Projets et candidats lauréats

On estime à 15 à 20 millions le nombre de patients porteurs des virus des hépatites B (HBV) et delta (HDV) dans le monde. Encore mal connues, ces co-infections HDV/HBV sont responsables des formes les plus sévères d’hépatites aiguës mais surtout chroniques. Chez les patients souffrant d’hépatite B chronique, une superinfection par le virus delta peut entrainer jusqu’à 20% d’hépatites fulminantes possiblement fatales sous 2 à 10 jours en l’absence de transplantation hépatique. De plus, des études ont montré un risque 3 fois plus élevé de cancer du foie chez les patients infectés par les deux virus HDV/HBV comparé aux patients infectés par HBV seul. Cette gravité est majorée par l’absence de traitement spécifique validé, l’hépatite delta peut être considérée comme une maladie orpheline négligée.

Le bassin amazonien offre une possibilité unique d’étudier les co-infections HBV/HDV du fait de la très grande fréquence des 2 virus, et de la présence de variants spécifiques, en particulier une combinaison décrite comme très agressive de souches HBV de type F et HDV de type 3. Ces souches (ou génotypes) sont essentiellement présentes dans les populations Amérindiennes isolées mais se répandent également dans les zones urbaines du fait des migrations et mixages de population.

Ce projet s’appuie sur un LIA (Laboratoire International Associé) qui associe l’Inserm U1052 (F. Zoulim) et l’école de médecine universitaire de Salvador de Bahia (R Parana). L’objectif global de ce projet est d’étudier, grâce à de nouveaux outils, les aspects épidémiologiques, cliniques, immunologiques, thérapeutiques et moléculaires des co-infections HBV/HDV dans la région du Bassin Amazonien au Brésil, où la prévalence des co-infections est parmi les plus élevées au monde avec des aspects très sévères de la maladie, y compris chez les adolescents et les jeunes adultes.

Ce projet repose sur plusieurs approches. Tout d’abord, une étude clinico-épidémiologique pivot décrira les aspects cliniques, virologiques et l’histoire naturelle de co-infections en Amazonie, histoire qui ne s’applique pas seulement au Brésil mais aussi à d’autres pays qui ont des territoires en Amazonie. En parallèle, une revue systématique de la littérature sur la co-infection HBV/HDV dans le bassin amazonien (collaboration IARC et Brésil), permettra une mise en perspective des résultats. A cette étude Source, seront associées : 1) l’utilisation d’une série de marqueurs inflammatoires dans le sang pour évaluer la sévérité de la maladie du foie sans avoir recours à la biopsie (collaboration Inserm et Brésil) ; 2) l’implémentation d’une méthode quantitative innovante de détection du virus delta (mise au point à Lyon) dans les trois centres de référence pour les maladies du foie en Amazonie (collaboration Inserm et Brésil) ; 3) la synthèse des données de quantification virale et de typage des virus (par des méthodes novatrices et validées) avec les données clinico-épidémiologiques collectées au Brésil (collaboration IARC et Brésil) sera comparée avec les données publiées dans d’autres régions du monde pour tenter de mieux comprendre les facteurs qui influencent la sévérité et la progression de la maladie. 4) Les données thérapeutiques récentes de la plus grande efficacité du traitement combiné PegIFN/Entecavir dans les hépatites chroniques HBV F/ HDV 3 de Rondonia seront particulièrement étudiés comparé aux autres centres (Manaus et Rio Branco) Campos Salcedo, ALEH, 2018).

Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est la deuxième cause de décès par cancer. Les patients cirrhotiques infectés par le VHB et le VHC sont surveillés conformément aux directives internationales qui recommandent le dépistage semestriel du CHC par échographie du foie. Cependant, cette stratégie n’est plus efficace: d’une part, elle n’est pas rentable chez les patients avec infections contrôlées (VHB) ou guéries (VHC) chez qui le risque de CHC a considérablement diminué. En revanche, elle manque de sensibilité et de spécificité chez environ 20% des patients chez sont diagnostiquées des tumeurs avancées en dépit de l’observance des programmes de surveillance. L’utilisation dans la pratique clinique de nouveaux biomarqueurs visant à sélectionner des patients plus enclins à développer un CHC et à favoriser la détection du CHC le plus tôt possible constitue l’un des principaux défis dans ce domaine: de tels progrès augmenteraient effectivement les taux de patients avec cancer du foie qui pourrait bénéficier de la mise en œuvre de procédures curatives conduisant à une meilleure survie. Dans l’ensemble, l’utilité de ces nouveaux marqueurs pour affiner la sélection des patients peut être évaluée à deux niveaux différents: prédiction du risque de CHC à l’aide de biomarqueurs ou détection précoce du CHC basée sur les changements dynamiques des composants circulants évalués lors des programmes de surveillance. De nouveaux biomarqueurs pourraient identifier les patients les plus enclins à développer un carcinome hépatocellulaire et augmenter la détection du carcinome hépatocellulaire dès que possible. Ils incluent parmi d’autres des polymorphismes génétiques et de protéines circulantes.

