Winning projects and candidates

Le projet ESCAPE vise à redéfinir les stratégies de réponse aux épidémies dans les pays à revenu faible et intermédiaire (PRFI) en identifiant et en exploitant des clusters spatiaux épidémiologiquement significatifs issus des données de mobilité de la population. Centré sur l’épidémie d’Ebola de 2014–2015 en Guinée, ESCAPE exploitera des données de téléphonie mobile anonymisées provenant d’environ 9 millions d’utilisateurs, ainsi que des rapports épidémiologiques détaillés au niveau préfectoral, afin de mieux aligner les stratégies d’intervention sur les dynamiques réelles de transmission. Le projet répond à une limite majeure des interventions de santé publique traditionnelles: leur ancrage sur des frontières administratives statiques, qui ne reflètent pas nécessairement les schémas de propagation des maladies façonnés par les mouvements humains. ESCAPE extraira des clusters spatiaux guidés par la mobilité et évaluera leur pertinence en tant qu’unités dynamiques, fondées sur les données, pour des actions de santé publique ciblées. Le projet poursuit deux objectifs principaux: (1) identifier des clusters de mobilité à l’aide de la science des réseaux appliquée aux données de téléphonie mobile; (2) simuler l’impact des interventions ciblant ces clusters à l’aide de modèles épidémiques de type métapopulation. En comparant ces résultats avec les stratégies historiquement fondées sur les frontières administratives, ESCAPE quantifiera les gains en matière de réduction de la propagation épidémique et de l’impact sociétal. Ce projet propose ainsi une nouvelle solution de rupture pour la préparation aux épidémies dans des contextes à ressources limitées, avec des implications potentielles pour la gestion d'autres maladies infectieuses sensibles à la mobilité.

Les maladies arbovirales comptent parmi les défis les plus pressants de santé publique mondiale en 2026. Causées par des virus à ARN transmis par des arthropodes hématophages, elles comprennent notamment le virus de la dengue (DENV), le virus du chikungunya (CHIKV), le virus Zika (ZIKV) et le virus de la fièvre jaune (YFV). Leur impact clinique et épidémiologique est considérable, allant de syndromes fébriles bénins à des formes hémorragiques, neurologiques, congénitales ou mortelles. Ces dernières années, leur importance s’est accrue sous l’effet de l’instabilité climatique, de l’urbanisation, de l’expansion des vecteurs et de la mobilité humaine, qui favorisent l’émergence, la persistance et la diffusion de ces virus. Le Brésil demeure l’un des pays les plus touchés au monde, tandis que la France métropolitaine fait face à un risque croissant de transmission autochtone. Dans ce contexte, il est urgent de disposer de cadres analytiques capables d’extraire, à partir des données génomiques, des informations épidémiologiques rapides et pertinentes. La phylodynamique offre une voie puissante en reliant les histoires évolutives virales aux processus épidémiques. Toutefois, les modèles phylodynamiques actuels ont été conçus pour des agents pathogènes à transmission directe et ne rendent pas adéquatement compte de la transmission arbovirale, dans laquelle l’infection est médiée par des vecteurs et structurée par des phases d’incubation chez les hôtes vertébrés comme chez les moustiques. Cette inadéquation limite la fiabilité de l’inférence épidémiologique et restreint l’usage des données génomiques pour la surveillance et la reconstruction des épidémies. VECTRA répondra à cette lacune en développant un cadre phylodynamique fondé sur l’apprentissage profond, spécifiquement dédié aux maladies virales à transmission vectorielle. Le projet concevra un nouveau modèle représentant explicitement des compartiments exposés et infectieux dans les populations humaines et vectorielles, reflétant ainsi la structure biologique fondamentale de la transmission arbovirale. Ce cadre sera intégré dans une chaîne d’inférence évolutive et extensible reposant sur des réseaux neuronaux, permettant l’analyse rapide de grands jeux de données phylogénétiques tout en conservant un fort réalisme épidémiologique. Le projet établira aussi la puissance statistique et les exigences minimales d’échantillonnage génomique nécessaires à une inférence robuste dans des scénarios de transmission vectorielle, au moyen de simulations étendues et de jeux de données empiriques issus de populations humaines et de moustiques. Le cadre développé sera appliqué aux grandes épidémies de dengue et de chikungunya survenues au Brésil en 2024, un terrain d’étude pertinent par son ampleur, sa couverture génomique, son hétérogénéité écologique et son chevauchement temporel avec d’importantes anomalies climatiques. En analysant des milliers de génomes viraux, le projet estimera des paramètres clés de transmission et examinera l’influence des conditions environnementales sur l’intensité épidémique dans différents clusters de transmission. Pour certains clusters de plus petite taille, les estimations obtenues par apprentissage profond seront comparées à une implémentation bayésienne classique adaptée à la transmission vectorielle, afin d’assurer une validation rigoureuse de la cohérence et de l’incertitude des résultats. En réunissant arbovirologie, génomique évolutive et modélisation épidémique, VECTRA comblera une lacune méthodologique majeure. Il fournira un cadre open source adapté à la transmission arbovirale, générera de nouvelles connaissances sur la dynamique des grandes épidémies au Brésil et renforcera l’usage des données génomiques pour la surveillance, la préparation et la réponse de santé publique dans des contextes endémiques comme émergents. Au-delà de ses contributions scientifiques immédiates, le projet favorisera le renforcement des capacités franco-brésiliennes en phylodynamique et soutiendra la formation d’une nouvelle génération de chercheurs à l’interface entre virologie, science des données et inférence épidémique.

