Winning projects and candidates

La protéine TRBP est une protéine impliquée dans divers mécanismes biologiques, tels que la réplication du virus HIV, ou en tant que co-facteur de la protéine Dicer, une RNase cytoplasmique de type III impliquée dans l’une des étapes de maturation des miARNs. Au cours de l’infection cellulaire par le virus HIV, TRBP favorise notamment la propagation virale en bloquant le caractère inhibiteur de l’ARN TAR viral sur la traduction des protéines virales, ou encore en interagissant directement avec les protéines PACT ou PKR, deux facteurs favorisant la multiplication du virus. Récemment, nous avons mis en évidence au laboratoire une interaction inédite entre la protéine TRBP d’une part, et la protéine RPAP3 d’autre part, qui appartient au complexe d’assemblage R2TP. Ce complexe multiprotéique joue le rôle de chaperon pour l’assemblage de diverses particules ribonucléoprotéiques, telles que les petites particules nucléolaires ou l’ARN polymérase II. Son implication et son rôle au cours du cycle viral du HIV ou de la maturation des miARNs n’a toutefois jamais été décrite. Notre mise en évidence d’une interaction directe entre la protéine TRBP et la protéine RPAP3 nous permet de proposer ce projet dans lequel nous tenterons de déterminer quels sont les fonctions possibles de la protéine RPAP3 et du complexe R2TP, en connexion avec TRBP, dans la réplication du virus.

Il est maintenant reconnu que les infections par Papillomavirus Humain (HPV) de haut risque oncogéniques sont à l’origine d’environ 7%-10% des cancers mondiaux. La quasi-totalité des cancers du col de l’utérus sont induits par une infection par HPV. Ces virus sont aussi à l’origine d’environ 60% des carcinomes épidermoïdes (CE) de l’anus qui sont diagnostiqués chez les femmes et les hommes ayant des rapports avec les hommes. Les CE de la vulve, du vagin et du pénis sont aussi liés à environ 60% à une infection par HPV. Enfin, les infections par HPV sont impliquées, en fonction des pays, dans la carcinogénèse de 5 à 70 % des CE des voies aérodigestives supérieures (VADS), en particulier au niveau de l’oropharynx. L’importance du rôle d’HPV dans la cancérogénèse de ces CE est vraisemblablement sous-estimée, car non connue, au Cambodge. De façon plus générale il existe aucune donnée extensive en Asie du Sud Est sur cette problématique. Aussi nous proposons un travail collaboratif dans le cadre d’une étude rétrospective monocentrique portant sur l’analyse de ces cancers opérés et inclus en paraffine à l’hôpital Calmette de Phnom Penh de 2000 à 2023 afin de déterminer la présence potentielle d’une infection par un HPV par des techniques de marquages immunohistochimie associées à une étude par PCR. Il apparait important, voire indispensable de mener ce travail afin de favoriser la mise en place de campagnes de prévention et l’amélioration de la prise en charge thérapeutique de ces cancers viro-induits. Enfin, l’élargissement de la couverture vaccinale de l’HPV aux garçons pourrait être argumentée par la mise en lumière de la présence de cancers HPV associés chez les hommes. Cette étude constituerait la première phase nécessaire à la mise en place d’étude prospective de plus grande envergure. Ce projet comporte aussi un volet pédagogique portant principalement sur la sensibilisation de la prise en charge des cancers viro-induits et sur l’apprentissage de nouvelles techniques diagnostiques.

La réplication du génome ARN du VIH-1 est un processus essentiel dans le cycle de vie du virus. La réverse transcriptase codée par le virus utilise l’ARNt3Lys de la cellule hôte pour amorcer la transcription inverse de son génome ARN en ADN proviral. Comme l’étape clé d’initiation de ce processus est réalisée en milieu clos, dans la capside, avant ou après infection des cellules cibles par les particules virales, une étape primordiale et incontournable de la transcription inverse de l’ARN du VIH-1 en ADN proviral est l’encapsidation de l’ARN amorce, l’ARNt3Lys de la cellule hôte, dans les particules virales au cours de l’assemblage des nouveaux virions. Les polyprotéines Gag et GagPol, ancrées à la membrane plasmique de la cellule hôte via la myristoylation de leur résidu Gly2, sont essentielles au recrutement des protéines et ARN viraux ou cellulaires qui seront encapsidés.

