i) neuf sur neuf PTC B35(53) de VISCONTI portent ce génotype, qui se trouve chez <1/3 des individus HLA-B35 de la cohorte PRIMO ; (ii) parmi 8 sujets de la cohorte PRIMO portant ce génotype, traités pendant au moins un an depuis la PHI et qui avaient arrêté ensuite tout traitement, 4 avaient maintenu une charge virale plasmatique inférieure à 400 copies/mL 12 mois après l’arrêt (50 % de chance de PTC à 12 mois contre <7% dans d’autres études historiques). Ceci, combiné aux données fonctionnelles obtenues avec les cellules des PTCs de VISCONTI, soutien que l’HLA-B*35 favorise le contrôle du VIH post-traitement en association avec des ligands Bw4 et/ou C2 par le biais de cellules NK éduquées à travers de récepteurs KIR et qui possèdent des activités antivirales renforcées.

Nous proposons donc de confirmer cette association dans un essai pilote, de « preuve de concept », prospectif, multicentrique, non randomisé, avec un bras unique, dans lequel l’intervention sera un arrêt du traitement antirétroviral chez de participants de la cohorte ANRS PRIMO sous TARV efficace depuis la primo-infection et présélectionnés pour porter le génotype identifié.

Nous nous attendons à identifier 50 personnes éligibles dans la cohorte ANRS PRIMO sur la base de leur génotype HLA et répondant aux critères d’inclusion, et nous estimons que 20 accepteront de participer à l’essai.

Le taux de PTC (charge virale inférieure à 400 copies d’ARN/ml) sera évalué 6 mois après l’interruption du traitement. Nous explorerons des paramètres immunologiques et virologiques lors de l’inclusion dans l’essai, lors de l’interruption du traitement et à la fin de l’étude pour identifier des facteurs potentiellement associés à la rémission ou qui pourraient permettre d’anticiper le rebond viral. Nous proposerons également des enquêtes psychosociales aux candidats identifiés pour évaluer leur compréhension / perception / attentes par rapport à l’objectif et les avantages en termes de risque de l’étude, leurs motivations à participer ou non à l’essai et leur expérience / perception au cours de l’étude.

Les résultats de cet essai devraient avoir des implications importantes dans la recherche d’une rémission du VIH. Si elle était confirmée, l’association du génotype B35(53)Bw4TTC2 avec le contrôle après-traitement (i) fournirait des informations importantes sur le contexte et les mécanismes associés au contrôle, (ii) aurait des implications pour l’interprétation correcte des protocoles d’interruption du traitement en cours, et (iii) devraient guider des nouvelles stratégies visant à guérir le VIH.

