Projets et candidats lauréats

La perte soudaine de l’odorat est un symptôme courant associé à la COVID-19, et l’infection du système olfactif par le SRAS-CoV-2 a été rapportée. La plupart des patients atteints de COVID-19 récupèrent leur fonction olfactive en quelques semaines. Cependant, une minorité significative d’individus infectés (1 sur 5), souffre encore de troubles olfactifs plusieurs mois après la primo-infection. Nous avons montré que le virus (ou l’inflammation) du SRAS-CoV-2 pouvait persister chez les patients, plusieurs mois après leur épisode initial d’infection. La COVID-19 est parfois associée à un état dépressif et à des plaintes cognitives. Un suivi à 3 mois de 120 patients a rapporté une diminution des performances cognitives persistant dans 15% des cas. En utilisant la TEP, il est possible de corréler cette dysfonction cognitive avec un hypométabolisme de certaines régions cérébrales, dont les régions olfactives.

Nous proposons d’évaluer pendant un an, la dynamique des capacités olfactives de patients souffrant de troubles persistants de l’odorat pendant 12 mois après COVID-19. Nous chercherons à savoir si les troubles olfactifs persistants dépendent d’altérations du système olfactif périphérique (dues à la persistance virale locale et/ou à l’inflammation chronique), et/ou du système nerveux central.

Cette étude constitue une base pour le développement d’études visant à évaluer les risques cliniques neurologiques et/ou psychiatriques associés à la forme chronique des troubles de l’odorat dans la COVID-19. Voici les principaux objectifs :

1- Confirmer la présence du SARS-CoV-2 dans les tissus olfactifs, et évaluer les dommages tissulaires, au moins 12 mois après l’infection initiale.

2- Identifier si les troubles olfactifs persistants dans les cas de long-COVID proviennent d’une atteinte du système périphérique ou central grâce aux résultats des évaluations olfactives des participants (auto-évaluation, sniffing’ stick tests, IRM du tissu olfactif avec tractographie, et OEPs).

3- Décrire l’évolution des symptômes cognitifs et olfactifs entre 12 et 24 mois après l’infection initiale par le SRAS-CoV-2, en comparant les performances olfactives et cognitives des patients à l’entrée et à la fin de l’étude.

Un groupe de 30 participants présentant des troubles olfactifs persistants post-infection par le SRAS-CoV-2 pendant 12 mois sera recruté à l’hôpital Lariboisière. Les participants seront suivis pendant un an en subissant deux visites, V0 et V1, à 12 mois d’intervalle. A chaque visite, les capacités sensorielles olfactives et les performances neuropsychiatriques (y compris cognitives) seront évaluées.

Afin de déterminer l’origine périphérique ou centrale des troubles olfactifs persistants, nous évaluerons les performances olfactives à l’aide d’un test standard. Les potentiels évoqués olfactifs déclenchés par une brève présentation de stimuli odorants permettront d’évaluer fonctionnellement la présence d’un signal. Enfin, nous prélèverons des échantillons de tissu olfactif par brossage de la cavité nasale.

Pour confirmer l’atteinte centrale chez les patients COVID souffrant de troubles olfactifs post-infectieux persistants, les capacités neuropsychiatriques seront évaluées. Un échantillon de sang des patients COVID sera prélevé pour étudier la présence d’inflammation (CRP, Cytokine 3-PlexA IL-6, IL-10, TNF-alpha). Une mesure des performances cognitives des patients par évaluation neuropsychologique sera pratiquée sur chaque participant : MOCA (dépistage des troubles cognitifs), BREF (dépistage du syndrome frontal), CVLT (apprentissage et mémoire verbale), WAIS IV (vitesse de traitement, mémoire de travail), MEM III (subtest de mémoire spatiale), Trail Making Test A et B (TMT), tests de fluidité verbale, PASAT, Test d’évaluation de l’attention, Benton’s Line Judgment, VOSP (lettres inachevées), évaluation de l’état psychologique, fatigue et dépistage des comorbidités psychiatriques : Échelles de dépression et d’anxiété (échelle HAD, échelle de dépression mADRS, échelle d’anxiété STAI), échelle de gravité de la fatigue. Ces tests devraient permettre de détecter toute atteinte psychiatrique.

