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Les infections virales ont été proposées comme facteurs de risque environnemental de développement de troubles neurocognitifs et neurodéveloppementaux, tels que les troubles du spectre autistique (TSA). Bien que les causes soient multifactorielles, la dérégulation de l’homéostasie synaptique représente un mécanisme moléculaire clé à l’origine de ces maladies. En effet, le cerveau présente des circuits neuronaux très ordonnés, permettant la propagation de l’activité électrique via les synapses. Or, des changements mineurs dans la synaptogenèse et la plasticité synaptique peuvent avoir un impact fonctionnel critique, et bien que cela soit bien établi pour les TSA et les troubles neurocognitifs, la contribution des neuroinfections virales et de la neuroinflammation n’est pas claire. Ici, nous proposons d’utiliser des modèles multicellulaires 3D avancés – 1) des organoïdes cérébraux humains dérivés de cellules souches provenant d’enfants sans troubles neurologiques, présentant un TSA, ou un syndrome congénital à Zika, et 2) des cultures organotypiques d’explants de cerveau humain– pour étudier l’impact de cinq virus neurotropes émergents sur la synaptogenèse, l’activité électrique, la neuroinflammation et les caractéristiques épigénétiques. La quantité massive de données qui seront générées sera traitée par l’utilisation d’outils bioinformatiques pour analyser les voies viro-induites communes et spécifiques responsables des perturbations neurologiques. De plus, des algorithmes d’intelligence artificielle seront développés afin de prédire et classer l’impact neurologiques d’infections de nature connue/inconnue. Ainsi, le projet EviSyp fournira des informations mécanistiques et conceptuelles fondamentales concernant les interactions entre les neuroinfections virales, les dysfonctionnements synaptiques et les troubles neurocognitifs/développementaux, et améliorera notre préparation aux futures pandémies grâce à la création de nouvelles ressources et outils pertinents.

VERTICAL s'inscrit dans le Volet 1 du PEPR MIE visant à produire des connaissances sur les maladies infectieuses émergentes, en se concentrant sur la transmission verticale des Orthoflavivirus. Notre objectif principal est de proposer de nouvelles pistes d’interventions pour anticiper le risque sanitaire des infections congénitales à Orthoflavivirus lors des futures potentielles épidémies. Notre consortium comprend cinq partenaires possédant des compétences complémentaires en virologie, biologie cellulaire, biologie moléculaire, modèles murins in vivo et criblage de médicaments, ainsi qu'une société privée pour favoriser les développements industriels.

L'épidémie de virus Zika (ZIKV) en 2015-2016, provoquant le syndrome du Zika congénital, a révélé l'importance de la transmission verticale des Orthoflavivirus. Plus inquiétant encore, cette menace s'étend à d'autres arbovirus comme les virus de la dengue, du Nil occidental et Usutu, soulignant la nécessité d'interventions thérapeutiques contre les infections orthoflavivirales congénitales. Au cœur de ces infections se trouve le placenta, cible de plusieurs virus, notamment du ZIKV, qui permet la réplication virale avant la transmission du virus au fœtus par passage transplacentaire. Cet organe transitoire joue un rôle central tout au long de la grossesse en régulant les échanges materno-fœtaux et en défendant le fœtus contre les agents pathogènes.

Parmi les différents facteurs sécrétés par le placenta au cours de la grossesse, les vésicules extracellulaires (EV) placentaires assurent la communication entre les compartiments maternel et fœtal. Ces nanovésicules membranaires sont abondantes et essentielles pendant la grossesse, et leur composition est finement régulée. Elles pourraient contribuer à la dissémination virale et provoquer des lésions fœtales lors d'infections congénitales, comme l'a récemment montré le partenaire 1 avec le cytomégalovirus humain. D'autres études suggèrent également qu'elles peuvent agir de manière paracrine pour protéger le fœtus des infections virales.

Si la réplication du ZIKV dans les cellules placentaires a été bien décrite, le rôle des EV placentaires lors de l'infection par le ZIKV n'a jamais été abordé avec précision. Nos données récentes suggèrent que certains facteurs de l'hôte et du virus, sécrétés dans les EV, modulent la transmission verticale du ZIKV. Parmi ces facteurs, les 46 miARN du cluster C19MC, spécifiques des cellules placentaires de primates, présentent des propriétés antivirales potentielles. Cependant, leur rôle, en particulier dans les infections orthoflavivirales, est très peu documenté. D'autre part, un ARN non codant viral, l'ARN orthoflaviviral subgénomique (sfRNA), faciliterait la transmission verticale. Le sfRNA, produit par tous les Orthoflavivirus, inhibe la réponse immunitaire pour favoriser l’infection et la dissémination virale. Nos données préliminaires suggèrent que le sfRNA est sécrété dans les EV placentaires, mais nous manquons encore totalement d'informations sur la fonction du sfRNA véhiculé par les EV dans la transmission congénitale et sur les mécanismes associés.

