Projets et candidats lauréats

La dernière vague de Covid-19, largement due au variant omicron, a été marquée par une incidence décuplée chez les enfants. Les conséquences physiologiques d’un Covid-long sur la population pré-pubère représentent un tout nouveau champ d’investigations. Chez les enfants, deux symptômes majeurs ont été rapportés : la persistance de troubles olfactifs et une puberté précoce imputée à la pandémie. La nécessité d’une action concertée entre différentes fonctions métaboliques et neuronales fait de la puberté un processus aux multiples facettes. Ainsi, plusieurs causes différentes peuvent être à l’origine du phénotype d’avancement observé lors de la pandémie. Cependant, il parait légitime de penser que la modification bien définie de la perception des odeurs dans le cadre d’un Covid-long peut impacter l’activité des neurones hypothalamiques. Par conséquent, le projet LoCos_PPub veut définir les liens de causalité fonctionnelle entre les troubles olfactifs observés chez les enfants souffrant de Covid-long et la puberté précoce. Nous avons des données préliminaires solides indiquant que ces troubles olfactifs persistants dus au Covid long, comme les anosmies ou les phantosmies, sont suffisants pour induire une « puberté » précoce chez l’organisme modèle Drosophile. En dépit des différences morphologiques évidentes entre les mammifères et les insectes, de nombreux travaux ont montré que le système neuroendocrinien ainsi que les modalités sensorielles de l’olfaction sont très conservés entre ces deux classes d’animaux. De plus, la modélisation de maladies humaines chez la Drosophile connait un véritable regain d’intérêt depuis quelques années. Ici, nous proposons donc d’utiliser ce modèle, certes original, mais néanmoins bien conservé et possédant toute une panoplie d’outils pour explorer, de manière fiable et rapide, cette zone d’ombre qu’il faut éclairer de toute urgence. Nous allons (WP1) déterminer les effets de l’anosmie, de la parosmie, de la phantosmie et de l’hyposmie sur la temporalité de la transition du stade juvénile au stade adulte. Pour se faire, nous activerons ou inactiverons génétiquement chaque neurone sensoriel olfactif présent dans l’organe sensoriel olfactif de la larve de Drosophile, afin d’imiter des phénotypes de phantosmie ou d’hyposmie complexes. Quant à la parosmie, nous exprimerons de manière ectopique chaque récepteur sensoriel olfactif dans tous les neurones sensoriels olfactifs pour simuler ses symptômes. Dans tous les cas, nous déterminerons les effets de nos manipulations sur la temporalité de la transition juvénile-à-adulte. En outre, nous allons (WP2) caractériser le mécanisme par lequel l’olfaction (ou son absence) est intégrée au niveau du circuit neuroendocrinien. Nous tirerons profit de la publication récente du connectome de la larve de Drosophile, combiné à des techniques de cartographie des circuits neuronaux assorties d’analyses au microscope confocal pour évaluer une éventuelle connexion neuronale indirecte.

Un grand nombre de maladies humaines sont transmises par les moustiques, notamment le paludisme et les arboviroses. L’OMS estime que l’une des principales conséquences du réchauffement climatique sera une augmentation importante de ces maladies. De nombreux agents pathogènes transmis par les moustiques sont encore actuellement limités aux régions tropicales et subtropicales, mais devraient étendre leur aire de répartition géographique actuelle, envahissant les régions plus tempérées. C’est notamment le cas pour le Sud de la France, avec des cas autochtones de dengue. Plusieurs maladies transmises par les moustiques sont préoccupantes, car ces espèces vectrices s’adaptent bien à l’environnement urbain. C’est le cas d’Aedes aegypti, le principal vecteur des virus de la dengue, du Zika, du chikungunya et de la fièvre jaune ainsi que de de plusieurs nouvelles espèces de moustiques invasives en Europe, capables de  transmettre des arbovirus, tel que le moustique tigre Aedes albopictus, également présent en Asie du Sud-Est. 