Il est de plus en plus clair que l’infection par le SARS-CoV-2 affecte non seulement les voies respiratoires, mais aussi le système nerveux central (SNC) en interférant avec les neurones, les cellules gliales et la réponse immunitaire dans le cerveau, ce qui entraîne parfois des troubles neurologiques de longue durée, y compris l’anosmie et des symptômes anxio-dépressifs. Ces symptômes et d’autres symptômes persistants constituent une nouvelle entité actuellement appelée long-COVID ou syndrome post-COVID, cependant, il manque encore des critères de diagnostic définitifs et une définition universellement acceptée, ainsi qu’une compréhension complète des mécanismes causatifs. Notre hypothèse de travail est que le SARS-CoV-2 et/ou la réponse inflammatoire associée peuvent déclencher un mécanisme central dans le SNC conduisant à la persistance des symptômes. La persistance du virus (ou des composants viraux, en particulier de l’ARN viral) ainsi que la persistance de l’inflammation dans le SNC peuvent être une cause sous-jacente de l’apparition de symptômes persistants chez les patients COVID de longue durée. Par conséquent, notre objectif principal est de comprendre l’origine et les mécanismes responsables des symptômes neurologiques persistants tels que l’anosmie/agueusie ou les symptômes anxio-dépressifs après l’infection par le SARS-CoV-2, et nous nous concentrerons sur la façon dont la neuroinvasion virale, la neuroinflammation et/ou le signal transmis par la voie neurale (axe poumon-cerveau ou viscéral-cerveau) explique les altérations du SNC à long terme. Au final, le projet LongNeuroCOVID devrait aboutir à plusieurs résultats notoires. Du point de vue scientifique, ces travaux permettront d’améliorer la compréhension des mécanismes généraux impliqués dans la dynamique spatio-temporelle de l’infection par le SARS-CoV-2, de l’entrée dans le SNC à l’inflammation à long terme et aux altérations du SNC. La description de ces mécanismes fondamentaux devrait présenter un intérêt plus large pour la communauté scientifique, car ces résultats peuvent être applicables à d’autres agents pathogènes neuro-invasifs moins bien compris. Côté santé publique, la caractérisation, dans un modèle animal pertinent et dans un modèle in vitro de réseaux neuronaux humains, du neurotropisme du SARS-CoV-2 et de son impact sur les symptômes à long terme sera déterminant pour le développement de futures thérapies visant à ces présentations cliniques. Enfin, au niveau neuropsychiatrique, cette étude devrait apporter des découvertes nouvelles et intéressantes concernant la survenue de signes anxio-dépressifs suite à l’infection par le SARS-CoV-2 et leur relation avec l’anosmie et la neuroinflammation.

Le SARS-CoV2 est un virus émergent, responsable actuellement, et depuis presque 2ans, d’une pandémie mondiale. Les conséquences à long terme d’une infection par ce virus ne sont pour l’instant pas connues.

Des études menées chez des patients ayant été atteints par le virus SARS-CoV1 ont mis en évidence,  plusieurs années après l’infection, des anomalies lipidiques athérogènes, caractérisées en partie par des modifications significatives du lipidome (incluant, en particulier, une baisse des sphingomyélines), susceptibles d’expliquer en partie l’augmentation du risque cardiovasculaire observée dans cette population. En effet, un taux de sphingomyéline abaissé, notamment dans les HDL, a été retrouvé, dans la littérature, comme significativement corrélé à la survenue de lésions ischémiques coronaires.

Chez les patients ayant été atteints par le SARS-CoV2, une augmentation des évènements cardiovasculaires a été observée au cours et au décours immédiat de la maladie. La mise en évidence d’anomalies lipidiques athérogènes chez les patients atteints par le SARS-CoV2 apporterait un éclairage intéressant sur un potentiel  risque cardiovasculaire accru chez ces patients.

