Projets et candidats lauréats

Avec la chronicisation de l’infection à VIH, liée à l’augmentation de la survie depuis l’introduction des thérapies antirétrovirales combinées (cART) en 1997, les cancers sont devenus une cause majeure de morbidité  et de mortalité dans l’infection à VIH. Comparativement à la population générale, les personnes infectées par le VIH (PVVIH) ont un risque élevé de cancers classant SIDA (sarcome de Kaposi (SK), lymphome non Hodgkinien (LNH) et cancer du col de l’utérus) et de cancers non classant SIDA (poumon, maladie de Hodgkin, foie, canal anal, …). Les sur-risques diffèrent selon le type de cancer allant d’un risque multiplié par 3 pour le cancer du col à un risque multiplié par 300 pour le SK. A partir des données des PVVIH suivies dans la cohorte hospitalière française sur l’infection à VIH (FHDH ANRS CO4) et de celles de la population générale à travers le réseau français des registres de cancers en France (FRANCIM), ce projet étudiera les évolutions temporelles de l’incidence et du risque des cancers les plus fréquents chez les PVVIH entre 1997 et 2018. Alors que les combinaisons antirétrovirales puissantes sont disponibles depuis plus de 20 ans, qu’elles sont initiées de plus en plus tôt après le diagnostic d’infection et que la population infectée par le VIH vieillit, ce projet vise à étudier l’incidence des cancers classant et non classant SIDA les plus fréquents dans la population VIH en générale et dans celle des plus de 50 ans en particulier ainsi que le risque de second cancer qui encore très peu été étudié en les comparant aux risques observés en population générale. Le sur-risque de cancer chez les patients ayant restauré leur immunité sous traitement (ayant un taux de CD4 ≥500/mm3 depuis au moins 2 ans sous traitement) sera également analysé afin d’étudier mesurer l’effet de l’initiation précoce des traitements antirétroviraux sur le risque de cancer.

Le virus de l’hépatite E (VHE) est l’une des premières causes d’hépatite dans le monde. Bien que l’infection par le VHE soit asymptomatique dans 70% des cas, des formes fulminantes, chroniques et des atteintes extra-hépatiques ont été décrites. En France, et dans les pays à haut niveau économique où le virus de l’hépatite E de génotype 3 (VHE3) prédomine, la transmission du VHE se fait essentiellement par la consommation de viande peu ou non cuite. De nombreux arguments sont également en faveur d’une transmission environnementale et notamment hydrique du VHE3. Dans l’environnement, le VHE circule sous une forme non enveloppée (nVHE), constituée de la protéine ORF2 de capside, tandis que les particules virales retrouvées dans le sérum des patients ou dans le surnageant de culture cellulaire sont associées à des lipides, bien que le génome du VHE ne code aucune protéine d’enveloppe. Ce type de particules est de ce fait qualifié de virus quasi-enveloppé (eVHE).

Notre travail vise à mieux comprendre les voies de transmission du VHE entre l’Homme et l’environnement (via l’animal, l’environnement extérieur). L’objectif de ce travail est de cultiver des souches natives d’origine humaine, animale ou environnementale sur des cellules hépatocytaires, les cellules PLC/PRF/5 qui présentent une bonne infectivité.

Les souches virales étudiées seront 1) des souches d’origine humaine, fécales (nVHE) ou sériques (eVHE), recueillies chez des patients suivis au CHRU de Nancy (DC-2016-2790), 2) des souches animales isolées de gibiers ou d’élevage, et 3) des souches environnementales prélevées en entrée de station d’épuration et dans des eaux de surface. Les cellules PLC/PRF/5, déjà entretenues au Laboratoire, seront infectées selon les protocoles optimisés disponibles dans la littérature. Après infection, les cellules seront cultivées en laboratoire de sécurité de niveau 3 comme l‘impose la réglementation. Le suivi de l’infection sera réalisé par la détection de l’ARN du VHE, la détection de la protéine ORF2 et par marquage des cellules infectées par immmuno-fluorescence. Les souches virales ainsi isolées seront caractérisées par des tests génotypiques.

