Projets et candidats lauréats

Comme ailleurs dans les grandes villes du sud Global, l’urbanisation rapide d’Antananarivo crée des environnements souvent très dégradés où humains, animaux domestiques, rongeurs et déchets coexistent dans une grande promiscuité. Les marchés urbains, essentiels à l’approvisionnement alimentaire d’une population en pleine croissance, concentrent ces interactions dans des contextes particulièrement insalubres et deviennent ainsi des zones à fort risque de circulation et d’échanges de pathogènes zoonotiques. À Isotry, un des grands marchés de la capitale malgache, nos premières investigations montrent une prolifération spectaculaire de rats, principalement Rattus norvegicus, ainsi qu’une circulation élevée d’agents zoonotiques, dont des leptospires pathogènes, des Orthohantavirus et des Rotavirus. Ces agents infectieux sont susceptibles d’induire de nombreuses pathologies humaines qui pourraient passer inaperçues faute de diagnostic adapté.

Le projet RASTA-TANA vise à documenter en détail et de manière intégrée la présence, la circulation et l’éventuelle transmission aux humains de quatre pathogènes zoonotiques majeurs à fort potentiel d’émergence – Orthohantavirus, leptospires pathogènes, Rotavirus et virus de l’hépatite E du rat (ratHEV) – au sein de ce grand marché urbain. Il s’appuie sur une approche One Health combinant de façon simultanée l’étude des populations de rongeurs, l’analyse de matrices environnementales variées (eaux stagnantes, surfaces de travail, poussières, atmosphère), la surveillance de l’exposition et des infections symptomatiques humaines chez les commerçants, usagers et patients fébriles, ainsi que l’exploration des représentations et usages qui influencent les risques d’exposition. Cette démarche interdisciplinaire mobilise les expertises du CBGP (IRD et INRAE) et de quatre unités des Instituts Pasteur de Madagascar et de Paris pour permettre un dialogue entre virologie, bactériologie, écologie urbaine, anthropologie et santé publique.

Le projet mettra en œuvre des méthodes récentes voire innovantes de détection et de caractérisation des agents pathogènes (qPCR spécifiques, sérologie, séquençage haut débit des génomes viraux, métagénomique virale et utilisation de panels syndromiques) associées à des technologies de métagénomique environnemental (ex. filtration d’air). Il permettra de documenter la co-circulation éventuelle des Orthohantavirus Seoul et Thailand dans des populations de R. norvegicus, de produire les premières données sur ratHEV et Rotavirus à Madagascar, ainsi que de mieux comprendre le rôle des interfaces rongeurs-environnement-humains dans les risques sanitaires infectieux. L’approche anthopologique contribuera à identifier les pratiques favorisant l’exposition, à comprendre les marges de manœuvre des acteurs du marché et à co-construire des recommandations réalistes, adaptées aux contraintes locales.

RASTA-TANA apportera des avancées scientifiques et opérationnelles majeures en introduisant des protocoles innovants de détection environnementale, en documentant des risques zoonotiques urbains négligés mais potentiellement majeurs tout en renforçant durablement les capacités de surveillance et diagnostiques de l’Institut Pasteur de Madagascar. Ainsi, le projet contribuera directement à décrire les risques d’exposition dans les marchés des grandes agglomérations de Madagascar, à mieux détecter la circulation d’agents pathogènes pouvant causer d’importants problèmes de santé publiques tout en générant des enseignements transposables à d’autres villes en forte croissance dans les pays du Sud.

Aujourd’hui, de nombreux variants émergent à travers le monde, ce qui peut entraver les efforts actuels de contrôle de la propagation de la pandémie. Dans ce projet, en étudiant le cas spécifique du Mexique (qui est l’un des pays les plus touchés au monde notamment en ce qui concerne la forte prévalence des facteurs de comorbidité), les objectifs généraux de ce projet sont (i) de quantifier l’immunité croisée entre les lignées du SRAS-COV-2 et le niveau de protection de chacun des cinq vaccins utilisés dans le pays contre chaque lignée, (ii) prédire les résultats de la compétition entre les lignées sur le moyen terme et ses conséquences épidémiologiques potentielles et (iii) identifier comment la compétition entre les lignées peut entraîner des adaptations évolutives du virus. Ces différentes étapes seront réalisées dans le contexte de Mexico City et seront testées sur un ensemble de données indépendant concernant la ville de San Luis Potosí, une ville de taille moyenne du centre du Mexique. Ces résultats seront fournis aux gouvernements mexicains afin d’appuyer la prise de décision au niveau gouvernemental