En outre, si de telles anomalies sont retrouvées, il nous apparait intéressant de préciser si la sévérité du tableau viral est liée à l’importance des anomalies lipidiques observées.

Nous souhaitons réaliser une analyse lipidique précise chez des patients ayant contracté le SARS-CoV2 ainsi que chez des témoins sains, incluant une analyse lipidomique et une étude de la fonctionnalité des particules HDL (effet sur l’efflux cellulaire du cholestérol, effet anti-oxydant et effet vasodilatateur), avec un intérêt particulier pour les sphingomyélines qui ont des effets cardioprotecteurs et qui ont été retrouvés diminuées chez les patients atteints par le  SARS-CoV1. Cela permettrait de déterminer s’il existe des anomalies lipidiques athérogènes chez ces patients potentiellement responsables d’évènements cardiovasculaires à distance de l’infection.

La réalisation de ces dosages nécessite un plateau technique développé et une expertise dont nous disposons dans notre centre INSERM de Dijon et exige que les prélèvements sanguins soient techniqués au laboratoire peu de temps après leur réalisation. Ces conditions rigoureuses d’étude expliquent pourquoi notre étude sera réalisée de façon monocentrique au CHU de Dijon.

Le SARS-CoV2 étant un virus émergent, aucune donnée n’est disponible actuellement sur les conséquences à long terme d’une infection par ce virus. Notre étude serait donc la première, à notre connaissance, à investiguer l’impact de cette infection sur de possibles anomalies lipidiques athérogènes comme des anomalies du lipidome et de potentielles anomalies fonctionnelles des particules HDL (réduction de l’effet anti-inflammatoire, anti-oxydant ou sur l’efflux cellulaire du cholestérol).

L’objectif principal de l’étude est de comparer la concentration  plasmatique en sphingomyélines, par analyse lipidomique, entre des patients ayant présenté une infection par le SARS-COV2 il y a plus de 6 mois, et des témoins sains, et déterminer si les concentrations plasmatiques de sphingomyélines varient selon la gravité de l’infection initiale.

Les objectifs secondaires de l’étude seront:
-Comparer la concentration plasmatique en phosphatidylcholine, lysophosphatidylcholine, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylinositol, céramides et sphingosine 1 phosphate par analyse lipidomique, entre les groupes
-Comparer, par étude lipidomique, la composition en sphingomyélines, phosphatidylcholine, lysophosphatidylcholine, phosphatidyléthanolamines, phosphatidylinositols, céramides et sphingosine 1 phosphate au sein des HDL entre les groupes
-Comparer la fonctionnalité des HDL (efflux de cholestérol, activité antioxydante des HDL, activité vasodilatatrice des HDL) chez des patients atteints par le virus en comparaison à des témoins sains.

Nous recruterons pour cette étude 90 patients ayant été infectés par le SARS-CoV2 et 90 témoins sains appariés sur l’âge et le sexe. Les 90 patients seront répartis en 3 groupes de 30 patients selon la gravité de l’infection initiale.