L’étude de la capacité réplicative des différents isolats et de leurs caractéristiques moléculaires permettra de mieux comprendre les facteurs virologiques influençant la persistance et la transmission du virus à partir des réservoirs connus ou non encore explorés.

Avec l’apparition de nouvelles classes d’antirétroviraux (ARV) l’espérance de vie des personnes vivant avec le VIH a considérablement progressé, et rejoint celle de la population générale. De plus, les causes de mortalité évoluent, puisque les cancers en constituent désormais la cause majoritaire. Une classe de traitements anticancéreux, les immunothérapies, en bloquant les récepteurs CTLA4 ou PD1 impliqués dans le rétrocontrôle négatif de la réponse immunitaire auraient le potentiel double avantage de pouvoir lutter contre les cellules cancéreuses, mais également contre le VIH présent à l’état de latence dans les lymphocytes T puisque l’activation lymphocytaire est associée à une réactivation virale. Ainsi en associant un agent réverseur de latence et un ARV, il serait possible de diminuer le nombre total de cellules contenant le génome viral (réservoir viral). C’est la théorie du « shock and kill », qui constitue l’une des principales stratégies d’élimination du virus.

L’objectif de ma thèse est d’étudier l’évolution qualitative du réservoir viral VIH-1 chez des patients traités par immunothérapie. Il s’appuie pour cela sur la cohorte ANRS CO24 OncoVIHAC, cohorte multicentrique de patients vivant avec le VIH traités par immunothérapie pour un cancer. Cette étude fait suite à des études qualitatives qui ont identifié pour une minorité de patients une diminution au moins transitoire de l’ADN proviral concomitamment à une majoration de la charge virale plasmatique (résultat en accord avec la théorie du « shock and kill »).

Ces résultats soulèvent de nouvelles questions, en lien avec la structure du réservoir viral. En effet, seuls 5% des provirus sont potentiellement réplicatifs, les autres possédant des délétions ou mutations les rendant non fonctionnels. Se pose alors la question de la part des virus réplicatifs dans la diminution parfois observée au cours de ces traitements puisqu’un réservoir bas est un facteur associé à l’absence de rebond de la charge virale à l’arrêt des antirétroviraux. Un effet sur la part « fonctionnelle » du réservoir ouvrirait donc la voie à des essais d’immunothérapies chez des patients VIH positifs sans cancer, à visée curatrice.

Du fait de la complexité du réservoir VIH, plusieurs techniques complémentaires ont été développées. Nous envisageons d’utiliser deux principales méthodes. La première, l’Intact Proviral DNA Assay, permet une estimation des différentes populations virales entre virus entier potentiellement réplicatif, virus possédant de larges délétions et virus muté par APOBEC (enzyme de restriction). Elle consiste en une digital droplet PCR, technique où l’échantillon à amplifier est fractionné en environ 20 000 gouttelettes dans chacune desquelles une réaction de qPCR s’effectue indépendamment. Puis chaque gouttelette est analysée séparément afin de déterminer si elle présente une ou plusieurs parties du virus, permettant ainsi une première estimation des proportions de virus réplicatif / non réplicatif. Cette technique a l’avantage d’avoir été validée après sa publication princeps sur plusieurs cohortes et, nécessite peu de cellules. Cependant, elle porte sur seulement deux régions du génome viral et peut surestimer la proportion de virus réplicatifs. Pour pallier ce problème nous envisageons également de réaliser une technique de dilution limite – séquençage de génome VIH. Elle consiste à diluer le prélèvement pour qu’un seul génome viral soit statistiquement présent par puits. Puis chaque génome viral est indépendamment amplifié et séquencé. La dilution est nécessaire car elle permet d’avoir une vision non biaisée de l’ensemble de la population virale : les provirus ayant de larges délétions, plus courts, seraient surreprésentés car plus rapidement amplifiables. L’inconvénient de cette technique est cette fois sa lourdeur, puisqu’elle nécessite de multiples PCR avant séquençage. Elle permet cependant une analyse plus fine des populations virales, et notamment leur évolution vis-à-vis des complexes majeurs d’histocompatibilités par des approches bio informatiques. Enfin, il est possible de coupler cette technique avec une recherche des sites d’insertion du génome viral.

