Projets et candidats lauréats

Le covid causée par l’infection par le SARS-CoV-2 est une maladie d’expression polymorphe tant par sa présentation clinique que par sa gravité et sa durée. Le plus souvent, les individus ne présentent pas de symptômes ou présentent des symptômes modérés et bénins, qui disparaissent spontanément en 2 à 3 semaines. Cependant, certains individus présentent des formes sévères qui peuvent mener à une hospitalisation en réanimation, voire au décès. Par ailleurs, certains patients présentent des symptômes prolongés, à la suite d’une infection aiguë à SARS-CoV-2, plusieurs semaines ou mois après les premières manifestations, synonymes d’un covid long. Ces covids longs ont un retentissement important sur la qualité de vie des patients dans les mois suivant l’infection, et représentent un coût potentiellement important pour la société, par la consommation de soins accrue des personnes touchées. Certaines spécialités peuvent être grandement impacté, avec un risque de saturation. Cette pandémie de covid, qui s’inscrit dans la durée, a brutalement et durablement bouleversé l’organisation du système de soins en général et du système hospitalier en particulier. La surcharge hospitalière liée à la pandémie de covid a été plus ou moins marquée au cours des différentes vagues, suite notamment à l’émergence de variants qui a modifié la contagiosité, la fréquence des symptômes et leur sévérité, et à la mise en place de mesures sanitaires. Ces mesures sanitaires peuvent avoir eu un effet sur le fardeau de l’infection selon différentes modalités et notamment : 1) la diminution du nombre de cas de covid (isolement, confinement, contact tracing, vaccination et traitements prophylactiques des patients vulnérables), 2) la diminution de la sévérité des infections par le SARS-CoV-2 (vaccination et traitements précoces de l’infection) et 3) la diminution du risque de symptômes persistants (vaccination). La vaccination disponible progressivement à partir de décembre 2020 a ainsi eu un fort impact sur la proportion de cas hospitalisés, reflétant l’efficacité du vaccin à prévenir la gravité des formes cliniques chez les personnes vaccinées. Cependant, certaines de ces mesures sanitaires ont été mises en place de façon hétérogène sur le territoire français, entre l’hexagone et les territoires ultramarins, mais aussi au sein de l’hexagone.

Hypothèses : Identifier les ressources médico-économiques suite à une infection par le SARS-CoV-2, à l’échelle nationale, mais aussi régionale et dans les territoires ultra-marins, pourrait permettre d’anticiper les besoins lors de la survenue d’une nouvelle vague et de mieux y répondre. De plus, les stratégies de prise en charge qui permettent de diminuer le risque d’hospitalisation et/ou le nombre de symptômes vont permettre de diminuer le développement de symptômes persistants, et donc les besoins de soins post-covid. En conséquence, cela permettrait de réduire la surcharge hospitalière, maintenir les soins courants en période de pic d’épidémie, et réduire les coûts à long-terme.

Objectifs : Evaluer le fardeau médico-économique des infections à SARS-CoV-2, notamment du covid long, et évaluer l’impact de stratégies précoces en France. Cette recherche sera conduite sur la France entière, puis spécifiquement en France métropolitaine et dans les territoires ultra-marins.

La recherche s’appuiera sur la modélisation de la prise en charge de la population infectée par le SARS-CoV-2, selon des profils associés à des trajectoires de soins différentes, le schéma vaccinal, l’initiation d’un traitement précoce, l’admission en hospitalisation, et les suites de l’infection aiguë. Les consommations de soins post-covid, potentiellement attribuables au covid long, seront également prises en compte. Le modèle sera alimenté en particulier par les données recueillies dans les études menées par l’équipe investigatrice principale de la recherche (ANR Long-COCO et cohorte French Covid).

Les résultats de cette étude permettront d’anticiper les ressources et les coûts liés à la pandémie de covid, et de se préparer à de nouvelles vagues épidémiques pour contribuer à réduire la pression hospitalière et la désorganisation des soins.