Nous avons montré que la lysyl-ARNt synthétase mitochondriale (mLysRS) de la cellule hôte est sélectivement encapsidée dans les particules du VIH-1 et sert de transporteur des ARNtLys au cours du processus d’encapsidation. Associée à l’ARNtLys , mLysRS interagit avec les domaines transframe (TF ou p6*) et surtout intégrase (IN) du domaine Pol de la polyprotéine GagPol. Ce complexe d’encapsidation a pu être reconstitué in vitro. L’association entre l’intégrase et la mLysRS est robuste (Kd de 13 nM) et des molécules inhibitrices de cette interaction ont été isolées in vitro. Dans un test ex vivo de développement viral, ces molécules inhibent la réplication virale sans effet toxique sur la viabilité cellulaire.

L’objectif de ce projet de recherche est de comprendre les modalités d’assemblage du complexe d’encapsidation, et plus particulièrement de l’interaction mLysRS:IN. La validation d’un modèle atomique de l’interface mLysRS:IN sera un support essentiel à la sélection et à l’évolution moléculaire d’inhibiteurs capables de bloquer l’association entre mLysRS et IN, et donc d’inhiber le cycle viral. Ce type de molécule constituerait une nouvelle cible thérapeutique.

Ce projet de recherche est basé sur deux axes principaux :

• La validation d’un modèle atomique de l’association mLysRS:IN, responsable de la capture de l’ARN amorce dans les particules virales ;

• La caractérisation du mode d’action sur le cycle viral de molécules capables de bloquer cette association in vitro.

L’hépatite B chronique (HBC) est un problème majeur de santé publique. Plus de 257 millions de personnes sont infectées par le virus de l’hépatite B (VHB) dans le monde, malgré un vaccin prophylactique efficace. Bien que les traitements actuels comme les analogues de nucléos(t)ides (NA) et l’interféron (PEG-IFN) parviennent à contrôler la réplication virale, les patients atteints d’HBC présentent un risque élevé de développer un carcinome hépatocellulaire (CHC) et une fibrose pouvant amener à une cirrhose.

Le système immunitaire joue un rôle prépondérant dans la physiopathologie de l’HBC, en déterminant sa progression vers la résolution ou la chronicité. Au cours du développement de l’HBC, la fréquence des cellules T spécifiques de l’antigène décroît fortement et de façon inversement proportionnelle à la charge virale détectée. Leurs phénotypes est aussi significativement altérée, on parle alors « d’épuisement ». Ainsi, plusieurs approches d’immunothérapie sont en cours de développement avec pour objectif de revigorer les lymphocytes T épuisés et/ou de reconstituer les réponses lymphocytaires dirigées contre le VHB. En particulier, les thérapies cellulaires par transfert adoptif de lymphocytes T génétiquement modifiés ont montré des résultats prometteurs dans des essais cliniques de phase I. Dans ce programme de recherche nous souhaitons évaluer la pertinence et la faisabilité d’une thérapie cellulaire innovante utilisant les lymphocytes T spécifiques du VHB provenant d’individus sains vaccines contre le VHB.

Notre hypothèse de travail est qu’après une vaccination contre le VHB des lymphocytes T CD4+ et CD8+ spécifiques de l’HBsAg-vaccinal (HBs-VAX) sont générés, et qu’ils présentent un phénotype mémoire et un profil fonctionnel compatibles avec leur utilisation en thérapie cellulaire allogénique pour le traitement des patients en infection chronique par le VHB ou soufrant d’un CHC HBC-induit.

