Winning projects and candidates

Alors que le VIH-1 est hautement pathogène et pandémique, le VIH-2 est moins pathogène et restreint à l’Afrique de l’Ouest. Le VIH-1 et le VIH-2 montrent une différence majeure dans leur capacité à activer les réponses immunitaires innées dans les cellules dendritiques (DCs) infectées. En effet, le VIH-1 n’active pas efficacement une réponse immunitaire innée dans ces cellules, alors que le VIH-2 infecte efficacement les DCs et active une réponse. La reconnaissance du VIH-2 par les DCs nécessite l’abrogation de SAMHD1 avec Vpx, et la reconnaissance de l’ADN viral par le détecteur de l’ADN cytosolique cGAS. Nous avons validé que le VIH-2 de type sauvage ou le VIH-1 + Vpx infectent efficacement et active la voie cGAS dans les DCs primaires DC2. Ainsi, l’infection des DCs par le VIH-2 et la reconnaissance du virus pourraient jouer un rôle majeur dans l’élaboration d’une réponse immunitaire puissante chez les patients, conduisant à un contrôle autonome de l’infection virale en l’absence de traitement. Cependant, notre capacité à tirer parti de cette voie dans le développement thérapeutique et vaccinal est actuellement entravée par notre compréhension limitée des mécanismes moléculaires correspondants.

Une question majeure dans ce mécanisme est le rôle de la capside du VIH. En plus de l’ADN viral, la protéine de capside virale, qui protège les acides nucléiques viraux, joue un rôle dominant dans l’activation de l’immunité innée dans les DCs. Même en présence d’ADN viral dans les DCs, la protéine de capside du VIH détermine si l’ADN peut être reconnu ou non par la voie cGAS. Ceci nous a conduit à proposer qu’un facteur hôte spécifique pourrait être impliqué dans la reconnaissance de la capside virale pour permettre une activation immunitaire innée.

Dans nos résultats préliminaires du projet, nous avons identifié la protéine nucléaire NONO comme une nouvelle protéine interagissant avec la capside. NONO se lie directement aux capsides du VIH, avec une plus grande affinité pour le VIH-2 que la capside du VIH-1. Dans les lignées cellulaires cancéreuses et les DCs, NONO n’est pas requis pour la réplication virale et n’est donc pas un facteur de restriction ni un facteur facilitant l’infection. En revanche, nous constatons que NONO est essentiel pour l’activation immunitaire innée en réponse à l’infection par le VIH-2 dans les DCs. Nous avons montré que NONO reconnaît la capside virale dans le noyau des DCs, révélant un important réservoir de matériel viral dans le noyau qui reste mal défini. De plus, nous trouvons que NONO s’associe à cGAS. Nous avons validé le rôle essentiel du NONO dans la reconnaissance du VIH en utilisant des DCs provenant de patients humains NONO-déficient.

Dans ce projet, nous proposons de dévoiler le mécanisme de reconnaissance du VIH par NONO-cGAS dans le noyau. Dans l’Objectif 1, nous étudierons comment l’ADN du VIH, la capside du VIH, NONO et cGAS interagissent pour activer l’immunité innée. Nous allons déterminer les domaines d’interaction et leur impact sur les localisations subcellulaires. Nous séquencerons l’ADN associé à cGAS et mesurerons l’activité enzymatique de cGAS en réponse au VIH. Nous déterminerons également le rôle possible de NONO et de la capside dans les mécanismes alternatifs de reconnaissance du VIH qui ont été récemment proposés dans la littérature. Dans l’Objectif 2, nous identifierons les cofacteurs cellulaires inconnus qui sont requis pour la reconnaissance du VIH. Nous testerons le rôle de facteurs candidats, sur la base d’une liste tirée de la littérature. Nous identifierons également de nouveaux cofacteurs pertinents pour la reconnaissance du VIH dans les cellules dendritiques en utilisant la spectrométrie de masse.

Dans l’ensemble, ce projet est fortement soutenu par notre identification innovante de NONO en tant que détecteur essentiel de la capside du VIH. Il révèlera les mécanismes moléculaires de la reconnaissance du VIH dans les DCs. Cela fournira des connaissances essentielles pour le développement potentiel d’approches précliniques et cliniques basées sur cette nouvelle voie de l’immunité.

