Projets et candidats lauréats

activateurs de l’immunité innée. Une fois reconnus par des récepteurs cytosoliques, ils déclenchent la production de cytokines pro-inflammatoires et d’interférons. La voie de signalisation reposant sur les protéines cGAS et STING a été identifiée comme essentielle pour la détection des acides nucléiques cytosoliques. Néanmoins, nous avons pu montrer que, dans des cellules dépourvues de cGAS, la présence d’ADN double brin cytosolique peut induire la production d’interférons. Cela indique la présence de voies de détection des acides nucléiques qui opèrent en l’absence de cGAS. Nous avons identifié qu’en l’absence d’une voie cGAS-STING active, des protéines appartenant à la voie de réparation de l’ADN par jointure d’extrémités non-homologues (ou « non-homologous end-joining » (NHEJ)), en particulier PRKDC et PAXX, jouent un rôle majeur dans la détection des ADNs double brins cytosoliques. En effet, des analyses biochimiques et fonctionnelles montrent que l’activité catalytique de la protéine PRKDC est nécessaire pour les réponses inflammatoires indépendantes de cGAS et que PAXX est un régulateur négatif de ces réponses. Nous proposons d’étudier la contribution de la voie du NHEJ, et en particulier de PAXX, aux réponses inflammatoires associées au VIH-1.

Sur la base de nos données préliminaires, j’émets l’hypothèse qu’en absence de cGAS, l’ADN double brin dérivé du VIH-1 peut être détecté par la voie du NHEJ et que PAXX régule négativement  cette voie de signalisation. Pour tester cette hypothèse, nous poursuivrons 3 objectifs:

1. Caractériser les déterminants du recrutement du NHEJ sur l’ADN double brin cytosolique en absence de cGAS.
2. Évaluer la contribution du NHEJ et en particulier de PAXX sur la détection immunitaire innée dans les cellules qui n’expriment pas cGAS.
3. Étudier l’impact des composantes du NHEJ sur la réponse inflammatoire associée au VIH-1.

La réalisation de ces objectifs me permettra de démontrer que les protéines du NHEJ, en particulier PAXX, sont des régulateurs clés des réponses inflammatoires associées au VIH-1. Ceci est d’autant plus intéressant car les traitements actuels qui visent à réduire l’inflammation associée aux acides nucléiques ciblent principalement la voie de signalisation associée à cGAS. Cependant, nos données montrent que lorsque cGAS est absent, la voie du NHEJ déclenche des réactions inflammatoires qui peuvent avoir des effets délétères supplémentaires. L’inhibition de l’activité catalytique de PRKDC peut bloquer cette réponse inflammatoire indépendante de cGAS. En conséquence, ce projet permettra de mettre en lumière de nouvelles voies pour moduler ou prévenir l’inflammation associée au VIH-1.

La tuberculose (TB) est l’une des infections opportunistes les plus fréquentes chez les patients VIH+ dans les pays à ressources limités. En Afrique et en Asie, la TB est aussi la principale cause de mortalité dans cette population. Le diagnostic de TB pulmonaire généralement repose sur la clinique, la radio et la détection de Mycobacterium tuberculosis (Mtb; BAAR) dans les prélèvements respiratoires notamment les crachats. La détection de BAAR dans les crachats est la méthode la plus utilisée pour diagnostiquer la TB pulmonaire et pour monitorer la réponse au traitement. Toutefois l’analyse des crachats est peu sensible et une forte proportion de TB est BAAR-. Bien que les tests de PCR-BK soient plus sensibles, de nombreux cas restent non confirmés. Le traitement anti-TB empirique (forte suspicion clinique de TB sans confirmation microbiologique) est un choix fréquent pour les cliniciens particulièrement chez les patients VIH+ sévèrement immunodéprimés. Ainsi d’autres outils sont nécessaires pour aider au diagnostic de la TB mais aussi pour évaluer la réponse au traitement chez les patients traités de façon empirique afin que les cliniciens puissent décider de continuer ou non le traitement anti-TB.

Les monocytes/macrophages sont des cellules immunitaires innées jouant un rôle important dans la pathogénèse de la TB. Les monocytes activés relarguent des formes solubles de récepteurs tels que CD14, CD163 et l’IL-1 récepteur antagoniste IL-1Ra, inhibiteur compétitif de la cytokine inflammatoire IL-1.

Dans une étude pilote chez des patients Cambodgiens inclus dans l’essai CAMELIA, nous avons montré que les concentrations plasmatiques d’IL-1Ra diminuent de façon spectaculaire après deux mois de traitements antituberculeux. L’objectif de cette étude preuve de concept est de démontrer que les concentrations d’IL-1Ra diminuent de façon significative dans les deux semaines qui suivent l’initiation du traitement anti-TB chez des adultes avec une TB documentée. Nous faisons l’hypothèse qu’en réponse à une diminution rapide de la charge mycobactérienne, les monocytes seront moins activés et que les concentrations plasmatiques de ces biomarqueurs vont décroître précocément après l’initiation d’un traitement efficace. 100 adultes avec une TB documentée seront inclus dans deux sites ANRS Cambodge (n=50) et Côte d’Ivoire (n=50). Nous mesureront les concentrations d’IL-1Ra avant traitement (BL), aux semaines 1 (S1), S2, S4, et S8. Deux autres marqueurs seront mesurés, l’IP-10 suggéré comme un possible biomarqueur prédictif de réponse au traitement anti-TB et sCD163 pour lequel nous avons montré une diminution modérée mais significative.