Depuis le début de la pandémie de COVID-19, les efforts collaboratifs des cinq équipes composant le consortium SIGNAL ont montré que le SRAS-CoV-2 infecte et tue les neurones produisant l’hormone de libération des gonadotrophines (GnRH) dans le cerveau de patients adultes atteints de COVID-19, entraînant une réduction spectaculaire de l’expression de la GnRH dans l’hypothalamus, et une réduction des gonadotrophines hypophysaires et de la testostérone chez une proportion significative de patients. Ces neurones, connus pour être les maîtres régulateurs de la fonction de reproduction, pourraient également jouer des rôles clés dans le développement des fonctions cognitives et sensorielles, du métabolisme et du vieillissement cérébral et systémique. Leur perte pourrait donc avoir des répercussions à long terme sur la fonction cérébrale et le contrôle des processus physiologiques périphériques. En outre, les neurones à GnRH fœtaux, qui proviennent du nez, expriment plusieurs protéines qui leur confèrent une sensibilité à l’infection par le SRAS-CoV-2, ce qui suggère qu’ils pourraient être vulnérables en cas de transmission materno-fœtale/néonatale, et fait planer le spectre d’une double pandémie d’infertilité et de vieillissement/déclin cognitif prématuré dans les années à venir. Nous émettons l’hypothèse que l’infection des neurones à GnRH et d’autres populations de cellules cérébrales par le SRAS-CoV-2 module l’expression des gènes de l’hôte, perturbe le neurodéveloppement et aggrave les changements liés à l’âge par des altérations inflammatoires et épigénétiques persistantes dans les cellules survivantes. Le projet SIGNAL, utilisant des tissus humains de patients COVID-19 et des sujets non-infectés, ainsi qu’un véritable arsenal de modèles animaux et cellulaires, étudiera si et comment l’infection et la perte des neurones à GnRH à l’âge adulte ou au cours de la vie fœtale/néonatale conduisent à des altérations pathologiques à long terme, et explorera les options thérapeutiques potentielles. Nous poursuivrons quatre objectifs spécifiques :

1. Déterminer si et comment l’infection par le SRAS-CoV-2 module de manière différentielle le paysage de l’expression génique des neurones à GnRH et d’autres cellules cérébrales infectées pour accélérer l’inflammation hypothalamique, le dysfonctionnement cognitif ou métabolique et la sénescence cérébrale ;
2. Explorer si l’infection des neurones à GnRH ou la perte d’expression de la GnRH dans le cerveau adulte ou fœtal/néonatal a des effets à long terme sur l’axe reproducteur chez les patients et les modèles animaux ;
3. Comparer les changements épigénétiques induits par l’infection par le SRAS-CoV-2 dans les neurones à GnRH et d’autres populations de cellules cérébrales avec les changements liés au vieillissement cérébral normal ou pathologique ;
4. Vérifier si le remplacement de la GnRH de façon physiologiques ou l’inversion des voies pathologiques compensera l’expression génique à long terme et les altérations fonctionnelles induites par l’infection du cerveau par le SRAS-CoV-2.

Grâce à cet effort de collaboration et de synergie, le projet SIGNAL apportera une meilleure compréhension des répercussions à long terme, jusqu’ici sous-estimées, de la neuroinvasion par le SRAS-CoV-2 en termes d’intégrité et de fonction des cellules cérébrales, identifier les mécanismes cérébraux qui sous-tendent les symptômes neurologiques de la COVID longue, et proposer des stratégies thérapeutiques viables et fondées sur les preuves pour inverser ou compenser ces mécanismes pathologiques. Les résultats du projet SIGNAL devraient contribuer à réduire le fardeau social, financier et sanitaire imposé par la COVID-19.

L’épidémie de virus de la variole du singe (MPXV) en cours touche plus particulièrement la population d’hommes homosexuels, évoquant, à l’instar du VIH, une transmission par voie sexuelle. Outre la contamination par contact direct avec la peau et les muqueuses ou par les gouttelettes, une transmission par le sperme pourrait contribuer à l’augmentation rapide du nombre de cas. La pathogenèse du MPXV dans le tractus génital est inconnue, hormis la détection récente du virus dans le sperme de quelques patients en Italie et une autre étude chez les primates non-humains qui montre une forte réplication du MPXV dans le testicule.