Ainsi, l’augmentation globale des températures et l’implantation d’espèces vectrices en milieu urbain représentent un risque important d’épidémies d’arboviroses. La région de l’Asie du Sud-Est est affligée depuis des décennies par des épidémies de dengue se produisant à intervalles réguliers, et représente une aire géographique dans laquelle une meilleure compréhension des maladies urbaines transmises par les moustiques est nécessaire, dans le but de développer des stratégies de lutte appropriées. 

Les principaux défis à relever pour orienter l’élaboration des stratégies d’atténuation sont (i) une compréhension plus complète de la distribution spatiale intra-urbaine du risque d’agent pathogène transmis par les moustiques, (ii)  l’amélioration de la surveillance entomologique actuellement inadéquate et (iii) l’amélioration des outils de surveillance aux niveaux local, national et régional. Ce projet propose une approche multi-niveaux pour comprendre le risque de dengue, de l’échelle intra-urbaine à l’échelle nationale et enfin à l’échelle régionale. Afin de comprendre le risque local, il est essentiel d’intégrer la mobilité humaine et l’adéquation entre habitats réels et habitats projetés des moustiques dans les scénarios de changement climatique à ces échelles géographiques.

Le projet calibrera ainsi un modèle intra-urbain basé sur des agents intégrant la mobilité et l’adéquation de l’habitat à Bangkok en utilisant de nouveaux indices de moustiques qui vont au-delà des indices traditionnels actuels qui restent inefficaces. Ce modèle sera ensuite extrapolé aux autres grandes villes d’Asie du Sud-Est et validé à l’aide d’informations locales sur la dengue et les densités de moustiques. A partir du niveau de la ville, nous passerons ensuite aux échelles nationale et régionale en utilisant des mesures plus agrégées de la mobilité humaine liées à l’incidence de la dengue provenant des systèmes de surveillance nationaux. Enfin, nous développerons une couche d’ interopérabilité pour connecter chaque plateforme de surveillance nationale au niveau d’un tableau de bord régional. La plateforme intégrera des éléments de modélisation utilisant différentes sources de données, en mettant l’accent sur la surveillance environnementale par satellite, afin de fournir la base d’un système d’alerte précoce. 

Cet ambitieux projet vise à générer un système de prédiction et de surveillance pouvant être mis en œuvre dans les villes du monde entier, permettant aux autorités de santé publique de répondre rapidement à l’émergence d’un agent pathogène transmis par les moustiques. Ce projet contribuera directement à plusieurs objectifs du programme PRFI EMERGENCE 2023 en accélérant l’acquisition de connaissances sur les maladies infectieuses émergentes, en partageant les connaissances entre les pays et les disciplines, et en nous permettant de définir des outils de surveillance standardisés. Il cible l’émergence chez l’homme en développant des méthodes et des outils de surveillance permettant de comprendre la dynamique à plusieurs échelles et de modéliser la survenue d’épidémies.

L’insuffisance respiratoire aiguë hypoxémique (IRA) est la cause principale d’admission en réanimation dans le monde. Au cours des dernières décennies, l'augmentation de l'incidence des IRA et de l'utilisation des lits de soins intensifs a été principalement liée aux infections respiratoires émergentes. Il est aujourd’hui urgent de développer des outils de médecine de précision permettant d’offrir à ces patients les interventions thérapeutiques les plus appropriées. Dans ce contexte, la caractérisation précise des endotypes d’IRA virales est une étape indispensable. Au cours des 2 à 5 prochaines années, on peut s'attendre aux scénarios suivants de situations exceptionnelles de santé publique :  i) l’émergence et la diffusion de pathogènes ayant un potentiel pandémique chez l’homme associé à une létalité (ou case fatality ratio) élevée; ii) l’émergence et la diffusion de pathogènes ayant un potentiel pandémique chez l’homme associé à une létalité plus basse; et/ou iii) des périodes inter-pandémiques, caractérisées par des épidémies de virus respiratoires saisonniers ou non (e.g., grippe saisonnière A/B, VRS, hMPV, PIV, SARS CoV-2).

