Projets et candidats lauréats

Notre objectif est de caractériser structurellement le complexe ribonucléoprotéique du virus de l’hépatite delta (HDV). Contrairement au HBV, pour lequel il s’agit d’un virus satellite, l’agent subviral du HDV ne forme pas une capside régulière à symétrie icosaédrique qui enveloppe l’ARN viral, mais ses protéines de capside, S-HDAg et L-HDAg, forment plutôt un complexe ribonucléoprotéique avec l’ARN viral. Les détails moléculaires de la conformation de la protéine dans ce complexe, ainsi que son interaction avec l’ARN, restent mal déterminés, car cette information n’est pas accessible par les approches structurelles classiques, que ce soit la cristallographie aux rayons X, l’EM ou la RMN en solution. Contrairement aux études précédentes sur des fragments de la protéine isolés par rayons X et RMN en solution, nous visons à obtenir une image complète de la protéine et de ses interactions par RMN à l’état solide, qui présente l’avantage de pouvoir analyser des complexes présentant un ordre médiocre ou sans ordre à long distance, mais qui sont structurés au niveau local. Nos travaux devraient permettre de mieux comprendre l’organisation structurelle du complexe ribonucléoprotéique, et présenteront la base nécessaire à des investigations plus approfondies des protéines HVD avec des interactions cellulaires.

Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est la deuxième cause de décès par cancer. Les patients cirrhotiques infectés par le VHB et le VHC sont surveillés conformément aux directives internationales qui recommandent le dépistage semestriel du CHC par échographie du foie. Cependant, cette stratégie n’est plus efficace: d’une part, elle n’est pas rentable chez les patients avec infections contrôlées (VHB) ou guéries (VHC) chez qui le risque de CHC a considérablement diminué. En revanche, elle manque de sensibilité et de spécificité chez environ 20% des patients chez sont diagnostiquées des tumeurs avancées en dépit de l’observance des programmes de surveillance. L’utilisation dans la pratique clinique de nouveaux biomarqueurs visant à sélectionner des patients plus enclins à développer un CHC et à favoriser la détection du CHC le plus tôt possible constitue l’un des principaux défis dans ce domaine: de tels progrès augmenteraient effectivement les taux de patients avec cancer du foie qui pourrait bénéficier de la mise en œuvre de procédures curatives conduisant à une meilleure survie. Dans l’ensemble, l’utilité de ces nouveaux marqueurs pour affiner la sélection des patients peut être évaluée à deux niveaux différents: prédiction du risque de CHC à l’aide de biomarqueurs ou détection précoce du CHC basée sur les changements dynamiques des composants circulants évalués lors des programmes de surveillance. De nouveaux biomarqueurs pourraient identifier les patients les plus enclins à développer un carcinome hépatocellulaire et augmenter la détection du carcinome hépatocellulaire dès que possible. Ils incluent parmi d’autres des polymorphismes génétiques et de protéines circulantes.

Méthodes: L’étude sera réalisée sur des échantillons d’ADN et de sérums séquentiels obtenus dans la cohorte ANRS CirVir qui a inclus 1671 patients avec cirrhose virale compensée recrutés dans 35 centres cliniques français entre 2006 et 2012. La biobanque comprend des échantillons d’ADN et de sérums séquentiels à l’inclusion puis une fois par an. Au cours d’un suivi de 59,7 mois, un CHC a été diagnostiqué chez 213 patients. Un panel de 92 SNP sera évalué chez les 1671 patients inclus. Ils comprendront ceux rapportés comme associés au carcinome hépatocellulaire dans la littérature et ceux identifiés dans une GWAs française en cours menée chez 4000 patients français dans le cadre du consortium HECAM. Des scores multigeniques du risque HCC seront construits en utilisant des approches de type Machine Learning. Les changements dynamiques avant et au diagnostic HCC d’un panel de 9 biomarqueurs protéiques seront décrits chez chaque patient à l’aide de modèles à effets aléatoires et seront corrélés à la détection d’une lésion focale hépatique ou d’un CHC au cours du suivi.

