Projets et candidats lauréats

La pandémie de COVID-19 continue de s’étendre, notamment en Afrique, et une augmentation rapide des cas dans de nombreux pays africains est à craindre. Le 11 avril, plus de 12 000 cas confirmés et 700 décès répartis sur 52 pays ont été recensés sur le continent africain. En Afrique de l’Ouest, tous les pays sont touchés avec plus de 3000 cas et 70 décès déclarés. Le Burkina Faso, la Côte d’Ivoire, le Gabon, le Mali et le Sénégal comptent parmi les pays les plus touchés. Afin de contrôler l’épidémie, il est nécessaire d’intervenir à tous les niveaux de la prise en charge médicale en incluant les soins primaires et les cliniciens non infectiologues qui sont parmi les acteurs les plus importants de la réponse épidémique. Cependant, les praticiens de soins primaires exercent souvent dans des structures isolées sans accès facile aux recommandations nationales, lorsqu’elles existent. Il a été montré que des outils numériques peuvent aider les praticiens dans leurs décisions diagnostiques et thérapeutiques lors de la prise en charge des malades. Cependant, selon l’OMS, la diffusion des outils de santé digitale ou numérique est encore très limitée en Afrique. Ce projet a pour objectif d’améliorer la prise en charge clinique des patients COVID-19 en Afrique de l’Ouest. Pour cela, nous proposons de créer, et mettre à disposition, un outil électronique gratuit et indépendant d’aide à la décision clinique (Clinical Decision Support System, CDSS) pour la prise en charge des patients d’Afrique de l’Ouest suspects ou confirmés de COVID-19 : Aphroclic. Aphroclic permettrait aux cliniciens de soins primaires d’obtenir en quelques « clics » des recommandations personnalisées de prise en charge diagnostique et thérapeutique adaptées à chaque situation clinique. Il permettrait également de les conseiller sur les aspects de prévention (organisation de leur lieu de consultation), et sur les conseils à donner aux patients. Plusieurs étapes sont indispensables à l’aboutissement et au succès de ce projet : (i) développement d’un outil électronique d’aide à la prise en charge clinique des patients en s’appuyant sur l’architecture d’Antibioclic qui utilise une méthode systématique de traduction des recommandations cliniques en arbres décisionnels (ii) adaptation au contexte de l’Afrique de l’Ouest dans 5 pays différents en tenant compte du contexte local, de l’organisation du système de soins et de la diversité des structurés de santé et de la formation des prescripteurs (iii) implémentation du CDSS guidée par l’utilisation de cadres théoriques et de stratégies systématiques en sciences de l’implémentation afin d’optimiser les chances de succès (iv) diffusion de l’outil en s’appuyant sur les réseaux des porteurs du projet et notamment de la structure PAC-CI en Côte d’Ivoire, de la Société Africaine de Pathologie Infectieuse et de REACTing (v) monitoring et mise à jour d’Aphroclic afin qu’il fournisse une aide à la décision adaptée aux recommandations en vigueur. Ce projet sera associé à un projet de recherche qui visera à évaluer le processus de mise en œuvre, par des méthodes tirées des sciences de l’implémentation. Les sciences de l’implémentation se définissent comme « l’étude scientifique de méthodes visant à promouvoir l’adoption systématique des résultats de recherche et autres pratiques fondées sur des preuves dans les pratiques de routine et, ainsi, d’améliorer la qualité et l’efficacité des soins ». Ces méthodes sont basées sur une évaluation du contexte local, la définition d’interventions adaptées à ce contexte, et l’évaluation du processus de mise en œuvre. Cette méthodologie visera à optimiser l’outil d’aide à la décision par son adaptation, son utilité, son efficacité, et son coût (de développement et de mise en place, l’outil étant gratuit), et surtout son utilisation durable par les cliniciens en soins primaires en Afrique de l’Ouest. Les informations scientifiques recueillies lors de ce projet alimenteront les connaissances sur l’implémentation d’outils électroniques d’aide à la décision (i) en soins primaires (ii) en Afrique de l’Ouest et (iii) en contexte pandémique.

