Winning projects and candidates

Ce projet de faisabilité vise à jeter les bases de la construction d’un projet de recherche de mise en œuvre fondé sur la stratégie de vaccin doxycycline/méningococcique B (c.-à-d. doxyvac) dans le contexte cambodgien parmi les utilisateurs de PrEP et les personnes vivant avec le VIH. Pour ce faire, les objectifs spécifiques suivants sont fixés:

 – SO1 (preuves quantitatives). Déterminer les tendances comportementales de l’utilisation de la PrEP, l’observance et la rétention de la PrEP dans la cohorte nationale, ainsi que les facteurs associés à ces tendances et leur évolution au fil du temps.  Des facteurs structurels, individuels et cliniques tels que la présence d’IST, y compris la séroconversion du VIH, seront pris en compte.

 – SO2 (Preuves qualitatives). Étudier les obstacles et les facteurs qui facilitent l’utilisation, l’observance et la rétention de la PrEP chez les personnes touchées par les tendances comportementales les les plus vulnérables identifiées dans la cohorte nationale, y compris les séroconversion. Cet objectif sera axé sur l’absence de stratégies de prévention des IST(autres que l’utilisation du préservatif) comme obstacle à l’utilisation, à l’adhésion et/ou au maintien dans la cohorte de PrEP.

 – SO3 (de la faisabilité à la mise en œuvre). Identifier les partenaires locaux, construire un projet de recherche de mise en œuvre basé sur la stratégie « doxyvac » et définir le rôle de chaque partenaire dans le projet.

 Population : Analyses quantitatives fondées sur les données concernant les utilisateurs de la PrEP dans la cohorte nationale et le PVVIH. Des données qualitatives seront recueillies auprès des populations clés et des PVVIH âgés de 18 ans ou plus.

 Méthodes et calendrier : La durée de ce projet de faisabilité est de 12 mois.

 Q1. Analyse quantitative à l’aide de méthodes personnalisées pour les données longitudinales.

Concernant le SO1 : Les données de la cohorte nationale d’utilisateurs de la PrEP (sous gestion de NCHADS) seront analysées à l’aide de méthodes telles que : modélisation de trajectoires , analyse de transitions latentes et modèles de survie. Cela permettra d’identifier des groupes en fonction des tendances comportementales en ce qui concerne l’adoption, l’observance et la rétention de la PrEP dans la cohorte. Ces techniques permettront de caractériser les groupes identifiés et d’estimer les facteurs associés aux changements au fil du temps. L’idée sous-jacente de la mise en œuvre de ces techniques est d’identifier les tendances comportementales vulnérables comme l’adoption irrégulière et/ou l’observance inefficace, mais aussi les tendances caractérisées par un va-et-vient entre l’abandon et l’utilisation de la PrEP, l’abandon définitif de la cohorte de PrEP, etc.

Q2. Collecte et analyse de données qualitatives

En ce qui concerne le SO2 : Les résultats de l’étude « Quali-PrEP » seront utilisés comme données de référence pour comparer avec les données qualitatives recueillies ex-post parmi les utilisateurs de la cohorte nationale. En effet, des groupes de discussion seront menées sur des groupes vulnérables identifiés à partir de données quantitatives, y compris ceux qui se terminent par la séroconversion du VIH. Les données recueillies dans le cadre de ces groupes de discussion fourniront des renseignements détaillés sur les obstacles individuels et structurels et les facilitateurs à l’origine de leur comportement en ce qui a trait à l’adoption, à l’adhésion et au maintien de la PPrE dans la cohorte nationale. De plus, un groupe de discussion sera organisé pour examiner les obstacles et les facteurs qui facilitent l’accès aux services de prévention des ISTchez les PVVIH.

Q3. Présentation des résultats d’OS1/OS2 et réunions de consultation avec les partenaires

Concernant le SO3: Deux réunions seront organisées : Première réunion : présentation des résultats de OS1 et OS2 aux parties prenantes (y compris les partenaires potentiels pour le projet de recherche), brainstorming, et définition des partenaires pour le projet (consortium). Deuxième réunion : discussion et définition des objectifs principaux et spécifiques et definition des rôles.

Près de 300 millions de personnes dans le monde sont porteurs chroniques du VHB. Les thérapies actuelles sont efficaces pour supprimer la réplication virale, mais n’éliminent pas le virus. Le dysfonctionnement des réponses immunitaires est considéré comme la principale cause de l’infection persistante par le VHB. Ainsi, la modulation du système immunitaire de l’hôte pourrait aider à éliminer le VHB. Une telle réalisation nécessite au préalable de déchiffrer les mécanismes de modulation du système immunitaire par le virus qui sont encore mal connus.