Résultats attendus: Ces avancées permettront la mise en place d’une médecine personnalisée avec l’adaptation des mesures de dépistage et de prévention. Les modalités et la périodicité des programmes de dépistage, les algorithmes d’exécution des procédures de rappel, l’adaptation des traitements préventifs sont des mesures spécifiques qui pourraient être mises en œuvre dans la pratique clinique en fonction des résultats de ce projet interdisciplinaire. Le programme de recherche STHEPBIO est un programme de recherche multi-étapes visant à valoriser les biobanques de l’ANRS. Les analyses réalisées dans le cadre du programme STHEPBIO seront étendues à d’autres cohortes françaises (ANRS Hepather, INCa Cirral) et à des cohortes européennes (Italie, Espagne, Belgique) dans le cadre d’un appel d’offre européen dédié à la médecine personalisée en attente de décision finale (ERA Permed).

La protéine TRBP est impliquée dans divers mécanismes biologiques, notamment en tant que co-facteur de la protéine Dicer, une RNase impliquée dans l’une des étapes de maturation des pré-miARNs, dont TRBP garantit la spécificité de substrat. TRBP agit également au cours de l’infection cellulaire par le VIH, où elle favorise la propagation virale en bloquant le caractère inhibiteur de l’élément TAR en 5’ de l’ARN génomique viral sur la traduction des protéines situées en aval. TRBP permet également de détourner la méthylase cellulaire FTSJ3 au profit du virus, lui permettant d’échapper au système immunitaire. Récemment, nous avons mis en évidence une interaction directe entre, d’une part, la protéine TRBP, et d’autre part, la protéine RPAP3 du complexe d’aide à l’assemblage, R2TP. Nous avons en outre obtenu la structure cristalline à haute résolution de ce complexe, identifiant les résidus clés à l’interface des deux protéines indispensables à l’interaction. Le complexe R2TP associé à HSP90/70 joue le rôle de protéine chaperone pour l’assemblage de diverses particules ribonucléoprotéiques. Nous avons montré que les liaisons de TRBP à RPAP3 ou de TRBP à Dicer étaient mutuellement exclusives, tandis que RPAP3 peut simultanément lier TRBP et HSP90/70. Les rôles de RPAP3 au cours du cycle de réplication du VIH ou dans le processus de maturation des miARN n’ont jamais été décrits. La mise en évidence de cette nouvelle interaction entre TRBP et RPAP3 nous permet de proposer ce projet dans lequel nous tenterons de déterminer quels sont les fonctions possibles de RPAP3 dans la régulation des activités de TRBP au cours la réplication du VIH et dans le mécanisme de maturation des miARNs. Enfin, nous entreprendrons l’analyse structurale du complexe TRBP-FTSJ3 qui n’est pas décrite, ce qui permettra de mieux comprendre les mécanismes clés d’échappement du virus au système immunitaire et de développer à terme de nouvelles stratégies thérapeutiques antivirales.

Contexte: L’OMS recommande une stratégie de traitement préventif des nourrissons différencié selon le risque de transmission mère-enfant (TME) : 6 semaines de NVP si faible risque et 12 semaines d’AZT et NVP si haut risque (mères non traitées par ARV ou CV> 1000 cp/m). L’essai ANRS 12344-DIAVINA en cours en Guinée a étudié l’opérationnalité d’un traitement prophylactique renforcé (AZT-3TC-NVP 12 semaines) pour les nourrissons à haut risque de TME identifiés par l’interrogatoire des mères sur leur statut VIH et leur prise d’ARV. Les résultats préliminaires ont montré que les mères sous-déclaraient la prise d’ARV conduisant à une sur estimation du risque de TME chez 23% des nourrissons, les exposant à un traitement prophylactique inutilement prolongé. A l’inverse, considérer comme à faible risque de TME les enfants de mères traitées depuis plus de 4 semaines, conduit à proposer un traitement suboptimal à ceux dont la mère est en situation d’échec virologique avec virémie élevée.

