Winning projects and candidates

Daxx est une protéine chaperonne, majoritairement nucléaire, impliquée dans de nombreux processus cellulaires, comme l’apoptose et la répression transcriptionnelle. Lors de travaux antérieurs, nous avons identifié cette protéine comme un facteur de restriction capable d’inhiber la réplication du VIH-1. Le mécanisme d’action de Daxx est particulièrement original, puisque l’infection par le VIH-1 provoque la translocation de Daxx du noyau vers le cytoplasme. De façon intrigante, d’autre rétrovirus non humains déclenchent aussi la translocation de Daxx, mais pas le virus de la grippe (un orthomyxovirus) ou le virus de la stomatite vésiculaire (un rhabdovirus). Récemment, nous avons démontré que l’infection par le SARS-CoV-2 induisait également la sortie de Daxx du noyau et que celui-ci inhibait alors la réplication du virus.

Dans le cas du VIH-1, nous avons démontré que c’est la rétro-transcription qui déclenche le signal induisant la translocation de Daxx, mais la nature de ce signal est cependant inconnue.

Une fois dans le cytoplasme, Daxx interagit, via son domaine de liaison à SUMO (SIM, pour “SUMO interacting motif) avec les capsides entrantes et recrute un complexe multi-protéique qui empêche leur décapsidation. Par ailleurs, nous avons des résultats préliminaires suggérant que Daxx est également incorporée dans les particules virales et inhibent leur réplication.

Toutes ces observations soulèvent de nombreuses questions sur le mécanisme de restriction virale médiée par la protéine Daxx et notamment sur les déterminants viraux et cellulaires qui déclenchent sa sortie du noyau et son encapsidation dans les particules virales. Notre projet de recherche vise à lever le voile sur ces zones d’ombre.

Nous étudierons donc tout d’abord la localisation subcellulaire de Daxx au cours de l’infection VIH-1, par une approche d’imagerie en temps réel, afin d’identifier quelle voie de signalisation déclenche la translocation de Daxx. Nous identifierons également les déterminants viraux permettant à Daxx d’être encapsidée dans les particules virales, ainsi que le mécanisme qui permet à Daxx d’interférer avec l’infectivité de ces particules. Ces aspects seront notamment évalués dans les principales cellules-cibles du VIH-1, afin de comparer l’expression de Daxx, sa propension à être encapsidée et les conséquences de son encapsidation sur la réplication virale. D’autres pistes de recherche seront également explorées. En particulier, étant donné que Daxx interagit avec la capside du VIH-1 via son domaine SIM et que nos résultats préliminaires font suspecter une interaction directe de Daxx avec la cyclophiline A (CyPA), nous étudierons si cette protéine cellulaire liée à la capside du virus, est SUMOylée. Enfin, nous évaluerons si le domaine D/E de Daxx est impliqué dans son activité anti-VIH. En effet, ce domaine a récemment été identifié comme étant capable de reconnaitre les protéines mal repliées et ainsi permettre à la protéine Daxx de restaurer leur conformation. Il est tentant d’imaginer que cette activité ” disaggregase” de Daxx pourrait être impliquée dans son activité antivirale.

Notre projet de recherche permettra de répondre à des questions cruciales relatives à l’activité antivirale de Daxx et de mieux comprendre les relations complexes que le virus entretient avec cette protéine cellulaire. Élucider le mécanisme d’action de Daxx constitue un important défi de la recherche sur les défenses antivirales, contre le VIH-1, mais également contre d’autres virus pathogènes.

