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L’infection par le virus de l’hépatite B (VHB) est l’un des principaux facteurs de risque d’hépatite chronique, de fibrose hépatique, de cirrhose et de cancer hépatocellulaire (CHC). L’inflammation joue un rôle important dans la clairance virale. Mais une inflammation excessive cause des lésions hépatiques et peut accélérer la progression de la fibrose et développement du CHC. L’HBC provoque le dysfonctionnement des réponses immunitaires innées et adaptatives impliquant les monocytes/macrophages, les cellules dendritiques (DC), les cellules tueuses naturelles (NK), les cellules B et les cellules T. Cependant, les mécanismes qui lient les altérations immunitaires induites par le VHB et les atteintes hépatiques liées au VHB restent mal compris. Dans le projet proposé, nous visons à étudier le microenvironnement immunitaire dans différents groupes bien définis de patients atteints d’HBC et appartenant à différents stades de fibrose en comparaison à des échantillons de foies provenant d’individus sains. Nous utiliserons une technique de pointe, l’imagerie multiplexée CODEX, pour analyser la distribution des sous-populations immunitaires in situ, leurs interactions dans le tissue, ainsi que leurs réponses antivirales associées. Enfin, dans une approche mécanistique, nous étudierons la réponse fonctionnelle des cellules T CD8+ spécifiques de l’antigène afin d’évaluer leurs fonctions cytotoxiques et leur capacité à produire des cytokines pro- et anti-fibrotiques. L’identification des mécanismes de réponse immunitaire pendant l’HBC et pendant la progression de la fibrose hépatique permettront de mieux comprendre le rôle respectif de chaque sous-population immunitaire et aidera au développement de marqueurs immunitaires des lésions hépatiques.

De nouvelles stratégies sont nécessaires pour infléchir de manière significative la courbe d’incidence de la tuberculose humaine dans le monde. Il faut pour cela mieux comprendre comment l’agent pathogène évolue pour échapper et/ou survivre à l’intervention humaine (vaccination ou traitements antibiotiques). Une grande quantité de données génomiques sur les bacilles de la tuberculose a été obtenue grâce au développement du séquençage à haut débit. Ces données ont permis d’explorer l’évolution de ces pathogènes et d’identifier des gènes soumis à une sélection adaptative qui façonnent l’évolution récente de Mycobacterium tuberculosis (MTB), le principal agent de la tuberculose.  Parmi eux, le gène phoR subit une forte sélection positive. Ce gène code pour la protéine senseur du système de régulation à deux composants PhoPR, un acteur majeur de la pathogénicité de MTB. PhoPR contrôle l’expression de plus de 80 gènes en réponse à des stimuli intracellulaires, tels que le pH acide ou le zinc. Les pressions responsables de la sélection de mutations dans phoR et l’impact de ces mutations sur l’activité du système PhoPR et l’interaction avec l’hôte restent inconnus. Nous émettons l’hypothèse que l’acquisition de mutations dans PhoR permet d’affiner l’interaction hôte-pathogène afin d’augmenter les chances de survie et de transmission et/ou contribue à accroître la capacité de la bactérie à survivre à de nouvelles pressions sélectives telles que la vaccination BCG ou les traitements antibiotiques.

Nous proposons ici d’aborder ce problème et de répondre à plusieurs questions importantes : 1) Quel est le moteur de l’évolution de PhoR chez MTB ? 2) Quelle est l’activité des variants de PhoR sélectionnés ? 3) Quel est l’impact de ces variants de PhoR sur l’interaction avec l’hôte ?

Tout d’abord, nous allons créer une collection de souches recombinantes isogéniques à code-barres exprimant des variants de PhoR. Ces variants ont été sélectionnés parce qu’ils sont apparus indépendamment à plusieurs reprises dans des isolats cliniques de MTB. Nous ajouterons également des variants PhoR présentant de fortes différences dans leur capacité à reconnaître le signal et à activer le régulon PhoP (sur la base de nos résultats antérieurs). Nous réaliserons ensuite une série d’expériences de compétition in vitro et in vivo afin d’évaluer l’aptitude des souches recombinantes au cours du cycle infectieux, d’un traitement antibiotique ou chez un hôte vacciné. Ces expériences nous informeront sur l’impact de ces pressions sélectives sur les souches recombinantes exprimant ces variants PhoR. Deuxièmement, nous caractériserons l’effet des mutations trouvées dans ces variants sur l’expression du régulon PhoP et la réponse aux conditions inductrices. Enfin, nous étudierons l’impact de ces variants de PhoR sur la cinétique de croissance chez l’hôte et la capacité à induire des lésions pulmonaires dans un modèle murin pertinent.

Cette proposition est très innovante car elle aborde la question des adaptations fonctionnelles sélectionnées au cours de l’infection d’un hôte, qu’il soit naïf, vacciné ou traité avec des antibiotiques. Cette question est d’une importance majeure mais reste jusqu’à présent inexplorée. Ce projet s’appuie 1) sur l’expertise du groupe dirigé par C. Guilhot, 2) sur les plates-formes technologiques de pointe de l’Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale de Toulouse, 3) ainsi que sur des résultats préliminaires solides. Les résultats attendus devraient permettre de mieux comprendre l’évolution des bacilles de la tuberculose et l’impact de cette évolution sur l’interaction hôte-pathogène.

Contexte. En France, les hommes ayant des rapports avec d’autres hommes (HSH) nés à l’étranger représentent le groupe avec la plus forte incidence et la plus forte prévalence d’infections non diagnostiquées par le VIH. Près de 50% d’entre eux vivent en Ile-de-France. De récentes données européennes, n’incluant pas la France, montrent que ce groupe est celui au sein duquel la proportion d’infections par le VIH acquises après la migration en Europe est la plus forte.

Objectifs. 1) Estimer les taux d’acquisition du VIH post-migration parmi les HSH nés à l’étranger, séropositifs pour le VIH et suivis en Ile-de-France, et chercher des associations avec les facteurs (contextuels et individuels) pouvant expliquer un risque d’exposition au VIH ; 2) Estimer dans quel délai après l’arrivée en France survient l’infection, pour ceux qui ont été infectés en  France ; 3) Identifier les motivations et les parcours de migration dans le contexte global du pays d’origine ; 4) Déterminer les facteurs de vulnérabilité au regard de l’infection à VIH, incluant les inégalités sociales de santé, dans le pays d’origine, au cours du parcours migratoire et en  France ; 5) Décrire les éventuels contacts avec le soin avant le diagnostic du VIH et le contexte du diagnostic avec le VIH.

Méthodes. Étude francilienne, multicentrique, réalisée sur une durée totale de 24 mois. L’enquête est fondée sur l’auto-remplissage d’un questionnaire, construit après une phase exploratoire qualitative (cette phase exploratoire, en cours, consiste en la réalisation d’une vingtaine d’entretiens individuels auprès d’HSH nés à l’étranger et vivant avec le VIH). Critères d’inclusion : hommes cisgenres majeurs déclarant avoir des relations sexuelles avec d’autres hommes, infectés par le VIH, nés dans un autre pays que la France et arrivés en France à l’âge de 15 ans au plus tôt, suivis en Ile-de-France. Nombre de sujets prévus : 1500 inclus pour 1200 questionnaires analysables.

Procédures. Constitution d’un échantillon représentatif d’HSH séropositifs pour le VIH nés à l’étranger par tirage recrutés dans les 15 centres de prise en charge du VIH avec les files actives les plus importantes d’Ile-de-France. Le questionnaire permettra de collecter les données nécessaires au calcul du taux d’acquisition du VIH post-migration et d’explorer les facteurs contextuels (niveau économique du pays, efficacité de son système de soins, prévalence du VIH dans la zone concernée, statut légal et degré de tolérance sociale de l’homosexualité) et individuels (multipartenariat, sexe non protégé, consommation de drogues, prostitution, modes de sociabilité gay, réseaux sexuels) de surexposition au VIH.

Enjeux. Une meilleure compréhension des facteurs de vulnérabilité associés à l’acquisition du VIH post-migration devrait permettre d’adapter les stratégies de prévention et de dépistage parmi les HSH nés à l’étranger vivant en France, et à terme de réduire l’incidence du VIH et la morbi-mortalité liée au VIH dans ce groupe.

Le VIH-1 requiert la contribution concertée de nombreux facteurs cellulaires et de différentes voies de signalisation pour se répliquer. Parallèlement, les cellules de mammifères expriment de nombreuses protéines qui suppriment la réplication virale. Ces facteurs de restriction définissent la première ligne de défense contre les infections. Parmi eux, les protéines de la famille APOBEC3 (A3) et en particulier A3G et A3F, sont des désaminases de cytosines dont l’action d’édition des cytosines en uridines lors de la transcription inverse du génome viral est létale pour le virus. L’activité antivirale d’A3G/3F est contrecarrée par la protéine Vif du VIH-1, qui réduit considérablement leur taux d’expression et leur incorporation dans les particules virales de 3 manières différentes : (i) en les dégradant par le protéasome, (ii) en réduisant leur transcription, et (iii) en régulant négativement leur traduction. Concernant ce dernier mécanisme, nous avons récemment découvert un uORF (upstream ORF) dans la région 5’ non traduite (5’UTR) de l’ARNm d’A3G et montré son importance non seulement pour la traduction intrinsèque d’A3G, mais également pour sa régulation par Vif. La conséquence de cette baisse d’expression est une réduction importante de la quantité des protéines A3G/A3F incorporée dans les particules virales et une augmentation de leur infectiosité. A côté de cette activité, Vif possède également la propriété de fixer spécifiquement certains acides nucléiques dont celui de l’ARN genomique du VIH-1 et d’A3G. Ainsi, par ses activités chaperon d’ARN, Vif pourrait interagir avec d’autres ARN cellulaires (potentiellement via une uORF), réguler leur métabolisme et influencer la réplication virale.

Nous proposons maintenant de caractériser l’interactome de Vif (protéines et ARN) et de tester leur impact sur la traduction d’A3G et la réplication virale, et d’explorer la conservation phylogénétique de l’uORF d’A3G.

1. Identifier les protéines impliquées dans l’inhibition traductionnelle d’A3G dépendante de Vif. Par des techniques de pull-down des complexes ARN/protéines basées sur la capture spécifique de l’ARNm d’A3G suivie d’une analyse par spectrométrie de masse, nous identifierons les facteurs protéiques cellulaires spécifiques de Vif et de l’uORF de l’ARNm d’A3G.
2. Cartographier les ARN cellulaires régulés par Vif et tester leur impact sur la réplication virale. Nous chercherons à identifier par la technique de PAR-CLIP les ARN cellulaires qui interagissent avec Vif (potentiellement via une uORF). Ces ARN, et/ou leur produit d’expression, pourraient être des régulateurs potentiels de la réplication virale.

Pour ces deux parties, une fois les candidats validés, nous testerons leur impact sur la traduction d’A3G (+/- Vif), après sur-expression ou extinction de leur expression (siARN, CRISPR/Cas9), puis sur la réplication virale (collaboration avec S. Gallois-Montbrun, Institut Cochin, Paris).

3. Explorer la conservation (phylo)génétique et fonctionnelle de l’uORF chez les grands singes et autres primates. Nous avons montré la conservation de l’uORF d’A3G pour A3F chez l’humain, avec des propriétés similaires vis-à-vis de Vif. Nous élargirons nos connaissances phylogénétiques au niveau de l’uORF à l’ensemble des APOBEC3 issues des hominoïdes et étudierons l’impact du polymorphisme sur l’expression protéique et la réplication virale (collaboration avec L. Etienne, CIRI, ENS-Lyon).

L’ensemble de ces résultats devrait apporter une vision nouvelle sur un mécanisme original d’inhibition traductionnelle induit par une protéine virale. Cette nouvelle compréhension élargie du phénomène de restriction cellulaire pourrait permettre à l’ensemble de la communauté scientifique d’imaginer de nouvelles stratégies d’inhibition de la réplication virale qui ciblerait spécifiquement l’interaction de Vif avec les ARNm d’A3G/3F, le complexe d’initiation de la traduction dépendant de Vif ou encore les nouveaux partenaires identifiés.

Un demi-siècle après sa découverte, l’hépatite Delta reste un problème de santé majeur à l’échelle mondiale avec un impact en terme de morbi-mortalité important dans les régions endémiques dont l’Asie. La prévalence de l’infection est inconnue au Cambodge, malgré de forte prévalence d’infection au virus de l’hépatite B (VHB). Aucun moyen diagnostic de l’infection au virus de l’hépatite delta (VHD) n’est disponible au jour d’aujourd’hui au Cambodge.

Ce projet vise à évaluer la prévalence et les facteurs sociodémographiques et cliniques associés aux infections à VHD au Cambodge via la mise en place de la recherche des Ac totaux anti-VHD par technique ELISA sur toutes les sérologies VHB positive (AgHBs) et de la recherche de réplication virale par RT-PCR VHD pour les sérologies VHD positives au sein d’un hôpital général sur une durée de 3 à 4 mois (n≈500). Le diagnostic fera l’objet d’un transfert de connaissance et d’une mise en place au laboratoire de l’Université des Sciences et de la Santé (UHS). Une étude des génotypes circulants sera réalisée en parallèle ainsi que la validation d’un test de diagnostic rapide (TDR) sur 200 échantillons. Le contrat d’initiation permettra également (i) de mettre en place des ateliers de transfert de connaissance des outils de diagnostic du VHD au sein du laboratoire d’un hôpital de référence, (ii) de discuter d’une étude de plus grande envergure de prévalence à l’échelle du pays, (iii) d’évaluer la faisabilité d’une étude prospective sur la mise en place d’un diagnostic des hépatites delta par TDR.

Les résultats attendus sont des données originales sur la prévalence et les facteurs associés aux co-infections à VHD au Cambodge ainsi que la mise en place du diagnostic sérologique et par PCR dans le pays. Ces données pourraient être très utiles pour adapter les stratégies nationales de prise en charge des hépatites dans un pays qui se positionne sur une stratégie ambitieuse d’élimination des hépatites virales. Enfin ce projet devra permettre de mettre en place des études sur la description de la prévalence à l’échelle nationale ainsi que l’évaluation d’une stratégie de dépistage par TDR.

Les adolescents vivants avec le VIH (AdVIH) ont un taux d’échec thérapeutique particulièrement élevé, notamment en Afrique de l’Ouest et du Centre (AOC) où ils sont les seuls dont la mortalité n’a pas diminué drastiquement ces dernières années. Le développement de l’association cabotégravir/rilpivirine (CAB/RPV) à longue durée d’action (LDA), administrable toutes les 4 ou 8 semaines, laisse espérer un progrès thérapeutique significatif, au moins pour certains AdVIH (pas d’obligation de prise quotidienne de traitements, respect de la confidentialité, supervision du traitement par un professionnel de santé permettant une amélioration de l’observance thérapeutique,…)
L’essai clinique de phase 1/2 MOCHA évalue actuellement l’efficacité et la tolérance de la bithérapie CAB/RPV chez les adolescents de 12-17 ans. Cependant, dans chaque région où ce traitement pourrait être envisagé, il est primordial d’évaluer au préalable sa faisabilité d’implémentation en fonction des caractéristiques des patients suivis, de l’organisation du système de soins et de l’acceptation (théorique) par les patients et les soignants.
L’étude CABRILADO vise à définir la place, la faisabilité d’implémentation et l’acceptabilité potentielle d’un traitement injectable par CAB/RPV dans le contexte spécifique des AdVIH de 12-17 ans suivis dans 7 centres de 5 pays du réseau Enfants-VIH-Afrique (EVA): Sénégal, Mali, Cameroun, Côte d’Ivoire et Burkina Faso. C’est la première étude pédiatrique de ce type en AOC.
Elle sera proposée à tous les adolescents de 12-17 ans suivis dans ces centres et informés de leur séropositivité pour le VIH-1 (n=883) et nécessitera 1 visite et une prise de sang (couplée avec la mesure annuelle de la charge virale). Quatre aspects complémentaires seront évalués :
– WP clinique : proportion d’adolescents présentant une contre-indication médicale à l’association CAB/RPV (infection par le VHB, co-médications à risque d’interactions médicamenteuses…)
– WP virologique : proportion d’adolescents présentant une contre-indication virologique à ce traitement (virus de sous-type A1/A6, résistance au CAB et/ou à la RPV par séquençage « classique » sur ARN (si virémie ≥1000 copies/ml) ou ADN (si virémie <1000 copies/ml) (incluant une sous-étude virologique visant à identifier des mutations de résistance par séquençage à haut débit, réalisée chez 80 adolescents chez qui le génotype de résistance « classique » n’a pas retrouvé de mutations de résistance à la RPV)). Par ailleurs, l’étude visera à évaluer si les adolescents ayant une contre-indication
virologique peuvent être identifiés sans nécessiter au préalable un génotype de résistance (à partir de leur région de suivi, leurs antécédents et l’évaluation actuelle de leur charge virale), ce qui permettrait de faciliter l’implémentation d’une bithérapie par CAB/RPV dans les régions où les génotypes de résistance sont difficiles d’accès

– WP « Organisation des services » (par entretiens directifs avec les acteurs clés de l’approvisionnement et les responsables de la dispensation des centres) : identification des enjeux, contraintes et conditions de mise en oeuvre pratique des injectables (logistiques – financement, approvisionnement, conservation- organisation des soins, prise en charge, formation des professionnels, etc).

– WP « Acceptabilité » auprès des adolescents, leurs parents/tuteurs et les soignants (étude quantitative par questionnaire dans tous les sites de cette étude + étude qualitative à Dakar et Abidjan par entretiens semi-directifs auprès d’un sous-échantillon d’adolescents, de parents/tuteurs et de professionnels de santé + 2 ateliers participatifs d’une journée) : exploration du niveau et des conditions d’acceptabilité des adolescents, des parents/tuteurs et des soignants du traitement ARV injectable à LDA, ainsi que des facteurs associés à ce niveau d’acceptabilité.

L’étude CABRILADO permettra ainsi de définir la place éventuelle des ARV injectables chez les adolescents vivant en AOC et les défis à leur implémentation.