Winning projects and candidates

Chez les eucaryotes, la traduction est un processus dynamique et rapide qui est régulé à la fois par la structure intrinsèque de l’ARN et de nombreuses protéines cellulaires qui se fixent sur l’ARNm. Contrairement au mécanisme de traduction procaryote, la sous-unité 40 S ne peut pas se lier directement sur l’ARN et l’attachement a lieu par le biais d’interactions ARN-protéines qui se mettent en place grâce à un ensemble de 12 facteurs d’initation (eIFs pour eukaryotic Initiation Factors). La sous-unité 40 S du ribosome associée à ces facteurs d’initiation constitue le coeur d’un vaste complexe macromoléculaire auquel se joint de nombreuses autres protéines de liaison à l’ARN pour former le complexe de préinitiation. Celui-ci a une composition variable en fonction de l’ARN considéré ce qui module sa fonction et lui permet de s’adapter aux contraintes structurelles que l’on trouve chez certains transcrits.

L’initiation de la traduction chez les eucaryotes, qu’elle soit opérée à partir de l’extrémité 5’ (coiffe-dépendante) ou en position interne (IRES-dépendante) consiste à attirer et lier le complexe de préinitiation sur l’ARNm afin qu’il puisse parcourir la région 5′ non traduite (5’UTR) pour accéder au codon AUG. Lorsqu’il arrive sur le site initiateur, ce complexe de préinitiation est dissocié pour permettre la liaison de la sous-unité 60 S du ribosome et constituer le ribosome 80S; celui-ci va ensuite parcourir la phase codante pour produire la protéine d’intérêt. L’étape d’initiation est l’étape limitante et elle détermine le taux de production protéique global de l’ARN concerné. A ce titre, l’initiation de la traduction est un processus extrêmement régulé et contrôlé à la fois par la structure de l’ARNm et la composition du complexe de préinitiation.

L’ARN génomique du VIH-1 est traduit dans le cytoplasme de la cellule infectée par la machinerie cellulaire de l’hôte et code pour les polyprotéines Gag et Gag/Pol. Il commence par une coiffe (guanosine méthylée-m7GTP) qui est suivie par une longue région 5′ non traduite (5’UTR) de 336 nucléotides qui contient de nombreux motifs complexes d’ARN dont la tige boucle TAR, le PBS, les signaux de dimérisation (DIS) et d’encapsidation (Psi). L’initiation de la traduction de l’ARNg est particulière puisqu’elle peut s’opérer à la fois à partir du 5′ de l’ARN (mécanisme coiffe-dépendant) ou sur 2 séquences IRES distinctes qui se trouvent dans la région 5’UTR (IRES1) et au début de la phase codante pour Gag (IRES2). Il est donc possible de recruter 3 complexes de préinitiation sur l’ARNg mais on ne sait pas si ces complexes peuvent se former simultanément ou si leur assemblage est mutuellement exclusif. On ne connait pas leur composition protéique ni leur dynamique d’assemblage au cours de la progression du cycle viral ou de l’état physiologique de la cellule hôte. En revanche, on sait qu’ils ont une composition variable en fonction de leur site de recrutement sur l’ARN.

Les objectifs de ce projet sont de cartographier et identifier la composition de ces complexes d’initiation sur leurs sites d’assemblage, c’est à dire à l’extrémité 5′ de l’ARN (coiffe/TAR) ou au niveau des 2 IRES afin de mieux comprendre comment s’articule la traduction du VIH-1. Pour ce faire, nous utiliserons la technique récente de biotinylation de proximité en combinaison avec un système d’édition de type CRISPR/Cas13 pour cibler des régions précises de l’ARN génomique. Cela permettra de cartographier les interactions protéines-protéines et déterminer le réseau complexe de ces interactants dans un rayon d’environ 10 nm autour des sites d’initiation.

Contexte

Bien que le Cambodge ait déja atteint l’objectif des 90-90-90 dans la population générale, la prévalence du VIH et l’usage non-systématique du préservatif au sein des populations-clés ((travailleuses du sexe (TS), hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH), femmes transgenres (FTG)) restent préoccupants.