Introduction : L’adolescence est une période cruciale durant laquelle de nombreux changements d’ordre physique, mental et social surviennent avec plus de comportements à risque que pendant les autres périodes de la vie. L’accroissement de l’accès au traitement antirétroviral a entrainé une réduction de la mortalité liée au VIH dans toutes les classes d’âge, à l’exception de celle des adolescents qui constituent une population particulièrement vulnérable. Cette sur-mortalité élevée chez les adolescents vivant avec le VIH (AVVIH) est essentiellement liée à des difficultés d’observance au traitement, lesquelles difficultés sont exacerbées par une annonce explicite de leur statut VIH faite souvent trop tardivement et dans de mauvaises conditions. Depuis 2016, l’accès à la mesure de la charge virale, indicateur clé de la surveillance thérapeutique s’améliore en Afrique de l’Ouest. Nous faisons l’hypothèse que l’amélioration des conditions d’annonce du statut VIH aux AVVIH avant l’âge de 12 ans améliorerait leur santé mentale, et leur observance, et que l’identification précoce de ceux ayant avec une charge virale détectable en cours du suivi permettrait de renforcer leur observance au traitement : ces interventions ciblées permettraient d’améliorer  la réponse virologique et de prévenir l’apparition de résistances aux antirétroviraux pour préserver leur capital thérapeutique. Il s’agit d’une priorité de santé publique, en particulier dans les pays à ressources limitées où les nouveaux traitements antirétroviraux sont rares.

L’objectif de ce projet est d’évaluer l’acceptabilité sociale et familiale et l’efficacité d’un paquet d’interventions visant 1/ à améliorer la qualité et la fréquence de l’annonce complète du statut d’infection par le VIH (avant 12 ans), et 2/ à améliorer l’observance modulée selon la réponse virologique pour améliorer le taux de suppression virologique (charge virale indétectable) chez les AVVIH traités par trithérapie antirétrovirale dans des cohortes pédiatriques en Afrique de l’Ouest.

Méthodes : Nous conduirons un essai randomisé séquentiel en grappe « stepped-wedge » dans six sites de prise en charge différents en Afrique de l’Ouest niché dans la cohorte pédiatrique «International Epidemiology Databases to Evaluate AIDS (IeDEA)» West-Africa. La durée de cette étude sera de 36 mois. Tous les AVVIH âgés de 10 à 17 ans, entrés dans les soins avant l’âge de 10 ans (infectés par transmission mère-enfant) seront éligibles pour cette étude. A l’inclusion, le statut vis-à-vis de l’annonce du statut VIH sera évalué pour chaque adolescent et une charge virale sera réalisée. Notre intervention combinera un soutien à l’annonce complète du statut VIH avant l’âge de 12 ans pour ceux n’ayant pas encore eu l’annonce. Les adolescents avec une charge détectable bénéficieront d’un programme de renforcement d’observance personnalisé avec des agents communautaires et des pairs-éducateurs formés, et un suivi  virologique durant 6 mois. L’analyse de cette stratégie sera multicritère : acceptabilité sociale et familiale des interventions, efficacité globale sera évaluée : 1/ par la différence de proportion d’adolescents en échec virologique (charge virale supérieure à 1000 copies/mL) avant, et 12 mois, puis 18 mois après la mise en place du paquet l’interventions dans les sites, et 2/ par la différence de proportions d’adolescents de moins de 12 ans informés de leur statut d’infection à VIH avant et 18 mois après la mise œuvre de l’intervention ; analyse coût-efficacité.

Résultats attendus : Cette étude contribuera à évaluer une stratégie de soutien familial et professionnel à l’annonce complète et de renforcement de l’observance thérapeutique des AVVIH basée sur la charge virale, et adaptée au contexte de l’Afrique de l’Ouest qui soit efficace et pérenne. Si les résultats sont probants, il s’agira de disséminer ensuite cette stratégie aux autres sites de prise en charge des adolescents en Afrique francophone (réseau VIVRADO). Le projet permettra un plaidoyer pour obtenir des traitements de 3ème ligne, et constituera une plate-forme structurante pour le renforcement des capacités, y compris la formation de masters et doctorat.