La crise sanitaire du Covid 19 a mis en lumière un manque d’outillage méthodologique pour caractériser les inégalités intersectionnelles de santé en France de manière compréhensive. En effet, les personnes nées en Afrique dite « subsaharienne » ou « hors-Maghreb » ont subi une surmortalité criante sur tout le territoire, tandis que les chiffres pour les immigré·es européen·nes étaient équivalents à la moyenne des personnes nées en France. En même temps, des disparités importantes ont été observées parmi la population native en fonction du département de résidence, la Seine-St-Denis étant le plus touché.

Similairement, cette vulnérabilité différentielle à la maladie de certaines populations noires a été identifiée pour le VIH et le sida depuis plusieurs décennies. Ces sur-incidences ne peuvent uniquement être réduites à une importation des pays du Sud, des travaux récents soulignant la proportion importante de contaminations au VIH d’immigré·es d’Afrique subsaharienne pendant leur processus d’arrivée et d’installation en France, marqué par une insécurité juridique, économique et résidentielle. Il est donc pertinent de considérer l’existence de facteurs de défavorisation sanitaire transcendant les catégories d’analyses usuelles.

À travers une enquête qualitative, nous cherchons à dénaturaliser et matérialiser la proximité au VIH d’une minorité historiquement associée à la syndémie de sida, les personnes noires en France. Dans une perspective sociologique, nous considérons les noir·es comme un groupe social, une structure sérielle de positions d’infériorité. Nous décrivons donc la fabrique micro-, méso-, et macrosociale de la minoration raciale de manière intersectionnelle, comme un construit historique et politique structurant les rapports sociaux, aux conséquences manifestes sur les conditions matérielles d’existence, la surexposition aux risques et l’accès aux soins.

L’hépatite D est la forme la plus sévère d’hépatite virale chronique et est causée par le virus de l’hépatite D (HDV). Le HDV est le plus petit virus capable d’infecter les mammifères et nécessite le virus de l’hépatite B (HBV) l’achèvement de son cycle viral. On estime que 10 % des 250 millions de patients infectés par le VHB dans le monde sont également positifs pour le HDV. l’Hépatite D est caractérisée par le développement d’une maladie hépatique plus sévère et une progression plus rapide vers une cirrhose du foie et le carcinome hépatocellulaire (CHC) comparée à l’hépatite B. À ce jour, les mécanismes impliqués dans le développement de la maladie hépatique et la carcinogenèse induite pas le HDV sont encore inconnus, et aucun traitement antiviral efficace ne permet d’éradiquer l’infection La transduction du signal est impliquée dans presque tous les processus cellulaires. La dérégulation de la transduction est souvent associée à des pathologies, dont le cancer. Plusieurs équipes et nous-mêmes avons démontré que des virus hépatotropes comme le VHB et le VHC exploitent également les composants de signalisation hépatique pour échapper à la réponse antivirale et maintenir le cycle viral. Nous émettons l’hypothèse que le HDV exacerbe la signalisation pro-fibrogène et pro-oncogène induite par le HBV, entraînant une accélération de la progression de la maladie hépatique.

Ainsi, DeltaPath vise à identifier les voies de signalisation cellulaires pertinentes pour  le cycle viral etle développement de la maladie qui sont modulées par le HDV dans les foies infectés, en intégrant une approche transcriptomique,  protéomique et phospho-protéomique à l’aide de souris chimériques infectées et d’hépatocytes primaires humains (PHH). DeltaPath vise à identifier les composants de signalisation et les facteurs de régulation ainsi que les des molécules candidates pour un futur développement préclinique de nouveaux antiviraux et de concepts chimiopréventifs.

Pour répondre à ces besoins de santé publique, DeltaPath combine une technologie et une infrastructure de pointe ainsi qu’une expertise en virologie, hépatologie et en approche multiomique pour fournir de nouveaux concepts et composés permettant de lutter contre l’épidémie croissante de VHD et la pathogenèse viro-induite. Étant donné que la progression des maladies du foie est très similaire d’une étiologie à l’autre, il est probable que les connaissances, les cibles et les composés identifiés puissent également être utiles pour les patients fibrotiques en général. Collectivement, la découverte et le développement d’agents thérapeutiques induits par les résultats de ce programme constitueront une étape majeure vers une approche multimodale pour guérir les patients co-infectés par le VHD et pour prévenir le développement du cancer du foie chez les patients.