Peu de données sont disponibles sur l’acceptabilité et la volonté d’utiliser la PrEP dans les populations-clés au Cambodge. En raison de l’image négative consécutive à l’interruption d’un essai clinique de prévention du VIH chez des travailleuses du sexe suite à une forte protestation communautaire, la PrEP fut controversée au Cambodge pendant de nombreuses années, chez les autorités politiques et les communautés. Une évaluation qualitative sur l’acceptabilité de la PrEP dans les populations-clés du Cambodge est cruciale avant d’envisager une possible mise en œuvre de la PrEP au Cambodge.

Objectifs

Les objectifs principaux de l’étude sont :

• Evaluer la connaissance, la perception et l’acceptabilité de la PrEP dans les populations-clés (TS, FTG, HSH), parmi les soignants et chez les décideurs politiques, médicaux, et associatifs dans le contexte cambodgien

Les objectifs secondaires sont :

• Mieux comprendre les caractéristiques, besoins et attentes des organisations communautaires, afin de définir les conditions optimales de mise en œuvre de la PrEP communautaire
• Identifier les outils utiles pour améliorer la connaissance et l’acceptabilité de la PrEP, en particulier issus des nouvelles technologies (applications, sites internet).

Méthodes

L’étude consistera en une série de 7 focus-groupes :

• HSH âgés de moins de 25 ans 
• HSH agés de plus de 25 ans 
• Femmes transgenres
• Travailleuses du sexe employées d’établissements de divertissement
• Travailleuses du sexe indépendantes
• Soignants 
• Travailleurs communautaires

Quatre entretiens semi-directifs seront conduits auprès de décideurs :

• NCHADS (agence de lutte contre le VIH/SIDA)
• Ministère de la Santé
• Influenceurs des communautés HSH, transgenres, travailleuses du sexe

Echéancier

Le projet sera mené pendant 12 mois par une équipe pluridisciplinaire cambodgienne et française incluant des chercheurs en santé publique et en santé communautaire, une psychologue de la santé, et des médecins. Les 3 premiers mois seront consacrés à la phase préparatoire incluant mise en relation avec les personnes à enquêter, préparation des outils d’enquête et formation. La phase de collecte de données sur le terrain sera mise en œuvre pendant deux mois. Les données seront retranscrites et analysées durant les 5 mois suivants. Enfin, les résultats seront restitués durant les deux derniers mois.

Résultats et retombées attendus

L’analyse des données qualitatives devraient nous permettre d’identifier les freins et facteurs favorables à la PrEP dans le contexte particulier du Cambodge, ainsi que les conditions et outils nécessaires à une mise en œuvre de la PrEP communautaire. Cela devrait nous permettre de fournir aux autorités cambodgiennes des informations pertinentes pour l’établissement d’un plan de mise en œuvre de la PrEP dans le cadre du programme national de lutte contre le VIH.