Dans ce programme de recherche, nous utiliserons des méthodes dites multi-omiques afin de :

• Caractériser le phénotype et le répertoire clonal des lymphocytes T spécifiques de l’HBsAg chez des sujets sains vaccinés, mais aussi chez des patients ayant résolu une infection aigue au VHB ou en phase de guérison fonctionnelle de leur infection chronique.
• Déterminer la réactivité des lymphocytes T spécifiques de l’HBs-VAX dans des modèles de co-cultures utilisant des lignées cellulaires du CHC comme cible antigénique.
• Mettre en place une méthode d’isolement à grande échelle des LT-HBs-VAX, et évaluer la spécificité et l’absence d’allo-réactivité du produit cellulaire obtenu.

Nos résultats apporteront une caractérisation exhaustive des lymphocytes T spécifiques de l’HBsAg dans différentes cohortes de patients et de donneurs sains vaccinés. En outre, nous évalueront le potentiel thérapeutique des LT HBs-VAX, in vitro, ouvrant la voie à leur évaluation dans des modèles pré-cliniques.

La distribution mondiale et régionale du VIH-1 dépend de nombreux facteurs, tels que la prévalence du VIH-1, la mobilité des populations, les facteurs socio-économiques, les différentes souches virales et les différences d’accès au traitement antirétroviral et aux soins cliniques. Il est important de mieux comprendre la dynamique de l’épidémie de VIH-1, car elle sert de support aux recherches sur l’évolution du profil de l’épidémie et sur les implications potentielles pour le diagnostic, la prise en charge clinique et la santé publique.

Notre objectif est de retracer l’origine géographique de l’acquisition du VIH-1 pour les migrants en Europe du Sud, en utilisant les méthodes d’épidémiologie moléculaire les plus récentes. Nos objectifs sont:

– Réaliser des analyses phylogénétiques et phylogéographiques de l’acquisition du VIH-1 parmi les migrants de chaque pays participant (France, Grèce, Italie, Espagne et Portugal),

– Effectuer une analyse phylogénétique et phylogéographique globale de l’acquisition du VIH-1 chez les migrants au niveau européen,

– Évaluer les caractéristiques de la dynamique de transmission à travers la valeur ajoutée du séquençage à haut débit dans des chaînes de transmission spécifiques.

L’étude sera menée en utilisant toutes les données de séquences VIH-1 disponibles auprès des principaux centres de référence pour le VIH dans cinq pays européens participants et toutes les données accessibles au public dans le monde entier pour les sous-types et les formes recombinantes les plus répandus infectant les migrants. L’analyse sera basée sur des méthodes moléculaires pouvant fournir des estimations précises de l’origine la plus présumée de l’acquisition du VIH-1. Une combinaison de méthodes sera utilisée afin de tracer avec précision les caractéristiques spatiales de l’acquisition du VIH-1. Grâce au grand nombre de patients (n = 47039) qui seront inclus dans cette étude et provenant de pays à prévalence élevée du sud de l’Europe et compte tenu du nombre croissant de réfugiés en provenance d’Afrique du Nord et du Moyen-Orient, qui présentent l’une des plus fortes augmentations de nouvelles infections par le VIH au cours des dernières années, les résultats issus de ce projet fourniront de nouvelles informations sur les caractéristiques d’acquisition et de dispersion de l’infection VIH-1 parmi les migrants. Ces données obtenues grâce à des outils innovants auront un impact sur la prévention, les stratégies de dépistage et la prise en charge clinique du VIH.

CALENDRIER: juillet 2020 – décembre 2020: collecte des séquences et des données cliniques; janvier 2021 – décembre 2021: analyse phylogénétique; janvier 2022- décembre 2022: séquençage UDS, analyse phylogénétique et statistique UDS; janvier 2023 – juin 2023: valorisation des résultats (soumission de résumé aux congrès, publication).