Le virus du chikungunya est un arbovirus ré-émergent qui se transmet à l'homme par l'intermédiaire du moustique vecteur Aedes, provoquant des épidémies à grande échelle avec une propagation rapide et des taux d'infection élevés. Endémique en Afrique, en Asie et en Amérique, le CHIKV provoque des arthralgies fébriles chez l'homme, qui peuvent persister dans certains cas pendant des années. Compte tenu de la propagation du vecteur Aedes et de l'absence d'antiviraux efficaces, le CHIKV représente un risque important pour la santé publique, la société et l'économie. Il est essentiel de comprendre le processus de réplication virale pour mettre au point des traitements efficaces. La réplication et la transcription du CHIKV sont assurées par un complexe réplicase (CR) formé de quatre protéines non structurelles (nsP1-4) codées par le génome viral. Le génome de l'ARN simple brin positif (+ssRNA) détourne les ribosomes de l'hôte après la désenrobage et la libération dans la cellule. Les nsP sont traduits sous forme de polyprotéine à partir du premier cadre de lecture ouvert (ORF1) et clivés en CR actifs par la protéase nsP2. Les données structurales et biochimiques actuelles sur les nsP se limitent à des domaines ou des protéines individuels, ce qui restreint notre compréhension de leur fonction concertée dans la synthèse de l'ARN. Dans notre laboratoire, la structure du CHIKV CR complet a récemment été résolue à l'aide de la cryoEM à particule unique, révélant un complexe de 3MDa. Grâce à ces assemblages, nous pouvons enfin envisager une étude holistique de la synthèse in vitro de l'ARN dans cette importante famille de virus.