L’objectif d’éradication du SIDA pédiatrique par l’utilisation des antirétroviraux durant la grossesse justifie une évaluation fine de la tolérance des traitements. Plus d’un million d’enfants sont annuellement exposés in utero aux antirétroviraux dans le monde. Une vingtaine de molécules antirétrovirales sont disponibles, dont les plus récentes commencent à être prescrites durant la grossesse, sans donnée solide de tolérance. La préoccupation sur la tolérance fœtale de ces traitements ne doit pas freiner mais accompagner et guider ce dynamisme thérapeutique. La base médico-administrative du Système National des Données de Santé que l’Assurance Maladie met désormais à la disposition des chercheurs intègre des données médicales de près de 7 millions d’enfants nés ces dix dernières années en France, dont plus de 10 000 nés d’une mère vivant avec le VIH et ayant reçu des antirétroviraux durant la grossesse. De façon complémentaire aux cohortes, essais et registres de pharmacovigilance, l’objectif du projet est d’apporter des informations sur la santé des enfants exposés à large échelle et à plus long terme que celui du suivi usuel des enfants nés de mère vivant avec le VIH. Dans un premier temps, le travail portera sur la description de la symptomatologie neurologique des enfants, sans préjuger de son étiologie. D’autres pathologies – infectieuses, dysimmunitaire, néoplasiques… – pourront être aussi analysées. Le rôle éventuel du traitement sera étudié par molécules ou par associations de molécules, en intégrant les biais possibles liés à la santé maternelle, sa situation sociale et le déroulement de la grossesse.  Des comparaisons au sein même du groupe d’enfants nés de mère vivant avec le VIH permettront ensuite de réduire les biais inhérents aux conséquences indirectes de l’infection maternelle. Ce travail sera mené en étroite collaboration avec la cohorte ANRS EPF 2, dont le travail sur le même thème pourra s’avérer synergique.

Dans une première étude OROPAP à partir d’une banque rétrospective de tumeurs oropharyngées HPV16 induites, nous avons déjà identifié par une approche « viro-centrée » de Capture-HPV couplée au séquençage haut débit différentes signatures moléculaires virales. Dans cette cohorte et de façon très intéressante, nous avons retrouvé une majorité de statuts moléculaires HPV épisomaux (virus non intégré resté circulaire) dans 70% des tumeurs testées et 30% pour lesquelles le virus HPV16 a été retrouvé intégré dans les tumeurs testées. Nous souhaitons donc aller plus loin dans la compréhension des mécanismes oncogéniques HPV en particulier dans le cas des tumeurs présentant du virus purement épisomal. Dans ce projet , il est donc prévu :

• Explorer la méthylation des sites de liaison de la protéine E2 sur le génome viral et le génome cellulaire par la technique de PCR digitale en microgouttelettes connue pour sa haute sensibilité et son extrême précision et pour laquelle il a déjà été réalisé des mises au point concluantes.
• Caractériser génétiquement et virologiquement le profil transcriptomique des tumeurs en fonction des statuts moléculaires HPV retrouvés par une approche RNAseq (ARNm) non supervisée et les comparer aux profils obtenus à partir de tumeurs oropharyngées non HPV induites

Cette cohorte rétrospective d’OPSCC est une ressource de qualité rare qui doit permettre des avancées sur le plan cognitif dans les cancers de l’orophaynx induits par l’HPV. Nous espérons que les résultats de cette approche RNAseq et d’études des modifications épigénétiques du génome viral ouvriront de nouvelles voies dans la compréhension des mécanismes oncogéniques liés à HPV mais non induits par l’intégration virale. De plus, cette carte d’identité de chaque tumeur oropharyngée HPV induite présentant un statut HPV viral intégré ou non pourrait, corrélée aux données cliniques de survie (sans progression ou globale), de réponse au traitement et de rechute éventuelle recueillies au cours du suivi clinique de ces patients et, de ce fait, représenter un biomarqueur potentiel d’ultrastadification au diagnostic des tumeurs oropharyngées HPV16 induites pour permettre éventuellement de cibler les patients pour lesquels une désescalade thérapeutique est envisageable.