Méthodologie

Etude interventionnelle, séquentielle, équivalent Phase IIA, multicentrique, en ouvert, randomisée non comparative, évaluant, pendant 96 semaines, la sécurité en terme de contrôle virologique VHB de 2 stratégies d’allègement de traitement antiviral, chez des patients co-infectés par les virus VIH-1 et VHB, en succès virologique prolongé (charges virales VIH-1 et VHB indétectables depuis ≥ 2 ans) et sous traitement antiviral non modifié depuis ≥ 1 an.

Les participants seront randomisés 1:2:2 en 3 bras parallèles :

• Ref: Maintien d’une trithérapie antivirale continue (7j/7) incluant du TDF ou TAF
• T4 : Allègement de la trithérapie antivirale antérieure (avec TDF ou TAF) en 4 jours consécutifs sur 7
• B7 : Allègement de la trithérapie antivirale antérieure (avec TDF ou TAF) vers une bithérapie continue sans TDF ni TAF mais incluant du 3TC en association avec du Dolutegravir (DTG) ou du Darunavir boosté (DRVr)

Critères de jugement

Le critère de jugement principal est le taux de participants en succès virologique pour le VHB  L’échec étant défini par la survenue de 2 mesures successives de charge virale VHB > 10 UI/mL ou d’une mesure de charge virale VHB supérieure au seuil de détection et suivie de l’arrêt définitif de la stratégie ou du suivi dans l’essai

Les critères d’évaluation secondaire sont les taux de succès virologiques VIH, le délai de survenue des échecs virologiques, le taux de participants avec au moins un blip de Charge virale (CV) VHB, l’émergence de mutations de résistance VHB, les facteurs prédictifs des rebonds virologiques et la tolérance clinique et biologique

Analyse statistique et nombre de sujets

Etude évaluant la sécurité des 2 stratégies d’allègement de manière séquentielle avec analyse intermédiaire et règles prédéterminées d’arrêt précoce des bras expérimentaux en cas d’insécurité avérée correspondant à un taux d’échec virologique VHB  ≥15%, calculé par inférence Bayésienne. Pour le calcul d’effectif, une borne de non-infériorité du bras expérimental a été définie à 5%. Sécurité et Non-infériorité seront évaluées pour chacun des bras expérimentaux d’allègement.

Considérant les seuils de sécurité à 15%, de non-infériorité à 5%, une puissance à 90% et une erreur d’espèce de 1 à 10%, une première analyse intermédiaire sera réalisée lorsque 16 participants seront arrivés à 6 mois de suivi. Si le bras expérimental n’est pas arrêté précocement, le recrutement continuera jusqu’à 52 participants par bras.

Au total 130 patients seront recrutés, soit 52 patients par bras expérimentaux d’allègement thérapeutique et 26 dans le bras de référence, sans allègement thérapeutique.

Critères d’inclusion

– Co-Infection VIH-1- VHB

– Age ≥ 18 ans

– Fibroscan < 9kPa

– Traitement actuel non modifié depuis ≥ 12 mois

– Absence de résistance génotypique VHB et VIH compromettant le contrôle virologique d’une des stratégies de maintenance

– CV VIH < 50cp/ml depuis ≥ 2 ans

– CV VHB < 10 UI/ml depuis ≥ 2 ans

– Avoir ≥ 3 mesures disponibles de CV VIH < 50cp/ml et de CV VHB < 10 UI/mL sur les 24 derniers mois

– Lymphocytes CD4 > 250/mm3 à la pré-inclusion

– ALAT < 3N à la pré-inclusion

– Pour les femmes en âge de procréer : Test de grossesse négatif et engagement à utiliser une contraception efficace tout au long de l’essai

– Personne affiliée ou bénéficiaire d’un régime de sécurité sociale ou de l’Aide Médicale d’Etat (AME).