Ce projet combinera des tests d'activité avec des structures cryo-EM du CR tardif à différents stades de la synthèse de l'ARN+ afin d'élucider la fonction du complexe. Le projet déterminera les modèles d'ARN optimaux pour la réplication, évaluera le couplage entre les différents PNS pendant la synthèse de l'ARN et fournira des instantanés structurels du CR à différents stades de la réplication. Pour ce faire, on testera la liaison de l'ARN aux CR CHIKV reconstitués par polarisation de fluorescence ou par déplacement de mobilité en utilisant des ARN couplés à des fluorophores et en comparant les activités de synthèse de l'ARN de divers sous-complexes nsP afin d'expliquer la fonction de l'hélicase nsP2 et de la barrique nsP3. Les CR seront incubés avec des séquences d'ARN optimales pour l'analyse cryo-EM, dans le but de capturer le complexe dans les états de pré-initiation et d'élongation. Des mutants de CR ciblés seront générés et testés sur la base des connaissances structurelles. Les résultats attendus montreront que le CR est actif dans la synthèse de l'ARN, détermineront les préférences en matière de matrice et mettront en évidence une activité de synthèse spécifique au promoteur. Cela fournira un aperçu structurel et fonctionnel détaillé de la réplication de l'ARN, grâce auquel nous comprendrons le rôle coopératif des PNS dans la synthèse de l'ARN. L'étudiant acquerra des compétences en matière de transcription de l'ARN, de purification du CR, de cryo-EM et d'analyse des données afin de fournir une approche intégrée de la recherche sur la réplication virale.

L’encéphalite à tiques (TBE) et la borréliose de Lyme (BL) sont deux zoonoses à tiques d’importance croissante en santé publique. Comprendre et estimer les facteurs pouvant expliquer leurs répartitions est nécessaire pour aider la mise en place de mesures de prévention et de contrôle. Dans la partie Ouest de l’Europe, TBE et BL sont transmises par la même tique Ixodes ricinus. En France, la BL est présente depuis plusieurs décennies, avec des régions à risque accru (Grand-Est (GE), Auvergne-Rhône-Alpes (AURA)). Des cas sporadiques de TBE sont rapportés dans la région GE depuis 1968, et le nombre de cas rapportés a augmenté depuis le début des années 2000, affectant de nouvelles zones, suscitant une inquiétude croissante (la TBE est à déclaration obligatoire depuis 2021). Comme la TBE et la BL sont transmises par le même vecteur, étudier ces deux maladies conjointement sur les mêmes zones affectées offre des avantages significatifs. Grâce à l’utilisation de techniques de modélisation spatiale de pointe combinées à une série unique de données «One Health» (variables environnementales, hôtes animaux et variables anthropiques) sur les deux maladies, l’objectif de cette thèse est de cartographier le risque d’infection de LB et TBE en France, et d’estimer les déterminants sous-jacents associés. Les cartes de risques produites permettront une utilisation translationnelle des résultats pour les campagnes de surveillance et de prévention. Ce projet de thèse s’inscrit dans un projet de recherche sur la dynamique de transmission et de distribution spatiale de LB et TBE en France dans une approche «One Health». Cela assurera un environnement de recherche riche et dynamique pour le doctorant, tout en s’appuyant sur un réseau d’experts et de collaborateurs au niveau national sur l’étude des arbo-pathogènes zoonotiques d’importance en santé publique.

À Nouméa, en Nouvelle-Calédonie, les moustiques Aedes aegypti infectés par Wolbachia, une bactérie symbiotique intracellulaire héréditaire qui rend son hôte résistant aux virus, ont été déployés comme stratégie de biocontrôle pour prévenir les épidémies de virus de la dengue (DENV). Cependant, il a été démontré que l'infection du moustique par Wolbachia modifie la diversité des virus et des bactéries qui y résident. En outre, on sait que le microbiote du moustique affecte la sensibilité de son hôte aux arbovirus et peut modifier la compétence du vecteur, ce qui peut avoir des conséquences en aval sur la transmission des arbovirus par les moustiques. Cependant, malgré la possibilité que ces interactions aient un impact sur la durabilité de l'intervention de Wolbachia, notre compréhension actuelle des interactions entre Wolbachia et le microbiote des moustiques est encore limitée.
Ici, nous visons à étudier les interactions globales entre Wolbachia et le microbiote des moustiques et leurs effets sur la compétence vectorielle des moustiques pour les arbovirus. Nous émettons l'hypothèse que ces interactions moduleront la force du blocage du DENV induit par Wolbachia, ce qui aura un impact sur l'efficacité à long terme de la stratégie de biocontrôle de Wolbachia actuellement mise en œuvre dans 13 pays à travers le monde.