Afin de répondre aux enjeux de l’amélioration de la prise en charge des nouveau-nés exposés au VIH en Guinée nous nous proposons (i) d’évaluer l’intérêt de la mesure de la charge virale maternelle par POC lors de l’accouchement afin de mieux adapter la prophylaxie ARV des nourrissons au risque réel de TME et (ii) de mettre en place un accès aux POC pour le diagnostic précoce des nouveau-nés qui est recommandé par l’OMS.

Objectif: évaluer l’opérationnalité de l’introduction de POC pour optimiser la prophylaxie des enfants exposés au VIH en fonction du risque de TME évalué par la mesure de la charge virale maternelle à l’accouchement 

Type d’étude: Etude de cohorte prospective, monocentrique, dans les services de Maternité et Pédiatrie du CHU Ignace Deen, Conakry, Guinée.

Critères d’inclusion : mère infectée par le VIH-1 ou VIH 1 et 2, traitée ou non par ARV avant l’accouchement.

Effectif : 100 couples mères/ nourrissons

Stratégie diagnostique et thérapeutique:

Le dépistage de l’infection VIH est systématique chez les mères en salle de naissance en Guinée. En cas de dépistage positif, les informations sur la connaissance du statut VIH et la prise d’ARV sont systématiquement recueillies. Toutes les femmes ayant un dépistage positif en salle de naissance, que l’infection ait été connue antérieurement (traitée ou non) ou non se verront proposer la participation à cette étude.

Les mères bénéficieront d’une mise sous traitement ARV immédiat (si elles n’étaient pas déjà traitées) et d’une mesure de la charge virale par POC lors de l’accouchement.

Les nouveau-nés bénéficieront :

1) d’une mise sous traitement antirétroviral préventif différencié

=> Haut risque (CV maternelle ≥1000 cp/ml): AZT/3TC/NVP pendant 12 semaines.

=> Faible risque (CV maternelle <1000 cp/ml): NVP pendant 6 semaines.

2) de dépistages virologiques précoces et réguliers du VIH: par POC qualitatif dès la naissance (pour les nouveau-nés à haut risque), à 6 semaines et par sérologie à 36 (+ /- POC qualitatif) et à 72 semaines.

3) En cas de positivité d’un test de dépistage du VIH, d’une mise sous traitement antirétroviral immédiat associant AZT/3TC/LPV/r (recos OMS et Guinée) associé à un test de confirmation.

4) d’un soutien pour améliorer la rétention dans les soins et l’observance, d’une recommandation d’allaitement maternel exclusif, de prophylaxie par CTX et du programme élargi de vaccination.

Calendrier prévisionnel:

Septembre-Novembre 2019 : Obtention des autorisations éthiques, formations, commande de réactifs

Décembre 2019-Décembre 2020: Inclusions des couples mères/nourrissons (12 mois).

Décembre 2019-Juin 2022 : Suivi des couples mères/nourrissons (18 mois).

Juin 2022-septembre 2022 : Analyses des résultats

Résultats attendus:La stratégie associant une mesure du risque de TME par quantification de la charge virale maternelle par POC associé à un diagnostic virologique précoce de l’infection VIH dès la naissance pour les nourrissons à haut risque de TME devrait permettre que chaque nourrisson bénéficie d’un traitement adapté à sa situation et soit diagnostiqué précocement.