Dans ce contexte, notre projet a pour objectifs :

1. D’établir sans équivoque la présence du virus dans le sperme et sa localisation dans les différents compartiments et cellules du sperme (e.g. spermatozoïdes, cellules testiculaires exfoliées, cellules épithéliales), en décrire la cinétique d’excrétion au cours du temps, étudier l’infectiosité des échantillons positifs en PCR (sur cellules Véro E6 puis sur cellules cervico-vaginales et colo-rectales), évaluer l’effet de l’infection sur les caractéristiques du sperme et la production hormonale lors du suivi (axe hypothalomo-hypophysaire-gonadique chez les patients infectés), comme nous l’avons effectué précédemment pour le virus Zika (Joguet et al, Lancet Inf Dis 1017 ; Mahé et al, Lancet Inf Dis 2020) et le SARS-CoV-2 (en cours). Pour cela nous proposons de recruter 30 patients pour un suivi longitudinal de 6 mois. Nous proposons le WP1 Mpox virus-SPERM.
2. D’étudier la physiopathologie du MPXV dans le tractus génital masculin (WP2 Mpox virus-TESTIS). Pour cela :
• nous déterminerons le tropisme du MPXV pour le testicule humain dans notre modèle ex vivo unique, comme nous l’avons effectué précédemment pour le SARS-CoV-2 (article soumis), le virus Zika (Matusali et al, JCI 2018) et le VIH (Deleage et al, Am J Pathol 2011 ; Roulet et al, Am J Pathol 2006) ;
• nous analyserons les conséquences fonctionnelles (e.g. impact du virus sur la production de testostérone ; infection et viabilité des précurseurs des spermatozoïdes) et la réponse immune innée du testicule.

Notre hypothèse de travail est que le MPVX infecte le testicule – pour lequel nous avons révélé qu’il représente un réservoir viral (Matusali et al, JCI 2018 ; Mahé et al, Lancet Inf Dis 2020) – et est excrété dans le sperme de façon prolongée. Une excrétion séminale prolongée (cas des virus Zika et Ebola) pourrait expliquer l’ampleur de la dissémination des cas d’infection via une transmission sexuelle allant au-delà de la période d’infectiosité par contacts cutanés ou par gouttelettes. L’infection du testicule par MPXV pourrait altérer les paramètres du sperme et les fonctions endocrines des hommes infectés, comme nous l’avons montré pour Zika (Joguet et al, Lancet Inf Dis 2017) et SARS-CoV-2 (soumis).

Les équipes impliquées sont des experts reconnus des infections virales dans le tractus génital masculin (Le Tortorec et al, Physiol Rev 2020) et ont l’habitude de collaborer. Notre expertise et la combinaison unique, au niveau international, de nos approches complémentaires in vivo (analyse des différentes fractions du sperme et paramètres du sperme et hormones chez des hommes infectés) et ex vivo sur les organes génitaux humains- dont nous sommes les seuls à maitriser la culture- permet des validations croisées et l’obtention de résultats pertinents et originaux sur la physiopathologie de MPXV dans le tractus génital. Ce projet sera complémentaire des études « classiques » sur l’excrétion de MPXV dans le sperme qui seront entreprises dans le cadre de la cohorte européenne MOSAIC, et permettra d’aller plus loin dans la compréhension de la transmission sexuelle et des interactions entre le MPXV et le tractus génital.

Les résultats obtenus dans ce projet devraient permettre d’adapter la prévention de la transmission et d’optimiser la prise en charge des patients infectés.

La fièvre de Lassa (FL) est une maladie fébrile causée par le virus de la fièvre Lassa (VL) et peut être associée à des hémorragies, défaillances d’organes et un état de choc. Le réservoir est le rongeur Mastomys natalensis. La FL a été rapportée dans plusieurs pays d’Afrique de l’Ouest, avec le Nigeria plus particulièrement touché, rapportant chaque année depuis 2018 d’importantes flambées épidémiques.Il n’existe à ce jour qu’une seule molécule utilisée contre le VL. Il s’agit de la ribavirine, un antiviral dont l’efficacité et la toxicité est discutée. Avec comme traitement de référence l’administration de ribavirine associée à des traitements de support, le taux de mortalité de la FL en milieu hospitalier est d’au moins 12%.Le développement clinique de traitements efficaces et accessibles représente donc un espoir afin de réduire la mortalité liée à la FL et limiter ainsi son impact socio-économique.Actuellement, 4 molécules sont en cours de développement dont le candidat ARN-75039. Les études pré-cliniques de cette molécule conduites chez le rongeur ont révélé des résultats d’efficacité et de sécurité prometteurs.