Une analyse métagénomique sur des moustiques sauvages infectés ou non par Wolbachia sera réalisée pour étudier comment l'infection par Wolbachia modifie la composition du microbiote du moustique (bactéries et virus). Les composants viraux du microbiote en présence ou en l'absence de Wolbachia seront isolés. Nous étudierons ensuite la capacité de ces virus isolés à influencer la compétence vectorielle pour le DENV chez les Ae. aegypti infectés ou non par Wolbachia. Les composants bactériens seront également étudiés, mais pas dans le cadre de ce projet de doctorat. Ainsi, la première année du doctorat sera consacrée à l'isolement du virus et à la participation à l'analyse métagénomique. Les deuxième et troisième années seront consacrées à la recolonisation par les virus sélectionnés des Ae. aegyti infectés ou non par Wolbachia et à la compétence vectorielle du DENV qui en découle.

La stratégie Wolbachia étant déployée dans de plus en plus de pays, il est essentiel d'étudier les impacts des interactions multitrophiques Wolbachia × microbiote chez les moustiques sur le phénotype de blocage du virus et sur la transmission des arbovirus.

L'originalité de ce projet réside dans i) l'utilisation d'une approche communautaire globale pour comprendre les interactions microbiennes sur le phénotype de l'hôte ii) la tentative de modifier la composition du microbiote chez Ae. aegypti pour mesurer son impact sur le blocage du virus induit par Wolbachia. À cette fin, ce projet combine la microbiologie, la bioinformatique, la biologie des vecteurs et l'expertise en entomologie médicale pour examiner une question de recherche fondamentale dans le contexte d'un environnement d'étude éco-épidémiologique très pertinent. Les résultats du projet fourniront les connaissances nécessaires et opportunes pour identifier les facteurs de risque environnementaux qui renforceraient ou compromettraient le blocage du virus induit par Wolbachia et, par conséquent, l'efficacité de la lutte antivectorielle basée sur Wolbachia.

L’encéphalite à tiques (TBE) est une zoonose émergente causée par le virus de l’encéphalite à tiques (TBEV), un flavivirus transmis principalement par des tiques du genre Ixodes. L’infection humaine se caractérise par une grande hétérogénéité clinique, allant de formes asymptomatiques à des atteintes neuro-invasives sévères associées à des séquelles durables ou au décès. L’augmentation récente de l’incidence en Europe, ainsi que l’émergence de nouveaux foyers, notamment en France où la TBE est devenue à déclaration obligatoire en 2021, souligne l’importance de mieux comprendre les déterminants biologiques de cette infection. La variabilité interindividuelle des formes cliniques suggère un rôle majeur des facteurs liés à l’hôte, en particulier de la variabilité génétique.

Lors de l’infection, l’activation des voies de signalisation de l’interféron de type I induit l’expression de nombreux gènes stimulés par l’interféron (ISGs), constituant une composante centrale de la réponse antivirale. Cependant, les effecteurs moléculaires spécifiques contrôlant la réplication du TBEV restent mal caractérisés. Des variations génétiques affectant l’expression ou la fonction de ces ISGs pourraient ainsi contribuer aux différences de sensibilité observées. Le projet Host-ImmuniTick vise à déterminer comment la diversité génétique de l’hôte module les réponses immunitaires antivirales et influence l’issue de l’infection par le TBEV. Pour cela, nous nous appuierons sur la population murine Collaborative Cross (CC), un panel de lignées recombinantes consanguines capturant une large diversité génétique.

