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Le virus de l’encéphalite japonaise (VEJ), flavivirus émergent transmis par les moustiques, est endémique dans 24 pays de la région Asie-Pacifique. Cette répartition géographique ne cesse d’augmenter. VEJ est la principale cause d’encéphalite virale chez les enfants en Asie. Une modélisation récente estime à 100 000 le nombre de cas d’encéphalite japonaise (EJ) par an et à 23 600 le nombre de décès, malgré les programmes de vaccination mis en place dans la plupart des pays à risque. L’épidémiologie de l’EJ est difficile à déterminer en raison de tests diagnostique sous-optimaux et de l’absence d’accès au diagnostic dans les zones rurales. En outre, des évolutions récentes – tels que: les campagnes vaccinales, l’immunité contre la dengue, l’augmentation des populations urbaines, l’amélioration des normes sanitaires et les changements climatiques – ont probablement conduit à une modification de l’épidémiologie de VEJ. Au Cambodge, malgré l’introduction de la vaccination en 2015, la fréquence de l’EJ chez les enfants reste élevée.  Nous proposons de mettre en place un projet visant à quantifier le fardeau de l’EJ et la circulation asymptomatique de VEJ au Cambodge par l’étude de deux cohortes d’enfants (i) des enfants suivis prospectivement, non fébriles au moment du recrutement et (ii) des enfants hospitalisés pour un syndrome neurologique fébrile (SNF) atteints d’une EJ.

Les points forts de ce projet résident dans la solide expertise des hôpitaux Kantha Bopha et de l’université des science de la santé (UHS) en recherche clinique et dans l’approche multidisciplinaire grâce à la participation d’experts reconnus : l’UVE en virologie des virus émergents, le SESSTIM et l’UHS en épidémiologie et géographie de la santé, le GHMI en immunogénétique, l’Institut Pasteur du Cambodge en entomologie, le SynatAc en maladies auto-immunes, le MMMI en modélisation mathématique des maladies infectieuses.

Cette étude portera sur deux groupes d’enfants âgés de 2 à 14 ans dans les hôpitaux Kantha Bopha de Siem Reap et de Phnom Penh. Le groupe 1 comprendra 2000 enfants se présentant à l’hôpital sans signes infectieux. Ils seront suivis à un an et à deux ans post inclusion. Le groupe 2 comprendra 2000 enfants hospitalisés pour un SNF. Un questionnaire standardisé (informations démographiques et antécédents médicaux) sera administré aux participants. Les échantillons « SNF » seront soumis à un large éventail de tests pour le diagnostic de l’EJ et le diagnostic différentiel. Les enfants atteints d’EJ (~30% des SNF) seront suivis jusqu’à un an post inclusion, pour l’évaluation des séquelles.  Le titrage des anticorps anti-VEJ et anti-DENV sera effectué pour modéliser leur cinétique et leurs interactions. Des enquêtes de terrain et des collectes de données climatiques et géographiques seront réalisées afin d’évaluer les facteurs sociaux et environnementaux associés au risque d’infection par le VEJ. Une enquête entomologique sera réalisée afin de déterminer les la densité et la saisonnalité des moustiques vecteurs du VEJ.

L’identification des zones à haut risque de circulation du VEJ et des facteurs de risque de l’EJ permettra de proposer des recommandation pour la vaccination des populations cibles prioritaires. La description de l’importance des étiologies traitables des SNF, y compris les maladies auto-immunes qui sont rarement étudiées chez les enfants au Cambodge, ainsi que l’identification de profils pronostiques de gravité, seront intégrés aux directives de prise en charge des SNF. Outre ces impacts directs sur la santé publique, ce projet apportera de nouvelles connaissances sur l’impact de l’immunité anti-dengue et des interactions entre les anticorps anti-DENV et anti-VEJ sur le déroulement de l’infection par le VEJ. Les premières données sur l’implication des déficiences de la réponse IFN dans le développement d’une infection VEJ sévère seront obtenues. Enfin, le renforcement des capacités est un aspect important de ce projet, avec le renforcement des capacités de laboratoire et des connaissances du personnel hospitalier et des étudiants sur les étiologies des méningo-encéphalites et les soins hospitaliers adaptés au contexte cambodgien.