En s'appuyant sur des données préliminaires solides et un consortium multidisciplinaire, VERTICAL décryptera les mécanismes d’action des facteurs hôtes et viraux qui influencent les infections transplacentaires d'orthoflavivirus via les EV et appliquera ces connaissances pour développer de nouvelles interventions thérapeutiques ciblant la transmission verticale des orthoflavivirus.

VERTICAL est structuré autour de quatre axes:

1. Disséquer les actions moléculaires et cellulaires des miARN du cluster C19MC lors d'une infection orthoflavivirale
2. Déterminer si les miARN du C19MC agissent via les EV
3. Déterminer la fonction du sfARN sécrété dans les EV dans la transmission transplacentaire des Orthoflavivirus
4. Développer une plateforme de criblage par imagerie à haut débit pour évaluer l'action des EV placentaires

Les connaissances acquises à l'issue de notre projet permettront de se préparer à d'éventuelles épidémies d’Orthoflavivirus et de proposer des interventions thérapeutiques ciblées pour limiter la transmission verticale.

L’épidémie de COVID-19 apparue en décembre 2019 a été accompagnée chez près de 60% des malades d’un syndrome de perte d’odorat (anosmie). Si la plupart récupère en quelques semaines, ce n’est pas le cas de près de 10% des patients qui souffrent encore de troubles de l’odorat 6 mois après le début de la maladie. Comme des millions de gens sont contaminés par ce virus, les personnes souffrant d’anosmie à long terme se comptent par millions. La perte d’odorat a un impact très important sur leur qualité de vie puisque ce sens est notamment très important pour la détection de dangers et l’alimentation. Sa perte est très souvent associée à des pertes d’appétit et à des dépressions. En utilisant le modèle hamster qui présente également le symptôme de la perte d’odorat liée à la COVID-19, les évènements cellulaires aboutissant à la perte d’odorat liée à la COVID-19 ont pu être identifiés. L’olfaction est basée sur la détection des odeurs par des neurones olfactifs qui sont entourés par des cellules de soutien. Ce sont les cellules de soutien qui sont infectées par le virus de la COVID-19. Suite à cette infection, il y a très rapidement une invasion massive de cellules immunitaires ainsi qu’une desquamation de l’épithélium où résident les neurones olfactifs. L’épithélium est capable de se régénérer rapidement et dans le modèle hamster, il est restauré au bout de 21 jours ce qui est cohérent avec la récupération rapide observée chez la majorité des patients souffrant d’anosmie liée à la COVID-19. Cependant que se passe-t-il pour ceux qui ne récupèrent pas ? Les traitements actuels de l’anosmie à long terme liée à la COVID-19 consistent de manière empirique à utiliser des corticoïdes couplés à des séances d’entrainement de l’odorat mais leur efficacité reste à démontrer. Afin d’améliorer la prise en charge des patients souffrant d’anosmie à long terme il est important de disposer d’un modèle animal mimant ce symptôme.

Pour l’instant, toutes les études de récupération de l’odorat chez le hamster a été réalisée sur un petit nombre d’animaux ne permettant pas de mettre en évidence un phénomène d’anosmie à long terme. Dans ce projet, nous allons étudier une large cohorte de hamster et moduler l’action du système immunitaire dans le cadre d’infection par le SARS-CoV-2 afin de développer un modèle permettant d’envisager des traitements efficaces contre les anosmies à long terme.

L’insuffisance respiratoire aiguë hypoxémique (IRA) est la cause principale d’admission en réanimation dans le monde. Au cours des dernières décennies, l'augmentation de l'incidence des IRA et de l'utilisation des lits de soins intensifs a été principalement liée aux infections respiratoires émergentes. Il est aujourd’hui urgent de développer des outils de médecine de précision permettant d’offrir à ces patients les interventions thérapeutiques les plus appropriées. Dans ce contexte, la caractérisation précise des endotypes d’IRA virales est une étape indispensable. Au cours des 2 à 5 prochaines années, on peut s'attendre aux scénarios suivants de situations exceptionnelles de santé publique :  i) l’émergence et la diffusion de pathogènes ayant un potentiel pandémique chez l’homme associé à une létalité (ou case fatality ratio) élevée; ii) l’émergence et la diffusion de pathogènes ayant un potentiel pandémique chez l’homme associé à une létalité plus basse; et/ou iii) des périodes inter-pandémiques, caractérisées par des épidémies de virus respiratoires saisonniers ou non (e.g., grippe saisonnière A/B, VRS, hMPV, PIV, SARS CoV-2).