Des expériences préliminaires menées au laboratoire ont mis en évidence une forte variabilité de sensibilité au TBEV entre lignées CC, associée à des différences de réplication virale et de neuroinvasion, confirmant la pertinence de ce modèle pour l’étude des déterminants de l’hôte. Le premier objectif est d’identifier les mécanismes antiviraux impliqués dans le contrôle de la réplication virale. Un criblage fonctionnel d’environ 250 ISGs murins sera réalisé à l’aide d’une bibliothèque lentivirale permettant une expression stable dans des lignées fibroblastiques murines immortalisées. Après infection, la réplication virale sera quantifiée par cytométrie en flux afin d’identifier des ISGs à activité antivirale ou provirale. Les candidats seront ensuite validés dans des fibroblastes embryonnaires murins (MEFs) issus de lignées de souris CC présentant une sensibilité contrastée à l’infection, en utilisant des approches de gain et de perte de fonction. La cinétique de réplication virale sera analysée par cytométrie en flux et RT-qPCR afin de caractériser finement leur impact sur l’infection. Le second objectif vise à caractériser l’infection dans un contexte de transmission vectorielle et à analyser les réponses immunitaires locales au site d’inoculation. À l’aide d’un modèle combinant souris CC et tiques Ixodes ricinus, nous comparerons l’infection induite par morsure de tique à une inoculation sous-cutanée, en évaluant les paramètres cliniques, la cinétique de réplication virale, la dissémination tissulaire et la neuroinvasion. En parallèle, la réponse immunitaire au site de gorgement sera étudiée à partir de biopsies cutanées précoces, par analyses d’expression des ISGs et cytokines, ainsi que par caractérisation histologique de l’infiltration cellulaire.

En intégrant génétique de l’hôte, analyses fonctionnelles des réponses antivirales et modèles de transmission vectorielle, ce projet apportera une compréhension mécanistique des déterminants de la sensibilité au TBEV et des interactions virus-vecteur-hôte.

Contexte et justification : Le Burkina Faso fait face depuis plusieurs années à une émergence et réémergence d’arbovirus occasionnant des épidémies et des décès. Malgré l’existence d’un système de surveillance de ces arbovirus certains tels le USUV et le WNV ne sont pas couverts par cette surveillance. Le virus du Nil occidental (WNV) et le virus Usutu (USUV) sont des arbovirus phylogénétiquement apparentés transmis principalement par les moustiques du genre Culex. Les oiseaux constituent les principaux hôtes amplificateurs et l’Homme et le cheval sont des hôtes accidentels. Il est difficile de prédire à quel moment ces pathogènes peuvent passer de l’animal à l’homme d’où l’importance de la surveillance des reservoirs animaux impliqués dans le cycle enzootique de ces virsus. Une surveillance aviaire du USUV et du WNV permettrait d’identifier les espèces impliquées dans l’amplification et la circulation de ces virus au Burkina Faso et d’anticiper sur la survenue d’épidémies humaines.

Objectif : L’objectif de cette étude est de réaliser une surveillance moléculaire et sérologique du USUV et du WNV chez les oiseaux domestiques et sauvages et les chevaux en zone urbaine et semi urbaine au Burkina Faso en tenant compte des variations saisonnières.

Méthodes : Il s’agira d’une étude transversale descriptive à recueil prospectif qui se déroulera sur 3 ans en milieux urbains (Bobo-Dioulasso) et semi-urbain (Banfora). Les échantillons seront collectés en tenant compte des variations saisonnière pour voir la dynamique de la circulation des arbovirus en fonction des saisons. Des prélèvements sanguins seront réalisés sur les chevaux. Chez les oiseaux, un prélèvement de goutte de sang sur du papier buvard sera réalisé ainsi qu’un écouvillonnage oral ou rectal. Des prélèvements d’organes seront également réalisés chez les oiseaux trouvés morts. Au total, 385 échantillons d’oiseaux domestiques, d’oiseaux sauvages et de chevaux seront collectés. Tous les échantillons collectés seront convoyés dans le laboratoire d’accueil à Montpellier pour les analyses moléculaires et sérologique. Sur le plan moléculaire, tous les échantillons seront analysés par RT-PCR pour la détection de l’ARN des virus recherchés et les échantillons positifs feront l’objet de séquençage et d’analyses phylogéniques pour identifier les souches de virus circulants. Sur le plan sérologique, les échantillons seront d’abord screené par un test ELISA commercial Pan-Flavivirus et les échantillons positifs seront ensuite testés par séroneutralistion pour détecter les anticorps spécifiques à chaque virus.