Objectif principal: Le projet SURVI3 a pour objectif de caractériser  les déterminants biologiques de différentes formes d’infections virales respiratoires sévères, en identifiant des sous-groupes de patients de soins critiques à partir de caractéristiques communes, comprenant des variables cliniques et des biomarqueurs biologiques. Nous identifierons ainsi des endotypes définis à partir de variables cliniques, virologiques, immunologiques et/ou de marqueurs multi-omiques chez des patients adultes hospitalisés en réanimation, en recourant à des approches intégratives et translationnelles. Nous nous appuierons sur le groupe de recherche SEVARVIR, qui inclut un réseau national de 55 réanimations et laboratoires de microbiologie/virologie en France métropolitaine. L’ambition du projet est de structurer durablement une très grande étude multidisciplinaire et translationnelle, incluant des patients adultes atteints d’infection respiratoire sévère, en s’adossant à un réseau multicentrique déjà existant.

Nous avons mis en place un consortium de haute qualité et un fort partenariat interdisciplinaire au sein du projet SURVI3, qui rassemble 2 réseaux cliniques (la cohorte de réanimation SEVARVIR et une cohorte de patients moins sévères hospitalisés en médecine conventionnelle) et 9 groupes de recherche. La durée prévue du projet est de 36 mois et le nombre total de patients à inclure est de 1500 (1000 patients de réanimation et 500 patients de médecine conventionnelle). Le projet comprend les work-packages (WP) suivants: WP0: Coordination du projet (aspects éthiques et réglementaires, collection biologique et banking); WP1: Réseau de recherche SEVARVIR (caractérisation clinique des patients admis en réanimation ou médecine conventionnelle pour insuffisance respiratoire aiguë secondaire à une infection respiratoire virale sévère; WP2: Plateformes de multi-omique; WP3: Réponse immune à l’infection (immunité innée, anomalies innées de l’immunité, immunité adaptative); WP4: Caractérisation du pathogène (génétique virale et caractérisation fonctionnelle); WP5: Biostatistiques et machine learning (identification de sous-phénotypes, modélisation immunologique et de cinétique virale).

Résultats scientifiques attendus et impacts potentiels: Le projet SURVI3 aura pour ambition de caractériser de façon extensive les mécanismes sous-jacents aux sous-classes d’infections respiratoires sévères en réanimation en utilisant des approches intégratives et translationnelles. La méthodologie utilisée permettra d’identifier des endotypes et/ou des phénotypes dérivés de biomarqueurs clinico-biologiques chez des patients en état critique, associés à des pronostics différents, afin de dessiner des stratégies de médecine personnalisée. Le projet contribuera activement aux objectifs globaux du PEPR et à la stratégie nationale d’accélération en prenant en compte le besoin d’une recherche interdisciplinaire et multi-institutionnelle sur les maladies infectieuses émergentes et la préparation pandémique.