Le COVID-19 est une urgence mondiale de santé publique. Dans des pays où les informations officielles sur la pandémie ne sont pas cohérentes, comme au Brésil, la compréhension du COVID-19 par le public peut être entravée. COVID-19 peut aussi avoir des effets néfastes sur d’autres problèmes de santé, tels que la santé sexuelle et mentale. Les restrictions d’offre de soins pendant la pandémie, ainsi que les restrictions de déplacements dues à la quarantaine, peuvent avoir des répercussions sur la prévention du VIH et des IST, en affectant l’accès aux moyens de prévention et en entraînant des changements dans les comportements sexuels. Chez les hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH) et les femmes transgenres (TGW), la quarantaine peut spécifiquement affecter leur santé mentale et accroître les risques de violence domestique liés à l’homophobie et transphobie. Nous cherchons à étudier les effets de la pandémie de COVID-19 sur la santé sexuelle et mentale des HSH et des TGW adultes et adolescents qui participent à deux cohortes de prophylaxie préexposition (PrEP) au Brésil, en mettant l’accent sur le VIH et les IST, à la fois pendant et après la période de quarantaine. L’étude utilise une méthode mixte et s’inscrit dans le cadre de deux études de cohorte en cours au Brésil: PrEP15-19 et Combina, qui proposent la PrEP et d’autres méthodes de prévention combinées aux adolescents et aux adultes, respectivement. Le suivi comprend des visites trimestrielles dans les établissements de santé pour des consultations médicales, du counseling et des tests de dépistage du VIH et des IST. Pendant la quarantaine, la plupart des consultations et des procédures ont été adaptées pour utiliser la vidéoconférence et les SMS, et la PrEP et les autotests (HIVST) sont envoyés aux participants par courrier. Tous les participants seront invités à répondre à un questionnaire en ligne. Les participants du T0 seront recrutés entre la cinquième et la sixième semaine de quarantaine dans chaque ville. Le suivi se fera via une mesure en deux temps : la prochaine visite du participant dans les cliniques des études et un an après le T0. L’infection par le VIH au T0 sera évaluée par un HIVST et les tests sanguins de confirmation seront effectués lors de suivi habituelles. La collecte des données à T0 portera sur les données socio-économiques, les mesures de quarantaine face au COVID-19, la santé sexuelle et la santé mentale. Après la quarantaine, l’utilisation des méthodes de prévention du VIH et des IST, l’utilisation de la PrEP, l’infection par le VIH et la survenue de symptômes de dépression seront évaluées, le ques-COVID-19 sera de nouveau appliqué. La taille de l’échantillon a été estimée sur la base d’une hypothèse de 6 % de changement de comportements sexuels après la quarantaine (rapports sexuels sans préservatif lors du dernier rapport ou rapports sexuels sans utilisation de la PPrE/PEP), d’une puissance de 80 % et d’un niveau de significativité de 95 %, soit un total de 426 participants. Une régression logistique multivariée sera utilisée pour estimer les corrélations entre les résultats et les variables prédictives, avec un pdds ratio. Le volet qualitatif étudiera les représentations sociales de la pandémie de COVID-19 chez les participants et la compréhension des mesures de protection, la gestion de la santé au travers du concept de Self-Care pendant et après la quarantaine, et les effets de la pandémie de COVID-19 sur les comportements de prévention du VIH. Conformément aux normes éthiques de recherche, une cinquantaine d’entretiens approfondis par appels vidéo ou réponse vocale interactive seront menés avec des adolescents et des adultes. Parmi les autres stratégies de collecte de données figurent des pratiques intégrées dans la vie sociale des participants, à savoir des récits enregistrés quotidiennement de type journal à l’aide de WhatsApp et des photographies qui représentent leurs vie quotidienne pendant la pandémie. COBra est une collaboration entre les équipes de coordination des cohortes PrEP15-19 et Combina basées dans des universités publiques du Brésil et le laboratoire GRePS, basé à l’Université Lumière Lyon2.

            Le Brésil est en amont de la pandémie COVID-2, avec un nombre croissant d’hospitalisation de patients infectés depuis début mars à Rio. Le taux de contamination et de transmission du virus en particulier aux professionnels de santé en milieu hospitalier est en expansion constante, et est estimé augmenter dans les prochaines semaines/mois. L’accompagnement de ces professionnels de santé (infirmières, médecins, spécialiste ..) avant et après l’exposition au COVID-2 est nécessaire pour permettre d’assurer leur protection à terme. Le projet proposé devrait permettre de préciser avec des critères scientifiques objectifs et larges les paramètres immunologiques, métaboliques, biologiques et viraux de tolérance versus de susceptibilité associés au caractère asymptomatique, modéré ou sévère de la symptomatologie COVID-19.

            Le projet de collaboration France-Brésil proposé entre des partenaires académiques français (A) et brésilien ( B), offre l’opportunité unique de préciser de manière longitudinale et rétrospective, et à un plus haut des connaissances scientifiques les paramètres multiples des réponses immunitaires muqueuses et systémiques , les profils métabolique et inflammatoire ainsi que la biologie du COVID-2 au long du suivi clinique hospitalier de sujets exposés et à risque incluant une cohorte de professionnels de santé des hôpitaux de Rio de Janeiro, inclus dans cette étude. Ce projet patho-physiologique, original et multidisciplinaire, offre l’opportunité unique d’identifier et caractériser de manière rétrospective, grâce au suivi clinique hospitalier longitudinal des sujets inclus, des profils et des paramètres de tolérance ou de susceptibilité permettant d’identifer des sous groupes, en relation avec le développement ou non des différents stades de la maladie COVID-19. L’étude proposée devrait permettre d’atteindre cet objectif en 18 mois et offrirait une base fondamentale et appliquée transversale en situation pandémique de la prédiction de l’évolution de la pandémie.

            L’objectif principal du projet est d’établir une corrélation entre le profil complexe, immuno-metabolique et inflammatoire dans les muqueuses et le sang capable d’identifier, avant et dès le stade précoce d’infection COVID-2 , le phénotype ‘tolérant’ et protégé des sujets et ses conséquence dans le développement des symptômes de la maladie, COVID-19, sur la bases de 5 groupes de malades : asymptomatiques, ou à des stades mineurs, sévères ou très sévères de COVID-19.