Sous traitement antirétroviral, un faible pourcentage des personnes vivant avec le VIH (PVVIH) présente une virémie persistante de bas niveau (51 à 999 copies/mL sur plusieurs prélèvements consécutifs), malgré une bonne observance, un traitement efficace avec des molécules récentes et l’absence de résistance au traitement antirétroviral. Les virémies persistantes de bas niveau sont observées avec tous les traitements antirétroviraux, dont 1 à 2.5% des PVVIH sous traitement avec un inhibiteur d’intégrase de 2e génération (dolutegravir et bictegravir). Cette situation peut être génératrice de stress pour les PVVIH et les professionnels de santé, du fait du risque d’évolution vers l’échec virologique avec sélection de mutation(s) de résistance et du risque de transmission du virus au(x) partenaire(s). De plus, la prise en charge de cette situation clinique n’est pas codifiée.

La, ou les, origine(s) de cette virémie persistante de bas niveau est mal connue. Différentes hypothèses ont été rapportées, notamment la prolifération cellulaire de clones de cellules infectées, la production de virus non infectieux à partir de cellules dont le provirus est porteur de mutations, le relargage de virus produits dans les réservoirs anatomiques ou bien une production virale à la suite d’une stimulation à bas bruit du système immunitaire. Selon le mécanisme en cause, la prise en charge des PVVIH pourrait être différente, en maintenant le traitement antirétroviral, en introduisant des molécules avec une meilleure diffusion dans les tissus ou permettant de réduire l’inflammation et l’activation immunitaire.

Dans ce projet, nous inclurons 35 PVVIH présentant une virémie persistante et 35 PVVIH en suppression virologique (charge virale inférieure à 50 copies/mL), traités par un traitement antirétroviral comprenant du bictegravir, du dolutegravir ou le dernier inhibiteur non nucléosidique de la transcriptase inverse, la doravirine. L’objectif principal de ce projet de recherche est de comparer les caractéristiques du réservoir cellulaire du VIH entre ces deux groupes. Les patients inclus dans les deux groupes seront appariés sur leur nadir de lymphocytes T CD4 et sur la durée écoulée depuis l’initiation du traitement antirétroviral, car ce sont deux facteurs connus pour grandement influencer les niveaux du réservoir viral.

Nous séquencerons le génome complet des virus présents dans le plasma et dans les cellules sanguines, afin de comparer ces séquences, ce qui nous permettra d’identifier l’origine de ces virus plasmatiques. Nous étudierons également la taille du réservoir viral en quantifiant l’ADN total du VIH et les ARN viraux associés aux cellules, car la taille du réservoir viral pourrait être prédictif de l’apparition de ces virémies persistantes. Nous évaluerons la composition de ce réservoir à l’aide d’une PCR digitale (technique « Intact Proviral DNA Assay ») afin de quantifier le réservoir intact, qui peut donc être réactivé et produire de nouvelles particules virales, et le réservoir défectif (porteur de délétions en 5’ et/ou 3’ et/ou d’hypermutations G vers A). Nous rechercherons également la présence d’éventuelles mutations dans la région 5’ leader du VIH, ces mutations ayant été associé avec la production de virus non infectieux chez plusieurs patients.

Enfin, nous évaluerons différents paramètres immunologiques (activation immunitaire, prolifération cellulaire, épuisement immunitaire) par cytométrie de flux, afin d’évaluer le retentissement de cette présence continue de virus sur l’activation et l’épuisement du système immunitaire, et sur la prolifération cellulaire. Nous mesurerons également la réponse lymphocytaire dirigée contre le VIH car il a précédemment été rapporté que les virémies persistantes pourraient être à l’origine d’une augmentation de cette réponse cellulaire.

