Projets et candidats lauréats

Urgence de santé publique :
Les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) présentent une forte incidence de cancers HPV-induits, notamment le cancer anal. En France, chaque année, 174 cancers anaux sont diagnostiqués chez les PVVIH (151 hommes, 23 femmes), ainsi que 56 cancers du col utérin, 41 cancers de la vulve/vagin/pénis et un nombre encore inconnu de cancers oropharyngés. La majorité sont causés par l’HPV16, mais d’autres HPV oncogènes sont aussi impliqués.

Les nouvelles recommandations françaises pour les PVVIH préconisent, en plus du dépistage du cancer du col, la recherche d’HPV16 à partir d’un frottis anal pour détecter et traiter les lésions de haut grade (HSIL) via l’anuscopie haute résolution (AHR). Cependant, le dépistage du cancer anal rencontre plus d’obstacles que du col : acceptabilité insuffisante du prélèvement anal, manque d’expertise en AHR, et craintes de surtraitement, car la plupart des HSIL ne progressent pas vers un cancer.

Notre contribution :
Nous proposons d’évaluer un test sanguine trés promettant, l’ADN circulant tumoral du HPV (ADNctHPV), ciblant HPV16 et sept autres HPV oncogènes, pour diagnostiquer précocement le cancer anal et d’autres cancers HPV-induits chez des PVVIH asymptomatiques. L'ADNctHPV pourrait améliorer l’accès à la prévention, notamment pour les PVVIH non suivis pour le dépistage anal, tout en optimisant les ressources limitées en AHR.

ADNctHPV pour un diagnostic précoce :
L’ADNctHPV est détectable dans >90 % des cancers anaux au moment du diagnostic clinique, y compris aux stades précoces associés à un meilleur pronostic. Nos travaux montrent qu’il peut aussi être détecté 5-10 ans avant l’apparition des symptômes d’un cancer anal ou HPV-induit chez les PVVIH. De plus, il présente une spécificité très élevée (>99 %), étant presque toujours négatif chez les PVVIH sans cancer. Ces données suggèrent un fort potentiel comme outil de dépistage précoce, réduisant la morbidité des traitements et améliorant la survie, qu’il s’agisse d’HPV16 ou d’autres types oncogènes. Avec l’étude CHAMPION, nous mènerons la première évaluation prospective de l’ADNctHPV dans ce contexte.

Schéma de l’étude CHAMPION :
Nous inclurons 3000 PVVIH de plus de 45 ans, sans dépistage anal récent (pas d’anuscopie ou de prélèvement anal dans les 3 dernières années). Les participants se verront proposer :
• Un test sanguin ADNctHPV pour le diagnostic précoce des cancers anaux et HPV-induits
• Un dépistage anal par auto-prélèvement pour recherche d’HPV16

Les PVVIH avec un ADNctHPV positif (attendu <1%) seront orientés vers une AHR pour rechercher un cancer anal invasif, ainsi que vers un bilan ORL et gynécologique pour dépister d’autres cancers. L’inclusion de 3000 participants devrait permettre d’identifier précocement neuf cancers HPV-induits.

En parallèle, les PVVIH positifs pour l’HPV16 au niveau anal (~20 % de ceux acceptant l’auto-prélèvement) seront orientés vers une AHR pour détecter et traiter les HSIL. Cela permettra aussi d’évaluer la sensibilité et la spécificité d'ADNctHPV pour le cancer anal, en confirmant l’absence de cancer chez les ADNctHPV négatifs. Les prélèvements HPV16-positifs seront également analysés par cytologie et méthylation des gènes de l’hôte, afin d’en évaluer la valeur comme tests de triage.