En 2022, le consortium INTEGRATE a été créé par des représentants de différentes institutions africaines et européennes, qui collaborent ensemble depuis plus de 15 ans avec comme objectif commun l’amélioration de la prise en charge de la FL en Afrique de l’Ouest.

 L’objectif du projet INTEGRATE est de mettre en place un essai plateforme adaptatif de Phase II-III en Afrique de l’Ouest pour évaluer l’efficacité, la sécurité, la tolérance et la pharmacocinétique de médicaments repositionnés et nouveaux candidats pour le traitement de la FL. La plateforme INTEGRATE permettra pour la première fois de conduire un essai clinique randomisé, contrôlé, à large échelle pour l’évaluation des traitements de la FL.L’objectif de notre présente étude est de conduire, au sein de cette plateforme, un essai clinique de Phase II, contrôlé, randomisé, en ouvert pour l’évaluation de la sécurité, la tolérance et la pharmacocinétique de l’ARN-75039 comparé au traitement de référence, actuellement la ribavirine. Les bras de traitement qui seront évalués seront les suivants :

• ARN-75039 (dosage1) + traitements de support
• ARN-75039 (dosage2) + traitements de support
• Ribavirine (groupe contrôle) + traitements de support

Les dosages de l’ARN-75039 testés dans cette Phase II seront définis selon les résultats obtenus de la Phase I, actuellement en cours.Cette phase II sera conduite dans deux centres hospitaliers, principaux épicentres de la FL au Nigeria : le Centre Médical Fédéral d’Owo et l’Hôpital Universitaire d’Irrua. Le critère de jugement principal sera un critère composite d’efficacité basé sur la proportion de participants présentant une aggravation clinique entre le 1er et le 14ème jour de suivi. L’aggravation clinique sera définie par la survenue du décès ou l’apparition d’au moins une nouvelle dysfonction d’un organe vital (rein, poumon ou système cardiovasculaire) non présente à l’inclusion. L’évaluation de ce critère permettra de décider de la meilleure dose pour une évaluation en Phase III. Des critères secondaires seront analysés, notamment des paramètres de pharmacocinétique, de sécurité et de tolérance. La taille d’échantillon pour cette étude de phase II sera de 87 adultes hospitalisés présentant une RT-PCR du VL positive.Cette étude repose sur une collaboration d’experts de plusieurs disciplines, dont des chercheurs et des coordinateurs de l’ONG ALIMA (France et Sénégal), de l’Université de Bordeaux (France), de l’équipe du programme PAC-CI de Côte d’Ivoire, de l’institut de recherche BNITM (Allemagne), de centres hospitaliers au Nigeria,de l’Université d’Aix-Marseille (France) ainsi que de la firme Arisan Therapeutics (USA) qui fournira gratuitement l’ARN-75039 pour cette étude.Cette étude permettra pour la première fois de décrire le profil de sécurité et de tolérance de l’ARN-75039 chez des patients hospitalisés pour une fièvre de Lassa au Nigeria. Les données obtenues permettront aux chercheurs de décider de la poursuite du développement de cette molécule en Phase III.