Le virus de la rougeole (MeV), le virus parainfluenza de type 3 (hPIV3) et le virus Nipah (NiV) sont des Paramyxovirinae, une sous-famille de virus constituant une menace pour la santé humaine. Ils peuvent causer diverses pathologies (bronchiolites, pneumonies, encéphalites) pouvant évoluer vers des formes graves et parfois mortelles. Ces virus pénètrent dans l’organisme par les voies respiratoires, le MeV étant considéré comme l’un des virus aéroportés les plus contagieux. Le NiV est un virus zoonotique émergent capable d’infecter de nombreux mammifères, hautement contagieux et associé à un taux de létalité extrêmement élevé (allant jusqu’à 75 %). En raison de ces caractéristiques, le NiV ne peut être manipulé qu’en laboratoire de biosécurité de niveau 4 et figure sur la liste de l’OMS des virus pour lesquels le développement de traitements et de vaccins est une priorité. Enfin, la grande susceptibilité de ces virus à subir des mutations augmente le risque d’émergence de nouveaux pathogènes pouvant causer des pandémies. Il n’y a pas de vaccin commercialisé contre les Paramyxovirinae, à l’exception de la rougeole, et les approches conventionnelles ciblant la polymérase virale ou l’étape d’entrée ont toutes échoué en phase clinique. Face au risque que représentent ces virus, il y a donc urgence à développer des thérapies innovantes pour limiter l’impact de ces virus et contenir une pandémie en cas d’émergence majeure. Une approche innovante pour inhiber la réplication des virus à ARN est de perturber le processus de séparation de phase liquide-liquide. Ce phénomène permet la concentration des protéines et des ARN viraux au sein d’organites sans membrane qui jouent le rôle d’usines virales (UVs). Des composés qui stabilisent les interactions protéine-protéine au sein des UVs et modifient ainsi leur nature liquide inhibent la réplication du virus respiratoire syncytial humain (hRSV) et du virus de la grippe A (IAV). Chez deux Paramyxovirinae, MeV et hPIV3, la formation des UVs nécessite l’interaction du domaine NTAIL de la nucléoprotéine virale (N) avec le domaine X (XD) de la phosphoprotéine (P). Étant donné le niveau de conservation de ces deux protéines, l’interaction NTAIL-XD est une cible thérapeutique d’intérêt pour interférer avec la formation des UVs des Paramyxovirinae dont NiV. Dans cette optique, le Partenaire A a déjà identifié deux composés qui inhibent l’interaction NTAIL-XD du NiV. En outre, les partenaires B, C, D, E et F ont identifié, parmi les métabolites et composés pharmacologiques modulateurs du métabolisme, deux molécules capables d’inhiber la réplication des Paramyxovirinae et d’interférer avec la formation des UVs. Fort de ces résultats, notre consortium a pour ambition de développer une stratégie antivirale innovante contre les Paramyxovirinae en combinant ces antiviraux qui ciblent l’hôte avec des composés optimisés dirigés contre l’interaction virale NTAIL-XD. Ainsi, les objectifs de ce projet sont 1) de développer des composés qui inhibent ou stabilisent l’interaction NTAIL-XD et interfèrent ainsi avec les UVs de NiV, hPIV3 et MeV, 2) de combiner ces composés ciblant le virus aux modulateurs métaboliques déjà étudiés par le consortium pour les tester dans des modèles in vitro et ex vivo d’infection par NiV, hPIV3 et MeV, 3) de tester les meilleures combinaisons de médicaments in vivo et de les formuler sous forme de poudre pour une administration pulmonaire et enfin, 4) de déterminer la meilleure stratégie pour assurer l’acceptabilité de ce traitement par la population. Pour atteindre ces objectifs, huit équipes ayant une expertise complémentaire en chimie, technologie pharmaceutique, biochimie, virologie, développement de médicaments et sciences sociales vont combiner leurs savoir-faire capitalisant sur des résultats antérieurs solides. Ce projet doit ainsi permettre l’élaboration d’une stratégie thérapeutique innovante contre les Paramyxovirinae afin de limiter leur impact sur la santé humaine. En outre, ce projet permettra d’établir un réseau collaboratif et transdisciplinaire spécialisé dans le développement de stratégies antivirales innovantes contre les virus aéroportés hautement pathogènes.

L’épidémie de COVID-19 apparue en décembre 2019 a été accompagnée chez près de 60% des malades d’un syndrome de perte d’odorat (anosmie). Si la plupart récupère en quelques semaines, ce n’est pas le cas de près de 10% des patients qui souffrent encore de troubles de l’odorat 6 mois après le début de la maladie. Comme des millions de gens sont contaminés par ce virus, les personnes souffrant d’anosmie à long terme se comptent par millions. La perte d’odorat a un impact très important sur leur qualité de vie puisque ce sens est notamment très important pour la détection de dangers et l’alimentation. Sa perte est très souvent associée à des pertes d’appétit et à des dépressions. En utilisant le modèle hamster qui présente également le symptôme de la perte d’odorat liée à la COVID-19, les évènements cellulaires aboutissant à la perte d’odorat liée à la COVID-19 ont pu être identifiés. L’olfaction est basée sur la détection des odeurs par des neurones olfactifs qui sont entourés par des cellules de soutien. Ce sont les cellules de soutien qui sont infectées par le virus de la COVID-19. Suite à cette infection, il y a très rapidement une invasion massive de cellules immunitaires ainsi qu’une desquamation de l’épithélium où résident les neurones olfactifs. L’épithélium est capable de se régénérer rapidement et dans le modèle hamster, il est restauré au bout de 21 jours ce qui est cohérent avec la récupération rapide observée chez la majorité des patients souffrant d’anosmie liée à la COVID-19. Cependant que se passe-t-il pour ceux qui ne récupèrent pas ? Les traitements actuels de l’anosmie à long terme liée à la COVID-19 consistent de manière empirique à utiliser des corticoïdes couplés à des séances d’entrainement de l’odorat mais leur efficacité reste à démontrer. Afin d’améliorer la prise en charge des patients souffrant d’anosmie à long terme il est important de disposer d’un modèle animal mimant ce symptôme.