Objectifs principaux :
• Recenser les cancers anaux et HPV-induits diagnostiqués précocement grâce au ADNctHPV chez des PVVIH asymptomatiques, par type d’HPV et stade tumoral
• Évaluer l’acceptabilité et la faisabilité du test sanguin ADNctHPV comparé à l’auto-prélèvement anal
• Estimer la prévalence de l’ADNctHPV chez les PVVIH sans cancer invasif, y compris ceux avec HSIL HPV16-positif

Impact en santé publique :
Cette étude fournira la première preuve prospective de l’efficacité d'ADNctHPV pour le diagnostic précoce des cancers HPV-induits chez les PVVIH asymptomatiques. Si ses performances sont confirmées, il pourrait être intégré aux soins réguliers, en complément du dépistage du col et de l’anus. Cela réduirait les inégalités d’accès, surtout dans les contextes où l’infrastructure de dépistage anal est limitée.

Les tuberculoses à bacilles multirésistants (TBMDR) sont une menace pour le contrôle mondial de l’épidémie de tuberculose (TB). Le traitement repose sur des associations d’antibiotiques administrées pendant 6 mois. Parmi les antibiotiques, le linézolide (Oxazolidinone) est recommandé par l’organisation mondiale de la santé (OMS) et est largement utilisé en France bien qu’hors AMM (PMID 26891089). Toutefois, après plusieurs semaines d’utilisation, une toxicité mitochondriale a été rapportée chez 82% patients traités (31/38). Dans un essai randomisé, 7 cas de myélosuppressions et 28 cas de neuropathies périphériques ou optiques ont été rapportés L’efficacité clinique du tédizolide dans les maladies de peau et des tissus mous est équivalente (principalement dues à Staphylococcus), à celle du linézolide et semble générer moins de toxicité mitochondriale que le linézolide en préclinique.

L’objectif de ce travail est de mesurer l’activité bactéricide précoce du tédizolide, de la comparer à celle du linézolide (molécule de référence du traitement des TBMDR) et à celle de la quadrithérapie standard (traitement de référence des TB sensibles).

Il s’agit d’un essai contrôlé randomisé, en ouvert, en 3 groupes parallèles (tédizolide, linézolide ou quadrithérapie standard). L’objectif principal est d’évaluer l’activité bactéricide précoce (ABP) du tédizolide (200mg/j) à l’issue des 2 premiers jours du traitement.

Les objectifs secondaires sont :

• d’évaluer l’activité bactéricide précoce (ABP) du tédizolide entre J2 et J7
• Comparer l’ABP du tédizolide 200 mg/j à celle du linézolide 1200 mg/j et à celle de la quadrithérapie standrard
• Mesurer la pharmacocinétique du tédizolide par dosage plasmatique de la concentration totale et libre de tédizolide à 0, 1, 3, 5 et 24h après l’ingestion du tédizolide.
• Evaluer la tolérance du tédizolide.

Les patients participant à l’étude ont les critères d’inclusion suivants :

• Age ≥ 18 ans et <75 ans

• Femme en âge de procréer sous contraception efficace pendant la durée de l’étude et jusqu’à 6 mois après le traitement

• Homme (une contraception efficace doit être utilisée pendant la durée de l’étude et jusqu’à 3 mois après le traitement)

•Patient hospitalisé présentant une première infection à Mycobacterium tuberculosis de localisation pulmonaire suspectée par la présence d’une symptomatologie clinique pulmonaire, une radiographie de thorax ou une tomodensitométrie thoracique anormale, et la positivité de l’examen microscopique d’une expectoration (M+, présence de BAAR avec confirmation par un test génotypique de la tuberculose et de l’absence de résistance à la rifampicine), sans atteinte extra-thoracique

• Patient affilié à un régime de sécurité social (bénéficiaire ou ayant droit) ou ayant l'AME ou ayant une demande d'AME en cours ou ayant une demande de dispositif de soins d'urgence (applicable pour la tuberculose).

• Signature du consentement éclairé

En pratique, lors de l’hospitalisation pour prise en charge de la tuberculose et avant le début du traitement, il sera proposé au patient de participer à l’étude avec remise d’une note d’information.

Après signature du consentement les patients seront randomisés, un prélèvement d’une expectoration sera effectué avant la première prise médicamenteuse. Traitement pendant 7 jours en fonction du groupe de randomisation (tédizolide, linézolide ou quadrithérapie standard). Prélèvement quotidien d’une expectoration d’au moins 2 mL pendant 7 jours. La participation du patient prend fin à 30 jours.