La fréquence croissante des virus zoonotiques souligne l'importance cruciale de caractériser les chaînes de transmission de certains virus d’intérêt, en termes de santé publique, entre les communautés d’animaux sauvages et les populations humaines. Ce projet vise donc à caractériser chacune de ces étapes et à définir comment leurs interactions peuvent impacter l'émergence de zoonoses. Les chauves-souris sont les réservoirs naturels de nombreux virus zoonotiques, mais leur rôle dans l’excrétion virale environnementale reste peu documenté. Or l'excrétion environnementale de virus zoonotiques par les chauves-souris peut induire l'infection d'espèces intermédiaires, telles que les rongeurs, qui partagent une partie de leur environnement avec les chauves-souris et les humains, favorisant ainsi les échanges viraux. Ce projet cherche donc à déterminer si les rongeurs jouent un rôle de pont entre les espèces sauvages et les populations humaines dans la transmission virale. Plus précisément, le projet TRANSVI se concentrera sur l'émergence potentielle de deux virus à ARN, les Coronavirus et Hantavirus, connus pour pouvoir donner des fièvres hémoragiques ou étant des viroses respiratoires une fois adaptés à l'homme. En se focalisant sur les populations humaines vulnérables de la péninsule du Yucatan (Mexique), région reconnue comme l'un des points chauds potentiels pour l'émergence des zoonoses, la première partie du projet vise à identifier les Coronavirus et Hantavirus circulant entre les chauves-souris et les rongeurs en évaluant la présence de souches virales similaires dans les excréments de chauves-souris (guano), ainsi que dans les échantillons sanguins de chauves-souris et de rongeurs. Ce travail permettra de faire un inventaire des virus ciblés, circulant dans les populations de chauves-souris et de rongeurs, mais aussi de déterminer l’impact de l’excrétion virale environnementale par les fèces sur l'exposition des rongeurs. Le second Work Package permettra d’évaluer le rôle des chauves-souris et des rongeurs dans l’exposition humaine aux mêmes virus. Ce volet analysera statistiquement le lien entre l'exposition humaine, obtenue à partir d'une étude sérologique en cours menée dans les villages proches des sites de prélèvement d’animaux, et la circulation de ces virus chez les chauves-souris et les rongeurs. Cette analyse intégrera également les facteurs favorisant le contact entre les populations humaines et les communautés de chauves-souris/rongeurs (activités en extérieur, consommation de viande de chauve-souris, etc.) identifiés lors d'une étude socio-épidémiologique afin d'identifier les voies de transmission. Au cours des trois dernières années, un échantillonnage intensif des espèces de chauves-souris et de rongeurs a été réalisé sur 3 sites de la péninsule du Yucatan, tous proches de populations humaines vulnérables. Des échantillons de sang provenant de chauves-souris et de rongeurs sur ces sites sont déjà disponibles et la collecte va se maintenir de 2025 à 2027. Des projets extérieurs financeront la collecte de sérum auprès de 3 populations humaines proches des sites de prélèvement de chauves-souris/rongeurs. TRANSVI financera le prélèvement et l'analyse des excréments de chauves-souris collectés sur le terrain, ainsi que l'analyse des échantillons de sang déjà obtenus (PCR et séquençage). Le projet soutiendra également l'analyse sérologique des échantillons de sérum humain (Luminex), ainsi que la collecte de données socio-épidémiologiques pour identifier les facteurs d'exposition au sein des communautés humaines. En conclusion, ce projet propose une approche complète et novatrice pour mieux comprendre, prévenir et contrôler les futures zoonoses en caractérisant chaque étape de la chaîne de transmission virale dans un environnement propice au développement de nouvelles pandémies potentielles. À moyen terme, ce projet identifiera les espèces de chauvessouris et de rongeurs à cibler pour renforcer les systèmes de surveillance, mais aussi améliorer l’élaboration des stratégies de prévention pour limiter la transmission aux populations humaines.

La dengue, transmise par les moustiques Aedes, représente un défi sanitaire mondial majeur, avec un nombre sans précédent de plus de 6,5 millions de cas et plus de 7 300 décès liés à la dengue signalés en 2023. L'Afrique subsaharienne (ASS) est confrontée à de nombreux bouleversements, dont le changement climatique et l'urbanisation, qui favorisent l'émergence de la dengue. Sur 200 000 cas suspects de dengue (45 % confirmés, 900 décès, létalité ≈0,5 %) signalés dans plus de 30 pays de la région OMS Afrique entre 2013 et 2023, plus de 170 000 (750 décès) ont été enregistrés en 2023. Malgré la circulation croissante du virus de la dengue (DENV) en ASS, les données concernant la maladie y restent fragmentaires, limitant la compréhension de la charge de morbidité de la dengue. Les principales lacunes comprennent les capacités diagnostiques insuffisantes, une connaissance limitée de la maladie, des investigations entomologiques inadéquates et l'absence de systèmes de surveillance robustes. DENGAFRICA vise à combler certaines de ces lacunes et à améliorer notre compréhension de la dengue en tant que menace sanitaire mondiale en ASS, grâce à une approche de recherche intégrée, interdisciplinaire et multinationale. L'objectif est de décrypter le fardeau de la maladie humaine, les facteurs influençant la transmission de DENV par des vecteurs locaux et la diversité des souches de DENV grâce à la génomique.

