TRANSVI : renforcer nos connaissances sur la transmission des zoonoses

Objectifs du projet TRANSVI

La fréquence croissante des virus zoonotiques souligne l’importance cruciale de caractériser les chaînes de transmission de certains virus d’intérêt, en termes de santé publique, entre les communautés d’animaux sauvages et les populations humaines. Le projet TRANSVI (pour « Caractériser les chaînes de TRANSmission de VIrus zoonotiques entre faune sauvage et humain : le cas des coronavirus et hantavirus dans la péninsule du Yucatan (Mexique) ») vise donc à caractériser chacune de ces étapes et à définir comment leurs interactions peuvent impacter l’émergence de zoonoses.

Ce projet propose une approche complète et novatrice pour mieux comprendre, prévenir et contrôler les futures zoonoses en caractérisant chaque étape de la chaîne de transmission virale dans un environnement propice au développement de nouvelles pandémies potentielles. À moyen terme, ce projet identifiera les espèces de chauves-souris et de rongeurs à cibler pour renforcer les systèmes de surveillance, mais aussi améliorer l’élaboration des stratégies de prévention pour limiter la transmission aux populations humaines.

Mieux caractériser le rôle des espèces animales

Les chauves-souris sont les réservoirs naturels de nombreux virus zoonotiques, mais leur rôle dans l’excrétion virale environnementale reste peu documenté. Or l’excrétion environnementale de virus zoonotiques par les chauves-souris peut induire l’infection d’espèces intermédiaires, telles que les rongeurs, qui partagent une partie de leur environnement avec les chauves-souris et les humains, favorisant ainsi les échanges viraux. Ce projet cherche donc à déterminer si les rongeurs jouent un rôle de pont entre les espèces sauvages et les populations humaines dans la transmission virale. Plus précisément, le projet TRANSVI se concentrera sur l’émergence potentielle de deux virus à ARN, les coronavirus et hantavirus, connus pour pouvoir donner des fièvres hémorragiques ou étant des viroses respiratoires une fois adaptés à l’homme.

Identifier les souches virales et évaluer l’exposition humaine

En se focalisant sur les populations humaines vulnérables de la péninsule du Yucatan (Mexique), région reconnue comme l’un des points chauds potentiels pour l’émergence des zoonoses, la première partie du projet vise à identifier les coronavirus et hantavirus circulant entre les chauves-souris et les rongeurs en évaluant la présence de souches virales similaires dans les excréments de chauves-souris (ou guano), ainsi que dans les échantillons sanguins de chauves-souris et de rongeurs. Ce travail permettra de faire un inventaire des virus ciblés, circulant dans les populations de chauves-souris et de rongeurs, mais aussi de déterminer l’impact de l’excrétion virale environnementale par les fèces sur l’exposition des rongeurs.

Le second « work package » permettra d’évaluer le rôle des chauves-souris et des rongeurs dans l’exposition humaine aux mêmes virus. Ce volet analysera statistiquement le lien entre l’exposition humaine, obtenue à partir d’une étude sérologique en cours menée dans les villages proches des sites de prélèvement d’animaux, et la circulation de ces virus chez les chauves-souris et les rongeurs. Cette analyse intégrera également les facteurs favorisant le contact entre les populations humaines et les communautés de chauves-souris/rongeurs (activités en extérieur, consommation de viande de chauve-souris, etc.) identifiés lors d’une étude socio-épidémiologique afin d’identifier les voies de transmission.

Collecter des données socio-épidémiologiques

Au cours des trois dernières années, un échantillonnage intensif des espèces de chauves-souris et de rongeurs a été réalisé sur trois sites de la péninsule du Yucatan, tous proches de populations humaines vulnérables. Des échantillons de sang provenant de chauves-souris et de rongeurs sur ces sites sont déjà disponibles et la collecte va se maintenir de 2025 à 2027.

Des projets extérieurs financent la collecte de sérum auprès de trois populations humaines proches des sites de prélèvement de chauves-souris/rongeurs. TRANSVI finance le prélèvement et l’analyse des excréments de chauves-souris collectés sur le terrain, ainsi que l’analyse des échantillons de sang déjà obtenus (PCR et séquençage). Le projet soutient également l’analyse sérologique des échantillons de sérum humain (Luminex), ainsi que la collecte de données socio-épidémiologiques pour identifier les facteurs d’exposition au sein des communautés humaines.

Le rôle de l’ANRS MIE

Le projet TRANSVI a été financé par l’ANRS MIE, à hauteur d’environ 200 000 euros sur trois ans, dans le cadre de son appel à projets annuel « Émergences PRFI » en 2024.

Ce dispositif vise à soutenir des projets de recherche collaboratifs entre une équipe française et une équipe issue d’un pays à revenu faible ou intermédiaire (PRFI), autour des enjeux globaux liés aux MIE. Il s’inscrit pleinement dans les missions de l’ANRS MIE, en soutenant une recherche d’excellence, partenariale, à fort impact pour les populations, selon une approche globale.

Les projets de recherche soutenus par ce dispositif se distinguent par leur ancrage territorial, en lien avec des systèmes de soins ou de surveillance ; leur impact potentiel en santé publique dans les pays concernés ; et leur capacité à produire des données originales et à structurer des dynamiques scientifiques durables.