            Les objectifs spécifiques visent à :

1- Déterminer les réponses immunes muqueuses et systémiques (phénotypage des sous populations de cellules B, plasmablastes, plasmocytes IgA, IgM, IgG), de cellules T (régulatrices,, effectrices Th17/Th1/Tfh) et de cellules innées (NK, monocytes, polynucléaires) ; ii) le profil métabolique et inflammatoire, induits en réponse à l’infection par le COVID-2

2- Etablir la corrélation entre le profil tolérant des malades et les conséquences cliniques de l’évolution de la maladie COVID-19 sur la base de 5 groupes de graduation de la symptomatologie et sévérité depuis le stade asymptomatique protection/tolérance jusqu’au stade de susceptibilité/ hyper-immunité).

3- Etablir la corrélation entre les profil métabolique et inflammatoire
des sujets et les conséquences cliniques, pour déterminer si et en quoi ces paramètres contribuent au COVID-19

4- Evaluer si les communautés bactériennes des microbiotes naso- et oro-pharyngés contribue aux conséquences cliniques de COVID-19.

Ce projet bénéficiera de l’expertise unique, pluridisciplinaire et complémentaire des deux partenaires France-Brésil, des moyens humains et de l’infrastructure de recherche et des équipement et plateformes du Partenaire B et de ses interactions avec les services hospitalier de Rio associés à l’étude.

Le virus de l’hépatite C (VHC) est un agent pathogène humain important qui infecte le foie et conduit à l’établissement d’une infection chronique dans la majorité des cas, pouvant conduire à plus long terme à une fibrose, une cirrhose et un carcinome hépatocellulaire. Malgré les progrès récents dans le traitement du VHC, le risque de complications induites par ce virus est réduit, mais pas complètement éliminé chez les patients qui ont résolu leur infection. Les mécanismes moléculaires et cellulaires à l’origine des troubles physiopathologiques ne sont pas encore bien compris. Au niveau cellulaire, l’infection par le VHC induit des altérations métaboliques qui ont été associées à un dysfonctionnement des peroxysomes. Dans le cadre d’un projet récent visant à identifier de nouveaux facteurs cellulaires impliqués dans la réplication du VHC, nous avons identifié ACBD5 comme étant une protéine localisée à proximité des complexes de réplication viraux. ACBD5 est une protéine membranaire du peroxysome impliquée dans la formation des sites de contact membranaire entre peroxysomes et réticulum endoplasmique (RE), où elle interagit avec VAP-A/B, deux protéines de la membrane du RE qui sont essentielles à la réplication du VHC. Des expériences de microscopie confocale ont confirmé le recrutement de peroxysomes à proximité des complexes de réplication du VHC et ont également révélé des altérations de la morphologie des peroxysomes. Dans ce projet, nous proposons d’étudier l’interaction entre le VHC et les peroxysomes en caractérisant l’impact de l’infection par le VHC sur la morphologie et la fonction des peroxysomes. La fonction des peroxysomes dans la réplication du VHC sera évaluée à l’aide de la technologie CRISPR/Cas9. D’autre part, l’impact de l’infection par le VHC sur la morphologie, la biogenèse et la dégradation des peroxysomes sera analysé par microscopie confocale à haute résolution et par microscopie électronique. Enfin, nous déterminerons l’impact de la réplication du VHC sur la fonction des peroxysomes, en mettant l’accent sur le stress oxydatif. Nous attendons que ce projet révèle des mécanismes moléculaires et cellulaires induits par le virus pour modifier le métabolisme cellulaire et plus particulièrement les fonctions des peroxysomes, dont on sait qu’elles sont affectées dans les hépatocytes des patients infectés de façon chronique.

Le virus de l’hépatite E (VHE) est la première cause d’hépatite virale aiguë dans le monde. Les manifestations cliniques sont polymorphes, allant de l’hépatite bénigne commune (voire asymptomatique dans 70% des cas) à des atteintes hépatiques aiguës sévères, chroniques, ou des formes accompagnées de signes extra hépatiques avec manifestations rénales et/ou neurologiques. Si des facteurs d’hôtes sont à l’origine de ce polymorphisme (âge, statut immunitaire, comorbidités hépatiques), de récentes données suggèrent que des facteurs viraux pourraient également intervenir.

Le VHE présente une importante variabilité génétique que nous souhaitons explorer à la fois sur le volet clinique et sur le plan environnemental.