– Consentement libre, éclairé, écrit

Critères de non-inclusion

– Infection par le VIH-2

– Génotype VIH et/ou VHB non compatible(s) avec bithérapie DTG-3TC ou DRVr-3TC

– AgHBe +

– Fibrose au stade F3-F4 en pré-thérapeutique

– Hépatite virale C chronique active

– Co-infection Delta

– Consommation d’alcool > 14 unités pour les femmes et 21 unités/sm pour les hommes

– Traitement actuel par chimio- ou immunothérapie

– Infection opportuniste évolutive

– Toute condition susceptible de compromettre l’observance du patient au traitement et son adhésion au protocole

– Femme enceinte ou allaitante ou refus de contraception

– Incapacité majeure, sauvegarde de justice, tutelle ou curatelle.

Voir le résumé en anglais

Objectifs

Général : Evaluer la faisabilité de la prophylaxie préexposition (PrEP) au VIH par cabotégravir injectable à action prolongée chez les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH) en Afrique de l’Ouest.

Spécifiques : Documenter l’acceptabilité de la PrEP injectable et le vécu d’une telle offre par les HSH, l’utilisation de la PrEP injectable et ses obstacles, les séroconversions et les résistances du VIH, les effets indésirables, la protection des rapports sexuels par la PrEP injectable et/ou le préservatif, les changements de comportements sexuels et l’incidence des infections sexuellement transmissibles (IST).

Contexte

La PrEP est recommandée pour les HSH par l’OMS, l’ONUSIDA, le Fonds mondial de lutte contre le sida, la tuberculose et le paludisme, le PEPFAR, etc. Toutefois, l’utilisation de la PrEP orale est confrontée à des obstacles, particulièrement dans le contexte ouest-africain, tels que la réticence et la difficulté à prendre un comprimé tous les jours (pour la PrEP quotidienne), la difficulté à anticiper les rapports sexuels, à évaluer le risque associé à ceux-ci et à respecter les prises prévues (pour la PrEP à la demande) et la volonté de dissimuler la prise de PrEP pour éviter la stigmatisation qui lui est associée. Des alternatives à la PrEP orale sont donc en développement pour permettre aux individus de choisir les méthodes préventives les plus adaptées à leurs besoins et à leurs contraintes. La PrEP injectable à action prolongée avec le cabotégravir est, aujourd’hui, l’alternative au stade de développement clinique le plus avancé. Son efficacité a été démontrée dans des essais randomisés de phase 3 en 2020. Des recherches opérationnelles sont maintenant nécessaires pour évaluer sa faisabilité, notamment en Afrique de l’Ouest.

Méthodes

Un essai à un bras ouvert, international et multidisciplinaire sera réalisé au Burkina Faso, en Côte d’Ivoire, au Mali et au Togo dans des cliniques communautaires ayant l’expérience de la PrEP orale chez les HSH. Il sera proposé à des HSH âgés d’au moins 18 ans à risque substantiel d’infection par le VIH ayant déjà pris ou non de la PrEP orale. La PrEP par cabotégravir 600 mg par voie intramusculaire toutes les 8 semaines sera dispensée dans le cadre d’une offre de prévention combinée incluant des examens cliniques, le dépistage du VIH, le diagnostic et le traitement des IST, la vaccination contre l’hépatite B, des conseils de prévention, une aide à l’observance aux injections, un soutien psychosocial et la fourniture de préservatifs et de lubrifiants. Le recueil des données inclura des données cliniques et biologiques dans un cahier d’observation standardisé par les médecins de l’étude à chaque visite programmée ou intermédiaire, des données socio-comportementales par des questionnaires administrés par des assistants de recherche en face-à-face avec les participants toutes les 16 semaines (1 visite sur 2) et des données qualitatives par des groupes de discussion et des entretiens semi-directifs. 400 participants (100 par site) seront recrutés et suivis pendant 2 ans. La durée totale de l’étude sera de 3 ans.

Echéancier de l’étude

• Septembre 2021 à février 2022 : Préparation de la mise en œuvre de l’étude, demandes d’avis éthique, formation des équipes de terrain.
• Mars 2022 à novembre 2022 : Recrutement des participants.
• Mars 2022 à février 2024 : Suivi des participants.
• Mars 2024 à août 2024 : Finalisation de la base de données, analyse des données, restitution des résultats.