A l’issue des 7 jours de traitement expérimental, tous les patients recevront le traitement habituel standardisé (quadrithérapie). Pendant les 23 jours post-traitement les patients suivront les procédures de prise en charge habituelles des patients avec une tuberculose maladie contagieuse. Ils resteront hospitalisés le temps nécessaire pour maintenir l’insolemment air ou pour la durée requise par rapport à leur étant de santé. Une consultation avec bilan sanguin sera effectuée à J30, selon les modalités de suivi habituel.

Contexte : Depuis le rebond épidémique du Mpox dans les 6 régions de l’OMS en 2022, la dynamique du virus semble évoluer avec une transmission sexuelle de l’infection, y compris en Afrique Centrale, en plus des mécanismes déjà connus de transmission. Cela pose de nouveaux enjeux de prévention et de santé publique qui doivent intégrer à la fois les enjeux et besoins des professionnels de santé, de la population générale mais aussi des populations clés du VIH. En effet, en 2022, une concentration importante des cas de Mpox concernaient les Hommes ayant des rapports Sexuels avec des Hommes (HSH), qui pouvaient également présenter des co-infection par d'autres infections sexuellement transmissibles (y compris le VIH). L’Africa CDC a également identifié que les travailleurs-ses du sexe (TS) sont particulièrement exposé-e-s au Mpox et peuvent être vecteur de transmission via leurs client-e-s. Il existe peu de données sur le vécu, les connaissances et les représentations du Mpox en Afrique Centrale, notamment concernant le clade 1b et sa transmission inter-humaine/sexuelle. Les travaux issus des sciences sociales relatifs au Mpox ont été très majoritairement conduits dans des contextes occidentaux lors de l’épidémie de 2022. Il existe de très rares données concernant uniquement la population générale et les professionnels de santé dans les pays concernés par cette étude.

Objectifs : Ce projet vise à étudier les conditions de mise en œuvre d’une stratégie de réponse au Mpox qui tienne compte des facteurs structurels et individuels (y compris la disponibilité et acceptabilité de la vaccination) auprès des populations clés et vivant avec le VIH et des personnes concernées, en Afrique Centrale (République Démocratique du Congo, Cameroun, Burundi).

 Méthodes : Ce projet s’ancre dans la théorie des représentations sociales (RS) « formes de connaissances socialement élaborées et partagées ayant une visée pratique et concourant à la construction d'une réalité commune à un ensemble social ». L’étude des RS nous permettra ainsi d’identifier comment le Mpox et notamment son évolution de zoonose à une infection sexuellement transmissible est perçue et intégrée par les différentes populations concernées dans ce projet, comment l’information et le traitement de l’information sur le Mpox circulent dans ces groupes et enfin comment le recours aux soins s'organise. Pour cela le projet mobilisera des méthodes qualitatives (focus-groups (n=36) ; entretiens individuels (n=45)) auprès des populations clés du VIH (HSH et TS) ou vivant avec, des soignants et des agents de santé communautaire impliqués dans la réponse au Mpox et enfin auprès de la population « générale » vivant dans les quartiers fortement exposés au Mpox. Des fiches structures de santé (n= 40) concernant toutes les structures qui proposent des services Mpox dans les zones de l’étude seront également documentées. La collecte des données se fera au sein de deux zones dans chaque pays de l’étude, basé sur des critères épidémiologiques et stratégiques vis-à-vis de l’épidémie de Mpox. Elles ont été définies par les acteurs locaux impliqués sur ce projet et en accord avec la situation actuelle de chaque pays.

Résultats attendus : Ce projet permettra une meilleure connaissance des spécificités de la gestion de l’épidémie de Mpox sous l’angle de la transmission sexuelle du virus au sein de populations encore peu/pas étudiées en Afrique Centrale, les populations clés et vivant avec le VIH en tenant compte du contexte social et structurel dans lesquels ils-elles vivent. L’ensemble de ces données permettront d’adapter la stratégie de prévention et de prise en charge du Mpox de ces populations dans la région d’Afrique Centrale en tenant compte du rôle que la mobilisation communautaire peut avoir dans cette réponse.