Population de l’étude : Adultes VIH+, naïfs d’ARV (n=60), adultes VIH- (n=40), tous avec une TB confirmée (BAAR+ et/ou Xpert MTB/RIF+). Le suivi clinique permettra de diagnostiquer des évènements: infections intercurrentes, IRIS et le devenir de la tuberculose. Des échantillons sanguins seront collectés à J0, S1, S2, S4 et S8 après le début du traitement anti-TB. Dans chaque pays le traitement anti-TB et les ARV seront administrés selon les recommandations nationales.

Objectif principal : évolution de la concentration d’IL-1Ra entre BL et S2

Objectifs secondaires :

• Evolution de la concentration d’IL-1Ra entre BL, S1, S2 et S8
• Evolution de la concentration de sCD163 et IP-10 entre BL, S1, S2, S4 et S8
• Impact de la survenue d’évènements sur l’évolution des biomarqueurs: TB-IRIS, guérison ou non de la tuberculose, souche de Mtb résistante.

Si nous démontrons que la diminution de la concentration d’IL-1Ra survient précocement après le début du traitement anti-TB, idéalement à S2 ou encore à S4, suivre ce biomarqueur pourrait être d’un intérêt majeur dans le futur, pour aider les cliniciens à décider d’arrêter ou non un traitement anti-TB empirique. Identifier des biomarqueurs précoces de réponse au traitement serait particulièrement intéressant pour les patients chez lesquels le diagnostic de TB reste difficile par ex tuberculoses pulmonaires BAAR- ou tuberculoses extrapulmonaires/disséminées chez des patients VIH+ très immunodéprimés.

Ce projet consiste à étudier les caractéristiques épidémiologiques, radiologiques et histologiques du carcinome hépatocellulaire ou cholangiocarcinome (CHC/CC) au moment du diagnostic, chez des patients, d’une part, atteints de cirrhose virale C, ayant une réponse virologique soutenue après traitement antiviral C et d’autre part, chez des patients atteints de cirrhose virale B et contrôlés pour la réplication du VHB par des analogues nucléot(s)idiques. D’autres objectifs tels que les modalités thérapeutiques mises en place, la survie de ces patients, et les facteurs pronostiques seront étudiés. En effet, il existe actuellement très peu de données décrivant les caractéristiques des patients atteints de CHC, guéris du VHC ou contrôlés pour le VHB. Nous savons, en particulier à partir des données de la cohorte ANRS C012 CirVir qui a inclus entre 2006 et 2012, 1671 patients ayant une cirrhose virale B ou C compensée prouvée histologiquement (dont 1323 VHC+, 317 VHB+, 31 co-infectés VHB/VHC) actuellement suivis prospectivement, que l’incidence annuelle du CHC chez les patients ayant obtenu une RVS est de 0,6%. L’existence d’un syndrome métabolique semble particulièrement influencer le risque de survenue de CHC chez les patients infectés par le VHC et ayant obtenu une RVS. L’incidence annuelle de survenue de CHC chez les patients contrôlés pour le VHB est d’environ 1,3%. L’inclusion sera proposée aux patients chez qui le diagnostic CHC aura été porté au cours du suivi dans la cohorte HEPATHER et dans la cohorte CirVir  selon les critères EASL-AASLD ou histologiques et validés en réunion de concertation pluridisciplinaire spécialisée. Concernant l’effectif des patients étudiés, nous estimons en 2019, à environ 140 le nombre de CHC incidents chez des patients VHC+ ayant obtenu une RVS et à environ 70 le nombre de CHC en 2019 chez des patients VHB+ virologiquement contrôlés issus de la fusion des deux cohortes. Les caractéristiques  épidémiologiques, radiologiques et histologiques des patients atteints de cirrhose virale C et ayant obtenu une RVS (depuis au moins un an) seront comparés aux patients atteints de CHC et virémiques (estimation : n = 250).  Concernant les patients atteints de CHC et contrôlés pour le VHB, le niveau de contrôle (quantification AgHBs, quantification du cccDNA) sera analysé.

Les réponses aux objectifs posés permettront d’analyser d’éventuelles modifications de l’histoire naturelle du CHC/CC dans le cas d’une inhibition prolongée de la réplication virale du VHB ou d’une guérison virologique du VHC. A l’ère où la très grande majorité des patients ayant une cirrhose liée au VHB ou au VHC sont traités efficacement du fait de la puissance des nouveaux antiviraux, ce projet permettra d’envisager non seulement de nouvelles politiques de dépistage, mais aussi de nouvelles modalités de prise en charge des patients atteints de CHC/CC.

This research project aims to investigate the different aspects (political, economic, industrial, historical and geographical) related to the implementation of SARS-COV-2 (covid-19) testing in Brazil. It addresses special attention to three aspects: creation of diagnostic capacity in the absence of a national political coordination; intellectual property management and diagnostic companies’ business models in times of a pandemic; and regulation of both tests and patients’ health data.It will employ a methodological approach that suits its dual concern of following real time response to coronavirus in Brazil to data collection that is adapted to a pandemic that requires restriction in circulation of populations. Our methods will be two-fold: document analysis and expert interviews. We will complement data with in presence techniques, in particular participation observation, interviews in person and visits to industrial sites and clinical facilities.These different research activities will provide a number of different outcomes that will enable a comprehension of the different aspects interfering with the implementation of testing technologies and infrastructure in Brazil. These outcomes will also have use for crafting public policies to improve the testing policies for coronavirus and other infectious diseases epidemics in the country. Moreover, these results will be available to non-professional actors serving to promote debate on this crucial issue and potentially engage new actors in the discussion of testing policies, such as patients groups and other civil society movements.