Contexte : Les unités de sang AgHBs positives représentent encore plus de 50 % des poches jetées dans la plupart des banques de sang africaines. Plusieurs études ont montré que les tests infectieux de détermination rapide (TDR) sont efficaces pour réduire le risque d’infections transmissibles par la transfusion (ITT), en particulier lorsqu’ils sont utilisés selon des normes de qualité. Ces tests sont parfois considérés comme une mesure d’économie, en particulier dans les milieux à forte prévalence d’ITT tels que les services de sang africains. Nous n’avons pas trouvé de preuve que le processus de dépistage des infections avant le don (PDS) effectué dans les services de sang africains et utilisant le TDR soit une mesure pratique et économique dans les milieux à forte prévalence d’hépatite virale B comparé au test post-don (PDT). Objectifs : L’étude vise à évaluer le bénéfice clinique et économique du PDS de l’AgHBs en déterminant son acceptabilité opérationnelle, en comparant les prévalences de l’AgHBs dans les unités sanguines pendant le PDS et le PDT, et en calculant le coût du PDS par rapport au PDT. Méthodes : Un essai randomisé de 12 mois dans un service de sang hospitalier au Cameroun sera mené sur 3 000 donneurs de sang consentants qui seront sélectionnés au hasard pour le test de l’AgHBs avant le don ou après le don selon la procédure standard de selection médicale utilisée dans la banque de sang. Les participants seront recrutés parmi les donneurs de sang du Service du Sang du Centre Hospitalier et Universitaire de Yaoundé, lors de leur interview médical. Tous les donneurs de sang seront inclus dans l’étude après avoir fourni un consentement éclairé écrit.  Nous prévoyons d’enregistrer la satisfaction du donneur lors du conseil prédon et/ou de la notification post-don. Un questionnaire sera conçu pour inclure le niveau de satisfaction pendant le test, le conseil et la notification. La durée du processus (en minutes) et l’inconfort du donneur seront mesurés et comparés. La satisfaction du donneur sera notée sur une échelle de type Likert en 4 points : 4 (100 %) pour « entièrement satisfait », 3 (75 %) pour « modérément satisfait », 2 (50 %) pour « peu satisfait », 1 (25 %) pour « pas du tout satisfait». Un réactif préqualifié par l’OMS pour l’AgHBs sera utilisé pour le dépistage avant le don. Pour chaque donneur et don correspondant, le coût de traitement (si transformé en composants), d’incinération (si incinéré) et de stockage (durée de stockage) sera calculé à l’aide du modèle de tarification cumulative, en ajoutant le coût de chacune des variables citées ci-dessus. La charge de travail du personnel sera mesurée en nombre d’heures consacrées à l’accueil et au dépistage d’un participant. Pour chaque donneur de sang réactif au PDS ou au PDT, 5 ml de sang total seront collectés dans un tube EDTA pour des tests de confirmation. La confirmation de l’infection à VHB sur les échantillons réactifs PDS et PDT sera effectuée par l’équipe Nord, selon un algorithme qui integrera le test EIA AgHBs, le AcHBC, le dépistage génomique virale. La prévalence d’AgHBs et la performance de chaque stratégie seront calculés sur la base des résultats de tests de confirmation. Résultats attendus : Sur la base de ce qui a été décrit précédemment, nous nous attendons à ce que le risque infectieux des deux stratégies soit similaire, que le coût du PDS soit inférieur à celui du PDT,  que le score de satisfaction des donneurs de sang et du personnel soit similaire pour les  deux approches. Cette étude peut démontrer que le PDS aide à réduire les dons de sang inutiles et les déchets sanguins tout en améliorant le confort des donneurs de sang lors de la selection médicale. Les résultats seront publiés dans des revues scientifiques, partagés avec le ministère de la santé publique et les associations communautaires impliquées dans la prise en charge des patients ou le don de sang.