Résultats attendus : Les résultats de notre travail permettront d’identifier les espèces aviaires impliquées dans le maintien de cycle enzootique du USUV et de WNV au Burkina Faso ainsi que les saisons de forte circulation de ces virus. Nous aurons à la fin de notre travail, une information sur les souches virales circulantes. L’étude sur les chevaux nous permettront de valider la pertinence de l’utilisation de ces derniers comme sentinelles dans la surveillance de ces flavivirus. Nous pourrons ainsi faire des propositions concrètes aux autorités compétentes du Burkina Faso afin d’améliorer la surveillance et la lutte contre ces virus.

Echéancier : La mise en place et l’obtention des autorisations administratives et des consentements se fera pendant les cinq premiers mois de la première année ; l’acquisition des échantillons du sixième au neuvième mois de la première année et les neufs premiers mois de la deuxième année ; l’analyse de Laboratoire à partir du dixième mois de la première année jusqu’à la fin de la troisième année ; l’analyse des données à partir du premier mois de la deuxième année jusqu’à la fin de la troisième année ; la valorisation des données à partir du septième mois de la deuxième année jusqu’à la fin de la troisième année.

Le moustique Aedes aegypti, vecteur d‘arbovirus comme la dengue (DENV) et le chikungunya (CHIKV), représente une menace majeure de santé publique. Les pièges contre Ae. aegypti constituent un élément incontournable pour la surveillance de vecteurs et la lutte antivectorielle. Différents types de pièges existent, ciblant des comportements chez les femelles tels que la recherche d’hôte (i.e. BG-sentinelles) ou la ponte (i.e. Gravidtrap). Cependant, des variations de comportement ont été reportées chez Ae. aegypti dans la littérature, ce qui peut compromettre l’efficacité des pièges dans différents contextes. Par exemple, des molécules citées comme attractives dans une étude, peuvent être rapportées comme répulsives pour l’espèce dans d’autres. Outre les différences méthodologiques des études, des facteurs liées aux populations de moustiques et à une perception différentielle des odeurs par les antennes pourraient expliquer ces variations comportementales mais cela, à notre connaissance, n’a jamais été évalué. Les études disponibles évaluent le comportement et la perception antennaire de moustiques avec des colonies élevées en laboratoire, négligeant les variations potentielles entre les populations de terrain d’Aedes aegypti. Enfin, l’ingestion d’arbovirus conduit à des infections disséminées dans le moustique qui peuvent altérer la perception antennaire des stimuli olfactifs, et donc le comportement, comme reporté récemment, mais cela reste peu étudié.

Nous proposons un projet doctoral de recherche translationnelle, organisé en trois workpackages (WP), porté par l’Institut Pasteur de la Guadeloupe (IPG) et de la Guyane (IPFG). Grâce aux collaborations avec le Pasteur Network, nous pouvons évaluer (i) comment la perception antennaire et les comportements d’Ae. aegypti varient d’une population à une autre à travers le monde, ainsi que (ii) l’impact de l’infection sur les neurones d’Ae. aegypti, la perception antennaire et le comportement. Enfin, nous proposons de (iii) mener des essais de terrain en Guadeloupe et en Guyane pour valider des attractants identifiés grâce aux expériences précédentes.