Le projet vise à rechercher la présence et la fonction des anticorps anti-preS1 induits par le traitement Bulevirtide (BLV) chez les patients souffrant d’une hépatite delta. Le BLV est un peptide synthétique dont la séquence en aminoacides est identique à celle du domaine preS1 des protéines d’enveloppe du virus de l’hépatite B (HBV), qui détermine le caractère infectieux du HBV et du virus de l’hépatite delta (HDV). Les anticorps anti-preS1 induits par le BLV pourraient donc neutraliser l’infectiosité des virions HDV, au bénéfice du traitement, mais ils pourraient aussi neutraliser l’activité antivirale de BLV en formant des complexes immuns BLV-anti-preS1. Dans ce contexte, il convient de documenter la présence d’anticorps anti-preS1 chez les patients traités par BLV et de pratiquer une analyse fonctionnelle de ces anticorps dans un modèle d’infection in vitro pour mieux interpréter les effets du BLV in vivo.

Nos objectifs spécifiques sont :

1) mesurer le niveau, et documenter la cinétique, des anticorps anti-preS1 chez les patients traités par BLV.

2) faire une caractérisation fonctionnelle des anti-preS1 en mesurant leur capacité à neutraliser l’infection HDV dans un modèle in vitro, en présence et absence de BLV, pour faciliter l’interprétation de l’effet thérapeutique chez les patients pendant et après traitement

Contexte : 

Les populations clés identifiées dans le cadre de la lutte contre le VIH (i.e., les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH), les usagers-ères de drogues injectables (UDIs), les travailleurs-ses du sexe (TS) et leurs client-e-s ainsi que les femmes transgenre (FT)) peuvent également être plus vulnérables au SARS-CoV-2. Ceci s’explique par des conditions économiques et sociales qui rendent difficile l’adoption des gestes de protection et par un état de santé préalable potentiellement dégradé. Ces populations font aussi face à un risque VIH accru du fait des conséquences de la crise sanitaire Covid-19 sur l’accès et la continuité des soins. Les conséquences de la crise sanitaire Covid-19 sur la prévention et la prise en charge du VIH affectent également les acteurs-rices de la santé communautaire (ASC). D’une part, par leur exposition au virus dans le cadre du maintien de leur activité et d’autre part, par les besoins d’adapter leurs pratiques professionnelles au contexte. Les populations clés et les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) sont marginalisées dans la région MENA, souvent invisibilisées dans les données Covid au niveau national et régional. Malgré le fait que la Covid-19 était la 4e cause de décès dans la région à la fin de 2020, peu d’études se sont intéressées aux populations vulnérables et les ASC et aux conséquences psychosociales de la crise sanitaire sur ces personnes.

Objectifs : 

Cette étude s’organise autour de 2 objectifs principaux : 

1. Etudier l’impact de la crise sanitaire Covid-19 sur les populations vulnérables au VIH, ou vivant avec (PVVIH), ainsi que sur les ASC ;
2. Identifier les innovations ou adaptations clés des services VIH.

Méthodes : 

Cette recherche est une étude multi-pays, transversale et communautaire utilisant une méthodologie qualitative. Elle inclut des fiches pays/analyse de contexte, des fiches structures et des entretiens auprès des populations vulnérables au VIH, des PVVIH et des ASC. Les pays concernés par l’étude sont le Maroc, l’Algérie, la Tunisie, la Mauritanie et le Liban. Le recueil de données par entretiens individuels sera réalisé via différentes canaux : en face à face, au téléphone ou en visioconférence, en fonction de la faisabilité dû au contexte sanitaire. Des analyses locales et multi-pays populationnelles seront réalisées afin d’identifier les conséquences de la crise Covid-19 sur ces populations ainsi que leurs vécus et besoins, en termes d’accès aux soins et d’exposition au risque VIH notamment. 

Résultats attendus : 

Cette recherche contribuera à évaluer les conséquences de la crise sanitaire Covid-19 sur les populations clés, les PVVIH, les ASC ainsi que sur les activités des associations de lutte contre le VIH/Sida. Les résultats permettront également de valoriser scientifiquement le vécu et l’impact d’une crise sanitaire sur des populations vulnérables, qui sont encore peu, voire pas, représentées dans la littérature scientifique. EPIC-MENA permettra de valoriser les réponses communautaires en capitalisant les adaptations/innovations mises en place pendant cette crise sanitaire pour répondre au mieux aux besoins des populations clés. 