Objectifs : Ce projet longitudinal, dans la continuité du projet ANRS-APSEC, s’intéresse à l’expérience des personnes vivant avec le VIH (PVV) auxquelles la participation à l’essai européen randomisé de phase I/II de vaccination thérapeutique, comportant une interruption structurée de traitement antirétroviral (IT) (EHVA T01–ANRS VRI05) aura été proposée. Il s’agira de documenter: 1/ l’évolution des attentes et des motivations à participer, 2/ l’anticipation et la compréhension des risques et bénéfices relatifs à la participation, 3/ l’évolution de l’expérience de la participation et de la satisfaction vis-à-vis de l’information délivrée, 4/ le vécu et la perception de l’IT et de son impact sur les comportements de prévention et la qualité de vie sexuelle. 5/ les motivations et le vécu associés à un refus de participation.

Contexte : Obtenir la guérison du VIH est d’un intérêt majeur pour les PVV qui sont sous traitement antirétroviral à vie, avec des effets indésirables et des co-morbidités associés plus ou moins importants mais aussi pour la société puisque cela arrêterait la chaine de transmission du virus, permettrait d’épargner les coûts élevés associés à la prise en charge des PVV et de réduire l’impact de la stigmatisation. Cependant, ces essais sont à destination de PVV ayant une charge virale contrôlée, pouvant vivre une vie normale, sans risque de transmettre le VIH. Un équilibre qui peut être remis en question par la participation à un essai Cure impliquant une IT, sans qu’aucun bénéfice direct puisse être garanti. Les recherches en sciences sociales ont montré un fort intérêt de la part des PVV vis-à-vis de tels essais, mais aussi des oppositions en terme d’intention de participation entre les études qualitatives, dans lesquelles une réticence est observée, et les études quantitatives dans lesquelles une très large majorité déclare souhaiter participer. Il est donc important d’étudier les motivations et les attentes relatives à la participation à un essai Cure « en vie réelle », et d’explorer l’évolution des perceptions des participants au cours de l’essai.

Méthode : Pour tester nos hypothèses, cette recherche longitudinale s’articule autour d’un volet quantitatif et un volet qualitatif qui, outre approfondir rétrospectivement l’expérience de la participation à l’essai, permettra de documenter les motivations de refus de participation. Des auto-questionnaires seront administrés à l’ensemble des patients des 9 centres des 6 pays participants à l’essai EHVA T01 : à l’inclusion (Q1), à la fin de la période de vaccination (Q2), d’IT (Q3) et de suivi (Q4). Les caractéristiques sociodémographiques, l’expérience avec le VIH et les traitements quotidiens; l’appartenance à une communauté et la perception temporelle seront explorés exclusivement en Q1. Les attentes, la compréhension des risques et des bénéfices, la qualité de vie, les comportements et la qualité de vie sexuelle, l’anxiété et enfin la satisfaction vis à vis de l’information délivrée seront répétés pour en documenter l’évolution au cours du temps. Des entretiens individuels semi structurés seront conduits, uniquement dans les 3 centres français participants, auprès de 10 refusants et de 15 participants.

Echéancier : La phase préparatoire du volet quantitatif aura lieu le 1er trimestre (T1), celle du volet qualitatif débutera à T4, avec la 1ère analyse intermédiaire. Le recueil des données ira de T1 à T10. Les analyses auront lieu de T10 à T12.

Résultats attendus : Les analyses des données quantitatives et qualitatives devraient nous permettre de :

• Mieux comprendre les attentes des PVV et leurs motivations à participer, en vie réelle, à un essai de vaccination thérapeutique de phase I/II et surtout leurs évolutions après avoir expérimenté cette participation
• Mieux comprendre les motivations de refus des patients éligibles et leur expérience de cette décision
• Etablir des recommandations pour les futurs essais cure en tenant compte de l’expérience des PVV