Méthodes: L’étude sera réalisée sur des échantillons d’ADN et de sérums séquentiels obtenus dans la cohorte ANRS CirVir qui a inclus 1671 patients avec cirrhose virale compensée recrutés dans 35 centres cliniques français entre 2006 et 2012. La biobanque comprend des échantillons d’ADN et de sérums séquentiels à l’inclusion puis une fois par an. Au cours d’un suivi de 59,7 mois, un CHC a été diagnostiqué chez 213 patients. Un panel de 92 SNP sera évalué chez les 1671 patients inclus. Ils comprendront ceux rapportés comme associés au carcinome hépatocellulaire dans la littérature et ceux identifiés dans une GWAs française en cours menée chez 4000 patients français dans le cadre du consortium HECAM. Des scores multigeniques du risque HCC seront construits en utilisant des approches de type Machine Learning. Les changements dynamiques avant et au diagnostic HCC d’un panel de 9 biomarqueurs protéiques seront décrits chez chaque patient à l’aide de modèles à effets aléatoires et seront corrélés à la détection d’une lésion focale hépatique ou d’un CHC au cours du suivi.

Résultats attendus: Ces avancées permettront la mise en place d’une médecine personnalisée avec l’adaptation des mesures de dépistage et de prévention. Les modalités et la périodicité des programmes de dépistage, les algorithmes d’exécution des procédures de rappel, l’adaptation des traitements préventifs sont des mesures spécifiques qui pourraient être mises en œuvre dans la pratique clinique en fonction des résultats de ce projet interdisciplinaire. Le programme de recherche STHEPBIO est un programme de recherche multi-étapes visant à valoriser les biobanques de l’ANRS. Les analyses réalisées dans le cadre du programme STHEPBIO seront étendues à d’autres cohortes françaises (ANRS Hepather, INCa Cirral) et à des cohortes européennes (Italie, Espagne, Belgique) dans le cadre d’un appel d’offre européen dédié à la médecine personalisée en attente de décision finale (ERA Permed).

Les infections par les papillomavirus humains (VPH), l’herpès (HSV-2), le virus d’Epstein-Barr (EBV) et le VIH comptent parmi les infections virales humaines les plus répandues à travers le monde. Ces virus se transmettent pour la plupart par voie sexuelle et la majorité des femmes est infectée par les VPH très tôt, lors des premiers rapports sexuels. De plus, les femmes africaines sont à la fois les plus infectées par les VPH (24%), l’herpès (37%) ou le VIH. En France métropolitaine, les femmes immigrées africaines pourraient présenter une épidémiologie de l’infection à VPH similaire de celle rencontrée dans leur pays d’origine. Pourtant, il n’existe que très peu, ou pas de données sur l’épidémiologie de l’infection à VPH dans cette population vulnérable et à haut risque. Il devient dès lors nécessaire d’étudier l’épidémiologie de l’infection à VPH dans cette population ainsi que les potentiels facteurs de risque (virologiques, sociodémographiques) qui pourraient l’influencer. En effet, cela pourra apporter de nouvelles informations importantes pour la prise en charge des femmes immigrées d’origine africaine, notamment en adaptant les stratégies de prévention contre l’infection à VPH et le cancer du col de l’utérus à cette population clé. Nous nous proposons dans cette étude de dresser, dans une population de femmes immigrées originaires d’Afrique sub-Saharienne vivant en France métropolitaine, l’épidémiologie de l’infection à VPH et les potentiels facteurs de risques propre à cette population qui pourraient l’influencer. Dans un second temps, nous explorerons chez les femmes présentant des facteurs de risque élevé, des corrélations entre les signatures d’intégration viral du VPH et l’évolution clinique de l’infection.

Le virus de l’hépatite E (VHE) est l’une des premières causes d’hépatite dans le monde. Bien que l’infection par le VHE soit asymptomatique dans 70% des cas, des formes fulminantes, chroniques et des atteintes extra-hépatiques ont été décrites. En France, et dans les pays à haut niveau économique où le virus de l’hépatite E de génotype 3 (VHE3) prédomine, la transmission du VHE se fait essentiellement par la consommation de viande peu ou non cuite. De nombreux arguments sont également en faveur d’une transmission environnementale et notamment hydrique du VHE3. Dans l’environnement, le VHE circule sous une forme non enveloppée (nVHE), constituée de la protéine ORF2 de capside, tandis que les particules virales retrouvées dans le sérum des patients ou dans le surnageant de culture cellulaire sont associées à des lipides, bien que le génome du VHE ne code aucune protéine d’enveloppe. Ce type de particules est de ce fait qualifié de virus quasi-enveloppé (eVHE).

Notre travail vise à mieux comprendre les voies de transmission du VHE entre l’Homme et l’environnement (via l’animal, l’environnement extérieur). L’objectif de ce travail est de cultiver des souches natives d’origine humaine, animale ou environnementale sur des cellules hépatocytaires, les cellules PLC/PRF/5 qui présentent une bonne infectivité.

Les souches virales étudiées seront 1) des souches d’origine humaine, fécales (nVHE) ou sériques (eVHE), recueillies chez des patients suivis au CHRU de Nancy (DC-2016-2790), 2) des souches animales isolées de gibiers ou d’élevage, et 3) des souches environnementales prélevées en entrée de station d’épuration et dans des eaux de surface. Les cellules PLC/PRF/5, déjà entretenues au Laboratoire, seront infectées selon les protocoles optimisés disponibles dans la littérature. Après infection, les cellules seront cultivées en laboratoire de sécurité de niveau 3 comme l‘impose la réglementation. Le suivi de l’infection sera réalisé par la détection de l’ARN du VHE, la détection de la protéine ORF2 et par marquage des cellules infectées par immmuno-fluorescence. Les souches virales ainsi isolées seront caractérisées par des tests génotypiques.

L’étude de la capacité réplicative des différents isolats et de leurs caractéristiques moléculaires permettra de mieux comprendre les facteurs virologiques influençant la persistance et la transmission du virus à partir des réservoirs connus ou non encore explorés.