DENGAFRICA aborde plusieurs questions de recherche liées à la maladie humaine, aux vecteurs et à la génomique virale. Chez les humains, l'objectif est de déterminer la prévalence de la dengue chez les patients atteints de maladie fébrile aiguë indifférenciée, d'évaluer les performances diagnostiques en soins primaires des tests rapides ainsi que des définitions de cas de l'OMS, d'évaluer le risque de dengue grave chez les personnes présentant des comorbidités, en particulier la drépanocytose, et d'explorer les perceptions, les croyances et les comportements concernant la dengue, la protection antivectorielle et les vaccins contre la dengue. Chez les moustiques, l'objectif est d'étudier l'utilité de la surveillance des stades immatures, la dynamique temporelle des vecteurs, la performance des technologies de surveillance, la compétence vectorielle et l'impact du paysage et du climat sur la distribution et la résistance des vecteurs. Concernant la génomique virale, l'objectif est d'identifier les sérotypes et génotypes circulants de DENV, leur dynamique d'introduction et de remplacement, ainsi que leurs associations potentielles avec les phénotypes cliniques.

DENGAFRICA est organisé en six groupes de travail :

1. Coordination, gouvernance et données du projet : assure l'exécution du projet, la collecte et l'intégration des données.
2. Épidémiologie clinique : se concentre sur le diagnostic de la dengue en soins primaires, l’établissement de cohortes de cas de dengue et l’étude des cas hospitalisés.
3. Entomologie : examine les données existantes concernant la transmission vectorielle, effectue une surveillance systématique des moustiques Aedes et évalue la compétence vectorielle.
4. Virologie et génomique virale : fournit des solutions diagnostiques de la dengue, réalise une évaluation externe de la qualité, isole les souches de DENV et réalise des études génomiques et phylogénétiques.
5. Sciences humaines et sociales : Étudie les perceptions et les croyances liées à la dengue, les comportements protecteurs et l’acceptabilité de la vaccination.
6. Formation, engagement, communication et diffusion : Forme les professionnels de santé, renforce les capacités par le transfert de technologie, mobilise les communautés et diffuse les résultats.

Résultats attendus : DENGAFRICA vise à produire des indicateurs clés sur la dengue en ASS, à améliorer la détection et la surveillance de la maladie, à renforcer la sensibilisation et la prise en charge clinique, et à fournir des données probantes pour des approches innovantes de surveillance des vecteurs et de prévision des risques. Le projet contribuera à l’innovation technologique, au renforcement des capacités et à la structuration d’un réseau de recherche en sciences arbovirales en ASS.