Objectif principal: Le projet SURVI3 a pour objectif de caractériser  les déterminants biologiques de différentes formes d’infections virales respiratoires sévères, en identifiant des sous-groupes de patients de soins critiques à partir de caractéristiques communes, comprenant des variables cliniques et des biomarqueurs biologiques. Nous identifierons ainsi des endotypes définis à partir de variables cliniques, virologiques, immunologiques et/ou de marqueurs multi-omiques chez des patients adultes hospitalisés en réanimation, en recourant à des approches intégratives et translationnelles. Nous nous appuierons sur le groupe de recherche SEVARVIR, qui inclut un réseau national de 55 réanimations et laboratoires de microbiologie/virologie en France métropolitaine. L’ambition du projet est de structurer durablement une très grande étude multidisciplinaire et translationnelle, incluant des patients adultes atteints d’infection respiratoire sévère, en s’adossant à un réseau multicentrique déjà existant.

Nous avons mis en place un consortium de haute qualité et un fort partenariat interdisciplinaire au sein du projet SURVI3, qui rassemble 2 réseaux cliniques (la cohorte de réanimation SEVARVIR et une cohorte de patients moins sévères hospitalisés en médecine conventionnelle) et 9 groupes de recherche. La durée prévue du projet est de 36 mois et le nombre total de patients à inclure est de 1500 (1000 patients de réanimation et 500 patients de médecine conventionnelle). Le projet comprend les work-packages (WP) suivants: WP0: Coordination du projet (aspects éthiques et réglementaires, collection biologique et banking); WP1: Réseau de recherche SEVARVIR (caractérisation clinique des patients admis en réanimation ou médecine conventionnelle pour insuffisance respiratoire aiguë secondaire à une infection respiratoire virale sévère; WP2: Plateformes de multi-omique; WP3: Réponse immune à l’infection (immunité innée, anomalies innées de l’immunité, immunité adaptative); WP4: Caractérisation du pathogène (génétique virale et caractérisation fonctionnelle); WP5: Biostatistiques et machine learning (identification de sous-phénotypes, modélisation immunologique et de cinétique virale).

Résultats scientifiques attendus et impacts potentiels: Le projet SURVI3 aura pour ambition de caractériser de façon extensive les mécanismes sous-jacents aux sous-classes d’infections respiratoires sévères en réanimation en utilisant des approches intégratives et translationnelles. La méthodologie utilisée permettra d’identifier des endotypes et/ou des phénotypes dérivés de biomarqueurs clinico-biologiques chez des patients en état critique, associés à des pronostics différents, afin de dessiner des stratégies de médecine personnalisée. Le projet contribuera activement aux objectifs globaux du PEPR et à la stratégie nationale d’accélération en prenant en compte le besoin d’une recherche interdisciplinaire et multi-institutionnelle sur les maladies infectieuses émergentes et la préparation pandémique.

