Projet EMERGEN

Objectifs prioritaires

• Décrire et suivre la circulation des variants de SARS-CoV-2 déjà connus jusqu’à la maille territoriale la plus fine possible, mais aussi détecter, identifier et ensuite suivre dans les meilleurs délais la circulation de nouveaux variants d’intérêt (c’est-à-dire ceux ayant des conséquences fonctionnelles, en termes de transmissibilité ou de pathogénicité par exemple). Une liste de cibles prioritaires permet d’explorer différentes populations (en ville, en établissements médico-sociaux, en établissements de santé) et d’obtenir le matériel biologique et les métadonnées nécessaires aux activités de séquençage et de leur interprétation.
• Promouvoir et financer des projets de recherche au sein du consortium, en lien avec le séquençage de nouveaux variants du SARS-CoV-2, notamment autour de plusieurs volets : un volet expérimental et modèles animaux, un volet cohortes, un volet modélisation et un volet environnemental (eaux usées).

Les fondements du dispositif EMERGEN

1. Une stratégie de sélection et de collecte des échantillons :

• Des enquêtes Flash représentatives menées sur le territoire national (incluant les territoires d’Outre-mer) : en ville (prélèvements issus des laboratoires de biologie spécialisés ; du Réseau Sentinelles ; de certains dépistages réalisés en milieu scolaire ou universitaire ; aux frontières, ports et aéroports), en établissement social ou médico-social (EHPAD) ou à l’hôpital (cas graves, soignants).
• Une attention particulière portée à certaines populations de patients ou circonstances d’infection (patients immunodéprimés, échappement aux vaccins ou aux traitements par anticorps, réinfections).
• Une prise en compte de la dimension environnementale (eaux usées), même si elle relève encore de travaux de recherche.

2. La mise en place et dotation de plateformes de séquençage pour centraliser l’analyse de ces échantillons :

• Quatre plateformes à visée nationale centralisent et analysent les prélèvements pour séquençage à visée de surveillance (enquêtes Flash) : deux laboratoires du CNR Virus des infections respiratoires (Laboratoires de l’Institut Pasteur et des Hospices Civils de Lyon), et deux CNR Laboratoires experts pour l’appui au séquençage du SARS-CoV-2 (le CHU Henri Mondor (AP-HP) et le pôle infectieux de l’APHM à Marseille).
• Le réseau des laboratoires de virologie répartis sur l’ensemble du territoire reçoit les prélèvements pour séquençage à visée interventionnelle (ex : cas d’un cluster) ou orientés par la clinique (ex : cas d’une réinfection, cas hospitalisés, etc.) : ce réseau de proximité coordonné par l’ANRS Maladies infectieuses émergentes est composé d’environ quarante laboratoires (CHU, CH, SSA)
• Depuis le 19 janvier 2021, certains laboratoires de biologie médicale privés peuvent renforcer les capacités de séquençage génomique de proximité, sur demande de leur ARS. Par ailleurs, un appel à manifestation d’intérêt a été émis par Santé publique France, le 26 mai, à destination des laboratoires privés pour compléter les capacités de séquençage à des fins de surveillance (sélection aléatoire).

Consulter l’appel à manifestation d’intérêt

3. L’organisation du data management et de l’analyse intégrative :

Cette organisation ainsi que la diffusion et le partage des résultats produits par les structures de séquençage à des fins épidémiologiques et de recherche sont permises par :

• Le développement d’une infrastructure bioinformatique sécurisée, confiée par Santé publique France à l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), autorisant le recueil et le partage des données pour la surveillance et la recherche, avec des temporalités adaptées à chacun de ces deux segments du projet ;
• La mise à disposition des données aux acteurs de la surveillance, au niveau national et régional, et aux équipes de recherche ;
• L’alimentation des bases de données internationales (GISAID, ENA) suivant les standards de données définis et dans une approche « Science ouverte ».

L’ensemble doit reposer sur une infrastructure sécurisée autorisant le recueil et le partage des données pour la surveillance et la recherche, avec des temporalités adaptées à chacun de ces deux segments du projet.

Principales réalisations de EMERGEN

Surveillance génomique nationale du SARS-CoV-2

Pendant la pandémie COVID-19, un système de surveillance national, en France métropolitaine et d’outre-mer, était coordonné par Santé publique France. L’objectif était de suivre l’évolution génétique du virus SARS-CoV-2 afin de détecter l’émergence et la distribution spatio-temporelle des variants. Une surveillance hebdomadaire des variants et des mutations du SARS-CoV-2 a été mise en place, avec la production d’analyses de risque sur les variants émergents et des enquêtes Flash.

Financement de la recherche et animation scientifique

La plateforme EMERGEN a rapidement financé des projets de recherche sur les variants du SARS-CoV-2, selon quatre axes définis :

1. Anticipation et analyse des variants, basée sur une composante d’aspects expérimentaux et modèles animaux ;
2. Identification, caractérisation et analyse de l’évolution des nouveaux variants dans les cohortes ;
3. Modélisation de l’évolution et de l’impact de ces variants ;
4. Évaluation de l’utilisation des eaux usées comme outil de surveillance des variants.

Après une évaluation scientifique, 15 projets de recherche et 1 projet d’infrastructure ont été financés pour un total de 9,3 M€.

Ces projets ont permis d’acquérir de nouvelles connaissances sur les variants du SARS-CoV-2. Ils ont notamment favorisé :

• L’exploitation approfondie des données d’évolution et de phylogénie virale ;
• Leur intégration dans des activités de modélisation épidémiologique ;
• La surveillance et la compréhension des phénomènes de résistance aux antiviraux et d’évasion à la réponse immunitaire ;
• La détection de variants susceptibles de franchir la barrière des espèces.

EMERGEN a soutenu des projets consensuels ainsi que des approches innovantes pour répondre à des questions complexes, aboutissant à des résultats rapides qui ont largement contribué à la gestion de la crise, avec de nombreuses communications scientifiques à fort impact.

Découvrez la suite du projet avec EMERGEN 2.0

Les membres du consortium EMERGEN

Les laboratoires impliqués du réseau de l’ANRS MIE

A noter : Les coordonnées des laboratoires sont réservées aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 et devant adresser leurs prélèvements à séquencer à l’un des laboratoires du réseau ANRS. Pour les obtenir, il faut en faire la demande par e-mail à : ssr@anrs.fr