Les infections virales neurotropes représentent une réelle menace pour la santé publique, mais les mécanismes sous-jacents aux perturbations cérébrales induites par les virus restent mal compris, ce qui entrave la découverte de stratégies pour traiter les neuropathologies. Ces dernières années, les exemples des troubles neurocognitifs associés au VIH et l’émergences des neuroCOVID longs doivent nous rappeler qu’au-delà des encéphalopathies potentiellement mortelles, les virus peuvent également provoquer des troubles neurodégénératifs, neurocognitifs et/ou psychiatriques plus discrets, mais qui affectent profondément notre société. Par conséquent, il est impératif d’identifier les déterminants moléculaires régissant les neuroinfections virales afin de mieux appréhender les perturbations subtiles qui y sont associées. Notre projet ViroBrain vise à établir un workflow pour l'évaluation de l'impact des infections virales sur les fonctions cérébrales, en mettant l'accent sur les arbovirus émergents/ré-émergents et les virus respiratoires. Pour cela, notre consortium, composé de six équipes aux expertises complémentaires en virologie, neurobiologie, protéomique et électrophysiologie clinique, développera un programme de recherche basé sur la comparaison systématique des infections virales de mono/co-cultures neurales, d'organoïdes cérébraux 3D, d’explants de cerveau humains, et de modèles animaux. Une caractérisation des perturbations viro-induites sera réalisée à l'aide d'approches omiques non-biaisées sur cellules uniques, et des approches plus ciblées seront utilisées en parallèle pour explorer certaines des caractéristiques les plus importantes associées aux (dys)fonctions neuronales lors d'une infection : 1. L’homéostasie synaptique et les circuits neuronaux, 2. L’activation des réponses immunitaires innées neurales et 3. L’agrégation de protéines impliquées dans la neurodégénérescence. Ces processus seront étudiés à l'aide d'une combinaison d'analyses complémentaire effectuées in silico, in vitro, ex vivo, in vivo et à partir de données de patients, avec l'aide de technologies avancées de microélectrodes, de dispositifs microfluidiques originaux et de bioingénieurie d'organoïdes cérébraux, associés au développement d’algorithmes d'apprentissage profond (intelligence artificielle) pour analyser des ensembles de données complexes et également pouvoir proposer des outils prédictifs innovant. Les mesures pertinentes issues de ces méthodes offrent la possibilité d’évaluer in vitro la santé de systèmes neuronaux, et de tenter de la restaurer lorsqu’elle est perturbée par des infections. Nous pourrons ainsi développer des stratégies originales pour traiter les symptômes neurologiques (traitement symptomatique), plutôt que de cibler l'infection elle-même. Notre workflow intégré a le double avantage d’accélérer l’acquisition de connaissances sur plusieurs des pathogènes prioritaires tels que définis par l’ANRS-MIE, mais également d’accroître notre préparation face aux futures menaces épidémiques/pandémiques d’origine virale. En effet, notre consortium forme un réseau d’experts capables de prédire rapidement et précisément le potentiel d’un nouveau virus à provoquer des troubles neurologiques. Ce projet vise également à aider les autorités de santé publique et la société à faire face aux futurs événements épidémiques en fournissant des informations solides pour orienter les décisions politiques en termes de vaccination, de traitement et de contre-mesures sociales lorsque cela est nécessaire.

Alors que la pandémie de COVID-19 en Afrique Sub-Saharienne connaît une diffusion virale relativement faible, nous demandons le financement de 2 années supplémentaires pour maintenir le dispositif CO3ELSER financé par l’ANRS en 2020 (projet ECTZ147735). Dans un contexte épidémiologique forcément incertain, notre projet combine des objectifs scientifiques et opérationnels. Sur un plan scientifique, il s’agit d’analyser les réactions des populations en situation de crise sanitaire COVID-19. Sur un plan opérationnel, notre projet comporte un dispositif longitudinal pour suivre la dynamique des réactions du public à la pandémie de COVID-19. A l’occasion de ce nouveau financement, nous voudrions poursuivre ces objectifs et également, mettre d’avantage l’accent sur les enjeux d’hésitation vaccinale.

Notre projet repose sur une enquête longitudinale en population, menée par téléphone portable dans une zone rurale du Sénégal, le bassin de Niakhar en pays Sereer. Ce bassin est doté du plus ancien système de veille sanitaire et démographique d’Afrique, ce qui constitue un avantage certain au vu de nos objectifs d’analyse de l’impact de la COVID-19 sur les conditions de vie. De plus, l’analyse des perceptions des risques, croyances et pratiques préventives à l’égard du risque épidémique est particulièrement adaptée en pays Sereer au vu des résistances à la vaccination de la petite enfance. En plus que de poursuivre le recueil de données avec trois vagues d’enquête supplémentaires auprès de 600 chefs de ménage et de 2 adultes du ménage (questionnaire de 10-15mn), cette extension de notre projet nous permettra d’une part, d’étudier l’hésitation vaccinale par analyse qualitative et intégration des résultats sous forme d’items qualitatifs dans les questionnaires et, d’autre part d’en analyser l’évolution dans le temps. Pour conclure, financer notre projet pendant 2 ans de plus permettrait de disposer d’une série temporelle unique sur un plan international.

Le contrôle de l’émergence de la Covid-19 en Europe, y compris en France, a été obtenu en combinant une réduction initiale de la transmission par des politiques de confinement, de rigueur variable et, un an plus tard, une forte incitation à la vaccination contre la Covid-19. Bien que réussie, cette expérience a révélé les défis soulevés par le contrôle des maladies infectieuses émergentes tout en respectant les bonnes pratiques de santé publique comme par exemple, maintenir la confiance au sein de la société et limiter les inégalités sociales. Le projet ACME vise à promouvoir – par le biais de la préparation aux épidémies – le développement et la mise en œuvre de mesures préventives de riposte (MPR), y compris la vaccination, efficaces, acceptables et accessibles, spécifiquement lors d’épidémies de maladies infectieuses (ré)émergentes en France. Ceci pourrait être atteint par des stratégies de communication et d’organisation facilitant la confiance et inclusives. Notre projet s’inscrit dans l’Axe 2 (Connaissance, expertise, communication) du PEPR-MIE, car il vise à mieux comprendre les facteurs clés qui influencent l’acceptation et l’accessibilité physique et psychologique des différents MPR en situation d’épidémie, et proposera des approches pour traduire les connaissances scientifiques en action de santé publique.

