Consortium EMERGEN 2.0 : une plateforme de surveillance génomique et de recherche sur les pathogènes émergents

D’EMERGEN à EMERGEN 2.0 : de la crise COVID-19 à la préparation aux futures pandémies

La pandémie de Covid-19, et l’apparition successive de nombreux variants du SARS-CoV-2 – Alpha, Bêta, Gamma, Delta et enfin Omicron – a souligné la nécessité de soutenir les activités de surveillance épidémiologique et virologique en renforçant la surveillance moléculaire, notamment par séquençage. En effet, les variants pouvant présenter des caractéristiques susceptibles de modifier la dynamique de l’épidémie, comme une transmissibilité ou une pathogénicité différente de celle de la souche sauvage du virus, il est essentiel de surveiller leur circulation pour renforcer la maîtrise du risque infectieux en population et pour éclairer les décisions publiques. La caractérisation de ces variants est tout aussi importante pour évaluer l’efficacité des vaccins et des traitements utilisés.

Si la France est déjà organisée pour assurer la surveillance des maladies infectieuses au niveau national, grâce notamment à SpF et au réseau des Centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles (CNR), l’ampleur de la crise Covid-19 a montré la nécessité de renforcer les capacités du pays en termes de séquençage, et de soutenir les activités de recherche pour mieux répondre aux épidémies.

C’est pour remédier à cette situation que le projet EMERGEN a été lancé au début de l’année 2021, grâce à des fonds spéciaux des ministères chargés de la Santé et de la Recherche. Focalisé sur la réponse à l’épidémie de Covid-19 dans un premier temps, les travaux de ce Consortium ont permis de :

• Décrire et suivre la circulation des variants de SARS-CoV-2 déjà connus jusqu’à la maille territoriale la plus fine possible, mais aussi détecter, identifier et ensuite suivre dans les meilleurs délais la circulation de nouveaux variants d’intérêt ;
• Promouvoir et financer des projets de recherche au sein du consortium, en lien avec le séquençage de nouveaux variants du SARS-CoV-2, notamment autour de l’expérimental et les modèles animaux, autour de cohortes, d’études en modélisation et sur le volet environnemental (eaux usées).

EMERGEN 2.0 : une approche « Une seule santé » ou « One Health »

Dès ses débuts, EMERGEN a adopté une approche « One Health » qui considère la santé humaine, animale et environnementale comme interdépendantes. Cette approche se renforce avec EMERGEN 2.0 à travers :

• Le renforcement des liens avec les acteurs de la surveillance et la recherche en épidémiologie des eaux usées (projets SUM’Eau et Obépine+) ;
• L’extension au séquençage des souches d’origine animale ;
• Le partage intersectionnel des données et outils d’analyse de surveillance et de recherche.

Ces évolutions permettront de mieux anticiper l’émergence de pathogènes zoonotiques, et d’adapter rapidement la surveillance sanitaire et les réponses aux crises de maladies infectieuses émergentes.

EMERGEN 2.0 : Les évolutions opérationnelles et scientifiques

Création de l’unité mixte de service UMS 56

Afin de faciliter la gestion et l’exploitation des données d’EMERGEN, et dans le respect du cadre règlementaire, la plateforme bio-informatique développée par l’IFB a été transférée au sein de l’UMS 56 créée au 1^er janvier 2024. Cette unité aura notamment pour mission, dans le cadre de EMERGEN 2.0, d’assurer le maintien et les évolutions de la plateforme, de contribuer à organiser le flux de données, et à développer des modalités et outils d’analyse pour l’utilisation de ces données par la communauté scientifique.

Transfert de technologies et de compétences

Pour mieux préparer la France aux futures émergences de maladies infectieuses et potentielles crises sanitaires, et ce quel que soit le pathogène concerné, EMERGEN 2.0 prévoit d’étendre les capacités de séquençage, tant sur le plan de l’expertise que sur le volume de séquences à produire. Cela passera par l’identification et le renforcement d’un réseau de laboratoires experts, avec un transfert de compétence à travers la diffusion des connaissances et outils en matière de séquençage et d’analyse de données, des CNR/LNR en direction des autres plateformes de séquençage.

Prolongation et élargissement du soutien à la recherche

Le projet prévoit de poursuivre les actions de recherche engagées lors de la crise Covid-19, notamment en lien avec les missions de l’ANRS MIE d’animation, de coordination et de financement de la recherche, et d’étendre les travaux à d’autres agents pathogènes émergents ou ré-émergents. Le soutien à des projets structurants, permettant d’apporter des réponses aux questions scientifiques posées par ces émergences afin d’accompagner la gestion de crise, l’organisation d’appels à projets, et l’appui à l’utilisation des données de surveillance à des fins de recherche, seront des actions clés d’EMERGEN 2.0.

Animation et coordination des acteurs

EMERGEN 2.0 aura pour mission de renforcer l’articulation entre les acteurs de la santé (humaine, animale, environnementale) autour des questions de génomique, virale dans un premier temps. Sous l’égide des 3 institutions coordinatrices, le projet permettra de renforcer les liens entre le monde de la surveillance et le monde de la recherche, académique et industrielle, mais également de jouer un rôle crucial dans l’information aux pouvoirs publics et à la société civile.

EMERGEN 2.0 : coordonnateurs, acteurs et partenaires

Coordonnateurs du Consortium EMERGEN 2.0

• Inserm/ANRS MIE
• Santé publique France
• ANSES

Acteurs de la plateforme EMERGEN 2.0 et leur rôle dans la surveillance génomique et la recherche

• L’unité UMS 56 : hébergent la base de données associée à la plateforme EMERGEN.
• Les Centres Nationaux de Référence (CNR) : en charge de la surveillance génomique des organismes pathogènes, spécialement les CNR des pathogènes qui pourraient causer une potentielle crise sanitaire. Ils développent et appliquent des techniques de séquençage pour la santé publique.
• Les laboratoires de référence nationaux (LNR) en santé humaine et animale : dédiés à la surveillance et à la recherche des virus animaux circulants, spécialement les LNR qui travaillent avec des pathogènes susceptibles d’émerger chez l’Homme et de provoquer une épidémie.
• Le réseau des laboratoires hospitaliers de virologie et de pharmacologie médicale de l’ANRS MIE : mobilisé à travers les laboratoires hospitaliers sur le territoire français, spécialisés dans la surveillance et la recherche, ils apportent leur expertise et leurs capacités de séquençage.
• Les plateformes de séquençage haut débit : réparties sur l’ensemble du territoire national, ils augmentent la capacité de séquençage en soutien aux CNR lors des crises sanitaires, tout en jouant un rôle clé dans les projets de recherche en période inter-crise.

Partenaires nationaux et internationaux

EMERGEN 2.0 développe des liens avec un réseau diversifié de partenaires, tant au niveau national qu’international, tels que des plateformes de recherche clinique, d’autres plateformes de séquençage et des agences et institutions internationales. La collaboration avec ces partenaires est essentielle dans l’extension de la surveillance génomique des pathogènes émergents et réémergents et mieux se préparer aux futures épidémies et pandémies.

• I-REIVAC Emergence
• OPEN-ReMIE
• Obepine+
• SUM’Eau
• ECDC
• World Health Organization
• Isidore
• Afroscreen