Rationnel: La tuberculose (TB) demeure l’une des principales causes infectieuses de morbidité et de mortalité chez l’enfant, avec près de 50 % des cas non diagnostiqués ou non notifiés. Les difficultés de recueil d’expectorations et la performance limitée des algorithmes cliniques entraînent retards diagnostiques ou traitements inutiles. Le dernier Engagement de Haut Niveau des Nations Unies (UNHLM) fixe pour 2027 l’objectif que 100 % des personnes présumées tuberculeuses bénéficient d’un diagnostic moléculaire rapide. Les tests moléculaires proches du lieu de soins (near point-of-care, nPOC) utilisant des prélèvements non invasifs, comme l’écouvillon lingual (tongue-swab), répondent à cette exigence, mais leurs performances n’ont jamais été évaluées prospectivement chez les enfants de moins de 10 ans.

Objectif principal: Générer des données déterminantes, actuellement inexistantes, sur les performances diagnostiques, le positionnement programmatique, la faisabilité, l’acceptabilité et le rapport coût-efficacité d’un test moléculaire nPOC sur écouvillon lingual pour le diagnostic et le suivi thérapeutique de la TB chez l’enfant < 10 ans, afin de soutenir son introduction à large échelle par les Programmes Nationaux de lutte contre la TB dans le cadre du cycle de financement 2026-2028 du Fonds mondial (GC8).

Méthodologie: IDTB4Child est une étude prospective multicentrique conduite au Cambodge (Hôpital Pédiatrique National, Angkor Hospital for Children) et au Burkina Faso (CHU-YO, CHUSS). Seront inclus consécutivement environ 1 300 enfants (< 10 ans) présentant une TB pulmonaire présumée. Chaque participant bénéficiera du parcours de soins recommandé par le PNT avec évaluation clinique, imagerie thoracique, tests microbiologiques de référence (Xpert Ultra et/ou culture sur prélèvements respiratoires ou selles) et prélèvement lingual pour le test nPOC MiniDock MTB (Pluslife). Les décisions thérapeutiques suivront strictement les algorithmes de traitement de l’OMS (TDA) et les protocoles nationaux.

Critères d’évaluation: Le critère principal est la précision diagnostique (sensibilité, spécificité, valeurs prédictives, AUROC) du test nPOC versus les Strict et Microbiological Reference Standards (SRS/MRS), avec analyses par sous-groupes (âge, nutrition, VIH/exposition, pays). Chez les enfants traités, la valeur du nPOC pour le suivi (mois 2 et fin de traitement) sera évaluée en comparant la conversion à la microscopie et la valeur pronostique pour les issues défavorables. La faisabilité, l’acceptabilité et le rapport coût-efficacité (coût par cas détecté/traité, ICER) seront étudiés dans les conditions réelles (chaleur, poussière, interruptions d’énergie). La position optimale du nPOC dans le TDA pédiatrique sera modélisée, avec, si faisable, un pilote pragmatique avant/après documentant l’impact programmatique.

Innovation et impact attendus: IDTB4Child constitue la première évaluation pédiatrique prospective d’un test nPOC sur écouvillon lingual, rapide (~30 min), peu coûteux (~4 USD/test, ~400 USD/appareil) et conforme aux cibles de l’OMS. L’étude comprend la création d’une biobanque d’urines sous gouvernance éthique stricte, destinée à tester ultérieurement des tests nPOC urinaires de nouvelle génération et à renforcer les capacités locales de recherche clinique. En produisant des données de haute qualité (STARD) sur la précision, la faisabilité et l’impact économique et opérationnel du nPOC lingual, IDTB4Child fournira les preuves requises par les PNT, l’OMS et le Fonds mondial pour guider une mise à l’échelle rapide d’outils diagnostiques pédiatriques innovants et contribuer à l’atteinte des cibles internationales d’élimination de la tuberculose.

