Projets et candidats lauréats

Le VIH-1 est un mauvais inducteur de la réponse immunitaire innée. Il est bien documenté que la capside virale joue un rôle dans la protection de l’ARNv entrant et de l’ADNv non intégré (ADN uniHIV-1) des « Sensor » de l’immunité innée. Nos données récentes révèlent une interaction intrigante entre l’ADN uniHIV-1, la structure de la chromatine et l’échappement viral à la détection immunitaire innée dans les cellules T CD4 primaires. En effet, l’ADN uniHIV-1 adopte une structure de type hétérochromatine avec une densité de nucléosomes supérieure à celle de la forme intégrée. La perte de la structure répressive de la chromatine entraîne la détection de l’ADN uniHIV-1 conduisant à la production d’interféron de type 1 (IFN1) dans les lymphocytes T CD4+ primaires. Les données préliminaires montrent que le capteur d’ADN cGAS est recruté sur l’ADN uniHIV-1 par sa liaison à H2A/H2B conduisant à son inactivation, ce qui suggère que l’architecture de la chromatine de l’ADN uniHIV-1 est impliquée dans l’échappement viral à l’immunité innée. Dans ce projet, nous visons à déchiffrer l’interaction entre l’architecture de la chromatine virale et de l’hôte et la détection immunitaire innée médiée par le cGAS.

Le traitement antirétroviral (ARV) permet de normaliser l’espérance de vie des personnes vivant avec le VIH, mais ce traitement n’est pas curatif en raison de la persistance d’un pool de cellules infectées de manière latente et nécessite une prise à vie. Une toxicité à long terme des ARV, les problèmes d’observance, de résistance, de coût et d’accès ainsi que la stigmatisation sont autant d’arguments en faveur de la recherche d’un traitement curatif. Les stratégies curatives testées jusqu’alors chez des personnes sous ARV depuis plusieurs années n’ont montré aucun succès. A l’inverse, une étude récente a montré qu’un traitement à visée curative administré à l’initiation des ARV, c’est-à-dire lors de l’infection productive, pouvait induire un contrôle virologique à l’arrêt du traitement. Bien que la demi-vie des cellules productivement infectées soit courte, de l’ordre de deux jours, elles sont le support de la réplication virale et responsables de la dissémination du virus à l’échelle de l’organisme. Cependant, ces cellules productivement infectées sont incomplètement caractérisées.

Notamment, leur spécificité antigénique est peu connue alors qu’elle pourrait jouer un rôle central dans la physiopathologie de l’infection à VIH à la fois lors de l’établissement initial et de la persistance sous ARV. D’anciennes études ont montré de manière indirecte l’infection préférentielle, sans différencier l’infection latente de l’infection productive, de cellules d’une spécificité antigénique donnée. Globalement, les cellules spécifiques du VIH et de M. tuberculosis seraient préférentiellement infectées, alors que d’autres sembleraient épargnées (CMV). Cette infection préférentielle pourrait être expliquée par le profil fonctionnel et phénotypique de ces cellules. En effet, l’expression variable de certains facteurs ayant trait à l’entrée du VIH, la restriction et l’immunosénescence selon la spécificité antigénique expliqueraient une infection préférentielle ou une résistance à l’infection. Cependant, (1) les spécificités antigéniques des cellules productivement infectées restent peu documentées, (2) ces spécificités ont été indirectement caractérisées, et (3) les facteurs liés à une infection préférentielle ne sont pas clairement définis.

Objectifs: Le but est de déterminer la spécificité antigénique des cellules productivement infectées et d’identifier les facteurs favorisant/défavorisant l’infection de cellules spécifiques de certains antigènes.

Hypothèses: Les cellules productivement infectées par le VIH sont spécifiques du VIH lui-même, et cette infection préférentielle est liée à l’expression de facteurs favorisant l’infection.