Les déficits immunitaires primitifs (DIPs) consistent en un large éventail de maladies héréditaires provoquant une susceptibilité infectieuse. Outre les infections, des manifestations dys-immunes mal-définies, telles qu’une lymphoprolifération chronique, la survenue d’une auto-immunité ou des manifestations inflammatoires de divers organes, y compris du foie, sont fréquentes. Ces hépatites chroniques représentent un problème médical sérieux, souvent diagnostiqués tardivement car évoluant de façon indolente. L’hyperplasie nodulaire régénérative (HNR) définie par une transformation nodulaire du parenchyme hépatique avec une infiltration fréquente de cellules T CD8+ intra-lobulaires fait partie du spectre des complications hépatiques dys-immunes dont la physiopathologie n’est pas bien définie. Elles surviennent de façon fréquentes chez les patients avec déficit humoral et en particulier les patients avec déficit immunitaire commune variable (DICV). Nous avons récemment décrit une pathologie hépatique similaire chez des patients atteints de déficit immunitaire combiné sévère ayant bénéficié d’une greffe de cellules souches hématopoïétiques (GCSH) ou d’une thérapie génique (GT). Par diverses études OMICs (séquençage métagénomique de nouvelle génération (mNGS), phénotypage par cytométrie de masse (CyTOF), séquençage de l’ARN en cellule unique), nous avons montré que cette pathologie était associée à i) une infection chronique à virus entérique (virus Aichi, Norovirus, Sapovirus) ii) une infiltration de cellules T CD8+ intra-lobulaire dans le foie et des images d’HNR iii) une expansion de cellules effectrices mémoires T CD8+ activées, non cytotoxiques, non épuisées iv) une forte signature interféron de type I et II retrouvées au niveau des leucocytes circulants et v) un déficit humoral persistant. Enfin, nous avons montré que cette pathologie, que nous avons appelée EVAH (enteric viral-associated hepatitis), était réversible après une seconde GCSH concomitante à l’élimination virale et la reconstitution immunitaire. Nous faisons l’hypothèse qu’un processus similaire pourrait expliquer les maladies hépatiques, y compris l’HNR, qui surviennent dans d’autres DIPs et en particulier dans les déficits en anticorps (DICV, agammaglobulinémie liée à l’X, déficits immunitaires combinés mais aussi déficits humoral acquis dans le cadre de thérapeutique immunosuppressive).  Dans le cadre du projet EVAHDAR, nous souhaitons apporter une description détaillée de l’EVAH avec 3 objectifs i) évaluer les patients à risque de développer cette complication dans les déficits humoraux héréditaires et acquis en recherchant les virus entériques à l’aide du mNGS (dans les selles, l’urine, le plasma et les biopsies d’organes le cas échéant), dans un grand groupe de patients présentant des signes compatibles d’EVAH et de patients asymptomatiques homologues (individus avec DIPs appariés EVAH-) ii) déterminer la relation de cause à effet entre la maladie hépatique et l’infection chronique par un virus entérique par la détection in situ du virus (hybridation in situ et/ou immunohistochimie) et l’évaluation de la spécificité des cellules T CD8+ anti-virales iii) caractériser les cellules T CD8+ et les autres sous-populations leucocytaires en réalisant un phénotypage immunitaire approfondi par CyTOF chez tous les patients EVAH+ et les individus EVAH- appariés et en réalisant un transcriptome sur lymphocytes T CD8+ triés de patients EVAH+, d’individus PIDs appariés et de contrôles sains. En conclusion, EVAHDAR aidera à décrypter la physiopathologie de la maladie hépatique chez les patients présentant des déficits en anticorps, à établir le lien avec l’infection chronique par un virus entérique et à ouvrir la voie à de futurs traitements.

This research project aims to investigate the different aspects (political, economic, industrial, historical and geographical) related to the implementation of SARS-COV-2 (covid-19) testing in Brazil. It addresses special attention to three aspects: creation of diagnostic capacity in the absence of a national political coordination; intellectual property management and diagnostic companies’ business models in times of a pandemic; and regulation of both tests and patients’ health data.It will employ a methodological approach that suits its dual concern of following real time response to coronavirus in Brazil to data collection that is adapted to a pandemic that requires restriction in circulation of populations. Our methods will be two-fold: document analysis and expert interviews. We will complement data with in presence techniques, in particular participation observation, interviews in person and visits to industrial sites and clinical facilities.These different research activities will provide a number of different outcomes that will enable a comprehension of the different aspects interfering with the implementation of testing technologies and infrastructure in Brazil. These outcomes will also have use for crafting public policies to improve the testing policies for coronavirus and other infectious diseases epidemics in the country. Moreover, these results will be available to non-professional actors serving to promote debate on this crucial issue and potentially engage new actors in the discussion of testing policies, such as patients groups and other civil society movements.

