Projets et candidats lauréats

L’accès aux traitements antirétroviraux a conduit à une forte diminution de la morbidité et la mortalité associées au VIH, y compris de la démence qui a presque disparu de la pratique clinique. Néanmoins, les troubles neurocognitifs (TNC) moins sévères et les troubles locomoteurs liés au VIH restent courants. Cogloc est une étude transversale répétée, financée par l’ANRS dans le cadre de l’appel à projet CSS-3 2007-2, menée auprès de 400 personnes vivant avec le VIH (PVVIH) et suivies au CHU de Bordeaux. Elle avait pour objectif d’estimer la prévalence des TNC et locomoteurs chez les PVVIH, la grande majorité d’entre-elles sous traitement ARV avec une charge virale indétectable. La prévalence desTNC, définie selon la classification de Frascati, avait été estimée à 59%. Parmi ces sujets, 21% présentaient un déficit cognitif asymptomatique, 31% un déficit cognitif modéré, et 7% une démence. Les facteurs associés à la présence de TNC étaient attribuables aux facteurs de risque classiques plutôt qu’aux facteurs liés à l’exposition au VIH. L’évolution à deux ans montrait une évolution hétérogène des performances. La présence de troubles cognitifs était associée à des volumes globaux plus faibles de la substance grise. La fonction locomotrice des PVVIH était également plus faible que celle de la population générale du même âge, augmentant leur risque de chutes et de fractures. L’analyse des données IRM a mis en évidence que les patients ayant des performances faibles aux 5 levers de chaise présentaient spécifiquement des altérations de la substance blanche au niveau des faisceaux cortico-moteurs et plus précisément au niveau du faisceau cortico-spinal gauche comparés aux sujets n’ayant pas de troubles. Nous proposons ici d’étudier l’évolution des performances neurocognitives et locomotrices des participants de Cogloc après 10 à 12 ans et d’identifier les facteurs associés à la dégradation de ces performances cognitives et locomotrices.  Les déficits cognitifs et locomoteurs seront mis en relation avec les altérations morpho fonctionnelles (e.g. atrophie, altération de la substance blanche, altération de la connectivité fonctionnelle) du cerveau mesurées par IRM, réalisée sur une machine Prisma à 3T (Siemens). Enfin, nous cherchons à comprendre les conséquences de ces déficits sur la vie quotidienne et la qualité de vie liée à la santé afin d’informer la prise en charge globale de demain. Cette nouvelle phase, Colgoc 2, inclura au moins 250 des 311 patients éligibles ayant eu au moins une évaluation cognitive et locomotrice lors de l’étude Cogloc (T0 ou T1) et qui sont toujours suivi dans la cohorte ANRS CO3 Aquitaine. Leurs performances cognitives et locomotrices seront évaluées en utilisant les mêmes méthodes standardisées d’évaluation ou les méthodes compatibles avec les données existantes. En faisant l’hypothèse que la prévalence de détérioration serait le double après 10 ans (30%) de ce que nous avons observé après 2 ans, un échantillon de 200 sujets nous permettra de mettre en évidence une association entre l’hypertension (fréquence de 48%), diabète (fréquence de 14%) ou dépression (fréquence de 13%) et la détérioration de l’ordre d’un OR de 2,27 à 3,24 avec un risque alpha de 5% et une puissance de 80%.  La description des conséquences de ces troubles sur la participation sociale et la qualité de vie liée à la santé est nécessaire dans l’optique de la prévention de la dépendance et d’évènements péjoratifs dans cette population vieillissante avec une maladie chronique. L’ensemble de cette recherche renseignera sur l’organisation de la prise en charge dans les années à venir. 

L’hépatite D est la forme la plus sévère d’hépatite virale chronique, entraînant un risque accru de développer une cirrhose et un carcinome hépatocellulaire chez les patients atteints d’hépatite B chronique. Le virus de l’hépatite D (HDV) est le plus petit virus capable d’infecter les mammifères. L’infection par le HDV est mal contrôlée par les thérapies Interféron (IFN) et à ce jour, aucun traitement ne permet une guérison efficace de l’hépatite D. Dans ce contexte, la caractérisation de nouvelles cibles pour l’élimination du virus est nécessaire. Grâce à une approche de double criblage, nous avons récemment découvert de nouveaux facteurs hôtes et des cibles antivirales contre l’infection par le VHD. Parmi eux, GPER1, codant pour le récepteur 1 des œstrogènes couplé aux protéines G, un inhibiteur potentiel de la signalisation IFN a été récemment identifié. L’objectif de ce projet est la caractérisation de GPER1 en tant que facteur hôte du HDV et l’évaluation de son potentiel pour améliorer les thérapies actuelles basées sur l’IFN à l’aide de modèles d’infection in vitro. Concrètement, les objectifs de ce projet sont :

(1) La caractérisation de l’expression et de l’activité de GPER1 dans des modèles cellulaires incluant des hépatocytes humains primaires

(2) La validation de GPER1 en tant que facteur d’hôte du HDV

(3) La caractérisation de l’impact de l’activité de GPER dans la réponse au traitement IFN dans des cellules co-infectées par le virus de l’hépatite B et le HDV.  