Contexte scientifique: malgré l’efficacité du traitement antirétroviral (ARV) sur la réplication virale et la prévention de la progression de la maladie, le VIH-1 persiste dans les reservoirs, à l’origine d’un rebond rapide de la virémie à son niveau pré-traitement après une interruption de traitement analytique (ITA). Des interventions pouvant conduire à la rémission du VIH sont nécessaires, l’hôte pouvant alors contrôler durablement le virus après l’arrêt du traitement antirétroviral. Il a été démontré que les anticorps neutralisants (bNAbs) anti-VIH spécifiques à large spectre peuvent avoir des activités antivirales: 1) ils empêchent l’infection et la propagation virale en neutralisant directement les virions et la transmission de cellule à cellule; 2) ils peuvent potentiellement (i) contribuer à éliminer les cellules infectées par le VIH par cytotoxicité à médiation cellulaire dépendante des anticorps; (ii) former des complexes immuns avec des antigènes viraux stimulant les réponses des lymphocytes T et B, susceptibles de contrôler le virus.

Conception de l’essai et des traitements: L’essai ANRS RHIVIERA02-PrimoNAbs est un essai français contrôlé contre placebo multicentrique, testant l’impact sur le contrôle du VIH-1 de bNAbs à longue durée d’action, spécifique du VIH (3BNC117LS & 10-1074LS), en association avec un traitement antiretroviral, chez des personnes présentant une primo-infection (aiguë/précoce). Les bNAbs, 3BNC117LS et 10-1074LS, ont été bien tolérés chez les primates et les individus non infectés et infectés par le VIH, avec une longue demi-vie (> 60 jours et> 90 jours, respectivement) et des résultats prometteurs.

Les patients seront recrutés au moment de l’infection aiguë/précoce par le VIH-1. Une perfusion intra-veineuse de bNAbs (groupe 1, N = 40 patients) ou d’un placebo (groupe 2, N = 20 patients) sera réalisée dans la semaine qui suit l’instauration du traitement ARV (dolutégravir + emtricitabine/ténofovir). Les patients en réponse virologique interrompront leur traitement antirétroviral à 12 mois. La cinétique du rebond viral sera évaluée pendant 6 mois sans traitement ARV ou jusqu’à ce que la charge virale soit détectable ou que le nombre de cellules CD4 diminue. Le critère d’évaluation principal sera la proportion de participants dont la charge virale plasmatique est inférieure à 400 copies/mL 6 mois après l’interruption, en l’absence confirmée d’ARV; les pourcentages de succès seront comparés entre les deux groupes. Les principaux critères secondaires d’évaluation incluront: le délai jusqu’au rebond viral (de l’ITA à la premier CV détectable> 400 copies/mL) et la cinétique du rebond viral; le délai jusqu’à la reprise des ARV; l’innocuité et la tolérance des perfusions de bNAb; les changements qualitatifs et quantitatifs dans le réservoir (avec PCR quadruplex); le taux de CD4, CD8 et ratio CD4 / CD8 au cours de la période de traitement et durant l’ITA; les marqueurs d’inflammation au cours du traitement et de l’ITA; les dosages pharmacologiques d’antirétroviraux et de bNAbs.

Perspectives de la recherche: Un traitement précoce après l’infection par bNAbs, en association avec le traitement antirétroviral, pourrait contribuer à un contrôle rapide de la réplication virale, favoriser le développement de réponses immunitaires améliorées et pourrait réduire le niveau de cellules infectées via une activité cytotoxique à médiation humorale. Associée aux effets bénéfiques d’un traitement antirétroviral précoce, cette intervention pourrait favoriser le contrôle de la réplication du VIH après l’interruption du traitement.