Projets et candidats lauréats

En plus des éléments cis-régulateurs localisés dans la longue répétition terminale 5’ (LTR 5’) du virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1), notre laboratoire a identifié une importante région cis-régulatrice intragénique (IRR), présentant une activité enhancer sur le promoteur viral localisé dans le LTR5’. A l’origine identifiée comme étant associée à une région chromatinienne ouverte dans un contexte myéloïde uniquement, nos résultats récents ont montré que l’IRR était également critique pour médier la transcription et la réplication du VIH-1 dans des lymphocytes T infectés, démontrant l’importance d’étudier le rôle fonctionnel de l’IRR dans les deux contextes cellulaires d’infection par le VIH-1. De manière intéressante, nous avons identifié dans l’IRR trois sites de liaison pour le facteur de transcription myeloïde-spécifique PU.1. Le présent projet de recherche vise à comprendre plus avant les mécanismes moléculaires régulant la transcription et la latence du VIH-1 dans les deux cibles cellulaires majeures de l’infection, en étudiant le rôle joué par l’IRR sur l’activité promotrice du LTR5’. Dans la première partie du projet, nous étudierons le rôle du facteur de transcription myeloïde-specifique PU.1 dans la régulation transcriptionnelle et épigénétique du VIH-1 dans un modèle d’infection hautement physiologique, en réalisant des expériences d’infection de macrophages primaires dérivés de monocytes (MdMs) avec des particules virales contenant le génome viral du VIH-1 sauvage ou muté au niveau des sites intragéniques de liaison pour le facteur PU.1. Ensuite, afin de caractériser davantage le rôle fonctionnel de PU.1 dans la transcription et la réplication du VIH-1, nous inhiberons la liaison de PU.1 par une approche pharmacologique en utilisant un composé appelé diamidine hétérocyclique DB2115, connu pour inhiber sélectivement la liaison de PU.1 à ses sites cibles. Dans la seconde partie du projet, nous étudierons le rôle du facteur nucléaire T-spécifique se liant aux PU-boxes de l’IRR dans un contexte d’infection T-lymphocytaire. Nous étudierons le rôle de ce facteur dans la régulation transcriptionnelle et épigénétique du VIH-1 afin de démontrer les fonctions critiques jouées par l’IRR dans les deux contextes cellulaires majeurs d’infection par le VIH-1. Dans la dernière partie du projet, étant donné que la régulation transcriptionnelle du VIH-1 est un mécanisme multifactoriel complexe, comprenant de multiples niveaux de contrôle dont la structure tri-dimensionnelle (3D) de la chromatine, nous étudierons le rôle de protéines architecturales sur la régulation de la structure chromatinienne 3D des cellules infectées par le VIH-1. Plus précisément, dans l’IRR mais également le long du provirus VIH-1, nous avons identifié des sites de liaison pour CTCF et YY1, deux protéines architecturales impliquées dans la formation de boucles chromatiniennes. De plus, notre laboratoire a acquis une expertise importante dans la caractérisation des boucles chromatiniennes médiées par CTCF en étudiant d’autres rétrovirus dont le BLV et le HTLV-1. Afin d’étudier si le provirus du VIH-1 est capable de modifier l’organisation 3D de la chromatine dans les cellules infectées, nous étudierons le recrutement in vivo de CTCF et YY1 le long du provirus VIH-1 ainsi que leurs potentielles interactions 3D, par des expériences de 4C-seq. Par des expériences de CRISPR/Cas9, nous muterons ensuite les différents sites de liaison viraux pour CTCF et YY1 afin d’abolir la formation des boucles chromatiniennes et de caractériser le rôle fonctionnel de ces facteurs dans la latence virale et sur le transcriptome de la cellule infectée. Cette partie du projet de recherche contribuera à une meilleure compréhension des interactions 3D entre le provirus VIH-1 et son environnement génomique. En conclusion, notre projet de recherche permettra une connaissance plus approfondie des mécanismes moléculaires associés à la transcription et à la persistance du VIH-1 dans les deux réservoirs cellulaires majeurs du VIH-1 latent, ainsi que de nouvelles options thérapeutiques innovantes visant à contrôler l’infection virale.

Les inquiétudes liées à l’émergence de la pratique du chemsex, définie comme le fait de consommer des drogues dans l’intention d’avoir des pratiques sexuelles chez les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH), appellent aujourd’hui à mieux comprendre ce phénomène. Les données existantes et florissantes sur ce sujet permettent une compréhension de la pratique au prisme du risque et des complications sanitaires. Afin d’enrichir ces connaissances, nous souhaitons documenter cette pratique sur un temps suffisamment long pour en comprendre les déterminants, les nuances et les dynamiques aussi bien dans les parcours que dans les conséquences associées, ceci pour développer des réponses adéquates.

L’objectif de ce projet est donc d’étudier les parcours des HSH (et des personnes trans) ayant des pratiques de chemsex afin de définir les déterminants individuels et structurels des pratiques considérées comme problématiques, pouvant susciter une demande d’aide ou d’accompagnement.

La méthodologie de ce projet repose sur une approche communautaire et participative et mobilisera des méthodes mixtes. Le volet quantitatif sera composé d’une cohorte ouverte pendant 36 mois (avec prolongement) de 1678 HSH ayant une pratique de chemsex suivis en ligne à travers des questionnaires trimestriels qui documenteront les données sociodémographiques, l’histoire liée à la sexualité, les pratiques sexuelles, la consommation de drogues, l’entourage, la santé somatique/mentale, les parcours et accès aux soins et à la prévention. Afin d’étudier les déterminants des trajectoires problématiques, des méthodes statistiques adaptées seront utilisées (group-based trajectory models, modèles de transitions de Markov, latent transition analysis). Le volet qualitatif ciblera 25 à 36 HSH, constitués de sous-populations plus difficiles à atteindre via la cohorte (HSH nés à l’étranger, HSH de plus de 60 ans, ceux de moins de 25 ans, personnes trans, HSH ayant pratiqué le chemsex il y a plus de 2 ans). Pour les questions transversales aux deux volets, une triangulation des données est prévue, notamment afin de mieux comprendre les enjeux biographiques autour des points de ruptures et modifications des pratiques qui seront observées dans le volet quantitatif.

Les résultats nous informerons sur la diversité et l’évolution des pratiques du chemsex, les motivations, les effets positifs et les complications. Ils permettront d’identifier les freins et leviers à l’adoption de pratiques de réduction des risques et à l’accès aux soins et à l’accompagnement des personnes qui pratiquent le chemsex. Ainsi, ils participeront à adapter des interventions aux différentes pratiques et populations.