Contexte : L’infection chronique par le virus de l’hépatite B (VHB) est une cause majeure de maladies hépatiques dans le monde, dont la cirrhose, l’insuffisance hépatique et le carcinome hépatocellulaire. Plus de 250 millions de personnes sont chroniquement infectées par le VHB dans le monde. Les traitements actuels permettent de contrôler la réplication du virus sans l’éradiquer. La réplication du VHB est caractérisée par la formation d’un intermédiaire de réplication, l’ADNccc, minichromosome viral servant de matrice pour la transcription des ARNm viraux et qui n’est pas ciblé par les traitements actuels. Un petit nombre de copies d’ADNccc est suffisant pour réactiver la production de virus après arrêt du traitement ou immunodéficience. Par conséquent, l’éradication du VHB passe par l’élimination de l’ADNccc. La formation de l’ADNccc et notamment l’implication des facteurs hépatocytaires dans le passage de la forme relâchée de l’ADN génomique (rcDNA) du VHB à l’ADNccc restent largement méconnues. Cependant, il est probable que les gènes de réparation de l’ADN jouent un rôle clé dans ce processus. L’identification de nouveaux facteurs hépatiques impliqués dans la formation de l’ADNccc ouvrira la voie au développement de nouvelles stratégies thérapeutiques pour l’éradication du virus.

Méthodes : Nous avons développé une lignée cellulaire rapportrice (HA2/3) qui permet la quantification de l’activité de l’ADNccc dans les cellules. Nous avons soumis cette lignée à un criblage perte de fonction à l’aide d’une banque de shRNA ciblant les gènes de la réparation de l’ADN, et avons identifié une liste de candidats dont la diminution d’expression est associée à une inhibition de la formation de l’ADNccc. L’identification, des gènes POLK, FEN1 et TDP2, codant pour trois facteurs de réparation de l’ADN connus pour être impliqués dans la formation de l’ADNccc conforte notre approche pour l’identification de facteurs liés à la formation ou au maintien de l’ADNccc du VHB.

Objectifs : Le but de ce projet est de caractériser ces candidats à l’aide de stratégies alternatives, comme des lignées KO CRISPR/Cas9 dans des modèles d’infection du VHB. De plus, nous souhaitons évaluer le potentiel clinique de ces cibles, en analysant l’expression et le polymorphisme de ces gènes chez les patients chroniquement infectés par le VHB et leur association avec le développement de la maladie hépatique viro-induite. Les objectifs sont les suivants :

(1) Valider et analyser la fonction des candidats du criblage primaire dans la formation de l’ADNccc du VHB

1. Valider le rôle fonctionnel de ces candidats dans des modèles d’infection VHB (lignées cellulaires et hépatocytes primaires, modèles animaux).
2. Comprendre les mécanismes d’action dans la formation de l’ADNccc et valider les cibles lors dans des modèles murins d’infection

(2) Caractériser la pertinence clinique des candidats chez les patients.  

1. Analyser l’expression des gènes candidats chez les patients infectés par le VHB à la recherche de nouveaux biomarqueurs de la maladie viro-induite.
2. Analyser l’association entre le polymorphisme des gènes et les marqueurs de l’infection virale et de la maladie hépatique chez les patients.

Résultats attendus et perspectives: Collectivement, nous estimons que notre stratégie “perte de fonction” permettra une avancée significative de notre compréhension des interactions entre l’ADNccc du VHB et les hépatocytes. L’identification de nouveaux facteurs impliqués dans la formation de l’ADNccc du VHB permettra le développement de nouvelles stratégies antivirales pour l’éradication du virus et de nouveaux biomarqueurs pour comprendre et lutter contre le développement de la maladie viro-induite.

La réplication du génome ARN du VIH-1 est un processus essentiel dans le cycle de vie du virus. La réverse transcriptase codée par le virus utilise l’ARNt3Lys de la cellule hôte pour amorcer la transcription inverse de son génome ARN en ADN proviral. Comme l’étape clé d’initiation de ce processus est réalisée en milieu clos, dans la capside, avant ou après infection des cellules cibles par les particules virales, une étape primordiale et incontournable de la transcription inverse de l’ARN du VIH-1 en ADN proviral est l’encapsidation de l’ARN amorce, l’ARNt3Lys de la cellule hôte, dans les particules virales au cours de l’assemblage des nouveaux virions. Les polyprotéines Gag et GagPol, ancrées à la membrane plasmique de la cellule hôte via la myristoylation de leur résidu Gly2, sont essentielles au recrutement des protéines et ARN viraux ou cellulaires qui seront encapsidés.