L’histoire naturelle de l’infection par le virus de l’hépatite B (VHB) est très différente selon l’âge auquel l’infection est contractée. Alors que chez l’adulte l’infection est spontanément résolutive dans la majorité des cas, la contamination materno-infantile ou en bas âge aboutit le plus souvent à une infection chronique. Les traitements actuels ne permettent pas l’éradication de l’ADNccc, la forme de persistance du génome viral, et leur interruption est presque toujours suivie d’une réactivation. De nouvelles thérapeutiques ciblant l’ADNccc sont donc nécessaires pour espérer une cure fonctionnelle chez les patients infectés.

Ce projet s’appuie sur l’existence avérée de liens étroits entre l’infection par le VHB et le métabolisme des acides biliaires (AB). Cette voie métabolique est régulée par un réseau complexe d’hormones, de transporteurs membranaires, de facteurs de transcription et par la flore bactérienne digestive. Le microbiome intestinal métabolise les AB, contrôle leur pool et leur diversité. La synthèse des AB est également régulée par une boucle de rétrocontrôle impliquant l’expression et l’activité de FXR, le récepteur nucléaire des AB, au niveau hépatique et intestinal. NTCP, le principal transporteur des AB, a été identifié comme le récepteur hépatique du VHB. Notre équipe a par ailleurs montré que FXR se fixait sur le promoteur de core du génome du VHB et modulait son activité et des résultats préliminaires utilisant des modèles in vitro indiquent que FXR est un facteur proviral pour le VHB.

Microbiome intestinal et AB évoluent de façon interdépendante au cours des premières années de vie et la perturbation du microbiome modifie l’activité de FXR et le métabolisme des AB. De façon intéressante, il a été observé que l’injection hydrodynamique de VHB dans des souris C3H/HeN entrainait une infection chronique chez les souriceaux et les adultes après traitement antibiotique, mais pas chez les souris adultes non traitées. A partir de ces observations, notre hypothèse est que l’activité de FXR et sa fixation sur l’ADNccc est modulée par le microbiome intestinal avec des conséquences sur l’histoire naturelle de l’infection.

Les principaux objectifs de ce projet sont d’analyser l’influence sur l’infection par le VHB des modulations du métabolisme des AB secondaires à l’évolution du microbiome intestinal, de confirmer le rôle proviral de FXR dans un modèle in vivo et d’explorer les mécanismes à l’origine de cet effet proviral. Des souris infectées par un virus recombinant AAV2/8-VHB seront utilisées. En effet nous avons observé des différences de cinétique de l’infection selon l’âge des souris au cours d’expériences préliminaires, confirmant la pertinence de ce modèle. De plus une diminution significative de la sécrétion d’ADN viral et d’antigène HBs a été observée après traitement par un agoniste de FXR uniquement chez les souris adultes.

Par séquençage de nouvelle génération, la composition du microbiome intestinal sera comparée entre souris jeunes et adultes, traitées ou pas par un agoniste de FXR, et après dysbiose intestinale secondaire à un traitement antibiotique. Pour confirmer le rôle proviral de FXR, les différents marqueurs de l’infection par le VHB seront quantifiés dans des souris FXR+/+ et FXR-/-. Enfin des expériences d’immunoprécipitation de chromatine seront réalisées à partir des foies de souris infectées, ou dans des modèles cellulaires in vitro alternatifs. La fixation sur le génome viral de la protéine virale HBx et de l’histone déacétylase cellulaire SIRT1, en présence ou en absence de FXR, seront notamment étudiées, ces deux protéines interagissant avec FXR et jouant un rôle crucial dans le contrôle de l’activité transcriptionnelle de l’ADNccc.

La mise en évidence d’un lien entre microbiome, métabolisme des AB et infection par le VHB contribuerait grandement à la compréhension de l’histoire naturelle de cette infection. De plus l’identification de FXR comme facteur proviral et la capacité de ligands de FXR à moduler l’activité de l’ADNccc suggèrent que FXR pourrait constituer une cible thérapeutique dans l’objectif d’obtenir une cure fonctionnelle chez les patients infectés par le VHB.

Contexte

En 2016, 44% des découvertes d’infection par le VIH en France concernaient des hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH), 15% des HSH de 15 à 24 ans.