Les anticorps neutralisants à large spectre (bNAbs) se développent chez des patients infectés par le VIH-1 (VIH) suivant un processus de co-évolution avec le virus se diversifiant. La génération des bNAbs par les cellules B nécessite plusieurs cycles de maturation d’affinité du récepteur des cellules B (BcR). Les cellules T CD4+ folliculaire (Tfh) contrôlent cette maturation du BcR. Les interactions entre les cellules B et les Tfh reposent sur la reconnaissance par les lymphocytes T de peptides présentés par les molécules du CMH-II exprimées par les lymphocytes B. Ainsi, la présentation de l’antigène par les cellules B est nécessaire pour qu’elles reçoivent de l’aide des Tfh spécifiques de l’antigène, et ainsi pour générer des bNAbs.

Nous proposons de caractériser les étapes limitantes de la présentation de l’antigène restreint par le CMH-II par les cellules B: de la capture de l’antigène par le BcR à l’activation des lymphocytes T. Nous étudierons l’impact de la spécificité et de l’affinité du BcR sur (i) la cinétique d’internalisation du virus entier et de Env, (ii) les voies de dégradation et la nature des compartiments de chargement des CMH-II et (iii) la qualité de l’activation des cellules T CD4 + spécifiques du VIH.

Pour cela, nous établirons deux modèles innovants pour étudier la présentation des antigènes par les lymphocytes B spécifiques du VIH aux cellules T CD4 + anti-VIH. Premièrement, nous créerons un panel de lignées de cellules B exprimant de manière stable des bNAbs recombinants ancrés à la membrane. Nous avons choisi des bNAbs ayant différentes spécificités et affinités pour Env. Afin de comprendre l’influence de la présentation de l’antigène par le BcR sur la sélection des cellules B par les cellules T, nous clonerons également sous forme de BcR des immunoglobulines de la lignée germinale. Deuxièmement, pour étendre les données obtenues avec des BcR recombinants, nous générerons une bibliothèque de clones de cellules B primaires spécifiques de Env. Ces cellules B spécifiques de Env seront triées à partir du sang de contrôleurs élites (ECs, de la cohorte Codex) et la spécificité et l’affinité de leurs BcR caractérisées. Sur la base de nos travaux antérieurs, nous sélectionnerons des ECs avec une fréquence élevée de cellules B mémoires spécifiques de Env et présentant un large potentiel de neutralisation croisée.

Plus spécifiquement, nous comparerons les cellules B exprimant des BcR ayant différentes affinités (y compris les BcR de la lignée germinale) dans leur capacité à activer des clones de lymphocytes T CD4 + spécifiques de Env et de Gag. Nous analyserons la capacité des BcRs reconnaissant différents domaines de Env à présenter des épitopes distincts aux clones T CD4 + spécifiques de Env. Nous étudierons si, en fonction de l’affinité et / ou de la spécificité, un seul BcR peut favoriser la présentation d’un épitope restreint au CMH-II tout en supprimant la présentation d’autres. Nous utiliserons des virus pseudotypés avec Env d’isolats primaires. En utilisant l’imagerie, la cytométrie de flux et des inhibiteurs spécifiques, nous définirons les mécanismes sous-jacents, notamment l’influence de l’affinité et / ou de la spécificité du BcR sur l’acheminement du complexe BcR-antigène dans différents compartiments de chargement (les endosomes précoces, tardifs ou autophagosomes). En fonction des compartiments de chargement de l’antigène, un répertoire différent d’épitope du CMH-II est probablement généré, avec un impact sur l’activation des cellules T.

Ces résultats permettront de concevoir de nouveaux immunogènes afin d’améliorer les interactions des cellules B et T, de soutenir l’aide des cellules T et in fine d’accélérer la génération de bNAbs. Les banques de clones de cellules B spécifiques au VIH offriront également la possibilité de sélectionner des vaccins candidats capables de fixer des BcR spécifiques du VIH et d’activer des réponses T auxiliaires CD4 + appropriées, fournissant de puissants moyens d’information pour concevoir des vaccins induisant des anticorps.

Les VIH de type 1 sont actuellement classés en 4 groupes distincts : le groupe M (Major, VIH-1/M) pandémique, responsable de la majorité des infections actuelles, alors que les autres groupes de VIH-1 (dits VIH-1 non-M), groupes O, N et P sont moins prévalents et essentiellement présents au Cameroun : le groupe O (Outlier, VIH-1/O) est ainsi responsable de moins de 1% des infections à VIH au Cameroun, les groupes N et P sont plus anecdotiques avec 20 et 2 cas d’infection décrits respectivement. Ces variants sont caractérisés par une forte diversité génétique comparativement au VIH-1/M, qui impacte sur le diagnostic, le suivi et le traitement des patients infectés. Bien que découvert dès 1990, et ayant émergé en même temps que le VIH-1/M, peu de données d’épidémiologie, d’histoire naturelle, et d’évolution génétique de ces variants sont disponibles. Le peu de connaissances actuelles sur l’évolution génétique de ces variants provient de cas sporadiques, principalement dans le cadre d’études réalisées hors du Cameroun. La prévalence des infections à VIH-1 non-M et en particulier VIH-1/O, sur l’ensemble du Cameroun n’est donc pas connue à ce jour. Ainsi, nous proposons une étude observationnelle unique sur le territoire camerounais visant à améliorer les connaissances épidémiologiques des VIH-1 non-M en améliorant la stratégie de caractérisation de ces variants ; étudier la dynamique d’évolution génétique des VIH-1/O, endémique au Cameroun, et mesurer leurs éventuelles conséquences sur la prise en charge thérapeutique des patients infectés en lien avec le contexte médical local et la circulation de virus résistants.