L'infection par le virus de l'hépatite B (VHB) reste un problème global majeur de santé publique. Des vaccins thérapeutiques efficaces et des traitements antiviraux ont actuellement disponibles, mais ils doivent être pris à vie et ne parviennent pas à éradiquer le virus du foie infecté. La recherche de nouvelles cibles thérapeutiques est en continuel développement. Certaines de ces nouvelles approches visent à réduire la sécrétion de pseudo-particules virales (SVPs; subviral particles) et/ou de virions, tous deux porteurs de l'antigène de surface du VHB (AgHBs), dont la perte spontanée ou induite par traitement a été associée à un meilleur pronostic clinique. Cependant, l'accumulation intracellulaire de protéines d’enveloppe mutées a été associée à un risque pro-oncogène accru. Il semble important que de futurs traitements réduisant la sécrétion d'AgHBs n’entraînent pas son accumulation intracellulaire. Il est donc essentiel d'approfondir les connaissances sur les mécanismes moléculaires qui confèrent à la petite protéine de surface S du VHB (SHBs) la capacité intrinsèque de s'auto-assembler en structures oligomères complexes constituant l'élément structurel majeur des SVPs et de l’enveloppe des virions.

      Des études suggèrent que la boucle cytosolique 1 (CYL-1) de SHBs aurait un rôle important dans la morphogenèse et la sécrétion des SVPs, qui constituent la majeure partie du pool d'AgHBs. L'étude proposée vise à caractériser l'implication des motifs moléculaires et structurels spécifiques de CYL-1 et leur fonction dans l'oligomérisation et le trafic intracellulaire des protéines S conduisant à la sécrétion extracellulaire des SVPs, en étudiant les mutations aux positions sW35R, sW36R/G, sS38F/W, sC48H/Y/W, sH60C/Y, sC65G/H/R/S, sC69H/R/W et sM75T, précédemment associées à une rétention intracellulaire de l'AgHBs. L'effet des mutations sur la sécrétion de l'AgHBs sera confirmé in vitro dans des cellules Huh7 et HepG2 transfectées avec des plasmides recombinants exprimant soit les SHBs seules, soit inclues dans la protéine de surface longue du VHB (LHBs), un composant mineur des SVPs. L'oligomérisation et la localisation subcellulaire des SHBs mutées et sauvages (WT) seront étudiées dans des cellules transfectées à l'aide des techniques de microscopie en immunofluorescence confocale, et d’imagerie FLIM (Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy), TEM (Transmission Electron microscopy) et FCS (Fluorescence correlation spectroscopy). Le niveau de stress du réticulum endoplasmique et l'efficacité de l'activation de la réponse UPR (Unfolded Protein Response) induite par l'accumulation de mutants CLY-1 seront étudiés in vitro. Nous émettons l’hypothèse que les mutants CYL-1 pourraient interférer avec les composants de la voie ERAD (ER-associated degradation) de l’UPR et la voie de l’autophagie afin d'échapper à la dégradation, et les mécanismes moléculaires potentiellement impliqués seront explorés. L'impact de mutants CYL-1 sur l'inflammation hépatique et le développement de la fibrose sera étudié in vivo dans un modèle murin, à l'aide du vecteur adénovirus-associé hépatotrope AAV2/8 et d'une lignée de souris transgéniques VHB. La nature et l'étendue de l'environnement pro-inflammatoire et des lésions hépatiques associés à la rétention de l'AgHBs dans les hépatocytes seront évaluées dans les tissus hépatiques animaux.

      L'analyse fonctionnelle des mutants CYL-1 altérant la production/sécrétion de l'AgHBs permettra d'approfondir les connaissances sur les motifs moléculaires et structurels de CYL-1 et leurs fonctions dans les premières étapes de l'oligomérisation et/ou dans le trafic intracellulaire des protéines S conduisant à la libération extracellulaire des pseudo-particules virales. La caractérisation des éléments critiques de CYL-1 pourrait faciliter le développement de nouvelles cibles thérapeutiques. L'accumulation intracellulaire de protéines virales étant un facteur pro-oncogène potentiel, il semble essentiel d'évaluer dans quelle mesure l'altération de la structure/fonction de CYL-1 peut contribuer à échapper au mécanisme de dégradation des protéines en interférant avec les mécanismes ERAD et de l’autophagie.