Le MPX est une zoonose et la transmission interhumaine est censée être très limitée. Le MPXV est resté initialement limité à l’Afrique centrale et occidentale, principalement dans les zones de forêts tropicales humides. Cependant, le nombre de cas continue d’augmenter. La récente épidémie de MPX identifiée en mai 2022 et depuis documentée dans > 35 pays non endémiques en Europe, les Amériques et l’Asie illustre qu’il est important de se préparer à de nouvelles épidémies (re)émergentes. L’analyse phylogénétique du MPXV a montré que les virus de l’épidémie de 2022 descendaient d’un clade échantillonné en 2017-2019 à partir de cas diagnostiqués à Singapour, en Israël, au Nigeria et au Royaume-Uni. Le MPXV peut infecter une grande variété de mammifères, mais seul un nombre limité de virus MPVX ont été amplifiés à partir d’animaux, et la prévalence exacte des virus  dans la faune n’est pas connue, ni la variété d’espèces qui peuvent etre infectés. Peu d’informations sur la diversité génétique des souches humaines de MPXV sont également disponibles pour comparer les souches humaines et animales afin d’identifier clairement dans quelle mesure les épidémies sont le résultat de nouvelles transmissions inter-espèces ou d’une évolution continue à partir des transmissions interhumaines des patients pauci ou asymptomatiques non reconnues .
L’objectif général de ce projet est de fournir de nouvelles informations sur les virus du monkeypox (MPXV) dans les pays africains à forte probabilité de (ré)émergence d’infections zoonotiques. L’étude sera menée en Afrique centrale (Cameroun et RDC) et en Afrique de l’Ouest (Guinée et Bénin) ou les deux clades de MPXV circulent et permettra de : (i) documenter plus en détail le réservoir animal du MPX ; (ii) documenter l’étendue des infections asymptomatiques au MPX chez l’homme dans les pays et (iii) documenter la diversité génétique et l’évolution du MPXV chez l’homme afin de mieux comprendre si les différentes épidémies dans les pays endémiques correspondent à des transmissions zoonotiques indépendantes ou à des transmissions interhumaines non reconnue. Nous testerons des échantillons d’animaux sauvages (primates non humains (4,000), chauves-souris (6000), rongeurs (4000) et autres mammifères chassés pour la viande de brousse) pour la présence d’anticorps anti-MPXV et/ou avec des outils moléculaires pour identifier la présence du virus. Nous mènerons des enquêtes sérologiques dans les populations humaines dans les zones où des épidémies de MPXV sont en cours et/ou antérieures ou dans les régions à risque d’épidémies, pour la présence d’anticorps MPXV afin d’évaluer la présence d’éventuelles cas pauci ou asymptomatiques en RDC et au Benin. Nous séquencerons le génome complet des virus MPXV nouvellement identifiés chez les animaux et chez l’homme lors d’épidémies et comparerons les souches humaines et animales  pour évaluer dans quelle mesure chaque épidémie représente une nouvelle transmission zoonotique ou une transmission interhumaine. Il s’agit de la première étude à grande échelle qui documentera les taux d’infection par le MPXV  chez les animaux dans plusieurs pays africains et en utilisant les mêmes techniques permettant ainsi la comparaison des résultats entre les zones géographiques et les espèces. Une meilleure connaissance de la circulatoin de MPXV dnas la faune et chez l’Homme permettra d’affiner les modèles mathématiques qui prédisent l’émergence et d’identifier avec une plus grande précision les zones géographiques pour la mise en œuvre des efforts de lutte dans ces zones qui sont des « hot-spots » pour les transmissions zoonotiques du MPXV. Cette étude permettra également d’améliorer les connaissances scientifiques sur le MPXV. Les informations obtenues par ce projet contribueront également à améliorer les diagnostics, les vaccins ou les cibles antivirales.
 
 

Contexte et justification : La surveillance des arbovirus au Burkina Faso est confrontée à plusieurs difficultés. Le nombre d’arbovirus sous surveillance est très limité. En plus de la fièvre jaune et de la dengue, seulement deux autres arbovirus sont recherchés dans les échantillons de cas suspects d’infection aux arbovirus au Laboratoire national de référence des fièvres hémorragiques virales (LNR-FHV), les virus Chikungunya et Zika. On note aussi un nombre limité de laboratoire équipé pour le diagnostic biologique des Arbovirus. En effet il existe un seul laboratoire (LNR-FHV) qui assure la surveillance des arbovirus pour tout le pays. Une surveillance intégrée des arbovirus qui prend en compte les données climatiques, les informations sur les vecteurs, les animaux potentiels réservoirs et les humains permettrait d’identifier précocement le risque et d’anticiper sur les épidémies.

