Projets et candidats lauréats

Les Alphavirus possèdent un génome à ARN simple brin positif codant pour des protéines structurelles et non structurelles (nsP 1-4). Parmi ces nsP, la nsP3 joue un rôle essentiel dans la détermination du tropisme des insectes vecteurs, de la neurovirulence, de la spécificité de l’interaction protéine virale/protéine de l’hôte et de l’évasion immunitaire (1)(2). Il contient trois domaines fonctionnels, dont le domaine Macro (XD) (3). Ce domaine macro peut se lier au mono-ADP-ribose (MAR) ainsi qu’au poly-ADP-ribose (PAR) sous leur forme libre ou conjuguée à une protéine ou à des substrats d’ARN (4). Les macro-domaines ont également des activités hydrolases telles que l’ADP-ribose 1″ phosphatase, mais aussi des activités de dé-MARylation et de dé-PARylation (5)(6). L’ADP-ribosylation est une modification post-traductionnelle cruciale impliquée dans le processus d’inflammation et la régulation de l’immunité innée. L’ADP-ribosylation contribue à l’établissement d’une réponse antivirale en induisant les interférons de type I (IFN) et en inhibant la traduction et la réplication virale (7)(8). Des études de mutagenèse sur les Macro-domaines viraux ont montré que les activités de dé-MARylation et de dé-PARylation hébergées par ce domaine pourraient bloquer l’ADP-ribosylation dans les cellules hôtes, favorisant ainsi l’évasion virale (2)(9).

L’objectif du projet est de concevoir et de tester des ligands ainsi que des inhibiteurs spécifiques des domaines Macro, de déterminer leur mécanisme d’action (liaison et/ou hydrolyse de l’ADP-ribose) par une caractérisation fonctionnelle et biochimique des domaines Macro des virus du Chikungunya et de l’encéphalite équine vénézuélienne, et de tester les molécules candidates dans les cellules infectées par le virus. Le développement de ce projet s’appuiera sur les objectifs suivants :

(i) Mener une étude de mutagenèse ciblant les résidus divergents entre les membres des Alphavirus, afin de mettre en évidence les différences dans leur fonction catalytique en termes de liaison au ligand et d’hydrolyse du substrat.

(ii) Évaluer l’effet de ces mutations sur la susceptibilité à l’IFN de type I et l’activation des ISG in cellula.

(iii) Sur la base des données structurelles disponibles, tester un ensemble d’inhibiteurs candidats sur des domaines Macro recombinants.

(iv) Valider les candidats actifs dans des expériences d’infection sur cellules.

Enfin, cette étude contribuera à la compréhension et à la caractérisation fonctionnelle des activités virales impliquées dans l’arrêt des réponses immunitaires innées de l’hôte, une condition préalable au développement de médicaments antiviraux spécifiques aux Alphavirus.

Le virus de l’encéphalite japonaise est un flavivirus émergent transmis par les moustiques et endémique dans 24 pays de la région Asie-Pacifique. Les limites des capacités de diagnostic existantes constituent une menace majeure pour la mise en œuvre des programmes de vaccination et les perspectives de développement de nouvelles thérapies. La méthode de diagnostic standard recommandée, la détection des IgM anti-JEV par ELISA, est peu spécifique, nécessite des infrastructures de laboratoire et il n’existe qu’un seul fabricant commercial. Notre objectif est de développer un nouveau test Luminex pour détecter les IgM anti-JEV avec une spécificité améliorée par rapport au test existant, qui pourrait être déployé dans les laboratoires de référence en Asie. Nous vérifierons également les biomarqueurs diagnostiques des protéines de l’hôte de l’encéphalite japonaise, ce qui ouvrira la voie à des travaux futurs visant à mettre au point un test de diagnostic rapide utilisable dans les zones reculées dépourvues de capacités de diagnostic. Cette recherche offrira une excellente formation doctorale à un chercheur cambodgien dans le domaine des diagnostics standard, complexes et nouveaux.

Les activités de recherche du projet LEISHNEW sont regroupées dans deux grandes parties :

1. Etude de voies de production de particules d’AmB/PLGA (particules pour dépôt intralésionnel), évaluation technico-économique et analyse du cycle de vie.

2. Caractérisation des propriétés biologiques de ces particules et évaluation de leur efficacité dans le traitement intralésionnel de la CL localisée, après administration à dose unique.

Une allocation de recherche est ici demandée à l’ANRS (contrat postdoctoral). Le (la) postdoctorant(e) aura la charge de l’étude comparative des procédés de production des particules AmB/PLGA. Il/elle aura aussi la charge d’une démarche d’analyse de cycle de vie qui sera effectuée concernant la comparaison des trois procédés et du bilan carbone du projet. Il(elle) sera accompagné(e) par les équipes franco-brésiliennes du projet.