Ce projet a pour but de permettre de mieux comprendre l’origine de ces virémies persistantes et leur impact sur le système immunitaire. En identifiant spécifiquement quel(s) mécanisme(s) sont impliqués chez chaque PVVIH présentant une virémie persistante à bas niveau, nous pourrions proposer des prises en charge personnalisées et adaptées.

Le cancer de l’anus est un cancer assez rare en population générale (0,35 cas pour 100 000 personne-années). Cependant, on constate une augmentation de l’incidence de ces cancers HPV-induits depuis plusieurs années dans le monde. Une étude récente de Palefsky et al, a démontré l’importance du traitement des lésions anales de haut grade afin de prévenir les cancers anaux. Certaines populations telles que les HSH vivant avec le VIH âgés de plus de 30 ans sont plus à risque de développer un cancer de l’anus. Le dépistage des lésions anales peut se faire par analyse cytologique du frottis anal ou bien par détection des HPV de haut risque oncogène (HPV-HR), technique plus sensible que la cytologie. En cas de positivité de ces examens, les patients sont orientés vers une consultation de proctologie, idéalement avec réalisation d’un anuscopie haute résolution (AHR). L’accès à ces consultations est très limité, même dans les pays à haut niveau de revenu, du fait de l’expertise nécessaire et du coût du matériel pour réaliser l’AHR. Il est donc crucial de développer des marqueurs de triage permettant d’orienter vers ces consultations seulement les patients les plus à risque de cancer anal. Les marqueurs de méthylation du génome humain ont été développés dans la carcinogénèse cervicale HPV-induite en tant que marqueurs de triage. Des marqueurs de méthylation spécifiques de la carcinogénèse anale ont été mis en évidence sur biopsie anale par l’équipe de Van Der Zee. Dans un premier travail supporté par l’ANRS, nous avons adapté ces marqueurs pour une analyse sur frottis anal, moins invasif. Nous avons démontré pour la première fois leur caractère prédictif pour le cancer de l’anus chez des patients avec antécédents de lésions anales de haut grade suivis prospectivement dans la cohorte française nationale multicentrique AIN3. Dans les pays à faible ou moyen niveaux de revenus, les analyses de cytologie sont le plus souvent inaccessibles du fait du manque d’expertise en anatomopathologie. Le développement de marqueurs de triage utilisant les techniques d’amplification génique également utilisées pour la détection HPV permettrait de mettre en place des algorithmes décisionnels pour orienter les patients les plus à risque vers un examen proctologique.

La cohorte ANRS12400 DEPIST-H inclut 200 HSH, dont la moitié vivent avec le VIH, qui sont suivis de manière prospective depuis 2021 avec la réalisation d’un frottis anal par an jusqu’à fin 2023 et d’un auto-prélèvement anal en parallèle du frottis anal à M12. L’analyse des frottis anaux réalisés à M0 et M12 a rapporté une prévalence élevée des infections à HPV-HR, autour de 76%, et les analyses cytologiques à M0 rapportent 5% de lésions de haut grade. L’analyse des auto-prélèvements anaux réalisés à M12 rapporte une bonne concordance pour la détection des HPV-HR avec les frottis anaux classiques. L’étude des marqueurs de méthylation ZNF582 et ASCL1 sur les frottis de cette cohorte serait la première étude longitudinale de ces marqueurs de méthylation chez des patients à risque de cancer anal sans antécédents de lésions anales de haut grade. L’objectif principal de cette étude est de démontrer le caractère prédictif des marqueurs de méthylation ASCL1 et ZNF82 pour des lésions cytologiques de haut grade sur les frottis anaux chez les HSH vivant ou non avec le VIH inclus dans la cohorte DEPIST-H ANRS12400. Les objectifs secondaires de cette étude sont d’étudier d’une part l’évolution longitudinale des marqueurs de méthylation en fonction des infections anales à HPV-HR et des lésions cytologiques et d’autre part la faisabilité et la validité de l’analyse de ces marqueurs de méthylation sur les auto-prélèvements anaux.

