Projets et candidats lauréats

L’incidence du cancer anal a augmenté au cours des 30 dernières années. Les HPV à haut risque oncogéniques (HPV16) sont responsables de plus de 80 % des cancers de l’anus. Parmi les facteurs de risque identifiés pour développer un cancer anal, le fait d’être un homme ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH) augmente le risque de 20 fois par rapport aux hommes hétérosexuels. La sous-étude HPV de l’essai ANRS IPERGAY a permis de décrire l’épidémiologie HPV sur 3 sites anatomiques sur des prélèvements réalisés tous les 6 mois pendant 2 ans chez 162 participants HSH VIH-négatifs. Une analyse génétique viro-centrée basée sur la technologie Capture-HPV (capture et séquençage haut-débit) a été réalisée sur les prélèvements anaux dans le but d’identifier des signatures moléculaires spécifiques liées à l’évolution des lésions: persistance, intégration virale (financement complémentaire ANRS/Fondation Bill et Melinda Gates). Les résultats des examens cytologiques disponibles à l’inclusion et à la fin de l’essai permettent d’étudier leur association à la présence des signatures HPV. Cependant, le test cytologique est un test de dépistage et non un test diagnostic. De plus, les processus tumoraux induits par l’HPV mettent en général une dizaine d’année à se développer. Notre projet consistera à proposer aux participants de l’essai IPERGAY (inclus entre 2012 et 2014) de bénéficier de l’examen de référence pour le diagnostic de lésions de haut grade/cancers, c’est-à-dire l’anuscopie haute résolution (AHR). Nous pourrons ainsi associer nos résultats génétiques « viro-centrés » (signatures HPV) aux résultats du diagnostic des lésions de haut grade 10 ans après l’inclusion des participants dans IPERGAY. Nous pensons que nos résultats permettront de découvrir de nouveaux outils de dépistage du cancer anal afin d’optimiser l’orientation des patients vers l’AHR dont l’accessibilité est limitée (équipement spécifique et  personnels formés).

Les interférons (IFN) de type I limitent la réplication et la dissémination du VIH-1 par l’induction de gènes appelés gènes stimulés par l’IFN (ISG de l’anglais interferon-stimulated genes). Les IFN sont impliqués dans la suractivation du système immunitaire pendant la phase chronique de l’infection par le VIH-1 et impactent aussi la formation des réservoirs du VIH-1. Les cellules dendritiques (CD) sont fortement résistantes à l’infection par le VIH-1 du fait de l’expression de facteurs de restriction comme SAMHD1. La protéine Vpx (codée par le VIH-2 et introduite expérimentalement dans les CD) induit la dégradation de SAMHD1 et permet une infection robuste de CD en augmentant la transcription inverse ce qui permet aux CD de détecter l’infection grâce à la protéine cGAS. cGAS induit alors la production d’IFN par l’intermédiaire d’une voie biologique impliquant les protéines STING, TBK1 et IRF3. Nous avons récemment découvert les réseaux transriptionnels induit par le VIH-1 dans les CD en utilisant l’inférence de réseaux de facteurs de transcription (FT) (Johnson et al, Cell Report, 2020). Parmi les FT prédit comme impactant la maturation des CD en réponse à l’infection par le VIH-1, circadian locomotor output cycles kaput (CLOCK) est parmi les plus importants. CLOCK peut, avec BMAL1, former un complexe régulateur du cycle circadien cellulaire. CLOCK est aussi connu pour réguler le métabolisme énergétique. Comme notre modèle a montré une activité différente de CLOCK dans les CD infectées matures par rapport aux immatures, nous nous demandons si diminuer l’expression de ce gène peut changer la réponse des CD à l’infection par le VIH-1. Nos résultats préliminaires montrent que la diminution d’expression de CLOCK par shARN dans les CD dérivées de monocytes (moCD), induit une réduction drastique de l’induction d’IFN et des ISG par le VIH-1. Nous proposons : 1) de regarder si CLOCK impacte l’activation de la voie cGAS par le VIH-1 ; 2) de tester expérimentalement si le rôle de CLOCK nécessite son activité régulatrice du rythme circadien ; 3) d’étudier les liens entre CLOCK, la production d’IFN et le métabolisme cellulaire dans le contexte de l’infection des moCD par le VIH-1. Une meilleure compréhension des interconnexions entre CLOCK, le VIH-1, la sécrétion d’IFN et le métabolisme cellulaire pourrait aider à développer de nouvelles stratégies pour booster la réponse immunitaire innée dirigée contre le VIH-1 (pour limiter la propagation et/ou l’établissement des réservoirs du VIH-1) et/ou à contrôler l’inflammation chronique induite par le VIH-1.