Nous avons identifié quatre thèmes clés « ACME » interdépendants, que nous pensons être essentiels pour permettre une acceptabilité et une accessibilité élevées des MPR pendant une crise épidémique : 1) efficacité des programmes ; 2) confiance dans le système au sens large (société, politiques…) et ses freins – réactance, politisation, conspiration ; 3) les professionnels de santé – leurs attitudes, formation et implication ; et 4) l’engagement du niveau local dans la communication et l’organisation.

Les objectifs généraux du projet ACME seront : 1. d’évaluer les déterminants, facilitateurs et barrières à l’adoption/adhésion, la confiance et l’équité sociale concernant les MPR en situation d’épidémie en France, et identifier des approches pour suivre ces facteurs pour la préparation aux épidémies ; 2. de développer des scénarios potentiels de maladies épidémiques et des MPR pertinentes, et évaluer les préférences, vis-à-vis des stratégies et programmes possibles, de la population générale, de sous-groupes spécifiques et des professionnels de santé ; 3. de préparer la recherche interventionnelle sur les programmes de MPR facilitant la confiance et inclusives, en identifiant les expériences évaluées à l’international et en étudiant leur transférabilité en France et aux situations épidémiques ; 4. d’élaborer des recommandations et des protocoles pré-évalués pour une mise en œuvre rapide de la recherche interventionnelle lors de futures émergences, et une feuille de route de recherche et pour un transfert actif vers la santé publique pour la préparation aux épidémies.

Conformément à ces objectifs, le projet ACME comportera quatre axes de travail scientifique reliés entre eux, soutenus par une coordination continue par l’Institut Pasteur. Le consortium ACME englobe diverses disciplines des sciences sociales et du comportement (anthropologie, psychologie, économie comportementale) et les combine avec une expertise pertinente en santé publique et biomédicale (promotion de la santé, épidémiologie et infectiologie). Tous les partenaires ont déjà démontré une forte expertise dans leurs domaines et ont une expérience en recherche fondamentale et en santé publique. Notre plan de travail sur 3 ans comprend de larges consultations répétées des parties prenantes (autorités et acteurs nationaux, régionaux et locaux, experts en sciences sociales et biomédicaux, professionnels de santé et représentants de la société civile). Le projet ACME créera des opportunités pour établir des liens avec d’autres projets de recherche en sciences sociales et avec les futurs projets PEPR-MIE traitant de l’émergence des maladies infectieuses, en particulier ceux qui développent des vaccins et des interventions préventives.

La tuberculose (TB), causée par Mycobacterium tuberculosis (Mtb), est la maladie infectieuse mortelle la plus répandue au monde, surpassant le Covid l'année dernière. Des observations récentes suggèrent que la transmission de la maladie est en partie découplée de la forme clinique. En effet, de nouvelles populations potentiellement transmettrices de Mtb ont été identifiées, incluant des personnes atteintes de TB subclinique et des personnes apparemment en bonne santé, mais produisant des aérosols pulmonaires contenant des bacilles tuberculeux. La détection de ces personnes transmettrices, qui ne se rendent pas nécessairement dans des centres de soins, requiert la mise au point d’une méthode de dépistage simple, non-invasive et peu coûteuse.

Dans le cadre du projet DetectTbTransmitters, nous visons à améliorer la détection des personnes potentiellement transmettrices de Mtb. Sur la base de solides résultats préliminaires, nous proposons une approche intégrée reposant sur la collecte d’un échantillon facilement accessible, le condensat d'air exhalé (EBC), couplée à des analyses quantitatives et qualitatives du lipoarabinomannane (LAM) produit par Mtb et présent dans l’EBC, afin d’identifier une signature moléculaire spécifique aux personnes présentant un risque accru de transmettre Mtb. Nous constituerons une cohorte de personnes présentant un spectre de phénotypes cliniques d’infection par Mtb : TB clinique, TB subclinique et personnes asymptomatiques. Les EBCs collectés seront analysés par des techniques de pointe: (i) séquençage métagénomique pour identifier Mtb et d'éventuelles autres espèces bactériennes présentes, (ii) microscopie à force atomique sur cellule unique avec diverses sondes anti-LAM pour détecter et effectuer un profilage structural du LAM à la surface des bactéries, et (iii) combinaison de chromatographie, spectrométrie de masse et résonance magnétique nucléaire pour élucider la structure du LAM en solution. Nous effectuerons une comparaison entre les groupes, en fonction du traitement et dans le temps.