Les cellules dendritiques (DCs) jouent un rôle crucial dans l’immunité antivirale en raison de leur capacité à détecter les virus et leurs composants, à produire des cytokines antivirales (comme IFN) et à activer les cellules effectrices qui contribuent à l’éradication du VHB. Des défauts fonctionnels des sous-types de DCs ont été décrits en contexte d’infection VHB chronique. De plus, des fonctions altérées sur les cellules effectrices ont été rapportées, notamment le dysfonctionnement des cellules NK et l’épuisement des lymphocytes T. Ces modulations du système immunitaire induites par le VHB conduisent à la persistance virale. Cependant, les mécanismes moléculaires impliqués dans ces dysfonctionnements, ainsi que les répercussions de ces modulations sur les interactions avec d’autres cellules immunitaires doivent encore être élucidées.

L’immunométabolisme apparaît comme essentiel dans la régulation des fonctions des cellules immunitaires, et le métabolisme cellulaire et le profil énergétique jouent un rôle majeur dans les caractéristiques des cellules immunes. La reprogrammation métabolique des DC est cruciale pour initier une réponse appropriée à l’infection. En explorant les caractéristiques métaboliques des cellules immunes en contexte de VHB à l’aide de la technologie SCENITH, nous avons mis en évidence pour la première fois que HBV et HBsAg provoquent des changements importants dans le métabolisme des DC, en particulier des voies OXPHOS et glycolyse, suggérant que le VHB peut entraîner des perturbations du métabolisme et l’échec subséquent des DC à déclencher des réponses antivirales efficaces. De façon notoire, nous avons récemment découvert que la fractalkine (CX3CL1) est sécrétée à des niveaux élevés par les DC au contact du VHB. Aussi, il vient d’être mis en évidence que la fréquence des lymphocytes T exprimant CX3CR1, le récepteur de la fractalkine, peut être utilisée comme marqueur prédictif de la résolution virale chez les patients atteints du VHB. Ainsi, la voie CX3CL1/CX3CR1 et la dérégulation du métabolisme cellulaire apparaissent comme des candidats clés par lesquels le VHB peut déclencher le détournement de DC et conduire vers la chronicité.

Notre projet vise à étudier les mécanismes moléculaires de dérégulations du crosstalk DC/ effecteurs au cours de l’infection chronique par le VHB en 1/ analysant les conséquences des modulations phénotypiques et des altérations fonctionnelles observées dans les sous-types de DC sur leurs dialogues avec les effecteurs antiviraux (αβT, γδT et NK), 2) définir l’impact du VHB chronique et du traitement analogue nucléos(t)idique sur les DC et les effecteurs chez les patients, tant au niveau circulant qu’intrahépatique, 3) explorer les caractéristiques métaboliques des cellules (sous-types de DC, cellules αβ et γδT, NK) en utilisant la méthode SCENITH chez les patients, et 4) déterminer des moyens de restaurer des dialogues DC/effecteur efficaces en manipulant l’axe CX3CL1/CX3CR1 et en réorientant le métabolisme pour améliorer les réponses antivirales. Ce projet conduira à une meilleure compréhension des mécanismes d’échappement du virus au contrôle immunitaire, en particulier le mécanisme de détournement des DCs induit par le VHB et de leur dialogue avec les cellules effectrices, ce qui est essentiel pour proposer des options thérapeutiques innovantes remodelant des réponses immunitaires antivirales appropriées et un contrôle efficace du virus.

Depuis la découverte du VIH comme agent causal du SIDA en 1983, un long chemin a été parcouru dans la compréhension de la réplication du virus ce qui a permis le développement d’antiviraux efficaces. Bien que nous soyons aujourd’hui capable de limiter la transmission du virus et l’évolution de la maladie, la présence d’un réservoir viral archivé au sein des cellules du patient ainsi que les problèmes de résistance aux traitements posent de vrais problèmes de santé publique. Les procédures actuelles de suivi des mutations de résistance sont basées sur la technologie Sanger, standard très largement accessible, peu coûteuse et ne nécessitant que de très peu de ressources informatiques. La limite technologique du séquençage à quelques centaines de bases oblige la mise en place de réactions indépendantes multiples pour couvrir toutes les régions d’intérêts, et ne permet de distinguer que les formes majoritaires. A l’inverse, les technologies de séquençage nouvelle génération permettent de faire un séquençage du génome entier avec une très grande profondeur de lecture à partir de fragments de petites tailles (150 bases). Toutefois, l’accès aux variants minoritaires se fait ici au sacrifice du cout et de la lourdeur de l’analyse bio-informatique qui en découle. Ces technologies ont également été employées avec succès pour étudier les sites d’intégration du virus dans le génome cellulaire. Cependant, c’est un procédé lourd (grand nombre d’étapes de biologie moléculaire) et seule une petite fraction des sites d’intégration sont in fine analysables du fait même de la technologie. En effet, la petite taille des fragments ne permet pas de séquencer plus de quelques dizaines de bases du génome humain. Il est alors extrêmement difficile de repositionner sans ambiguïté le site d’intégration, notamment lorsque celle-ci se trouve dans des régions répétées du génome humain.