Les arbovirus sont à l'origine responsables de zoonoses qui opèrent dans un cycle sauvage impliquant des animaux et des vecteurs zoophiles. Les infections humaines se produisent par « spillovers » à partir de cycles enzootiques, et leur transmission des animaux aux humains se fait par la piqûre de vecteurs anthropo-zoophiles. Traditionnellement confinés aux régions tropicales, les arbovirus, tels que les virus West Nile (WNV) et Usutu (USUV), sont de plus en plus détectés dans les zones tempérées, y compris les pays du bassin méditerranéen. Au cours des dernières décennies, les régions du bassin méditerranéen, notamment le Maghreb, la région du Moyen-Orient et l'Europe du Sud ont été soumises à des incursions répétées de WNV et USUV transmis par les moustiques du genre Culex, en particulier, Culex pipiens et Culex perexiguus. Cependant, nous ne savons pas si les circulations de WNV et USUV dans ces régions du bassin méditerranéen pourrait résulter d'introductions répétées de nouveaux génotypes viraux par des oiseaux migrateurs et/ou de réservoirs viraux déjà établis localement. De plus, l'influence du réchauffement climatique sur la transmission de ces deux arbovirus est peu étudiée. Dans le cadre de ce projet, nous étudierons la dynamique de circulation de WNV et USUV transmis par Culex et cela, en suivant le virus dans les moustiques et les hôtes animaux. Les objectifs de ce projet sont : (i) Déterminer la dynamique de circulation saisonnière de Culex spp et identifier les espèces virales circulant dans ces vecteurs, (ii) Estimer et comparer la compétence vectorielle de Cx. pipiens et Cx. perexiguus pour le WNV, l'USUV, (iii) Étudier les infections virales transmises par Culex chez les oiseaux migrateurs et sauvages indigènes par détections d'ARN viral et sérologie, et (iv) Établir une cartographie des risques et une modélisation prédictive de la transmission des arbovirus dans le bassin méditerranéen dans un contexte de réchauffement climatique. La réalisation de ces objectifs fournira des données essentielles pour permettre aux autorités sanitaires de développer des stratégies de contrôle ciblées et d'améliorer les systèmes d'alerte précoce pour les épidémies d’arbovirus dans les pays concernés et dans le bassin méditerranéen.

La tuberculose (TB), causée par Mycobacterium tuberculosis (Mtb), est la maladie infectieuse mortelle la plus répandue au monde, surpassant le Covid l'année dernière. Des observations récentes suggèrent que la transmission de la maladie est en partie découplée de la forme clinique. En effet, de nouvelles populations potentiellement transmettrices de Mtb ont été identifiées, incluant des personnes atteintes de TB subclinique et des personnes apparemment en bonne santé, mais produisant des aérosols pulmonaires contenant des bacilles tuberculeux. La détection de ces personnes transmettrices, qui ne se rendent pas nécessairement dans des centres de soins, requiert la mise au point d’une méthode de dépistage simple, non-invasive et peu coûteuse.

Dans le cadre du projet DetectTbTransmitters, nous visons à améliorer la détection des personnes potentiellement transmettrices de Mtb. Sur la base de solides résultats préliminaires, nous proposons une approche intégrée reposant sur la collecte d’un échantillon facilement accessible, le condensat d'air exhalé (EBC), couplée à des analyses quantitatives et qualitatives du lipoarabinomannane (LAM) produit par Mtb et présent dans l’EBC, afin d’identifier une signature moléculaire spécifique aux personnes présentant un risque accru de transmettre Mtb. Nous constituerons une cohorte de personnes présentant un spectre de phénotypes cliniques d’infection par Mtb : TB clinique, TB subclinique et personnes asymptomatiques. Les EBCs collectés seront analysés par des techniques de pointe: (i) séquençage métagénomique pour identifier Mtb et d'éventuelles autres espèces bactériennes présentes, (ii) microscopie à force atomique sur cellule unique avec diverses sondes anti-LAM pour détecter et effectuer un profilage structural du LAM à la surface des bactéries, et (iii) combinaison de chromatographie, spectrométrie de masse et résonance magnétique nucléaire pour élucider la structure du LAM en solution. Nous effectuerons une comparaison entre les groupes, en fonction du traitement et dans le temps.

Ce projet s’appuie sur l’expertise complémentaire des partenaires Français et Sud-Africains dans les domaines de la transmission de la TB, de l’aérobiologie de Mtb, et de la biochimie des lipides et glycoconjugués de l'enveloppe de Mtb. Il aura un impact sur le diagnostic de la TB et devrait ouvrir la voie à une meilleure détection des personnes susceptibles de transmettre Mtb, étape nécessaire pour orienter les actions programmatiques visant à limiter la transmission de la TB dans les communautés à forte prévalence.