La tuberculose (TB) est l’une des infections opportunistes les plus fréquentes chez les patients VIH+ dans les pays à ressources limités. En Afrique et en Asie, la TB est aussi la principale cause de mortalité dans cette population. Le diagnostic de TB pulmonaire généralement repose sur la clinique, la radio et la détection de Mycobacterium tuberculosis (Mtb; BAAR) dans les prélèvements respiratoires notamment les crachats. La détection de BAAR dans les crachats est la méthode la plus utilisée pour diagnostiquer la TB pulmonaire et pour monitorer la réponse au traitement. Toutefois l’analyse des crachats est peu sensible et une forte proportion de TB est BAAR-. Bien que les tests de PCR-BK soient plus sensibles, de nombreux cas restent non confirmés. Le traitement anti-TB empirique (forte suspicion clinique de TB sans confirmation microbiologique) est un choix fréquent pour les cliniciens particulièrement chez les patients VIH+ sévèrement immunodéprimés. Ainsi d’autres outils sont nécessaires pour aider au diagnostic de la TB mais aussi pour évaluer la réponse au traitement chez les patients traités de façon empirique afin que les cliniciens puissent décider de continuer ou non le traitement anti-TB.

Les monocytes/macrophages sont des cellules immunitaires innées jouant un rôle important dans la pathogénèse de la TB. Les monocytes activés relarguent des formes solubles de récepteurs tels que CD14, CD163 et l’IL-1 récepteur antagoniste IL-1Ra, inhibiteur compétitif de la cytokine inflammatoire IL-1.

Dans une étude pilote chez des patients Cambodgiens inclus dans l’essai CAMELIA, nous avons montré que les concentrations plasmatiques d’IL-1Ra diminuent de façon spectaculaire après deux mois de traitements antituberculeux. L’objectif de cette étude preuve de concept est de démontrer que les concentrations d’IL-1Ra diminuent de façon significative dans les deux semaines qui suivent l’initiation du traitement anti-TB chez des adultes avec une TB documentée. Nous faisons l’hypothèse qu’en réponse à une diminution rapide de la charge mycobactérienne, les monocytes seront moins activés et que les concentrations plasmatiques de ces biomarqueurs vont décroître précocément après l’initiation d’un traitement efficace. 100 adultes avec une TB documentée seront inclus dans deux sites ANRS Cambodge (n=50) et Côte d’Ivoire (n=50). Nous mesureront les concentrations d’IL-1Ra avant traitement (BL), aux semaines 1 (S1), S2, S4, et S8. Deux autres marqueurs seront mesurés, l’IP-10 suggéré comme un possible biomarqueur prédictif de réponse au traitement anti-TB et sCD163 pour lequel nous avons montré une diminution modérée mais significative.

Population de l’étude : Adultes VIH+, naïfs d’ARV (n=60), adultes VIH- (n=40), tous avec une TB confirmée (BAAR+ et/ou Xpert MTB/RIF+). Le suivi clinique permettra de diagnostiquer des évènements: infections intercurrentes, IRIS et le devenir de la tuberculose. Des échantillons sanguins seront collectés à J0, S1, S2, S4 et S8 après le début du traitement anti-TB. Dans chaque pays le traitement anti-TB et les ARV seront administrés selon les recommandations nationales.

Objectif principal : évolution de la concentration d’IL-1Ra entre BL et S2

Objectifs secondaires :

• Evolution de la concentration d’IL-1Ra entre BL, S1, S2 et S8
• Evolution de la concentration de sCD163 et IP-10 entre BL, S1, S2, S4 et S8
• Impact de la survenue d’évènements sur l’évolution des biomarqueurs: TB-IRIS, guérison ou non de la tuberculose, souche de Mtb résistante.

Si nous démontrons que la diminution de la concentration d’IL-1Ra survient précocement après le début du traitement anti-TB, idéalement à S2 ou encore à S4, suivre ce biomarqueur pourrait être d’un intérêt majeur dans le futur, pour aider les cliniciens à décider d’arrêter ou non un traitement anti-TB empirique. Identifier des biomarqueurs précoces de réponse au traitement serait particulièrement intéressant pour les patients chez lesquels le diagnostic de TB reste difficile par ex tuberculoses pulmonaires BAAR- ou tuberculoses extrapulmonaires/disséminées chez des patients VIH+ très immunodéprimés.