Résultats et retombées attendus

A terme, le projet devrait favoriser :

• L’accès des HSH d’Afrique de l’Ouest à une méthode de prévention du VIH très prometteuse.
• La mise en œuvre éclairée d’une offre de PrEP injectable adaptée aux HSH dans les pays africains, en complément de l’offre de PrEP orale.
• La baisse de l’incidence du VIH chez les HSH d’Afrique de l’Ouest.
• Le renforcement des compétences et des capacités des associations africaines partenaires.

Les protéines transmembranaires induites par l’interféron (IFITM) sont une large famille d’inhibiteurs viraux et, à ce titre, inhibent le VIH-1. Chez l’homme, IFITM1, 2 et 3 exercent ces fonctions antivirales en interférant avec la fusion entre membrane virale et membrane cellulaire à deux phases distinctes du cycle viral : lors de l’infection d’une nouvelle cellule, en conduisant à la séquestration des particules virales dans les endo/lysosomes et dans une cellule infectée en conduisant à la production de nouvelles particules virales moins infectieuses. Plusieurs hypothèses ont été avancées au fil des années pour expliquer ce phénomène d’inhibition de la fusion membranaire, comme par exemple la rigidification directe des membranes par insertion, mais plusieurs évidences suggèrent que les IFITM peuvent exercer des effets à la fois directs et indirects sur les membranes.

Grâce à une étude de lipidomique conduit sur de particules virales du VIH-1, nous avons mis en évidence qu’IFITM3 conduit à la production de membranes enrichies en trois classes de phospholipides (PLs) : les Céramides (Cer), la Phosphatidylcholine (PC) et les Phosphatidylinositols (PI). Nous sommes en train de confirmer ces changements à niveau cellulaire par microscopie confocale, suggérant que nous sommes en présence d’un réel, et nouveau, type de changement induit par IFITM3.

Les phospholipides sont des composants à part entière de la réponse antivirale, mais pour la plupart, les acteurs de cet aspect particulier du domaine de l’interaction hôte-pathogène ne sont pas bien connus, ni pleinement appréciés. Les changements lipidiques peuvent agir à plusieurs niveaux afin de moduler positivement ou négativement la réplication virale. En effet, ils peuvent altérer les propriétés biophysiques mêmes des membranes et ainsi moduler par exemple les mouvements latéraux de la gp41 ou des récepteurs cellulaires intégrés dans les membranes, mais ils peuvent aussi exercer des effets plus macroscopiques en modulant l’état d’activation de la cellule, sa migration, ou sa polarisation. Les Cer et le PC représentent respectivement de 2 à 50 % des lipides membranaires et peuvent donc influencer directement les propriétés fusogéniques des membranes. A l’inverse, les PI sont présents à des niveaux beaucoup plus faibles, mais jouent un rôle essentiel dans la signalisation cellulaire et agissent comme des plates-formes de recrutement pour des protéines qui peuvent elles-mêmes influencer le comportement membranaire, comme récemment suggéré pour IFITM3 dans les cellules B murines. Pour ces raisons, il nous semble important de comprendre comment IFITM3 induit des changements des Cer, du PC et des PI et de déterminer les conséquences de ceux-ci pour le VIH. Étant donné que ces conséquences peuvent êtres exercés à des niveaux très différents, nous commencerons par explorer leur poids dans le défaut de fusion membranaire induit par IFITM3. Plus généralement, nous pensons que les résultats de ce projet fourniront de nouvelles pistes d’investigation sur l’importance de la relation IFITM-PL sur d’autres aspects de la fonctionnalité cellulaire tels que l’état d’activation cellulaire, le contact de cellule à cellule, la polarisation, etc, paramètres qui modulent également la réplication du VIH.Ce projet s’inscrit dans la continuité d’une précédente subvention ANRS (AO 2019-1 se terminant en avril 2022) qui portait sur plusieurs aspects de la biologie des IFITM. Compte tenu de la complexité du sujet, la présente proposition est couplée à une bourse post-doctorale non nominative.