Pour l’instant, toutes les études de récupération de l’odorat chez le hamster a été réalisée sur un petit nombre d’animaux ne permettant pas de mettre en évidence un phénomène d’anosmie à long terme. Dans ce projet, nous allons étudier une large cohorte de hamster et moduler l’action du système immunitaire dans le cadre d’infection par le SARS-CoV-2 afin de développer un modèle permettant d’envisager des traitements efficaces contre les anosmies à long terme.

La dengue, transmise par les moustiques Aedes, représente un défi sanitaire mondial majeur, avec un nombre sans précédent de plus de 6,5 millions de cas et plus de 7 300 décès liés à la dengue signalés en 2023. L'Afrique subsaharienne (ASS) est confrontée à de nombreux bouleversements, dont le changement climatique et l'urbanisation, qui favorisent l'émergence de la dengue. Sur 200 000 cas suspects de dengue (45 % confirmés, 900 décès, létalité ≈0,5 %) signalés dans plus de 30 pays de la région OMS Afrique entre 2013 et 2023, plus de 170 000 (750 décès) ont été enregistrés en 2023. Malgré la circulation croissante du virus de la dengue (DENV) en ASS, les données concernant la maladie y restent fragmentaires, limitant la compréhension de la charge de morbidité de la dengue. Les principales lacunes comprennent les capacités diagnostiques insuffisantes, une connaissance limitée de la maladie, des investigations entomologiques inadéquates et l'absence de systèmes de surveillance robustes. DENGAFRICA vise à combler certaines de ces lacunes et à améliorer notre compréhension de la dengue en tant que menace sanitaire mondiale en ASS, grâce à une approche de recherche intégrée, interdisciplinaire et multinationale. L'objectif est de décrypter le fardeau de la maladie humaine, les facteurs influençant la transmission de DENV par des vecteurs locaux et la diversité des souches de DENV grâce à la génomique.

DENGAFRICA aborde plusieurs questions de recherche liées à la maladie humaine, aux vecteurs et à la génomique virale. Chez les humains, l'objectif est de déterminer la prévalence de la dengue chez les patients atteints de maladie fébrile aiguë indifférenciée, d'évaluer les performances diagnostiques en soins primaires des tests rapides ainsi que des définitions de cas de l'OMS, d'évaluer le risque de dengue grave chez les personnes présentant des comorbidités, en particulier la drépanocytose, et d'explorer les perceptions, les croyances et les comportements concernant la dengue, la protection antivectorielle et les vaccins contre la dengue. Chez les moustiques, l'objectif est d'étudier l'utilité de la surveillance des stades immatures, la dynamique temporelle des vecteurs, la performance des technologies de surveillance, la compétence vectorielle et l'impact du paysage et du climat sur la distribution et la résistance des vecteurs. Concernant la génomique virale, l'objectif est d'identifier les sérotypes et génotypes circulants de DENV, leur dynamique d'introduction et de remplacement, ainsi que leurs associations potentielles avec les phénotypes cliniques.

DENGAFRICA est organisé en six groupes de travail :

1. Coordination, gouvernance et données du projet : assure l'exécution du projet, la collecte et l'intégration des données.
2. Épidémiologie clinique : se concentre sur le diagnostic de la dengue en soins primaires, l’établissement de cohortes de cas de dengue et l’étude des cas hospitalisés.
3. Entomologie : examine les données existantes concernant la transmission vectorielle, effectue une surveillance systématique des moustiques Aedes et évalue la compétence vectorielle.
4. Virologie et génomique virale : fournit des solutions diagnostiques de la dengue, réalise une évaluation externe de la qualité, isole les souches de DENV et réalise des études génomiques et phylogénétiques.
5. Sciences humaines et sociales : Étudie les perceptions et les croyances liées à la dengue, les comportements protecteurs et l’acceptabilité de la vaccination.
6. Formation, engagement, communication et diffusion : Forme les professionnels de santé, renforce les capacités par le transfert de technologie, mobilise les communautés et diffuse les résultats.