Les maladies infectieuses émergentes représentent une forte menace sur la santé publique. Les changements de la dynamique mondiale et le réchauffement climatique affectent la distribution de nombreux arthropodes, entraînant une augmentation de l'incidence des infections qu’ils peuvent transmettre. La fièvre hémorragique de Crimée-Congo (FHCC) est une maladie grave transmise par les tiques, dont la létalité atteint 40 %. Son agent étiologique, le CCHFV, est un orthonairovirus de la classe des Bunyaviricetes qui est endémique en Asie, au Moyen-Orient et en Afrique. L'expansion de son vecteur, les tiques Hyalomma spp., a récemment conduit à la détection du virus en Espagne et dans le sud de la France. Alors que de nouvelles populations sont exposées au risque d'infection, le CCHFV reste négligé aucun vaccin ou antiviral n'ayant été approuvé.

La classification du CCHFV au niveau de biosécurité 4 (BSL4), la complexité de son génome et le manque de connaissances sur les fonctions de ses protéines posent des défis importants pour la recherche. Néanmoins, des résultats récents de mon laboratoire d'accueil indiquent une intersection entre le cycle du CCHFV et le métabolisme des lipoprotéines.

Le premier objectif (work-package 1, WP1) de mon projet, prévu au cours de la 1ère année de thèse, exploitera cette découverte pour évaluer la fonction antivirale putative d’inhibiteurs validés en clinique de ce métabolisme, voire présents sur la marché. Au moyen de cellules incubées avec ces inhibiteurs et produisant des particules de CCHFV en environnement BSL-2 (en utilisant un système de génétique inverse défectif) et BSL-4, j’évaluerai le niveau d'infectivité dans les cellules hépatiques Huh7.5 ainsi que dans des hépatocytes primaires, afin de déterminer les IC50 des différentes molécules. Cette stratégie de reconversion permettra une identification rapide d’antiviraux, ce qui est nécessaires compte tenu de l'émergence rapide du CCHFV.

L'objectif principal du WP2 sera d’élucider l'intersection du métabolisme des lipoprotéines, en particulier la synthèse des lipoprotéines de très faible densité (VLDL), avec l'assemblage, la maturation et la sécrétion des virions du CCHFV, processus qui restent mal définis en termes de localisation à l'intérieur de la cellule et d'interactions avec les facteurs d'hôte. Par analogie avec d'autres membres de Bunyaviricetes, il a été proposé que cet assemblage se produise sur les membranes de Golgi. Cependant, des résultats récents de mon laboratoire d'accueil montre l'implication du facteur d’hôte PACS-2 dans le processus d'assemblage du CCHFV, indiquant ainsi d'autres sites d’assemblage de par le rôle de PACS-2 dans le trafic rétrograde Golgi-ER ainsi que dans la régulation des membranes dérivées du réticulum endoplasmique (ER) associées aux mitochondries (MAMs). Pendant la 2ème année de thèse, en utilisant la microscopie confocale et à super-résolution ainsi que du fractionnement subcellulaire, j'évaluerai la co-localisation des protéines impliquées dans la synthèse des VLDLs et des facteurs viraux avec le Golgi, le compartiment intermédiaire ER-Golgi (ERGIC), les mitochondries et les MAMs. En outre, avec des techniques d’extinction de gènes cibles et des méthodes de co-immunoprécipitation, je disséquerai le rôle et le mode d'action des protéines de l'hôte et des facteurs impliqués dans la voie des lipoprotéines dans la production des particules de CCHFV.

Pour le WP3 mené pendant la 3ème année, j'élargirai la portée de mes travaux pour évaluer ou encore pour prédire la conservation des mécanismes élucidés pour différents orthonairovirus et leur susceptibilité aux antiviraux identifiés contre le CCHFV. Les résultats obtenus feront progresser les connaissances dans le domaine de ces pathogènes émergents, ce qui permettra d'identifier de nouvelles cibles thérapeutiques pour anticiper et non seulement réagir à ces nouvelles menaces.

La multidisciplinarité de ce projet de doctorat renforcera mes compétences ainsi que celles du laboratoire d'accueil, ce qui fera progresser les connaissances dans ce domaine et jettera les bases du développement de nouvelles thérapies et d'éventuelles mesures préventives.