LSDengue : déterminants de la dengue grave dans les territoires français ultramarins

Le projet LSDengue

Le contexte

Listé parmi les virus prioritaires de l’ANRS MIE, le virus de la dengue (DENV) représente à l’échelle mondiale une réelle menace de santé publique La distribution géographique des territoires ultramarins (Amériques, océan Indien, Océanie) offre à la France une situation exceptionnelle afin de surveiller et d’étudier le DENV dans sa diversité globale.

LSDengue : étudier les déterminants de la dengue grave

Coordonné par le professeur André Cabié du CHU de la Martinique, le consortium LSDengue s’articule autour d’équipes médicales et scientifiques françaises de la Guadeloupe, la Martinique, la Guyane, La Réunion, la Polynésie française, la Nouvelle-Calédonie et la France hexagonale. Le projet s’appuie sur la cohorte CARBO, une cohorte hospitalière de cas suspects et confirmés d’arboviroses en France hexagonale et dans les outremers.

Cette étude de grande ampleur repose sur la collecte et l’analyse de données cliniques, génétiques, virologiques et immunologiques issus de centaines de patients ayant des antécédents médicaux divers, des fonds génétiques variés et recrutés sur une grande partie de l’aire de répartition géographique du DENV. Les données recueillies dans le cadre de ce projet permettront d’étudier le rôle des facteurs liés à l’hôte et au virus dans l’évolution clinique de la dengue et d’obtenir ainsi une vision systémique des déterminants des formes graves de la maladie.

Pour étudier les déterminants de la dengue grave, LSDengue s’appuie sur la cohorte CARBO, qui inclut des enfants et des adultes consultant un centre hospitalier en France hexagonale ou dans les territoires d’outre-mer. Elle permettra la collecte et la standardisation des données cliniques, génétiques, virologiques et immunologiques des cas confirmés de dengue sur l’ensemble des territoires français. Pour favoriser l’intégration des données des patients dans une base de données partagée et pour faciliter les échanges de ressources biologiques entre les sites, un réseau interterritorial de partage d’échantillons et de données reliant les territoires français d’outre-mer sera créé.

En utilisant les données collectées dans le cadre de ce projet, les associations entre les facteurs liés à l’hôte et au virus et les résultats cliniques pourront être étudiés afin de construire des modèles multivariés et d’obtenir une vision systémique des déterminants de la dengue grave :

• étude génétique et phylogénétique des déterminants viraux de la DS,
• identification des biomarqueurs viraux de la gravité de la dengue grave (protéine NS1, suivi de la réponse immunitaire et décryptage des infections antérieures à flavivirus),
• identification des facteurs génétiques de variation de la réponse immunitaire innée antivirale au cours de la dengue grave,
• recherche de variantes génétiques rares et communes au cours de la dengue grave,
• caractérisation de l’association entre le métabolisme des lipides et la dengue grave,
• et recherche d’auto-anticorps contre les IFN de type I au cours de la dengue grave.

Un point central de ce travail d’analyse sera d’identifier les facteurs pouvant être facilement appliqués comme biomarqueurs pour optimiser la prise en charge des patients, seuls ou dans le cadre d’un modèle intégré.

Les retombées du projet LSDengue

Ils sont multiples et incluent :

• L’identification des facteurs prédictifs de la dengue grave qui permettront d’améliorer la prise en charge des patients.
• L’amélioration du système de surveillance grâce à une meilleure connaissance des cas graves de dengue et à l’amélioration du séquençage du virus.
• L’acquisition de nouvelles connaissances sur les mécanismes d’évolution vers les formes sévères de la dengue et l’identification de nouvelles cibles moléculaires pour le développement de médicaments et/ou de vaccins.
• La structuration d’un premier réseau interterritorial de partage d’échantillons et de données regroupant la plupart des territoires français d’outre-mer et couvrant une grande partie de l’aire de circulation de nombreux arbovirus d’importance médicale.
• Et enfin, plus globalement, la structuration pérenne d’un réseau de préparation et de contrôle des virus émergents – en particulier les arbovirus – sur le territoire français.

Autres projets liés à LSDengue

Etroitement lié au projet LSDengue, ARBOGEN, financé par MSDavenir, a pour objectif d’identifier les déterminants génétiques du DENV impliqués dans la gravité de la dengue.

Le projet Antilles Data Hub (AnDH) vise à consolider l’entrepôt de données cliniques du CHU de la Martinique et à construire l’entrepôt de données cliniques du CHU de la Guadeloupe, avec des projets scientifiques communs et la mise en commun de compétences. L’un de ces projets scientifiques vise à décrire les caractéristiques cliniques de la dengue grave et à identifier les facteurs de risque de la dengue grave. Le financement de ce projet a été obtenu dans le cadre de l’appel à projet bpifrance pour les entrepôts de données cliniques hospitalières.