Contexte

La tuberculose (TB) est la principale cause de décès chez les personnes séropositives. Le sous-diagnostic de la TB est l’un des principaux obstacles à la lutte contre la maladie. Dans les pays à ressources limitées, les diagnostics moléculaires tels que Xpert MTB/RIF ne sont pas encore largement disponibles et les échantillons d’expectorations peuvent être difficiles à obtenir, en particulier chez les patients VIH-positifs.

Le SILVAMP TB LAM de Fujifilm (FujiLAM; Fujifilm, Tokyo, Japon) est un nouveau test (non commercialisé) basé sur l’urine, pour le diagnostic de la TB chez les patients VIH-positifs. Une première étude utilisant des échantillons d’urine congelés a révélé une sensibilité plus élevée de ce test par rapport au test Alere Determine TB LAM Ag (AlereLAM) actuellement commercialisé.

En juillet 2019, la Fondation pour des Diagnostics Innovants (FIND) a accepté la proposition d’Epicentre/Médecins Sans Frontières dans le cadre d’un appel d’offre lancé pour la réalisation des études prospectives sur le test FujiLAM. Les études menées dans le cadre de cet appel seront les premières à fournir des résultats sur l’utilité de ce nouveau test pour le diagnostic de la TB chez les patients séropositifs.

Objectifs

Primaire: Évaluer le rendement diagnostique de FujiLAM chez des patients adultes ambulatoires VIH-positifs présentant des symptômes de la TB (groupe 1), et 2) les patients VIH-positifs très immunodéprimés (CD4 <200 cellules / µL) sans symptômes de TB (groupe 2).

Secondaire: Évaluer le rendement diagnostique d’AlereLAM dans l’urine, le rendement diagnostique des algorithmes diagnostiques incluant FujiLAM, la mortalité à 2 et 6 mois, et la facilité d’utilisation du FujiLAM chez les patients ambulatoires VIH-positifs.

Méthodes

Plan d’étude et population

Cette étude observationnelle prospective comprendra deux groupes de patients adultes ambulatoires: les patients VIH-positifs présentant des symptômes de la TB (groupe 1), et les patients VIH-positifs très immunodéprimés (CD4 <200 cellules / µL) sans symptômes de TB (groupe 2).

Sites d’étude

L’étude se déroulera sur trois sites: le Centre de recherche de Mbarara en Ouganda, l’hôpital de district de Homa Bay au Kenya et le centre de santé Alto Maé au Mozambique.

Procédures d’étude

Les patients seront évalués pour les symptômes de la TB. Ceux présentant des symptômes avec un statut VIH inconnu se verront proposer un conseil et un test VIH. En fonction de la présence de symptômes de TB et du niveau de CD4, les patients seront invités à participer à l’étude en tant que groupe 1 ou 2 et à signer un consentement éclairé.

Les patients recevront un examen clinique, FujiLAM et AlereLAM dans les urines, Xpert MTB/RIF et la culture de MTB dans les expectorations et une radiographie pulmonaire. Dans certains cas, une seconde consultation après 5 jours ou une troisième consultation 2 ou 3 semaines peut être nécessaire. Les résultats pour les patients, qu’ils soient sous traitement antituberculeux ou non, seront évalués à 2 mois et à 6 mois.

Critères d’évaluation

Principal: rendement diagnostique de FujiLAM (proportion de patients avec un résultat de test positif parmi les patients atteints de TB confirmée microbiologique).

Secondaires:

• Rendement diagnostique de FujijLAM et AlereLAM par niveau de CD4
• Sensibilité, spécificité, valeurs prédictives positives et négatives de FujiLAM
• Rendement diagnostique des algorithmes combinant AlereLAM ou FujiLAM dans l’urine avec Xpert dans les expectorations
• Temps médian avant le test FujiLAM, AlereLAM et Xpert et le traitement antituberculeux
• Mortalité à 2 mois et 6 mois selon le résultat FujiLAM.
• Acceptation et perception des utilisateurs et des patients sur le FujiLAM

Taille de l’échantillon

Groupe 1 : 840 patients séropositifs présentant des symptômes

Groupe 2 : 1030 patients séropositifs avec CD4 <200 et ne présentant aucun symptôme de TB

Plan de travail de l’étude

Protocole et Comités d’éthique: 4 mois

Inclusions: 10 mois à partir de mars 2020

Suivi: 6 mois (dernier patient en juin 2021)

Analyses et rapport: 4 mois (octobre 2021)

Durée totale de l’étude: 24 mois