Ces résultats permettraient d’améliorer les algorithmes de dépistage des lésions anales de haut grade à traiter. De plus, dans les pays à faibles et moyens niveaux de revenus où l’accès aux structures de soin est parfois limité, la démonstration de la validité de ces marqueurs sur auto-prélèvement anal permettrait d’envisager un dépistage moléculaire du cancer de l’anus pour définir les patients qui doivent accéder à une consultation de proctologie de façon prioritaire.

En 2019, selon l’OMS, environ 296 millions de personnes dans le monde vivaient avec le virus de l’hépatite B (VHB) et cette infection entraîne plus de 820.000 décès par an liés à la cirrhose et au carcinome hépatocellulaire (CHC). En France en 2016, 136 000 personnes vivaient avec le VHB et 7% des cirrhoses et 10% des CHC étaient liés au VHB.

L’infection chronique par le VHB peut être divisée en 5 phases : (1) l’infection chronique AgHBe+, (2) l’hépatite chronique AgHBe+, (3) l’infection chronique AgHBe-, (4) l’hépatite chronique AgHBe- et (5) la phase AgHBs négative. L’infection chronique VHB est un facteur de risque de progression vers la cirrhose et le CHC.

Le risque de CHC est variable selon les phases de la maladie, la réplication virale et la réponse immunitaire de l’hôte. Pour les patients avec une infection virale AgHBe+ ce risque est mal évalué du fait de l’absence d’étude longitudinale à long terme. Par ailleurs, l’impact des comorbidités extra hépatiques (obésité, alcool, diabète) sur le risque de CHC est peu évalué dans les cohortes existantes. Dans la cohorte ANRS CO22 HEPATHER, nous avons montré que l’âge, le sexe masculin, le syndrome métabolique, la consommation d’alcool et la charge virale B ont un effet direct sur la survenue d’une fibrose hépatique avancée qui prédisait à son tour la survenue du CHC. Le risque de CHC est significativement plus faible chez les patients ayant une perte durable de l’AgHBs avec ou sans séroconversion HBs, définissant la guérison fonctionnelle.

La perte spontanée de l’AgHBs est un évènement rare dans l’histoire naturelle du VHB (environ 1% par an) et les facteurs associés à cette perte restent mal connus. Le rôle de l’ethnie, des génotypes et des autres facteurs viraux ou de l’hôte (notamment génétiques) restent donc entièrement à déterminer.

L’objectif de cette étude est de documenter les événements cliniques et biologiques des patients avec une infection ou une hépatite B chronique, avec ou sans traitement. L’étude HEPAT-B est une étude observationnelle multicentrique avec recueil prospectif de données et constitution de collections biologiques des malades ayant ou ayant eu une hépatite B. Les patients éligibles sont issus de la cohorte HEPATHER qui prend fin en 2024 et les données et échantillons collectés dans HEPATHER seront conservés pour l’étude HEPAT-B qui prolonge le suivi de ces patients.

Dans cette cohorte, il est prévu de: 1) documenter la perte de l’AgHBs et identifier les facteurs associés (biomarqueurs, traitements), 2) décrire le risque évolutif chez les patients avec infection chronique HBe- (ex porteurs inactifs), 3) identifier les facteurs associés à la survenue de CHC, 4)         évaluer l’impact des nouveaux traitements ou des modifications des traitements de l’hépatite B (arrêt des analogues nucléosidiques/nucléotidiques (NUCs) ou ajout aux NUCs des nouvelles molécules en cours d’évaluation) sur la perte de l’AgHBs et la survenue des complications hépatiques (Cirrhose, CHC) ou extra hépatiques), 5) documenter le vécu et les difficultés rencontrées par les personnes vivant avec l’hépatite B chronique, du dépistage aux soins, afin de mieux répondre à leurs besoins et de fournir des recommandations permettant d’adapter les activités des services de santé à cette population et 6) identifier les facteurs psychosociaux (qualité de vie, santé mentale), comportementaux et socio-économiques associés à la progression de la maladie hépatique (en lien avec la sévérité de l’hépatite B chronique et les comorbidités) et à la rétention dans les soins.