Sur le plan clinique, peu de données sont disponibles concernant les caractéristiques génétiques des souches virales associées aux différents tableaux cliniques de la maladie. Dans ce contexte, notre objectif est de documenter la variabilité génétique du VHE et d’explorer ses retentissements clinico biologiques par l’analyse en séquençage haut débit des souches virales isolées de patients infectés. Ce travail permettra de mettre en évidence des signatures moléculaires associées aux formes cliniques les plus préoccupantes, qui pourront ensuite être caractérisées en étudiant leurs conséquences sur l’antigénicité des protéines virales correspondantes. Une meilleure connaissance de la variabilité génétique du VHE permettra à terme d’assurer un meilleur diagnostic et une prise en charge adaptée de ces infections, encore trop sous-estimées.

Avec une séroprévalence mondiale de 25 %, les sources à l’origine de la contamination de l’Homme sont très variables. La France est particulièrement impactée, avec des régions où la séroprévalence est supérieure à 40 % (Sud Est, région Grand Est). Comme dans les autres pays industrialisés, le mode de transmission classiquement décrit est la voie zoonotique avec une transmission documentée par la consommation de viande peu cuite issue d’animaux réservoirs tels que les porcins ou les gibiers. La présence du VHE dans les eaux usées suggère néanmoins qu’une contamination par la voie hydrique est également possible, comme ce qui est observé dans les pays en voie de développement. En France, la variabilité des souches virales isolées des réservoirs hydriques suppose d’ailleurs des sources de contamination très hétérogènes. Dans ce contexte, notre objectif sur le plan environnemental est d’étudier la variabilité génétique des souches virales isolées des principaux réservoirs (eaux usées de station d’épuration, eaux usées d’abattoirs, gibiers, élevages) par l’application de ces mêmes techniques moléculaires (séquençage haut débit). Par comparaison avec les caractéristiques génétiques des souches retrouvées chez les patients infectés, il sera alors possible d’émettre des hypothèses sur les voies de contamination. Cette approche permettra de mieux documenter la circulation du VHE entre Homme et environnement, en particulier concernant la voie hydrique encore peu explorée dans les pays industrialisés.

La latence provirale liée à la répression du LTR5′ est considérée comme un état viral silencieux. Or, il est maintenant démontré qu’en plus d’une transcription sens, le VIH-1 possède une transcription antisens et que in vitro, ces transcrits antisens répriment le LTR5′ et freinent sa réactivation. De plus, des données suggèrent que ces transcrits agissent comme des lncRNAs. Notre hypothèse est que les transcrits antisens du VIH-1 pourraient ainsi contribuer à l’établissement et/ou au maintien de la latence chez les personnes vivant avec le VIH-1 (PVVIH) mais également agir sur le lymphocyte T infecté. Dans ce cadre, notre objectif global est de caractériser l’expression in vivo et l’impact des transcrits antisens selon les objectifs spécifiques suivants:

Objectif 1: Quantification des transcrits antisens totaux chez les PVVIH Nous avons déjà valider les RT-PCR spécifiques des transcrits antisens totaux ou du transcrit sens Gag/Pol. Nous déterminerons les niveaux relatifs (RTqPCR) et nombre de copies (PCR digitale) de ces transcrits dans 2 séries de 30 PVVIH présentant une réplication virale active (encore non traités) ou une infection latente (thérapie antirétrivirale). Les valeurs seront normalisées sur le nombre de copies d’ADN total VIH ou d’ADN viral intégré. L’INSERM est promoteur de cette partie pour laquelle le Pr JP Viard (Hôtel-Dieu) est investigateur et cette étude fait l’objet d’une demande auprès du CPP qui sera soumise fin Septembre.

Objectif 2: Caractérisation des différents transcrits antisens. Nous réaliserons un séquençage pleine longueur par la technologie MinION (Oxford Nanopore Technologies), permettant d’obtenir des séquences complètes de transcrits. Pour maximiser la détection des transcrits antisens et minimiser la contamination par les transcrits sens, nous réaliserons le séquençage sur deux lignées latentes, J1.1 et ACH-2, pour lesquelles nous avons détecté une expression des transcrits antisens associée une  faible production des transcrits sens. En outre, ceci sera couplé à une étape de capture par oligonucléotides, soit des transcrits antisens totaux soit des transcrits sens totaux. Lors de l’analyse bioinformatique, les séquences retrouvées dans la capture sens seront éliminées des séquences antisens. Ceci sera réalisé en collaboration avec la plate-forme IBEN de l’ENS. Nous chercherons ensuite à détecter individuellement les transcrits antisens chez les PVVIH.