Des études récentes montrent que jeunes HSH différent de leurs ainés: distanciation vis-à-vis de certains codes/modes de vie homosexuels ; appartenance à des réseaux sexuels moins communautaires ; moindre fréquentation des lieux de convivialité gay ; modes de rencontres utilisant les réseaux sociaux classiques plutôt que les applications de rencontre ; moindre perception des risques et moindre utilisation des préservatifs. Il est donc crucial de mieux connaître cette population  afin de la préserver du VIH.

La méthode d’échantillonnage déterminé selon les répondants (Respondents driven sampling – RDS), développée pour atteindre des populations difficiles à joindre apparaît adaptée pour enquêter cette population.

Objectifs

Objectif principal : caractériser la population des jeunes HSH à haut risque d’infection par le VIH, leurs pratiques, leurs réseaux sexuels et de socialisation, et faciliter leur entrée dans les programmes de prévention combinée, dont la PrEP.

Objectifs secondaires :

1. Evaluer le recours au dépistage du VIH et des infections sexuellement transmissibles (IST);
2. Estimer la prévalence de l’infection par le VIH et IST;
3. Estimer la fréquence des comportements à haut risque et les facteurs associés à l’infection par le VIH qui justifient la PrEP;
4. Evaluer la connaissance de la PrEP et de l’étude PREVENIR;
5. Définir l’acceptabilité de la PrEP, et la « cascade » de PrEP chez les jeunes HSH;
6. Définir l’acceptabilité de l’étude PREVENIR;
7. Faciliter l’accès à la PrEP et le recrutement dans l’étude PREVENIR;
8. Décrire les réseaux de socialisation et sexuels;
9. Modéliser l’impact de différents scénarios de pénétration de la PrEP sur l’épidémie de VIH..

Méthodes

L’étude comprendra 2 phases :

1. Recherche formative : 1) entretiens qualitatifs auprès de chercheurs, associations communautaires et membres de la population cible afin de préparer la RDS ; 2) enquête de faisabilité de la RDS avec un nombre réduits de participants (20 à 30).
2. Enquête RDS: étude observationnelle transversale avec échantillonnage déterminé selon les répondants comprenant deux visites à 15 jours d’intervalle :

• Visite 1 : Critère d’éligibilité et information sur l’étude PREVENIR, dépistage du VIH et des IST et auto-questionnaires pour évaluer les risques, et explorer les réseaux sexuels, la perception du risque d’infection par le VIH/IST, et la connaissance de la PrEP.
• Visite 2 : Rendu des résultats du dépistage, remise de compensation financière, proposition de consultation PrEP et de participation à PREVENIR,

Critères d’inclusion :  Homme ou personne transgenre ayant des rapports sexuels avec des hommes , âgé de 18 à 25 ans, ayant des pratiques à haut risque, ayant reçu un coupon de recrutement, résidant en Ile de France, ayant donné son consentement écrit pour participer à l’étude.

Critères d’exclusion : Participation à l’étude PREVENIR.

Taille de l’échantillon: 500 participants recrutés dans au moins 4 centres franciliens, pour estimer une prévalence d’infection par le VIH allant de 3 à 10%,

Durée de l’étude :

1) Phase formative : 6 mois ;

2) Phase RDS : 12 mois (± 6 mois, selon la rapidité d’inclusion).

Partenariats : Service des maladies infectieuses de l’hôpital Saint Louis, direction de la Prévention et de la Promotion de la Santé à Santé Publique France, Institut National d’Etudes Démographiques, UMR S 1136 de l’Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Laboratoire des Sciences Economiques & Sociales de la Santé́ & Traitement de l’Information Médicale de l’Université Aix Marseille, Coalition PLUS, Vers Paris sans Sida.

Résultats attendus

Cette étude permettra d’aider à l’établissement de stratégies de prévention du VIH mieux adaptées à la population des jeunes HSH, tout en augmentant la proportion de jeunes HSH dans l’étude PREVENIR. Ainsi, les jeunes générations, indemnes du VIH au moment de leur entrée dans la vie sexuelle seront protégées et les coûts associés à une prise en charge à vie de l’infection diminués.