L'infection par le VHB provoque des hépatites aiguës et chroniques. Si l'hépatite B aiguë est résolutive dans la plupart des cas, l'hépatite B chronique est chronique et, chez 15 à 40 % des patients, elle entraîne une cirrhose, une décompensation hépatique ou un carcinome hépatocellulaire (CHC). L'infection chronique par le VHB touche actuellement plus de 300 millions de personnes et, malgré un vaccin efficace contre le virus, on recense environ 1,5 million de nouveaux cas d'infection chaque année. De plus, l'infection par le VHB est responsable de près de 900 000 décès chaque année, la plupart dus à la cirrhose ou au CHC, cinquième cancer le plus fréquent dans le monde. En conclusion, les maladies hépatiques liées au VHB continuent de représenter un problème majeur de santé publique dans le monde. Bien que les soins de référence réduisent la réplication virale et limitent partiellement la progression de la maladie, ils conduisent rarement à la guérison ; le traitement doit donc généralement être administré à vie. L'hépatite B chronique (HBC) se caractérise par la persistance de l'ADN viral dans les cellules infectées sous forme d'ADN circulaire fermé covalent (ADNccc), généré et maintenu par les protéines de l'hôte. Il est crucial de noter que l'ADNccc n'est pas ciblé par les médicaments approuvés. Ainsi, cibler les facteurs hôtes qui contribuent au cycle viral offre des opportunités pour le développement de stratégies thérapeutiques innovantes visant à guérir le VHB. Le foie est l'organe métabolique central des mammifères, et il est bien établi que sa fonction physiologique est régulée temporellement par l'horloge circadienne hépatique (CC). Plusieurs études sur des modèles (murins) de maladies hépatiques ont établi que la perturbation de l'horloge circadienne hépatique (CC) est un déterminant important du développement de la maladie hépatique chronique, de la fibrose et du carcinome hépatocellulaire (CHC). Parallèlement, le rôle fonctionnel d'une CC hépatique perturbée dans la maladie hépatique causée par une infection chronique par le VHB est inconnu. Nos récentes recherches ont montré que l'expression des gènes rythmiques du CC hépatique humain et de ses régulations est fortement perturbée par l'infection chronique par le VHC, ce qui favorise la fibrose virale et le risque de CHC. Il est important de noter que nous avons démontré que la perturbation du CC entraîne une augmentation persistante des signaux pro-inflammatoires et pro-fibrotiques, facteurs connus de maladies hépatiques chroniques et de CHC. L'ensemble de ces recherches suggère que la perturbation du CC hépatique induite par le VHB contribue probablement à la biologie de la maladie et au risque de cancer. Par ailleurs, la compréhension de la régulation circadienne des réponses immunitaires innées dans les hépatocytes, telles que les gènes stimulés par l'interféron, pourrait également avoir des implications thérapeutiques pour l'amélioration des approches et stratégies thérapeutiques actuelles en développement. Il s'agit notamment d'identifier de nouvelles cibles pour l'hôte ou d'améliorer les normes de soins par l'optimisation de l'administration circadienne (e.g., la chronothérapie) afin d'améliorer l'efficacité tout en réduisant la toxicité. En utilisant de multiples stratégies expérimentales et des approches bioinformatiques, cette étude permettra de comprendre l'impact des perturbations du CC hépatique induites par le VHB sur la biologie de la maladie et le risque de CHC chez les patients. De plus, la compréhension du lien mécanistique entre les régulations médiées par le CC opérant dans les hépatocytes pourrait contribuer à améliorer les approches thérapeutiques actuelles et les stratégies en cours de développement. Il s'agit notamment d'identifier de nouvelles cibles hôtes ou d'améliorer les normes de soins par l'optimisation de l'administration circadienne. Nous prévoyons que l'étude des mécanismes moléculaires des interactions VHB-CC permettra de découvrir de nouvelles cibles candidates et voies immunomodulatrices pour la guérison fonctionnelle du VHB – un besoin médical majeur non satisfait à l'échelle mondiale.

RETRANSMEM s’inscrit dans le prolongement d’une enquête sur la mémoire de la lutte contre le VIH/sida à Marseille ayant donné lieu au repérage et à la constitution d’un corpus de données, riche dans sa diversité et complexe par leur dissémination et la variété de leurs régimes d’encadrement.

L’objectif de cette recherche est d’analyser les usages et pratiques des acteurs et actrices impliqués dans le cycle de vie des données liées à cette mémoire, les distances observées entre le droit dans les livres et le droit dans les actes quant aux catégories (données pour la recherche/mémoire pour la communauté, archives/objet, etc.), et quant aux processus qui interviennent tout au long de la chaîne patrimoniale, de l'accès à la réutilisation en passant par la conservation, le traitement et la diffusion. 

