PEPR Maladies infectieuses émergentes

Les objectifs du PEPR MIE

L’objectif poursuivi est de mieux comprendre, prévenir et contrôler les maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes en mettant en place des relations interdisciplinaires, pluridisciplinaires et multi-institutionnelles et en tenant compte de l’interdépendance de la santé animale, humaine et de celle des écosystèmes.

Pour répondre aux objectifs de ce PEPR, l’ANRS Maladies infectieuses émergentes a élaboré une stratégie qui permet de financer, d’animer et de coordonner la recherche selon les 3 volets suivants :

Les impacts attendus

Le PEPR MIE doit contribuer à :

• une meilleure préparation au risque de pandémie
• une capacité de réponse plus rapide et plus efficace (détection, prévention, traitement)
• une augmentation significative de la cohésion et de la réactivité de la communauté scientifique française lors de la prochaine pandémie, notamment grâce à sa capacité de transfert rapide et de mise à l’échelle industrielle des résultats et des ressources issus de la recherche académique et/ou des partenariats public/privé

Depuis 2023, le PEPR MIE a financé 34 projets de recherche et chaires junior, tant sur l’acquisition de nouvelles connaissances, le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques ou l’amélioration des politiques de santé publique.

En mars 2026, l’ANRS MIE est revenu sur la raison d’être du dispositif et a brossé le portrait de chaque lauréat dans un livret.

Deux questions sur la stratégie d’accélération sur les maladies infectieuses émergentes et menaces NRBC

Lucile de Traversay
Coordinatrice adjointe de la SA MIE MN (AIS / SGPI)

Comment la stratégie d’accélération sur les maladies infectieuses émergentes et menaces NRBC entend-elle renforcer notre souveraineté sanitaire ?

La stratégie d’accélération sur les maladies infectieuses émergentes et menaces NRBC (nucléaires, radiologiques, biologiques et chimiques), partie intégrante de la verticale santé du plan France 2030, vise à nous préparer face aux risques de survenue d’une nouvelle crise sanitaire majeure. Ainsi, en renforçant notre capacité à anticiper, à détecter des pathogènes et à produire des contre-mesures critiques telles que des outils de diagnostics, des vaccins, des traitements et des équipements de protection, nous réduisons notre potentielle dépendance à des chaînes d’approvisionnement mondiales en cas de crise. Dans cette optique, la stratégie s’articule autour d‘axes-clés pour renforcer notre souveraineté sanitaire :

Elle est explicitement inscrite dans une logique « Une seule santé » avec l’intégration des liens entre santé humaine, animale et des écosystèmes, afin de mieux anticiper les facteurs d’émergence des maladies infectieuses (zoonoses, vecteurs, facteurs écologiques). Elle s’appuie notamment sur des projets de recherche comme le projet « ZOOFLU », qui vise à décrypter les mécanismes d’émergence des virus zoonotiques de l’influenza aviaire à l’interface de la santé animale et la santé humaine. Celui-ci est soutenu conjointement par les PEPR MIE et PREZODE, deux programmes de recherche financés par France 2030 dans le cadre de la SA MIE MN

La stratégie soutient par ailleurs le principe d’une détection plus précoce des pathogènes grâce à de nouvelles capacités de surveillance et de séquençage en s’appuyant notamment sur des plateformes telles que Emergen 2.0, plateforme de surveillance et de recherche en génomique et Obepine+, système de surveillance via l’analyse des eaux usées.

Elle vise également à accélérer la recherche, le développement et l’innovation. Une part clé consiste à financer des projets de recherche et d’innovation afin de disposer de plateformes, de contre-mesures et de diagnostic (vaccins, tests, approches thérapeutiques) rapidement mobilisables. Côté recherche structurante, des dispositifs comme les PEPR MIE et PREZODE, contribuent à bâtir une base scientifique robuste et interdisciplinaire.

La stratégie vise également à réindustrialiser et sécuriser des capacités de production en France. Le volet « capacités » vise à renforcer l’industrialisation et la montée en charge (bioproduction, diagnostics, équipements) via des appels à projets dédiés (Industrialisation et capacité santé 2030). A titre d’exemple, le projet RNA THEMA, porté par l’entreprise CEVA Santé Animale, vise par exemple la relocalisation de la production de vaccins contre l’influenza aviaire.