Deux ans après l’irruption spectaculaire du virus SARS-CoV-2 dans nos sociétés, suivie d’une succession de variants du virus, les préoccupations médicale, politique et scientifique pour les formes prolongées ou chroniques de la maladie, sont grandissantes. Dans cet ensemble, l’expérience du Covid Long dont les contours sont dessinés par le vécu des patient-e-s, les observations des journalistes, les pratiques de prise en charge des soignant-e-s et les analyses des chercheurs dans ce domaine apparait encore comme un objet complexe et parfois controversé, ou digne d’intérêts. C’est cet aspect spécifique que nous souhaitons traiter dans ce projet de recherche dont la problématique s’inscrit dans les travaux de sociologie et de sciences sociales pour appréhender et ainsi renseigner la diversité et l’hétérogénéité des formes d’expérience du Covid Long et les premières mobilisations collectives qui ont contribué à les rendre visibles et à les rendre légitimes. Au cours de ces deux dernières années, le phénomène du Covid Long est en effet passé d’une phase d’émergence via les réseaux sociaux à partir des paroles de personnes concernées, à une réalité biomédicale qui, bien qu’encore incertaine et controversée, est institutionnalisée aussi bien au sein d’associations de patients que de groupes de travail scientifiques et médicaux ou de commissions parlementaires. La question du Covid Long pour les personnes ayant développées aussi bien une forme sévère, légère ou modérée, soulève des enjeux sociaux, politiques, économiques, médicaux et de santé publique forts vu le nombre de personnes contaminées en France et de par le monde. Partant, ce projet de recherche accordera une place importante dans l’analyse aux effets que les controverses scientifiques qui entourent le Covid Long – sa/ses définition.s aussi bien par les personnes malades que par le monde scientifique et médical, son origine, la place conférée aux dimensions psychosomatiques de la maladie – peuvent directement ou indirectement avoir ont sur l’expérience individuelle et collective du Covid Long. 

Face à ces constats préliminaires généraux et de tels enjeux, ce projet de recherche entend contribuer à ouvrir un chantier empirique visant à étudier l’expérience sociale, individuelle et collective, du Covid Long, qui demeure encore à ce jour peu étudiée scientifiquement, notamment par les sciences sociales. A l’aide des outils théorique et méthodologique des sciences sociales et de la sociologie, il s’agira de resituer conjointement d’une part, le Covid Long dans une pluralité d’expériences à travers l’analyse de trajectoires biographiques volontairement contrastées et d’autre part, les processus de mobilisation collective qui y sont associés qui constitueront nos deux principaux axes de recherche.

L’immunité liée aux interférons (IFN) de type I constitue la première ligne de défense antivirale chez l’Homme. Depuis 2003, nous et d’autres équipes avons identifié des défauts génétiques affectant les voies d’induction ou de réponse aux IFN de type I (IFN-I), impliquées dans plusieurs infections sévères : encéphalite herpétique (TLR3, UNC93B1, TICAM1/TRIF, TRAF3, TBK1, NEMO, IRF3, TFIIIA/GTF3A, IFNAR1, TYK2, STAT1, STAT2), pneumonie grippale sévère (TLR3, IRF7, IRF9, STAT1, STAT2), COVID-19 (TLR3, UNC93B1, TBK1, TICAM1/TRIF, IRF3, IRF7, IFNAR1, IFNAR2, TLR7, IRAK4, MYD88), et pneumonie à rhinovirus ou RSV (MDA5/IFIH1). Nous avons également découvert que des auto-anticorps neutralisant les IFN-I (autoAb-IFN) expliquent 5 % des pneumonies grippales sévères, 15 % des pneumonies COVID-19 critiques, 20 % des cas de pneumonie hypoxémique liée au syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), 30 % des réactions indésirables sévères au vaccin anti-fièvre jaune vivant atténué (YFV-17D), 40 % des encéphalites à virus du Nil occidental (WNV), ainsi que la majorité des cas plus rares d’encéphalites à virus Usutu ou Powassan. L’analyse de plus de 34 000 donneurs sains a révélé que ces autoAb-IFN sont relativement fréquents : ~0,5 % avant 70 ans et 5 % après 70 ans. Contrairement aux maladies génétiques rares, les autoAb-IFN expliquent une part importante des formes graves d’infections virales, probablement en raison de leur prévalence élevée, surtout chez les personnes âgées. Ainsi, ils apparaissent comme des déterminants majeurs et communs d’un nombre croissant de maladies virales sévères, y compris les infections émergentes et ré-émergentes.

Nous formulons l’hypothèse que certaines infections respiratoires virales sévères pourraient être la conséquence de défauts génétiques rares touchant les voies des IFN-I et/ou III, ou à la présence d’auto-anticorps les neutralisant. Nous prévoyons (1) de recruter des patients pédiatriques et adultes présentant des infections respiratoires virales sévères, notamment aux virus influenza A zoonotiques (IAV) tels que H5N1 et H7N9, ainsi que les virus ré-émergents tels que le SARS-CoV-2, les IAV et IBV saisonniers, et le virus respiratoire syncytial (RSV); (2) d’identifier de nouveaux défauts génétiques, en ciblant des défauts partiels à pénétrance incomplète via le séquençage de l’exome ou du génome WES/WGS pour détecter des variants et gènes candidats, notamment des mutations hypomorphes; (3) de rechercher des phénotypes auto-immuns mimant ces IEIs.