Objectif : L’objectif général de ce projet est d’évaluer et de surveiller le risque arboviral au Burkina Faso selon une approche de santé globale en intégrant des études chez les humains, les animaux domestiques (chevaux et volailles) et sauvages (oiseaux et chauves-souris) ainsi que les vecteurs (moustiques).

Méthodes : Il s’agira d’une étude transversale descriptive à recueil prospectif qui se déroulera sur 3 ans, de février 2023 à janvier 2026. L’étude s’effectuera en milieux urbains : Ouagadougou et Bobo-Dioulasso et semi-urbain : Banfora, Houndé, Ziniaré et Koudougou. Les collectes des échantillons de patients se feront dans les centres de santé et la collecte des échantillons des personnes saines se fera dans les domiciles aux alentours des lieux de collecte des échantillons des animaux domestiques. Le Burkina Faso comptant 2 saisons : une saison pluvieuse (juin à octobre) et une saison sèche (novembre à mai), les échantillons seront collectés pendant chaque saison pour voir la dynamique de la circulation des arbovirus en fonction des saisons.

Résultats attendus : Les résultats de notre travail auront sans doute un impact dans la surveillance des arbovirus au Burkina Faso et permettra ainsi d’anticiper sur la survenue de potentielles épidémies dues aux arbovirus. A la fin de notre étude, nous auront une information plus fine sur les arbovirus qui circule au Burkina Faso ainsi que leur impact sur la santé des populations. Nous aurons également un aperçu sur le niveau d’immunisation de la population par rapport aux arbovirus étudiés. Nous pourrons à l’issu de cette étude identifier les animaux impliqués comme réservoirs dans la circulation des arbovirus et proposer ainsi l’utilisation de ces animaux comme sentinelles dans la surveillance des arbovirus au Burkina Faso. Les résultats obtenus sur les moustiques nous permettront d’identifier les vecteurs impliquer dans la transmission des arbovirus au Burkina Faso et de proposer des orientations de lutte anti vectorielle. Une cartographie du risque arboviral sera élaborée et pourrait servir de repère aux autorités dans la lutte contre les arbovirus. Enfin, une note technique sera adressée au Ministère de la santé du Burkina Faso avec des propositions qui permettront d’améliorer la surveillance et la lutte contre les arbovirus au Burkina Faso.

MPX-SPREAD vise à caractériser l’épidémiologie de l’épidémie de variole du singe en France, à identifier les mécanismes de la dynamique de transmission observée, à quantifier le risque de propagation en dehors de la population initialement touchée et à évaluer un ensemble de stratégies de prévention et de contrôle pour informer les politiques de santé publique. Dans une première phase, nous étudierons la phase initiale de l’épidémie où la circulation s’est faite principalement parmi les HSH (hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes). Nous caractériserons le potentiel épidémique dans cette communauté par une analyse statistique de l’incidence observée ; nous construirons des modèles individu centrés basés sur les caractéristiques des répondants aux études de comportements sexuel PREVAGAY / ERAS et nous comparerons des stratégies de contrôle incluant par exemple traçage ou ciblage de lieux ; nous déterminerons les conditions dans lesquelles le virus pourrait atteindre la population générale en utilisant des modèles structurés de type SIR. Dans une deuxième phase, nous poursuivrons l’analyse des données afin d’évaluer rétrospectivement l’efficacité des interventions initiales et décrire les éventuels changements de contexte ; nous utiliserons les modèles pour étudier les voies menant à l’extinction, à la résurgence sporadique, à la transition vers l’endémicité et éventuellement au risque zoonotique / réservoirs sur une échelle de temps plus longue. À toutes les étapes, nous chercherons la participation des populations touchées et des autorités sanitaires pour définir des stratégies acceptables et faisables et fournirons en retour des informations basées sur les résultats obtenus.