Tout ceci ne pouvant être possible que si les expertises et compétences sont présentes. C’est pourquoi, la stratégie met l’accent sur le développement de compétences et la sensibilisation du grand public en accordant une place centrale à la formation, afin de disposer de compétences décloisonnées et transversales. Par exemple, l’École Universitaire de Recherche (EUR) sur les maladies infectieuses émergentes, EID@Lyon, a été créée pour former une nouvelle génération de chercheurs et de professionnels capables d’aborder les enjeux des maladies infectieuses émergentes sous un angle pluridisciplinaire.

Alignées avec les priorités de l’Agence de l’Innovation en Santé (AIS) qui la coordonne, la stratégie permet ainsi de flécher les financements de France 2030 afin de positionner la France sur le plan européen et international en matière d’anticipation, de préparation et de réponse aux crises sanitaires.

Plus concrètement, qu’apporte la SA MIE MN à l’écosystème français de la recherche sur les maladies infectieuses émergentes ?

La stratégie joue un rôle central dans la structuration et le financement de la recherche française sur les maladies infectieuses émergentes. Elle apporte notamment une visibilité stratégique avec une feuille de route définie sur plusieurs années ainsi que des financements importants pour la recherche.

La stratégie coordonne au niveau interministériel deux Programmes et équipements prioritaires de recherche (PEPR), dont le PEPR MIE, porté par l’ANRS MIE. Doté de 70 millions d’euros, ce programme vise trois objectifs : accélérer l’acquisition de connaissances sur les maladies infectieuses émergentes ; préfigurer de nouveaux traitements, vaccins, outils de prévention, de diagnostics et de surveillance pour anticiper et lutter contre les épidémies ; et renforcer le pilotage pluridisciplinaire des futures crises à travers des projets incluant les sciences humaines et sociales.

Les appels à projets et à candidatures lancés dans le cadre du PEPR MIE depuis 2023 ont déjà permis de financer 35 projets de recherche et de chaires, renforçant durablement la capacité collective à anticiper, comprendre et lutter contre les maladies infectieuses émergentes.

La SA MIE MN a également contribué à structurer le rôle de l’ANRS MIE comme agence nationale dédiée aux maladies infectieuses émergentes et comme acteur-clé dans la communauté scientifique française couvrant l’ensemble du continuum de la recherche, de la détection des pathogènes à la prise en charge des maladies, en passant par l’innovation diagnostique et thérapeutique en lien avec les autres dispositifs financés.

En accentuant la continuité entre recherche-innovation-industrialisation, la recherche n’est plus pensée uniquement au sens académique, mais comme la fondation d’une stratégie de développement industriel permettant de repérer des projets avec un fort potentiel d’innovation et de les orienter vers du développement technologique ou préclinique, notamment à travers le consortium de prématuration et maturation CATRIEM. La stratégie assure ainsi un levier d’influence scientifique et stratégique au niveau national, européen et international en tant qu’acteur et interlocuteur identifié de l’écosystème.

Appel à projets 2023

Le premier appel à projets du Programme et équipements prioritaires de recherche maladies infectieuses émergentes a été ouvert du 7 février au 24 avril 2023.

A l’issue de l’évaluation par un jury d’experts international des 37 projets éligibles, 11 projets de recherche ont été sélectionnés et seront financés pour un montant total d’aide de près de 22 millions d’euros.

Appel à projets 2024

L’appel a été ouvert du 8 avril 2024 au 10 juin 2024.

Pour concentrer les efforts de recherche et les moyens mis à disposition dans le cadre de l’AAP 2024, le périmètre de l’appel à projets a été resserré autour de trois groupes maladies présentant un risque élevé de crise sanitaire en France : les arboviroses, les fièvres hémorragiques virales et les viroses respiratoires.

L’AAP 2024 est doté d’une enveloppe indicative de 13 M€. A l’issue de l’évaluation par un jury d’experts international des 27 projets éligibles, 9 projets de recherche ont été sélectionnés et seront financés pour un montant total d’aide de près de 16 millions d’euros. 

Appel à projets 2025

Après le succès des appels à projets lancés en 2023 et 2024, ayant respectivement permis de financer 11 projets pour un montant de 22 M€ et 9 projets  pour près de 16 M€, l’ANRS MIE a annoncé le lancement d’un nouvel appel à projets en mai 2025, ouvert du 2 mai au 30 juin 2025.

36 candidatures de projets de recherche ont été présentés dans le cadre de cette nouvelle vague, et 9 ont été sélectionnés après l’évaluation par un jury d’experts internationaux. Ils vont bénéficier à ce titre d’un financement issu de l’enveloppe du plan France 2030 d’un montant total d’environ 14,8 millions d’euros, pour des aides par lauréat comprises entre 1 et 2 millions.