Projet TTHALESS : suivre la tuberculose dans une zone de conflit et de promiscuité inter-espèces

Une recherche au plus près du terrain

Le projet de recherche TTHALESS (pour « Transmission de la Tuberculose Humaine et Animale à Lwiro : Étude des Sources mycobactérienneS ») a été lancé en 2023 pour étudier l’épidémiologie de la tuberculose zoonotique dans une région rurale située aux abords du Parc national de Kahuzi-Biega, à l’Est de la République Démocratique du Congo (RDC). L’objectif était d’estimer la prévalence de la tuberculose chez les populations humaines et animales de la région autour du Centre de réhabilitation des primates de Lwiro (CRPL) et d’explorer les possibles transmissions inter-espèces grâce à la caractérisation génétique des souches de mycobactéries isolées. « Nous souhaitions acquérir une meilleure compréhension de la dynamique de circulation du complexe Mycobacterium tuberculosis dans cette région rurale de l’Est de la RDC et à l’identification de facteurs favorisant la transmission », indique le Dr Frédéric Le Gal, l’un des principaux porteurs du projet.

La région en question se caractérise par une forte proximité entre les populations humaines, les animaux domestiques (principalement les bovins) et la faune sauvage, comprenant notamment des primates tels que les chimpanzés et le gorille de Grauer, espèce menacée. Cette promiscuité crée un contexte favorable à d’éventuelles transmissions inter-espèces de la tuberculose. Sans compter la persistance d’un conflit armé (dit « conflit du M23 ») dans la région depuis 2021, la transformant en point de passage pour de nombreux déplacés de force.

Financé sur deux ans par l’ANRS MIE et promu par l’Institut de médecine et d’épidémiologie appliquée (IMEA), fondation impliquée en Afrique francophone, le projet émane d’une convention de partenariat entre l’Hôpital Avicenne (AP-HP) et le Centre de recherche en sciences naturelles de Lwiro (CRSN). Signé en 2018, cet accord bénéficie d’un financement de la Direction générale de l’offre de soins (DGOS) pour développer ou rénover des infrastructures locales, dispenser des formations et mener des projets de recherche selon une approche « One health ».

Objectif : retracer la transmission zoonotique de la tuberculose

Mené par le Dr Frédéric Le Gal du Laboratoire de microbiologie clinique de l’Hôpital Avicenne et le Dr Luis Flores Giron du CRSN et du CRPL, le projet TTHALESS a dépisté 576 patients présentant une suspicion clinique de tuberculose dans la région étudiée (intitulée « zone de santé Miti Murhesa ») entre mai 2023 et juin 2024. Près de 15% d’entre eux – de jeunes hommes pour les trois quarts – se sont avérés positifs pour les mycobactéries du complexe Mycobacterium tuberculosis. Seul un très faible nombre de bovins, de chimpanzés (sauvages ou captifs au sein du CRPL) ou de gorilles sauvages testés était également positif.

L’analyse génomique des souches isolées, a posteriori, dans le laboratoire L3 de l’Hôpital Avicenne a montré qu’une seule souche présentait une résistance à la rifampicine et que l’ensemble des isolats caractérisés appartenait à l’espèce Mycobacterium tuberculosis, suggérant une prédominance de souches humaines dans cet écosystème. « Le projet comportait également un important volet de santé publique incluant des actions de sensibilisation et de dépistage communautaire de la tuberculose et du VIH », ajoute le Dr Frédéric Le Gal.

Les recherches étant désormais terminées, « nous avons obtenu les séquences génomiques complètes (WGS) de 56 souches de Mycobacterium tuberculosis (55 d’origine humaine et une issue d’un chimpanzé du CRPL) » explique le Dr Frédéric Le Gal. L’analyse phylogénétique a mis en évidence une grande variabilité génétique, caractérisée par une prédominance de souches appartenant à la lignée 4, la présence de quelques souches de lignée 3 — incluant celle isolée chez le chimpanzé — ainsi qu’une souche de lignée 1. Par ailleurs, des analyses de clustering intégrant les coordonnées GPS des patients et l’origine du chimpanzé sont actuellement en cours afin d’explorer les dynamiques de transmission et la structuration spatiale de la tuberculose dans cet écosystème.

Le Dr Frédéric Le Gal s’est exprimé sur le projet TTHALESS dans l’émission Le Mag de la Santé du 7 avril 2026 sur France 5.