Plus de 25 millions de personnes dans le monde souffrent d'une infection chronique par le virus de l'hépatite D (VHD). Alors que l'évolution clinique de l'infection aiguë par le VHD ne se distingue guère de l'hépatite B aiguë, à l'exception d'un taux plus élevé d'hépatites fulminantes, l'infection chronique par le VHD aggrave les pathologies hépatiques causées par le VHB.

Le VHD forme une particule enveloppée constituée d'une enveloppe lipidique contenant des protéines de surface du VHB (HBsAg, comprenant les formes S-, M- et L-HBsAg) et enrobant une ribonucléoprotéine interne (RNP), composée d'un multimère de la protéine delta (HDAg) codée par le VHD et associée à une copie de l’ARN viral circulaire monocaténaire. Le VHD est un agent transmissible défectif utilisant les glycoprotéines (GP) d’enveloppe du VHB pour sa propagation, reflétant ainsi sa nature de virus satellite du VHB. En effet, les particules du VHD utilisent uniquement le mécanisme d’enveloppement fourni par les GPs du VHB, ce qui permet ensuite le ciblage et l'entrée des particules du VHD dans les hépatocytes humains via des mécanismes qui dépendent des facteurs d'entrée du VHB.

L'assemblage des particules de VHD est un processus mal défini. La première étape de l'assemblage du HDV repose sur la formation des complexes RNP composés du génome ARN du VHD et des protéines HDAg, sous les formes S- HDAg et L-HDAg, à l'intérieur du noyau. L-HDAg contient un signal d'export nucléaire (NES) déclenchant l'export de la RNP vers le cytoplasme, un déterminant d'assemblage comprenant un signal de farnésylation permettant d’ancrer la RNP à la membrane du RE, et un déterminant d'enveloppement composé d'un domaine C-terminal peu conservé, riche en proline, situé en amont du site de farnésylation et qui se lie à un motif conservé riche en tryptophane présent sur le côté cytosolique de S-HBsAg qui agit comme un domaine matriciel des particules VHD. Alors que S-HBsAg, qui induit la formation des particules sous-virales (SVP) du VHB, est nécessaire et suffisant pour permettre la sécrétion des RNP du VHD, ces particules doivent également recruter un peu de L-HBsAg pour être infectieuses.

Plus particulièrement, l‘export nucléaire de la RNP fait intervenir un mécanisme indépendant de CRM1 pour lequel quelques facteurs nucléaires ont été identifiés tels que les protéines NESI, TAP et Aly. Cependant, le mécanisme précis par lequel la RNP franchit le pore nucléaire ainsi qui son transport vers le lieu d’enveloppement des particules VHD restent encore mal définis, et notamment les facteurs d’hôte cytosoliques impliqués dans ce transport de la RNP.

Notre projet vise notamment à explorer l’environnement cytosolique dans lequel la RNP s’accumule, suite au franchissement du pore nucléaire, selon 2 axes. Premièrement, en utilisant des approches de microscopie de pointe et de biochimie combinées à l'inhibition de l’expression de gènes cellulaires, nous caractériserons un micro-environnement cytosolique composé de la RNP du VHD et de la nucléoprotéine Nup98, nos résultats préliminaires montrant en effet leur association dans des agrégats cytosoliques. Nous déterminerons notamment le rôle de ces agrégats et de Nup98 dans le cycle viral du VHD, nous caractériserons leur composition et leur formation, et enfin, nous déterminerons le mécanisme moléculaire par lequel la RNP rencontre Nup98. Notre deuxième objectif sera d’identifier l’ensemble des protéines cellulaires composant l’environnement de la RNP du VHD par des approches de "marquage de proximité" suivies d'une identification par spectrométrie de masse afin d’identifier et de caractériser le mode d'action des facteurs de l'hôte impliqués dans le transport cytosolique de la RNP du VHD.

Les résultats de ce projet devraient permettre de mieux comprendre une étape cruciale du cycle de vie d'un pathogène peu caractérisé et de conduire à l'identification/validation de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles.