Winning projects and candidates

La primoinfection de l’enfant a lieu en contexte d’immaturité du système immunitaire. Son évolution naturelle est bimodale : en l’absence de traitement antirétroviral, environ 15% des enfants infectés par le VIH-1 en période périnatale présentent une évolution rapide vers le stade SIDA et un risque élevé de décès avant 3 à 4 ans. Une multithérapie instaurée dans les premiers mois de vie réduit considérablement la mortalité. Fait notable, le bénéfice clinique d’un traitement précoce perdure après l’arrêt des traitements, avec la disparition de la forme clinique rapide et sévère pour les enfants traités. L’initiation du traitement antirétroviral pendant la primo-infection peut conduire à un contrôle virologique pendant plusieurs années chez l’adulte. Plusieurs cas de contrôle post-traitement ont été décrits suite à une infection en période périnatale traitée précocement.

Le traitement précoce des nourrissons induit donc un équilibre beaucoup plus favorable entre l’hôte et le virus, avec un bénéfice clinique lors d’interruptions thérapeutiques. Le succès du traitement précoce est d’autant plus important que la situation d’échec virologique après un succès initial est fréquente dans la population infectée en période périnatale.

L’objectif du projet est de documenter les aspects physiopathologiques du traitement précoce en étudiant la reconstitution immunitaire qualitative, l’activation immunologique, l’immunité cellulaire adaptative et innée et le réservoir viral.

L’étude CLEAC est une enquête transversale multicentrique au sein de la file active des enfants infectés par le VIH-1, suivis dans les services franciliens participant à la cohorte ANRS-CO10-EPF consistant à effectuer des prélèvements sanguins couplés aux prises de sang réalisées dans le cadre du suivi biologique de routine, à visée d’explorations immuno-virologiques détaillées.

L’étude CLEAC cible des sujets âgés de 5 à 18 ans infectés par le VIH-1 par voie verticale dont le traitement antirétroviral a débuté avant l’âge de 6 mois (groupe « traitement précoce ») ou après l’âge de 24 mois (groupe « traitement tardif ») et avec un succès thérapeutique initial (obtention d’une virémie VIH-1 <400 copies/ml au plus tard 24 mois après l’instauration du traitement).

L’ANRS soutient ce projet et a accordé un financement partiel (AO 2015-2). Les inclusions dans l’étude CLEAC seront achevées le 31 mars 2018 et l’objectif sera atteint : 79 des 80 sujets prévus sont inclus au 1er mars 2018. Une analyse pilote des résultats déjà obtenus montre la pertinence des hypothèses initiales et  pointe deux nouveaux axes de recherche. La présente demande concerne la réalisation des tests évaluant :

• la polyfonctionnalité des lymphocytes T spécifiques du VIH,
• les marqueurs plasmatiques de l’activation immunitaire,
• les lymphocytes T « follicular helper » (TFH) et des lymphocytes B,
• l’ADN VIH-1 intégré,
• les caractéristiques virales (sous-type, génotropisme, sérologie).

Le bilan immuno-virologique détaillé de l’étude CLEAC chez des sujets dont l’histoire de l’infection par le VIH-1 est connue permettra de progresser dans la compréhension physiopathologique des interactions hôte/virus chez l’enfant et de l’impact de la période d’initiation du traitement antirétroviral.

Il permettra l’étude les caractéristiques immunologiques et virologiques d’enfants et d’adolescents chez qui pourrait être espéré un contrôle immuno-virologique lors de l’interruption ultérieure du traitement antirétroviral. En effet, le traitement précoce dans ce contexte pédiatrique pourrait favoriser l’accumulation de conditions nécessaires à une rémission.

Les rétrovirus humains HTLV-1 et HIV-1 possèdent la particularité de se transmettre de façon très efficace par contacts entre les cellules infectées productrices de virus et les cellules cibles. Ce mécanisme reste un processus mal connu, alors qu’il est non négligeable dans le cycle des rétrovirus. En effet, il permet (i) d’éviter ou de limiter la neutralisation par le système immunitaire et (ii) de réduire la vitesse de diffusion du virus dans les milieux extracellulaires avant l’attachement aux cellules cibles et (iii) augmente la quantité de virus délivré dans les cellules cibles. De plus, ce processus de transmission virale échappe aux mécanismes de restriction cellulaires ainsi qu’à l’action des antiviraux. Il est donc crucial de mieux caractériser la transmission virale après contact cellulaire pour pouvoir mieux contrôler la dissémination virale.

Deux voies de transfert des particules virales ont été décrites pour les rétrovirus HIV-1 et HTLV-1 : (i) la synapse virologique, et (ii) la formation de conduits intercellulaires. Une troisième voie a été plus récemment décrite pour HTLV-1 : elle implique la production de virions piégés dans des agrégats extracellulaires adhésifs, ou biofilms viraux, accumulés à la surface des cellules infectées. Lors d’un contact cellule-cellule, le biofilm de HTLV-1 adhère rapidement à la cellule cible ce qui permet un transfert rapide du virus, même lors d’un contact éphémère. HIV-1 est également rapidement transféré d’une cellule à une autre lors d’un contact cellulaire, nous faisons donc l’hypothèse que le virus HIV-1 est lui aussi capable de s’accumuler en surface des cellules infectées dans des structures assimilables à du biofilm viral, qui pourrait également participer à la transmission virale. Nous souhaitons donc dans ce projet de recherche capitaliser sur l’existence du biofilm de HTLV-1 pour caractériser le biofilm de HIV-1 puis comparer la structure, la composition moléculaire, les propriétés physiques des biofilms rétroviraux et identifier les mécanismes moléculaires responsables de la transmission des biofilms HTLV-1 et HIV-1 à l’infection des lymphocytes T CD4 cibles.

Nous utiliserons pour cela des approches innovantes d’imagerie de pointe, (microscopie à fluorescence haute résolution, microscopie à force atomique, microscopie électronique à balayage) combinées à des techniques de virologie moléculaire (modification des protéines virales) et de biologie cellulaire (invalidation génétique des constituants des biofilms, mesure de la transmission virale).

Nous anticipons que nos résultats permettront des avancées majeures dans la compréhension des mécanismes de transmission virale par contact cellulaires, tout comme l’a été la découverte pionnière de la synapse virologique formée par les cellules infectées par HTLV-1, mécanisme ensuite également démontré comme responsable de la transmission de HIV-1 par contact cellulaire. A plus long terme, nos résultats pourront ouvrir de nouvelles perspectives thérapeutiques en ciblant par exemple les voies de biogénèse des biofilms, leur mobilité à la surface des cellules infectées ou les composants (protéiques ou lipidiques) responsables de leur transmission d’une cellule infectée à sa cible.

En 2021, la tuberculose demeure la principale cause de décès, d’origine bactérienne, à l’échelle mondiale. La difficulté à éradiquer la maladie est liée à trois facteurs principaux : la faible efficacité du vaccin BCG, la co-infection avec le virus de l’immunodéficience humaine et l’apparition croissante de souches multi-résistantes aux antibiotiques. En outre, la pandémie de Covid-19 a fortement aggravé la situation en déstabilisant les efforts de lutte contre la tuberculose. Par conséquent, le développement de thérapies innovantes, notamment celles dirigées par l’hôte, reste une priorité majeure. Avant tout, de telles avancées exigent une meilleure compréhension des interactions moléculaires entre l’agent étiologique, Mycobacterium tuberculosis (Mtb), et son hôte.

Mtb est un pathogène intracellulaire qui se multiplie dans l’environnement hostile des macrophages. Au départ, présent dans une vacuole appelée phagosome, Mtb peut ensuite accéder au cytosol du macrophage après avoir endommagé la membrane phagosomale. L’entrée de Mtb, ou ses facteurs, dans le cytosol entraîne la modulation de plusieurs réponses immunitaires innées, notamment la production de cytokines, l’autophagie et la mort cellulaire. A ce jour, les facteurs connus sont essentiellement des protéines et des acides nucléiques qui interagissent avec des protéines cytosoliques afin de moduler les fonctions du macrophage. Etonnamment, le rôle des lipides de Mtb dans ce processus a été largement inexploré. Pourtant, Mtb produit de nombreux lipides, de structure diverses, ayant d’importantes propriétés immunomodulatrices. Pour ce faire, ils interagissent avec des protéines présentes à la surface ou dans la voie endocytique des cellules de l’hôte. Ainsi, nous émettons l’hypothèse que les lipides de Mtb pourraient aussi se lier à des protéines cytosoliques afin de déclencher ou de détourner les réponses du macrophage.

L’objectif de ce projet « Contrat d’Initiation » est d’identifier les protéines cytosoliques des macrophages qui interagissent avec deux glycolipides majeurs, présents à la surface de Mtb, le tréhalose dimycolate (TDM) et le lipoarabinomannane mannosylé (ManLAM). Les objectifs spécifiques sont les suivants :

1. Identifier les protéines cytosoliques qui se lient, in vitro, au TDM et au ManLAM purifiés (Mois 1-2). Dans un premier temps, nous réaliserons des expériences de « pull-down » avec des billes recouvertes de ces lipides et un extrait cytosolique de macrophage. Les protéines associées aux billes seront identifiées grâce à une analyse protéomique. Un maximum de six protéines avec un domaine liant les lipides ou les sucres seront sélectionnées pour les objectifs 2 et 3.
2. Valider la liaison directe avec des protéines recombinantes (Mois 2-5). Dans un second temps, nous mesurerons la liaison de la protéine recombinante, étiquetée, avec le lipide purifié en utilisant un essai de type ELISA, et ensuite la liaison avec Mtb par Westernblot.
3. Evaluer le recrutement des protéines candidates dans les macrophages (Mois 5-12). Enfin, nous quantifierons la colocalisation de la protéine d’intérêt avec les phagosomes endommagés contenant soit une bille recouverte du lipide de Mtb, soit la bactérie entière, dans les macrophages, par microscopie de fluorescence confocale.

Dans son ensemble, le projet CyTuLip permettra de faire la preuve de concept que les lipides immunomodulateurs de Mtb peuvent aussi interagir avec des protéines cytosoliques, in vitro et dans les macrophages. Ces résultats seront le point de départ d’un projet de recherche beaucoup plus vaste dédié à l’étude de ces nouvelles interactions, à la fois leurs bases moléculaires et leurs rôles dans l’infection à Mtb. In fine, ces travaux pourraient aboutir à la découverte de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles pour la lutte contre la tuberculose.

Ce projet vise à élaborer, de manière participative, une proposition d’étude démonstrative pour l’offre de services de prévention combinée (PC) du VIH pour les travailleuses du sexe cisgenres (TSC), au Brésil et en France. Il sera mené en collaboration entre des groupes de recherche basés dans ces deux pays, qui accumulent des expériences réussies et complémentaires d’études sur ce sujet et qui mènent des collaborations scientifiques depuis 2020. La coopération articulera les perspectives de l’intersectionnalité et de la recherche communautaire afin de répondre aux besoins de terrain identifiés tant dans l’expérience des équipes que dans la littérature scientifique et, ainsi, pourra contribuer à l’élaboration de réponses plus adaptées aux besoins TSC face à l’épidémie de VIH, sur le plan éthique, politique, socioculturel et sanitaire. Le projet s’appuiera sur la littérature scientifique, ainsi que sur les demandes et positionnements de groupes d’experts composés de chercheurs, de TSC et de managers des programmes de contrôle du VIH/SIDA et qui seront formés dans quatre villes participantes à ce projet : Brasilia, São Paulo, Salvador et Lyon. À cette fin, les activités suivantes seront réalisées : scope review sur la prévention du VIH et le travail du sexe ; cartographie des initiatives communautaires et gouvernementales de prévention pour les TSC existantes au Brésil et en France ; mobilisation et réunion des forums d’experts à Lyon et à Brasília. Le principal résultat attendu est l’élaboration d’une proposition d’étude de démonstration basé sur l’approche intersectionnelle et la recherche communautaire, pour offrir des services de PC du VIH aux TSC, qui sera soumis aux organismes de financement des deux pays à la fin de ce contrat d’initiation. De plus, le projet contribuera à l’élargissement de la coopération entre les groupes d’experts du Brésil et de la France, dans une perspective de science citoyenne, ainsi qu’au développement d’une approche articulant l’intersectionnalité et la recherche communautaire qui permet une compréhension plus sophistiquée du phénomène multidimensionnel de la prévention du VIH chez les TSC. Les résultats pourront également fournir des subventions technico-scientifiques pour la politique publique de lutte contre le VIH au Brésil et en France, notamment en matière de prévention du VIH pour les TSC.

Contexte : 

Les populations clés identifiées dans le cadre de la lutte contre le VIH (i.e., les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH), les usagers-ères de drogues injectables (UDIs), les travailleurs-ses du sexe (TS) et leurs client-e-s ainsi que les femmes transgenre (FT)) peuvent également être plus vulnérables au SARS-CoV-2. Ceci s’explique par des conditions économiques et sociales qui rendent difficile l’adoption des gestes de protection et par un état de santé préalable potentiellement dégradé. Ces populations font aussi face à un risque VIH accru du fait des conséquences de la crise sanitaire Covid-19 sur l’accès et la continuité des soins. Les conséquences de la crise sanitaire Covid-19 sur la prévention et la prise en charge du VIH affectent également les acteurs-rices de la santé communautaire (ASC). D’une part, par leur exposition au virus dans le cadre du maintien de leur activité et d’autre part, par les besoins d’adapter leurs pratiques professionnelles au contexte. Les populations clés et les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) sont marginalisées dans la région MENA, souvent invisibilisées dans les données Covid au niveau national et régional. Malgré le fait que la Covid-19 était la 4e cause de décès dans la région à la fin de 2020, peu d’études se sont intéressées aux populations vulnérables et les ASC et aux conséquences psychosociales de la crise sanitaire sur ces personnes.

Objectifs : 

Cette étude s’organise autour de 2 objectifs principaux : 

1. Etudier l’impact de la crise sanitaire Covid-19 sur les populations vulnérables au VIH, ou vivant avec (PVVIH), ainsi que sur les ASC ;
2. Identifier les innovations ou adaptations clés des services VIH.

Méthodes : 

Cette recherche est une étude multi-pays, transversale et communautaire utilisant une méthodologie qualitative. Elle inclut des fiches pays/analyse de contexte, des fiches structures et des entretiens auprès des populations vulnérables au VIH, des PVVIH et des ASC. Les pays concernés par l’étude sont le Maroc, l’Algérie, la Tunisie, la Mauritanie et le Liban. Le recueil de données par entretiens individuels sera réalisé via différentes canaux : en face à face, au téléphone ou en visioconférence, en fonction de la faisabilité dû au contexte sanitaire. Des analyses locales et multi-pays populationnelles seront réalisées afin d’identifier les conséquences de la crise Covid-19 sur ces populations ainsi que leurs vécus et besoins, en termes d’accès aux soins et d’exposition au risque VIH notamment. 

Résultats attendus : 

Cette recherche contribuera à évaluer les conséquences de la crise sanitaire Covid-19 sur les populations clés, les PVVIH, les ASC ainsi que sur les activités des associations de lutte contre le VIH/Sida. Les résultats permettront également de valoriser scientifiquement le vécu et l’impact d’une crise sanitaire sur des populations vulnérables, qui sont encore peu, voire pas, représentées dans la littérature scientifique. EPIC-MENA permettra de valoriser les réponses communautaires en capitalisant les adaptations/innovations mises en place pendant cette crise sanitaire pour répondre au mieux aux besoins des populations clés. 

Contexte : Chaque année 160000 enfants naissent avec le VIH chaque année dont près d’un tiers en Afrique de l’Ouest et du Centre (AOC) où le taux de transmission atteint 19,6%. L’OMS recommande un dépistage précoce du nourrisson (DPN) avec des techniques rapides à la naissance et à 6 semaine de vie chez les enfants exposés au VIH afin de pouvoir initier le traitement des enfants infectés avant la 8éme semaine de vie, le pic de mortalité survenant entre l’âge de 2 et 3 mois en l’absence de traitement. En Guinée la prévalence du VIH est faible (1,7%) et la prise en charge décentralisée ne permet pas un acheminement rapide des échantillons de sang vers les laboratoires centraux ; les délais de transport des échantillons sont le principal obstacle à un rendu rapide des résultats. De fait, l’accès au DPN est insuffisant (36%) et les délais de rendu de résultats souvent longs (2 à 3 mois), retardant l’initiation du traitement en cas d’infection.

Dans le contrat d’initiation ANRS 12407 AIRPOP, nous avons montré que l’utilisation de drones pour le DPN pourrait être une solution bien acceptée et coût-efficace pour améliorer la couverture et la précocité du DPN et réduire la mortalité. Le présent projet vise à tester cette stratégie en condition réelle dans 20 sites PTME de Conakry et de Boké. 

Objectif principal : Comparer l’efficacité du transport d’échantillons de sang par drone pour le DPN avec la stratégie actuelle de transport par voie routière. 

• Comparer, dans ces 2 stratégies, la proportion d’enfants exposés au VIH qui ont bénéficié d’un DPN à la naissance et à S6 et le délai de rendu de résultat aux parents. 
• Mesurer la rétention dans les soins jusqu’à M9.

Principaux objectifs secondaires :

• Volet clinique et virologique : mesurer l’impact du transport par drone sur la cascade de prise en charge
• Volet de recherche en implémentation : évaluer la mise en place de la stratégie en capitale (Conakry) et dans une région rurale (Boké) et identifier les conditions de passage à l’échelle (acceptabilité, coût/efficacité, impact carbone, répartition spatiale optimum d’un réseau de drone)
• Volet santé publique : évaluer l’efficacité du drone pour effectuer des approvisionnements d’urgence des intrants de la PTME et identifier les autres besoins de santé urgents pour lesquels l’utilisation d’un drone pourrait être mutualisée (poche de sang…)

Méthodologie (volet clinique et virologique) : Essai randomisé multicentrique en grappe avec permutation dans 20 sites PTME.

Critère d’inclusion :

-Nouveau-né dont la mère vit avec le VIH-1 

-délai ≤ 48H après l’accouchement.

Effectifs : 900 nouveau-nés exposés au VIH

Stratégie : Le dépistage du VIH sera proposé à toutes les femmes enceintes en salle de travail et la prophylaxie ARV débutée immédiatement chez les nouveau-nés exposés, conformément aux recommandations nationales. L’inclusion sera proposée à tous les nouveau-nés éligibles. A la naissance, à S6 et à M9, tous les nouveau-nés bénéficieront d’un prélèvement sanguin sur DBS, acheminé au laboratoire par voie routière selon les procédures en vigueur (phase contrôle). Dans la phase intervention, les nourrissons bénéficieront en plus à la naissance et à S6 d’un prélèvement sanguin par microtube, acheminé immédiatement au laboratoire par drone. Dans les 2 bras, les DPN seront réalisés en urgence au laboratoire, les résultats transmis au soignant par téléphone puis aux parents le plus vite possible idéalement le jour du prélèvement (bras intervention). En cas de DPN positif, un traitement ARV sera initié le plus vite possible, idéalement le jour du prélèvement (bras intervention).

Échéancier : Durée totale : 36 mois, Phase préparatoire : 12 mois, Phase interventionnelle 24 mois

Résultats attendus : Produire les évidences scientifiques nécessaires à l’introduction de système de transport par drone qui bénéficieront à d’autres pays AOC. Fournir des données probantes permettant le déploiement à l’échelle national de cette innovation avec les financements du Fonds Mondial et l’intégration d’autres besoins de santé nécessitant des transports d’urgence afin d’améliorer plus globalement les enjeux de santé prioritaires.

Compte tenu du peu de données disponibles dans le monde sur l’épidémiologie des infections sexuellement transmissibles (IST) et de leur antibiorésistance (AR) chez les femmes transgenres (TGW), ce projet propose une étude ancillaire à partir des échantillons recueillis lors de l’étude TransOdara récemment achevée au Brésil. Cette étude transversale à méthodes mixtes, menée auprès de 1317 TGW dans cinq villes brésiliennes (São Paulo, Porto Alegre, Salvador, Campo Grande et Manaus), visait à déterminer la prévalence des principales IST bactériennes, notamment Neisseria gonorrhoeae (NG) et Chlamydia trachomatis (CT), ainsi que des IST diagnostiquées par sérologie telles que la syphilis due à Treponema pallidum (TP), le VIH et les hépatites virales.