Ce projet s’appuie sur l’expertise complémentaire des partenaires Français et Sud-Africains dans les domaines de la transmission de la TB, de l’aérobiologie de Mtb, et de la biochimie des lipides et glycoconjugués de l'enveloppe de Mtb. Il aura un impact sur le diagnostic de la TB et devrait ouvrir la voie à une meilleure détection des personnes susceptibles de transmettre Mtb, étape nécessaire pour orienter les actions programmatiques visant à limiter la transmission de la TB dans les communautés à forte prévalence.

Plus de 15% des personnes ayant développé la COVID-19 présenteraient encore au moins un symptôme six mois après la primo-infection. En France, cela concernerait plusieurs centaines de milliers de personnes. Les symptômes sont très polymorphes, ils évoluent de façon fluctuante et persistent plusieurs mois. Les symptômes neurologiques sont souvent au premier plan. Ceux souvent rapportés par les patients sont des troubles cognitifs, des troubles sensoriels, des vertiges, des manifestations neurovégétatives, des troubles du sommeil, et des céphalées de type tensive.

Les mécanismes expliquant la survenue de ces symptômes font toujours débat. Une étude pilote menée conjointement par l’Institut Pasteur et l’Assistance Publique – Hôpitaux de Paris a démontré que de l’ARN viral pouvait être retrouvé dans la muqueuse des fentes olfactives chez des patients immunocompétents ayant des symptômes prolongés neurologiques au décours de la COVID-19. Cette étude a concerné 4 patients de la première vague explorés par un micro-brossage de la muqueuse des fentes olfactives sous anesthésie locale plus de 4 mois après la COVID-19 initiale. 

Dans cette étude, nous proposons d’évaluer si la persistance virale est spécifique des patients ayant des symptômes prolongés suite à une COVID-19. Seront inclus dans cette étude 25 cas (patients souffrant de troubles neurologiques centraux persistants après un épide de COVID-19, groupe « COVID-long ») et 25 témoins (patients infectés par le SARS-CoV-2 et guéris, groupe « COVID guéri »). Les facteurs d’appariement des cas aux témoins sont l’âge, la vague de COVID et le délai depuis le début des symptômes. Nous évaluerons si la présence d’ARN du SARS-CoV-2 est corrélée à la capacité du virus de se répliquer. Nous étudierons également les anomalies cellulaires associées à la présence de virus, et tenterons de corréler les anomalies cellulaires et virologiques observées au profil clinique des patients. Ces données permettront d’infirmer ou de confirmer la persistance virale et/ou l’état inflammatoire de la muqueuse olfactive dans le COVID long.

MPX-SPREAD vise à caractériser l’épidémiologie de l’épidémie de variole du singe en France, à identifier les mécanismes de la dynamique de transmission observée, à quantifier le risque de propagation en dehors de la population initialement touchée et à évaluer un ensemble de stratégies de prévention et de contrôle pour informer les politiques de santé publique. Dans une première phase, nous étudierons la phase initiale de l’épidémie où la circulation s’est faite principalement parmi les HSH (hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes). Nous caractériserons le potentiel épidémique dans cette communauté par une analyse statistique de l’incidence observée ; nous construirons des modèles individu centrés basés sur les caractéristiques des répondants aux études de comportements sexuel PREVAGAY / ERAS et nous comparerons des stratégies de contrôle incluant par exemple traçage ou ciblage de lieux ; nous déterminerons les conditions dans lesquelles le virus pourrait atteindre la population générale en utilisant des modèles structurés de type SIR. Dans une deuxième phase, nous poursuivrons l’analyse des données afin d’évaluer rétrospectivement l’efficacité des interventions initiales et décrire les éventuels changements de contexte ; nous utiliserons les modèles pour étudier les voies menant à l’extinction, à la résurgence sporadique, à la transition vers l’endémicité et éventuellement au risque zoonotique / réservoirs sur une échelle de temps plus longue. À toutes les étapes, nous chercherons la participation des populations touchées et des autorités sanitaires pour définir des stratégies acceptables et faisables et fournirons en retour des informations basées sur les résultats obtenus.