Nous avons montré que la lysyl-ARNt synthétase mitochondriale (mLysRS) de la cellule hôte est sélectivement encapsidée dans les particules du VIH-1 et sert de transporteur des ARNtLys au cours du processus d’encapsidation. Associée à l’ARNtLys , mLysRS interagit avec les domaines transframe (TF ou p6*) et surtout intégrase (IN) du domaine Pol de la polyprotéine GagPol. Ce complexe d’encapsidation a pu être reconstitué in vitro. L’association entre l’intégrase et la mLysRS est robuste (Kd de 13 nM) et des molécules inhibitrices de cette interaction ont été isolées in vitro. Dans un test ex vivo de développement viral, ces molécules inhibent la réplication virale sans effet toxique sur la viabilité cellulaire.

L’objectif de ce projet de recherche est de comprendre les modalités d’assemblage du complexe d’encapsidation, et plus particulièrement de l’interaction mLysRS:IN. La validation d’un modèle atomique de l’interface mLysRS:IN sera un support essentiel à la sélection et à l’évolution moléculaire d’inhibiteurs capables de bloquer l’association entre mLysRS et IN, et donc d’inhiber le cycle viral. Ce type de molécule constituerait une nouvelle cible thérapeutique.

Ce projet de recherche est basé sur deux axes principaux :

• La validation d’un modèle atomique de l’association mLysRS:IN, responsable de la capture de l’ARN amorce dans les particules virales ;

• La caractérisation du mode d’action sur le cycle viral de molécules capables de bloquer cette association in vitro.

« Ça va nous changer des questionnaires ! ». C’est à partir de cette remarque faite par un participant à un atelier photovoix, consistant à documenter par la photographie la pratique de l’injection dans la ville de Marseille, que le projet de recherche « Picture » a émergé. Ce commentaire souligne à la fois la situation de sur-enquête de certaines populations clés, et signale également un intérêt et une demande des personnes concernées pour que leurs voix soient entendues différemment. De ce constat, il nous apparait nécessaire aujourd’hui d’interroger par le biais de méthodes participatives originales, le photovoix et la captation audio, la perception des risques infectieux et le regard porté sur les recherches qui les concernent parmi les HSH qui se disent « chemsexeur ». En parallèle, nous dresserons une cartographie socio-historique des terrains « sur-enquêtés », en menant des entretiens auprès des acteur.trice.s de la lutte contre le sida (n=30). Ce travail théorique et empirique portera sur quatre villes du Sud de la France (Toulouse, Montpellier, Marseille, Lyon) dans lesquelles les pratiques de Chemsex ont déjà été documentée par de précédents rapports et un terrain en distanciel auprès de chemsexeurs n’ayant jamais participé à une recherche sur le VIH et vivant dans une ville de moins de 200 000 habitants

Nous étudierons ainsi l’ancrage local des enjeux partenariaux entre les différents acteurs de la recherche sur le VIH en appréhendant à la fois la manière dont les besoins des acteurs communautaires sont pris en compte dans les agendas de recherche, les effets et les contraintes éventuelles de la recherche sur les pratiques associatives, et comment les données de recherche sont mobilisées (ou non) dans les actions de lutte contre le sida et le VHC.

Les données audio et photographiques pourront être valorisées de différentes manières : exposition (réelle ou virtuelle), illustration de guides ou d’outils de prévention, etc.

L’ensemble de ce travail aura pour finalité de penser les différentes manières de faire de la recherche communautaire et participative et d’investiguer plus en avant les différents liens possible entre enuqêtés / enquêteurs.

La contribution des participant.e.s (n=50) sera gratifiée d’un ticket service de 20€ lors de chaque ateliers (N=15) et d’un entretien. Pour son déroulement, le projet mobilisera une chercheuse postdoctorale (1 ETP) pendant trois ans. La supervision scientifique sera assurée par deux chercheurs Inserm (Gabriel Girard et Perrine Roux).