Résultats attendus : DENGAFRICA vise à produire des indicateurs clés sur la dengue en ASS, à améliorer la détection et la surveillance de la maladie, à renforcer la sensibilisation et la prise en charge clinique, et à fournir des données probantes pour des approches innovantes de surveillance des vecteurs et de prévision des risques. Le projet contribuera à l’innovation technologique, au renforcement des capacités et à la structuration d’un réseau de recherche en sciences arbovirales en ASS.

Les infections virales neurotropes représentent une réelle menace pour la santé publique, mais les mécanismes sous-jacents aux perturbations cérébrales induites par les virus restent mal compris, ce qui entrave la découverte de stratégies pour traiter les neuropathologies. Ces dernières années, les exemples des troubles neurocognitifs associés au VIH et l’émergences des neuroCOVID longs doivent nous rappeler qu’au-delà des encéphalopathies potentiellement mortelles, les virus peuvent également provoquer des troubles neurodégénératifs, neurocognitifs et/ou psychiatriques plus discrets, mais qui affectent profondément notre société. Par conséquent, il est impératif d’identifier les déterminants moléculaires régissant les neuroinfections virales afin de mieux appréhender les perturbations subtiles qui y sont associées. Notre projet ViroBrain vise à établir un workflow pour l'évaluation de l'impact des infections virales sur les fonctions cérébrales, en mettant l'accent sur les arbovirus émergents/ré-émergents et les virus respiratoires. Pour cela, notre consortium, composé de six équipes aux expertises complémentaires en virologie, neurobiologie, protéomique et électrophysiologie clinique, développera un programme de recherche basé sur la comparaison systématique des infections virales de mono/co-cultures neurales, d'organoïdes cérébraux 3D, d’explants de cerveau humains, et de modèles animaux. Une caractérisation des perturbations viro-induites sera réalisée à l'aide d'approches omiques non-biaisées sur cellules uniques, et des approches plus ciblées seront utilisées en parallèle pour explorer certaines des caractéristiques les plus importantes associées aux (dys)fonctions neuronales lors d'une infection : 1. L’homéostasie synaptique et les circuits neuronaux, 2. L’activation des réponses immunitaires innées neurales et 3. L’agrégation de protéines impliquées dans la neurodégénérescence. Ces processus seront étudiés à l'aide d'une combinaison d'analyses complémentaire effectuées in silico, in vitro, ex vivo, in vivo et à partir de données de patients, avec l'aide de technologies avancées de microélectrodes, de dispositifs microfluidiques originaux et de bioingénieurie d'organoïdes cérébraux, associés au développement d’algorithmes d'apprentissage profond (intelligence artificielle) pour analyser des ensembles de données complexes et également pouvoir proposer des outils prédictifs innovant. Les mesures pertinentes issues de ces méthodes offrent la possibilité d’évaluer in vitro la santé de systèmes neuronaux, et de tenter de la restaurer lorsqu’elle est perturbée par des infections. Nous pourrons ainsi développer des stratégies originales pour traiter les symptômes neurologiques (traitement symptomatique), plutôt que de cibler l'infection elle-même. Notre workflow intégré a le double avantage d’accélérer l’acquisition de connaissances sur plusieurs des pathogènes prioritaires tels que définis par l’ANRS-MIE, mais également d’accroître notre préparation face aux futures menaces épidémiques/pandémiques d’origine virale. En effet, notre consortium forme un réseau d’experts capables de prédire rapidement et précisément le potentiel d’un nouveau virus à provoquer des troubles neurologiques. Ce projet vise également à aider les autorités de santé publique et la société à faire face aux futurs événements épidémiques en fournissant des informations solides pour orienter les décisions politiques en termes de vaccination, de traitement et de contre-mesures sociales lorsque cela est nécessaire.