Nos données préliminaires sont prometteuses : nous avons identifié des autoAb-IFN chez des patients atteints de pneumonie létale à H5N1 et H7N7, et deux nouveaux gènes candidats — un déficit monoallélique IFNLR1 et un déficit biallélique IFNW1 — chez des patients atteints de COVID-19 sévère. Nos équipes collaborent depuis 10 ans et ont publié ensemble plus de 30 articles de haut impact. Depuis 2020, elles ont caractérisé des patients présentant des déficits complets ou partiels dans le gène IFNAR1 et une COVID-19 sévère, publiés dans Science (2020), Science Immunology (2021) et JEM (2022, 2025). Nous avons également identifié des patients porteurs d’autoAbs-IFN-I, rapportés dans Science Immunology (2021), PNAS (2022) et JEM (2024). Ces résultats illustrent la force et la complémentarité de nos équipes, qui se révèlent plus efficaces encore lorsqu’elles travaillent ensemble.

Les foyers de l’orthopoxvirus émergent connu comme le ‘Virus de la vaccine’ (VACV) affectent les agriculteurs et le bétail du Brésil depuis plus de vingt ans. Malgré son impact considérable sur la santé publique et son potentiel d’épidémies plus importantes, l’épidémiologie, l’origine et les espèces impliquées dans la circulation du VACV au Brésil restent mal comprises. L’équipe interdisciplinaire ZOOPOX intégrera des écologistes de la santé, des virologues, des biologistes de la faune sauvage, des vétérinaires et des professionnels de la santé publique afin de mieux comprendre la dynamique et les réservoirs sauvages du VACV à l’interface homme-animaux domestiques-faune sauvage. En combinant l’échantillonnage One Health des humains, des animaux domestiques et de la faune sauvage avec des méthodes innovantes de diagnostic du VACV, y compris la détection moléculaire à partir des fèces, notre objectif général sera de détecter et de caractériser génétiquement le VACV parmi les primates sauvages, les capybaras, les tatous, les animaux domestiques et les humains du Brésil. L’hypothèse de recherche de ZOOPOX est que le virus de la vaccine (VACV) circule parmi les capybaras sauvages, les tatous et les primates non-humains du Brésil, et qu’il circule dans le biome du Pantanal à l’interface homme-animaux domestiques-faune sauvage. Les objectifs spécifiques du projet incluent: (1) Détecter l’exposition et l’infection par le VACV chez les agriculteurs, les chiens, le bétail et les tatous sauvages des biomes du Pantanal et du Cerrado dans l’État du Mato Grosso do Sul ; (2) Estimer la séroprévalence et détecter l’infection par le VACV à partir d’échantillons de sang et de matières fécales de primates sauvages des États du Minas Gerais, de Bahia, de Pernambuco, de Paraiba, de Rio Grande do Norte, de Rio de Janeiro et de Rio Grande do Sul ; (3) Estimer la prévalence d’infection par le VACV à partir d’échantillons fécaux de capybaras sauvages dans les États du Mato Grosso et de Rio de Janeiro ; (4) Séquencer et caractériser le génome du VACV de différentes espèces animales du Brésil. ZOOPOX contribuera à identifier un point chaud potentiel inconnu de circulation du VACV dans le Pantanal, où le VACV a déjà été détecté sur des capybaras. ZOOPOX permettra également de déterminer si les primates sauvages sont exposés au virus dans plusieurs localités du Brésil et si les capybaras sont infectés par le virus dans les zones urbaines et périurbaines, confirmant ainsi leur rôle de réservoirs du VACV. ZOOPOX constituera également la plus grande tentative de séquençage des génomes du VACV, afin de mieux comprendre son origine et son épidémiologie.  Incluant dix équipes de recherche dont 8 laboratoires brésiliens de 5 états, ZOOPOX renforcera également les collaborations de recherche franco-brésiliennes dans le domaine de Une Seule Santé, en soutenant la dimension internationale du consortium brésilien INCT-Pox financé par le CNQP, tout en promouvant les collaborations interdisciplinaires entre les écologistes, les virologues, les vétérinaires et les professionnels de la santé publique des deux pays. Enfin, ZOOPOX permettra de transférer des technologies et de renforcer les capacités des équipes brésiliens en charge de diagnostiquer le VACV, en étendant leurs techniques à l’exctraction et séquençage du génome complet.