Le projet présenté propose de mettre en place une méthodologie permettant de séquencer le provirus en seulement quelques étapes simples, rapides et peu couteuses (moins de 2 heures contre plus de 3 jours actuellement). Pour cela, nous proposons d’associer la technologie Nanopore de séquençage de grands fragments à un procédé d’enrichissement basé sur le ciblage par la Cas9 sans aucune étape d’amplification et seulement une étape de purification. Cette méthode doit permettre de produire des données de séquençage génome entier associé à une identification sans ambiguïté du site d’intégration. Ce nouveau procédé de séquençage direct (sans amplification PCR) devrait de plus permettre d’accéder au statut de méthylation de l’ADN proviral archivé et de son environnement cellulaire. Ces données impossibles à obtenir actuellement sont clés pour comprendre la dormance virale. Ce développement technologique permettra donc à tout un chacun de faire le séquençage soit même en quelques heures et avec seulement très peu d’investissement financier pour une avancée majeure dans l’étude de la latence virale, de la relation intégration/cancer, et peut-être de se rapprocher de l’objectif « Cure HIV ».

Introduction

La tuberculose (TB) est une cause majeure de morbidité et de mortalité chez les enfants. Chaque année, 1,1 million d’enfants et d’adolescents en sont atteints. On estime que la moitié d’entre eux ne sont pas diagnostiqués et que 96% de ceux qui sont décédés de la maladie n’ont jamais été mis sous traitement.

En 2022, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a recommandé deux nouveaux algorithmes (pour les contextes avec et sans radiographie) pour améliorer le diagnostic de la TB chez les enfants de moins de 10 ans. Cette recommandation est provisoire, conditionnelle et avec une période de validité de 24 mois. L’OMS a lancé un appel pour évaluer les performances diagnostiques des algorithmes et leur faisabilité, afin d’éclairer la révision des recommandations de l’OMS actuellement prévue pour 2024.

Objectifs

Médecins Sans Frontières (MSF) et Epicentre proposent une étude prospective pour évaluer la performance diagnostique des nouveaux algorithmes chez les enfants de manière générale et dans des groupes spécifiques (enfants malnutris, vivant avec le VIH, hospitalisés, ambulatoires) ainsi que d’évaluer la faisabilité opérationnelle de leur mise en œuvre. L’étude évaluera également la cascade diagnostique des algorithmes, la valeur diagnostique du TB-LAM et de l’échographie chez les enfants, l’éligibilité à un traitement antituberculeux plus court, et la mortalité à 2 mois de suivi.

Conception, population de l’étude et procédures

Une étude diagnostique observationnelle prospective multi-pays et une étude à méthodes mixtes seront menées dans 6 pays : Ouganda, Niger, Nigéria, Guinée, Soudan du Sud et Angola.

L’étude diagnostique prospective recrutera des enfants de moins de 10 ans présentant des symptômes de TB. Certains sites d’étude recruteront uniquement des groupes spécifiques (enfants malnutris, vivant avec le VIH, hospitalisés, ambulatoires). L’étude à méthode mixte inclura des soignants, des informateurs clés, des gestionnaires de la santé et des agents de santé.

Lors de la première visite, les enfants recevront un examen clinique, un test de dépistage du VIH (si le statut est inconnu), un test Xpert MTB/RIF dans un échantillon respiratoire ou de selles, un test TB-LAM dans les urines, une radiographie et dans certains sites une échographie. La décision de traiter la TB ou d’autres affections sera prise conformément à l’algorithme de l’OMS. Une visite après 1-2 semaines sera effectuée pour les enfants pour lesquels une réévaluation a été recommandée. Les enfants recevront un examen clinique et un test Xpert MTB/RIF (en fonction de la situation clinique). À 2 mois, tous les enfants seront évalués cliniquement et sortiront de l’étude.

L’évaluation du processus de mise en œuvre se fera en 3 phases : 1) Avant la mise en œuvre des algorithmes, des entretiens approfondis avec les agents de santé et les soignants seront réalisés pour évaluer les représentations sociales de la TB et les pratiques de diagnostic de la TB ; 2) Pendant la mise en œuvre, des observations, des groupes de discussion avec des informateurs clés et des entretiens semi-structurés avec des responsables de programme seront effectués ; 3) Après la mise en œuvre, des discussions de groupe et des entretiens semi-structurés avec des agents de santé et des responsables de programme seront menés pour évaluer l’évolution des pratiques envers les algorithmes au fil du temps.

Taille de l’échantillon

Pour l’évaluation prospective du diagnostic, la taille de l’échantillon sera d’environ 2240 enfants (500 en Ouganda, 230 au Soudan du Sud, 600 au Niger, 300 au Nigeria, 270 en Angola, 340 en Guinée). Pour l’évaluation du processus, dans chaque site d’étude, 6 groupes de discussion avec des agents de santé, 20-30 entretiens avec des soignants, 10-15 avec des informateurs clés, 20-30 avec des responsables de la santé et 10-15 avec des agents de santé seront réalisés.

Autres aspects

L’approbation éthique sera demandée au comité d’éthique de MSF et aux comités nationaux d’éthique de chaque pays. Un consentement éclairé écrit sera demandé aux parents et un assentiment aux enfants de plus de 7 ans. La durée totale de l’étude est de 2,5 ans.