Objectif 3: Caractérisation des cibles cellulaires des transcrits antisens. Cette étude sera réalisée avec un transcrit antisens bien étudié, ASP-L, capable d’induire la répression épigénétique du LTR5’. Nous allons cloner un cDNA codant une forme non traduisible d’ASP-L dans un vecteur de transduction rétroviral ne contenant donc aucune autre séquence VIH-1 et portant un promoteur inductible permettant de contrôler le niveau de production. Le même vecteur contenant un cDNA neutre sera utilisé comme contrôle. Les transductions seront réalisées dans des lymphocytes T Jurkat et des analyses par RNAseq  (PF génom’IC de l’Institut Cochin) et protéomique (PF 3P5 de l’Institut Cochin) seront réalisées après sélection  (puro). Pour l’approche protéomique, nous utiliserons la méthode Label Free et analyserons en parallèle les extraits protéiques totaux et la fraction des protéines de surface (marquage par une biotine non-perméante+purification par billes streptavidine).Nous validerons ensuite les cibles identifiées par RTqPCR, western blot et cytometrie.

Ce projet implique deux équipes: Equipe 1 (C. Pique), avec une expertise dans l’étude des transcriptions sens et antisens des rétrovirus et qui comprend des virologues/cliniciens spécialistes du VIH et l’Equipe 2 (S. Gallois-Montbrun), experte dans la caractérisation des transcrits du VIH-1 par l’approche Nanopore. Dans l’équipe 1, deux personnes seront impliquées à 100%, une TCE INSERM statutaire et un IE bénéficiant d’un CDD Sidaction jusqu’en Mars 2023 dont le renouvellement sera demandé en 2022. De plus, nous travaillerons avec des plates-formes et bénéficierons de l’expertise du groupe de Véronique Avettand-Fénöèl dans l’analyse de la transcription du VIH chez les PVVIH.

Des efforts supplémentaires sont nécessaires afin de réduire davantage le nombre d’infections par le VIH, en particulier chez les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH) en Afrique de l’Ouest. La prophylaxie pré-exposition (PrEP) – l’utilisation de médicaments antirétroviraux pour la prévention de l’infection par le VIH – est une nouvelle intervention biomédicale qui pourrait être particulièrement efficace pour les HSH en Afrique de l’Ouest pour réduire leur risque d’infection par le VIH. Cependant, elle devra être bien intégrée dans une approche de prévention combinée pour assurer le meilleur impact possible.

Un projet de démonstration de la PrEP (CohMSM-PrEP) vient de démarrer dans quatre pays d’Afrique de l’Ouest : la Côte d’Ivoire, le Togo, le Mali et le Burkina Faso. Une cohorte de 500 HSH au total sera suivie. La PrEP est fournie dans le cadre d’un paquet global de prévention. Les participants choisissent entre la PrEP quotidienne et la PrEP à la demande. L’étude vise à évaluer l’acceptabilité et la faisabilité de la PrEP chez les HSH d’Afrique de l’Ouest. Cependant, il est important de comprendre comment les participants interagissent avec la PrEP et d’apprendre davantage sur la façon dont l’intervention est mise en œuvre, ainsi que sur les facteurs contextuels qui peuvent influencer indirectement les résultats de l’étude, ce qui nécessite le recours à des méthodes qualitatives.

Avec cette étude qualitative, nous visons à acquérir des connaissances approfondies sur les facteurs qui peuvent influencer l’adoption, la fourniture et l’utilisation optimale de la PrEP dans un contexte plus large de prévention du VIH et de santé sexuelle. Une équipe internationale de chercheurs organisera au moins 12 groupes de discussion chez les HSH qui ne prennent pas la PrEP pour comprendre comment la PrEP est perçue en lien avec les normes socioculturelles et comment cela peut faciliter ou entraver l’adoption de la PrEP. Ils réaliseront également 15 entretiens semi-structurées avec les prestataires de soins et les pairs éducateurs pour identifier quels obstacles et quels facilitateurs peuvent affecter la prestation de services PrEP dans leur environnement de soins de santé et plus largement dans leur contexte socioculturel. Enfin, un minimum de 64 entretiens semi-structurés avec des participants de l’étude CohMSM-PrEP sera effectué pour mieux comprendre la relation dynamique entre l’utilisation de la PrEP et les comportements sexuels à risque, notamment l’utilisation du préservatif, et explorer les obstacles à l’utilisation optimale de la PrEP.

Cette étude qualitative complètera les méthodes de recherche quantitatives utilisées dans CohMSM-PrEP et facilitera la triangulation des données afin d’améliorer la validité des résultats. L’étude sera également importante pour guider la mise en œuvre future de la PrEP en Afrique de l’Ouest dans le cadre d’une approche de prévention du VIH combinée.