En raison de la capacité et des ressources limitées des laboratoires participants, le diagnostic d’autres IST n’a pas pu être inclus dans l’étude TransOdara, comme la lymphogranulomatose vénérienne (LGV) et l’infection à Mycoplasma genitalium (MG), qui est une IST émergente, 2ème en terme de prévalence derrière CT, pour laquelle il n’existe pas de données chez les TGW en Amérique latine. De plus, la détection de l’AR des IST à NG et TP n’a pas été possible au cours de TranSodara. Le projet proposé permettra de recueillir de nouvelles données épidémiologiques pour MG et la LGV rectale ainsi que les marqueurs moléculaires de l’AR de NG, MG et TP. Les échantillons provenant de 850 participantes à l’étude TransOdara (qui auront donné leur consentement après avoir été recontactées) seront testés dans les laboratoires du Centre National de Référence des IST bactériennes en France.

Les objectifs principaux de MyTTrA détermineront :

1) l’épidémiologie moléculaire, la prévalence et les facteurs de risque de l’infection à MG et les marqueurs moléculaires de son AR aux macrolides (MGMR) et aux fluoroquinolones (MGFQR) dans les échantillons MG-positifs ;

2) la prévalence des marqueurs moléculaires de l’AR et la clonalité des échantillons NG-positifs ;

Les objectifs secondaires de MyTTRA détermineront :

3) la fréquence de l’excrétion de TP dans les échantillons anaux et oraux des participantes ayant une sérologie positive et/ou présentant des lésions cliniques de syphilis primaire ou secondaire ; ainsi que la prévalence des marqueurs moléculaires de résistance aux macrolides dans les échantillons TP-positifs ;

4) la distribution du génotype L vs non-L dans les échantillons anaux CT-positifs.

Cette étude permettra de recueillir de nouvelles données épidémiologiques sur les IST bactériennes circulant dans les populations TGW participant à l’étude TransOdara dans 5 capitales du Brésil. Les données sur la prévalence des MG et de l’AR des différentes IST bactériennes permettront d’adapter les recommandations locales et nationales de prise en charge des IST, particulièrement importantes pour cette population à haut risque d’IST et marginalisée. Le projet renforcera les capacités des laboratoires brésiliens à mettre en œuvre la détection et la caractérisation moléculaires des différentes IST bactériennes et de leur AR, en particulier pour MG. Il renforcera la capacité des équipes brésiliennes à mettre en œuvre une surveillance plus complète et intégrée des IST et de leur AR. Le projet contribuera également à démontrer la possibilité de transmission de TP par excrétion symptomatique ou asymptomatique, permettant d’élaborer et d’améliorer les recommandations de dépistage et les stratégies de traitement rapide de la syphilis dans cette population, très atteinte par cette IST au Brésil.

Les infections par les papillomavirus humains (VPH), l’herpès (HSV-2), le virus d’Epstein-Barr (EBV) et le VIH comptent parmi les infections virales humaines les plus répandues à travers le monde. Ces virus se transmettent pour la plupart par voie sexuelle et la majorité des femmes est infectée par les VPH très tôt, lors des premiers rapports sexuels. De plus, les femmes africaines sont à la fois les plus infectées par les VPH (24%), l’herpès (37%) ou le VIH. En France métropolitaine, les femmes immigrées africaines pourraient présenter une épidémiologie de l’infection à VPH similaire de celle rencontrée dans leur pays d’origine. Pourtant, il n’existe que très peu, ou pas de données sur l’épidémiologie de l’infection à VPH dans cette population vulnérable et à haut risque. Il devient dès lors nécessaire d’étudier l’épidémiologie de l’infection à VPH dans cette population ainsi que les potentiels facteurs de risque (virologiques, sociodémographiques) qui pourraient l’influencer. En effet, cela pourra apporter de nouvelles informations importantes pour la prise en charge des femmes immigrées d’origine africaine, notamment en adaptant les stratégies de prévention contre l’infection à VPH et le cancer du col de l’utérus à cette population clé. Nous nous proposons dans cette étude de dresser, dans une population de femmes immigrées originaires d’Afrique sub-Saharienne vivant en France métropolitaine, l’épidémiologie de l’infection à VPH et les potentiels facteurs de risques propre à cette population qui pourraient l’influencer. Dans un second temps, nous explorerons chez les femmes présentant des facteurs de risque élevé, des corrélations entre les signatures d’intégration viral du VPH et l’évolution clinique de l’infection.