RETRANSMEM propose de piloter une réflexion interdisciplinaire sur les enjeux juridiques et éthiques, archivistiques, politiques et sociaux que soulèvent d’une part les données produites dans le cadre de recherches qualitatives en SHS dans le champ de la santé publique et d’autre part les données patrimoniales conservées au sein de différents dispositifs de conservation du passé (musées, centres d’archives publics ou privés). Le projet est organisé autour de trois axes : 
       
(1) un état des lieux des projets récents liés aux enjeux de mémoires épidémiques, avec une attention portée à leurs politiques d’archivage des données ;      
(2) une analyse des dispositifs de conservation patrimoniaux et associatifs et la mise en œuvre du traitement des entretiens enregistrés issus de l’enquête ;   
(3) l’élaboration collective de dispositifs de partage interopérables pour ces données disséminées, dans le respect des cadres juridiques et des attentes exprimées par les premiers concernés.

Contexte. Les traitements de dernière génération de l’hépatite C chronique sont très efficaces avec une réponse virologique soutenue (RVS) obtenue dans plus de 95% des cas. La RVS est associée à une amélioration du pronostic mais le risque de complication hépatique (risque résiduel) ne devient pas pour autant nul. Le sous-groupe de patients pour lesquels le suivi spécialisé après la RVS est toujours nécessaire doit être mieux défini, de même que les modalités de ce suivi. Chez les patients cirrhotiques de la cohorte CirVir, la présence d’un syndrome métabolique augmente le risque de carcinome hépatocellulaire après la RVS. Dans cette même cohorte, nos données préliminaires montrent que l’évolution de marqueurs biologiques simples (ASAT, ALAT, plaquettes) après la RVS est corrélée au risque de complication hépatique. Ces résultats suggèrent qu’il est possible de modéliser le risque résiduel hépatique après la RVS à l’aide de l’évolution de paramètres simples et de la présence des comorbidités. La cohorte Hepather représente une opportunité unique de développer et valider une telle modélisation dans une très large cohorte multicentrique nationale de la « vraie vie », permettant ainsi d’obtenir des résultats très robustes avec un haut niveau de preuve scientifique.

Objectif principal. L’objectif principal de l’étude CORUSCANT est de modéliser le risque résiduel de complication hépatique (décompensation de cirrhose, carcinome hépatocellulaire, décès hépatique/transplantation hépatique) après l’éradication du virus de l’hépatite C à l’aide du profil évolutif de variables biologiques simples et de la présence des comorbidités hépatiques (consommation d’alcool, paramètres métaboliques). Une originalité sera de prendre en compte le profil évolutif des paramètres testés pour affiner la prédiction et obtenir un modèle performant.

Objectifs secondaires.  Evaluer l’évolution des comorbidités hépatiques (consommation d’alcool, paramètres métaboliques) avant et après l’éradication du virus de l’hépatite C. Déterminer le risque de survenue de complication hépatique en fonction de l’évolution au long cours des comorbidités hépatiques après l’éradication du virus de l’hépatite C

Méthodes. L’étude CORUSCANT ne nécessite que les données déjà disponibles dans l’eCRF de la cohorte Hepather, aucun recueil ni dosage sur sérothèque supplémentaire n’est nécessaire. Les données requises pour l’étude CORUSCANT incluent : les données cliniques et biologiques à baseline et au cours du suivi (consommation d’alcool, paramètres du syndrome métabolique, biologie simple), ainsi que les événements cliniques au cours du suivi (ascite, infection du liquide d’ascite, syndrome hépatorénal, encéphalopathie hépatique, apparition de varices intestinales à risque hémorragique, hémorragie digestive par rupture de varice intestinale, carcinome hépatocellulaire, transplantation hépatique, décès et cause du décès).

La population sera divisée en deux groupes : dérivation et validation. Nous réaliserons dans le groupe de dérivation une modélisation conjointe des données longitudinales et de temps d’événement dans un modèle multi-états. Une étude de calibration, et une validation interne par live one out seront également réalisées. Le développement du modèle se fera en suivant les guidelines TRIPOD. Des études de discrimination et de calibration seront ensuite effectuées dans le groupe de validation pour valider le modèle. Enfin, une application web via Rshiny sera développée pour permettre aux cliniciens d’utiliser ce modèle en pratique clinique.

Retombées. Notre approche va permettre de développer et valider un modèle décrivant l’histoire naturelle de la maladie après l’éradication du virus de l’hépatite C, et ainsi le risque individuel de complication hépatique après la guérison virale (exprimés en pourcentage à différents temps t). Un tel outil sera très utile en pratique clinique pour rationaliser la prise en charge des patients après l’éradication du virus de l’hépatite C (médecine personnalisée) et optimiser l’utilisation des ressources humaines et matérielles de notre système de santé.