Alors que la pandémie de COVID-19 en Afrique Sub-Saharienne connaît une diffusion virale relativement faible, nous demandons le financement de 2 années supplémentaires pour maintenir le dispositif CO3ELSER financé par l’ANRS en 2020 (projet ECTZ147735). Dans un contexte épidémiologique forcément incertain, notre projet combine des objectifs scientifiques et opérationnels. Sur un plan scientifique, il s’agit d’analyser les réactions des populations en situation de crise sanitaire COVID-19. Sur un plan opérationnel, notre projet comporte un dispositif longitudinal pour suivre la dynamique des réactions du public à la pandémie de COVID-19. A l’occasion de ce nouveau financement, nous voudrions poursuivre ces objectifs et également, mettre d’avantage l’accent sur les enjeux d’hésitation vaccinale.

Notre projet repose sur une enquête longitudinale en population, menée par téléphone portable dans une zone rurale du Sénégal, le bassin de Niakhar en pays Sereer. Ce bassin est doté du plus ancien système de veille sanitaire et démographique d’Afrique, ce qui constitue un avantage certain au vu de nos objectifs d’analyse de l’impact de la COVID-19 sur les conditions de vie. De plus, l’analyse des perceptions des risques, croyances et pratiques préventives à l’égard du risque épidémique est particulièrement adaptée en pays Sereer au vu des résistances à la vaccination de la petite enfance. En plus que de poursuivre le recueil de données avec trois vagues d’enquête supplémentaires auprès de 600 chefs de ménage et de 2 adultes du ménage (questionnaire de 10-15mn), cette extension de notre projet nous permettra d’une part, d’étudier l’hésitation vaccinale par analyse qualitative et intégration des résultats sous forme d’items qualitatifs dans les questionnaires et, d’autre part d’en analyser l’évolution dans le temps. Pour conclure, financer notre projet pendant 2 ans de plus permettrait de disposer d’une série temporelle unique sur un plan international.

Par le nombre très important de sujets atteints après 2 ans de pandémie, le COVID long est un enjeu de santé publique. Si cette entité est de mieux en mieux définie et cliniquement identifiée, sa physiopathologie reste incomprise, et sa prise en charge uniquement symptomatique.

Parmi les symptômes les plus fréquemment rapportés par les patients atteints de COVID long, certains (fatigue, troubles neurocognitifs, faiblesse musculaire notamment) sont évocateurs d’une anomalie du métabolisme énergétique. D’autre part, des anomalies du système immunitaire inné et adaptatif ont été identifiées non seulement à la phase aiguë d’une infection par le SARS-CoV-2 mais aussi à distance, suggérant que des anomalies immunitaires persistantes pourraient participer à la physiopathologie du COVID long.

Le projet LoCo-ImMet vise à identifier des signatures immuno-métaboliques discriminantes dans le plasma et les cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) des patients présentant un COVID long par rapport à une population guérie. Il est porté par des équipes cliniques ayant une grande expérience de la prise en charge des patients atteints de COVID à la phase aiguë comme à distance de l’infection, et par deux laboratoires spécialisés dans l’analyse métabolomique et immunologique.

Quatre-vingt patients (40 atteints de COVID long et 40 sujets appariés ayant guéri d’un COVID-19 sans développer de symptômes prolongés) seront inclus. Les patients ayant développé des affections organiques au cours de leur infection seront exclus, de même que les patients présentant une symptomatologie dépressive ou anxieuse avérée.

Un recueil des données cliniques et une analyse biologique sera réalisée à l’inclusion et 6 mois plus tard. Une caractérisation du métabolome, du profil des médiateurs solubles de la réponse immunitaire innée et des molécules reflétant la souffrance tissulaire sera réalisée sur le plasma des. Les résultats seront soumis à une analyse statistique uni- et multivariée ciblée, afin d’identifier une signature immuno-métabolique discriminante, qui sera testée sur une partie de la cohorte non utilisée pour l’élaboration du modèle.

Les résultats de ce projet permettront l’identification de biomarqueurs potentiellement utiles au dépistage précoce, à l’évaluation pronostique de la sévérité et au suivi et à la stratification des essais thérapeutiques dans le COVID long. Ils contribueront à identifier de nouvelles pistes thérapeutiques dans cette affection.