Cette cohorte prévoit l’inclusion de 5000 patients préalablement inclus dans la cohorte ANRS CO22 HEPATHER, initiée il y a plus de 12 ans, dans 25 centres cliniques. Cette étude permettra de prolonger le suivi de ces patients de 4 ans supplémentaires. La période d’inclusion, prévue sur un an, débutera au cours de l’année 2024. En plus de la visite d’inclusion, deux visites de suivi seront réalisées à 2 ans et à 4 ans de suivi. Une biothèque sera constituée à l’inclusion et à 4 ans et des questionnaires portant sur le domaine des sciences humaines et sociales seront complétés par les patients tout au long du suivi.

Contexte, objectif principal. Les bithérapies antirétrovirales font l’objet d’un intérêt croissant pour l’optimisation et l’allégement du traitement ARV des PVVIH. Les bithérapies actuellement recommandées reposent sur le dolutégravir, un inhibiteur de l’intégrase (INI), ou sur les inhibiteurs de protéase (IPs) boostés. Les INIs peuvent poser des problèmes de tolérance, neuropsychiques mais également métaboliques (prise de poids, hypertension artérielle, dyslipidémie, diabète), de même que les IPs boostés, qui posent aussi des problèmes d’interactions médicamenteuses. La doravirine (DOR), inhibiteur non nucléosidique de la transcriptase inverse (INNTI), présente des caractéristiques virologiques et pharmacologiques intéressantes, qui pourraient en faire une molécule de choix en bithérapie, en association avec la lamivudine (3TC). Nous souhaitons donc évaluer l’efficacité virologique de la bithérapie DOR/3TC en traitement de maintenance.

Méthodologie. L’essai MODULO est un essai prospectif interventionnel, multicentrique, en ouvert, conçu pour évaluer la non-infériorité à S48 de la bithérapie DOR/3TC, en comparaison à la bithérapie dolutégravir/lamivudine (DTG/3TC), à maintenir le succès virologique (charge virale plasmatique [CVp] <50 copies/mL). Avant la randomisation dans l’un des deux bras de l’étude, les participants reçoivent une trithérapie ARV suppressive. Un suivi jusqu’à S96 est prévu. Au total, 370 participants devront être inclus (185 par bras).

Population de l’étude. Adultes infectés par le VIH-1, ayant à l’inclusion une CVp <50 copies depuis au moins 24 mois, sous trithérapie stable associant 2 INTIs + 1 INNTI ou 1 INI ou 1 IP boosté depuis au moins 12 mois, sans résistance à la doravirine, au dolutégravir ou à la lamivudine.

Critères de jugement. Le critère de jugement principal est la proportion de participants en échec virologique à S48 (survenue de deux CVp consécutives >50 copies/mL à 1-3 semaines d’intervalle). Les critères de jugement secondaires incluent le taux de succès virologique à S48 et S96, le taux d’arrêt de traitement pour des raisons non virologiques, les concentrations plasmatiques en ARV, l’évolution des paramètres immunologiques (CD4, ratio CD4/CD8) et métaboliques (poids, pression artérielle, glycémie, lipides) au cours du suivi, ainsi que l’évolution du réservoir viral (virémies résiduelles, ADN-VIH total). La satisfaction liée au traitement sera également évaluée. Une sous-étude sur le compartiment génital évaluera le contrôle de la réplication virale et les concentrations en ARV dans les sécrétions génitales. 

Enjeux de l’étude. L’essai MODULO a pour ambition de valider une alternative thérapeutique innovante pour les PVVIH en succès thérapeutique, dans une idée d’individualisation du traitement, en utilisant une combinaison antirétrovirale qui s’affranchit des principales limites des combinaisons aujourd’hui les plus utilisées.