Le virus de l’hépatite E est responsable d’infection chronique chez les patients immunodéprimés, en particulier les transplantés d’organes et les patients ayant une hémopathie maligne. Le passage à la chronicité est défini par la persistance du virus pendant plus de trois mois. Une évolution vers la chronicité est observée dans 60 % des cas. la ribavirine est la seule molécule disponible pour le traitement d’une hépatite E chronique. Elle permet la guérison chez environ 80% des patients.  Le taux de lymphocytes pré-thérapeutique est associé à la réponse. Le mécanisme d’action de la ribavirine reste mal connu mais elle pourrait avoir des effets immunomodulateurs. Toutefois aucune étude sur la réponse immune des patients traités par ribavirine pour leur hépatite E n’a été réalisée. Les fonctions des lymphocytes T dépendent étroitement de leur métabolisme énergétique qui peut être profondément altéré par les infections virales. Les fonctions des cellules T périphériques sont intimement liées aux différentes voies métaboliques qu’elles engagent. Suite à une infection virale, les lymphocytes T adaptent leur activité métabolique pour répondre aux exigences énergétiques accrues nécessaires pour proliférer et activer leurs fonctions effectrices telles que la sécrétion de cytokines et leur différentiation. Le glucose, la glutamine et les acides gras sont les principales sources d’énergie pour alimenter ces demandes.

Ce projet vise à étudier rétrospectivement différents aspects de la réponse immunitaire dans 2 groupes de patients : des patients répondeurs au traitement et des patients non répondeurs. Le projet s’appuit sur une cellulothèque déjà constituée (PBMC prélevés avant, pendant et après l’arrêt traitement). L’expression des marqueurs mémoire et des marqueurs d’activations sera analysées sur les lymphocytes T CD4, CD8 par des techniques de cytométrie. La réponse interféron-gamma spécifique du VHE sera étudiée par technique ELISPOT. Nous souhaitons également identifier les différentes voies métaboliques qui régissent la réponse des lymphocytes T des 2 groupes de patients. Nous étudierons la voie de la glycolyse, l’activité mitochondriale, la voie de la phosphorylation oxydative et de l’oxydation des acides gras. Les résultats de ce projet pourraient permettre d’identifier les paramètres immunologiques impliqués dans la réponse thérapeutique. De plus, parmi les concepts d’immunothérapie émergents, cibler le métabolisme des lymphocytes T apparait comme une piste intéressante pour le VHE.

L’infection à VIH-SIDA affecte en fin 2017 plus de 36 millions de personnes dans le monde, dont plus des trois quarts vivent en Afrique subsaharienne et un quart des infections concerne les jeunes et des adolescents. Chaque heure, 4 adolescents (15-19 ans) sont nouvellement infectés par le VIH et 3 d’entre eux sont des adolescentes dans le monde. Trois surviennent en Afrique subsaharienne, et pour cinq adolescents vivant avec le VIH, il y a sept filles (âgées de 10 à 19 ans) dans la même situation. Cette disparité́ entre les sexes s’amplifie quand les adolescents arrivent à l’âge adulte. Cette couche de la population peut largement mériter le terme de « population clé et vulnérable ». A l’ère de la volonté internationale d’en finir avec l’épidémie du sida d’ici à 2030, plus particulièrement de stopper les nouvelles infections, il est capital de ne pas négliger une partie de l’épidémie, car elle représenterait de fait un réservoir de maintien et résurgence de l’épidémie et rendrait ces objectifs d’éradication irréalisables. Les données sur le succès virologique chez les adolescents sous traitement antirétroviraux sont globalement rares et cela est beaucoup plus marquant en Afrique centrale. Cela est identique pour la fréquence d’émergence des virus résistants et les conséquences sur l’efficacité des traitements disponibles. Or, en l’absence de telles données, il est difficile, voire impossible de prendre les décisions adaptées pour l’amélioration de la prise en charge et le suivi des adolescents. De plus, les quelques données disponibles, indiquent des fréquences d’échec virologiques et d’apparition des résistances élevées, pouvant indiquer une nécessité d’étudier plus en détails les événements d’échec virologique chez cette population. Nous souhaitons conduire ce contrat d’initiation dans le contexte du Cameroun où l’accès au suivi biologique est un défi important, avec en particulier un faible accès à la charge virale. Les résultats de ce projet informeront d’une part sur l’état actuel du succès des traitements ARV dans cette population, mais surtout nous permettront d’envisager une plus grande étude permettant de mieux répondre aux questions associées à la prise en charge des adolescents sous traitement au Cameroun et dans d’autres pays du Sud.