La peste est une zoonose négligée, causée par la bactérie Yersinia pestis (Yp) qui est transmise par les puces, avec des taux de mortalité d’environ 65 % pour la peste bubonique et d’environ 100 % pour la peste pulmonaire si l’infection est non traitée. Entre 2004 et 2014, plus de 55 % des cas suspects de peste humaine (8 379 cas) signalés par l’Organisation Mondiale de la Santé provenaient de la République Démocratique du Congo, alors que l’Ouganda voisin (région du Nil occidental) a signalé 1 092 cas suspects entre 2004 et 2012. Ces cas restent qualifiés comme suspects en raison de l’absence de diagnostics de confirmation et sont signalés séparément pour chaque pays. Ils sont considérés comme des événements distincts d’extension et d’apparition de foyers de l’épidémie, ceci malgré leur proximité géographique, leur zone écologique unique et la circulation de la branche ancestrale des isolats Yp var. antiqua 1.ANT.1. Ce projet vise à combler une série de lacunes liées à cette maladie (ré)émergente dans une population négligée et vulnérable de l’est de la République Démocratique du Congo. La validation d’un test de diagnostic rapide et facile à utiliser, des enquêtes sur les foyers et leur profil épidémiologique, les manifestations cliniques de la peste (bubonique, septicémique, pneumonique), la récupération de souches chez les humains, les rongeurs et les ectoparasites et le séquençage des souches, l’apparition d’une antibiorésistance, le renforcement des capacités dans tous ces domaines sont les cinq piliers de ce projet. Un risque local peut devenir global et ignorer la propagation de la peste dans l’un des foyers les plus actifs de la planète expose la RD Congo et ses voisins à un risque transnational.

Ce projet a pour objectif de reconstituer, comprendre et mettre en débat public l’histoire de l’épidémie de VIH à Paris en expérimentant une stratégie de recherche originale. Il est né de la rencontre entre une équipe d’historiens de la médecine (Sciences Po médialab), d’architectes et historiens de l’architecture (Department of Architecture and Urban Planning, Université de Ghent) et de virologues (INSERM-Hôpital Bichat).

Premièrement, le projet propose une approche archéologique, c’est à dire prenant pour point de départ un travail sur les traces de l’épidémie dans un site spécifique, celui de l’ancien hôpital Claude Bernard (porte de la Villette), détruit dans les années 1990. L’Hôpital Claude Bernard été l’un des lieux de recherche clinique et de soin les plus importants des premières années de l’épidémie – c’est dans ses murs que furent prélevés les échantillons qui aboutiront à l’isolement du VIH-1 et du VIH-2. Construit au début du 20e siècle, il fut conçu comme un site dedié au contrôle des maladies infectieuses et des épidémies. Cette histoire fut entièrement effacé de l’espace urbain lors de sa démolition.

Il s’agira, à partir d’une enquête croisant histoire de l’épidémie, histoire matérielle du soin et histoire architecturale et urbaine du lieu, de renouveler notre connaissance de l’histoire du VIH à Paris et en France. En effet l’approche archéologique ne se limite pas (contrairement à une approche historienne plus classique) à « exploiter » des archives et des témoins connus a priori, dont la définition est dépendante de logiques mémorielles et institutionnelles ; en travaillant à partir de l’inventaire des traces matérielles liés à un site, elle permet de faire surgir une part « inconnue » du passé, associée par exemple à des groupes minoritaires ou à des expériences de l’épidémie peu représentées (celles des soignant.es non-médecins par exemple). Deuxièmement le projet propose d’étendre cette perspective à celle d’une « archéologie moléculaire » de l’épidémie, grâce à des analyses de phylogénie moléculaire à partir de séquences de VIH des années 1980-1990. En profitant des progrès considérables des outils phylogénétiques, il s’agira en particulier de montrer comment les séquences virales peuvent mettre à jour de nouveaux aspects de l’histoire de l’épidémie et fournir de nouvelles représentations visuelles de celle-ci, « révélant » en quelque sorte le social.

Le projet propose ainsi une approche itérative de la collaboration entre biologie et sciences sociales, l’enquête historique, architecturale et ethnographique nourrissant les analyses phylogénétiques et réciproquement. Au delà de son intérêt scientifique, le projet a pour objectif la conception d’un exposition publique sur l’archéologie du Sida à Paris, mettant au premier plan des populations minoritaires (Africaines en particulier) et des visualisations originales de l’épidémie, à la fois urbaines et biologiques, qui pourront renouveler le débat public sur l’histoire et la mémoire du sida.