Méthodologie: D’abord, afin d’identifier la spécificité antigénique des cellules productivement infectées, nous avons récemment développé une approche combinant AIM assay (expression de marqueurs d’activation) et HIV-Flow (expression de la protéine de capside p24) par cytométrie en flux. Cette technique sera appliquée à des échantillons de cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) de personnes non traitées. Les spécificités antigéniques testées vont inclure : CMV, VIH, grippe, M. tuberculosis et SARS-CoV-2. Ensuite, le phénotype des cellules spécifiques d’un antigène donné enrichies en infection productive ainsi que celui des cellules productivement infectées sera analysé pour l’expression de facteurs jouant un rôle dans l’entrée du virus (IL-2, CD25, CCR5 et MIP-1β), la restriction (SAMHD1, APOBEC3G et BST-2) et l’immunosénescence (PD-1, PD-L1 et TIGIT).

Éthique: Ce projet requiert le recueil de PBMC de personnes vivant avec le VIH (étude APRIL, autorisation CPP Est I 2022-A02567-36 le 15/1/2023).

Résultats attendus: Ce contrat d’initiation a pour but de montrer la faisabilité de l’approche et son intérêt dans la détermination de la spécificité antigénique de cellules infectées, avant la réalisation d’une étude plus large focalisée cette fois-ci sur les cellules infectées de manière latente chez des personnes sous ARV. En fonction du(des) pathogène(s) identifié(s) et des facteurs associés, des stratégies thérapeutiques pourraient être envisagées pour cibler ces cellules dans un but curatif.

La rétention dans le soin des personnes vivant avec le VIH (PVVIH) est un enjeu majeur. Les études sur les perdus de vue sont surtout issues de données d’études menées en Afrique sub-Saharienne et en Amérique du Nord.

Alors que le contexte social et de prise en charge est très différent en Europe de l’Ouest avec dans la plupart des pays un accès gratuit et universel aux soins et aux traitements, les études sur le sujet y sont moins nombreuses, et la recherche des transferts silencieux dans d’autres centres de soins potentiellement en cause dans les pertes de suivi dans les cohortes et d’une surestimation des pertes de vue du soin, est rarement mise en oeuvre. Comprendre les facteurs associés à la perte de vue du soin est primordial pour identifier les populations les plus à risque.

L’objectif général de cette recherche est d’évaluer la perte de suivi du soin des personnes infectées par le VIH en France, et d’analyser les facteurs associés à cette perte de suivi dont notamment les facteurs socioéconomiques, l’existence d’un syndrome dépressif, le mode de vie, en utilisant les données issues du croisement des cohortes ANRS VIH PRIMO, COPANA et CODEX avec les données de suivi dans la base des données hospitalières ANRSCO4 FHDH.

L’intérêt est la richesse des données recueillies dans les cohortes PRIMO, COPANA, CODEX (caractéristiques socioéconomiques, mode de vie, stigmatisation, dépression), couplée à la possibilité d’accès à des données complémentaires de suivi de la base ANRS-CO4 FHDH sur un nombre plus large de centres, permettant de récupérer le suivi des patients perdus de vue des cohortes PRIMO, COPANA, CODEX en raison de transferts silencieux vers des centres ne participant à ses cohortes, ou après la fin de suivi de la cohorte elle-même (i.e en 2016 pour COPANA).

Objectifs de la Recherche:
Les trois objectifs principaux de PDVCOH sont l’étude :
1. Des facteurs associés à la perte de suivi dans le soin, à court, moyen et long terme des personnes incluses dans chacune des 3 cohortes PRIMO, COPANA ou CODEX et notamment des facteurs socioéconomiques et les conditions de vie peu étudiés à ce jour dans la littérature;

2. De l’évolution du contrôle virologique sur tout le temps de suivi, par l’analyse de la proportion de personnes-mois passés avec une perte du contrôle virologique (i.e. une charge virale détectable) à court, moyen et long terme, après l’initiation du traitement, et les facteurs associés, en tenant compte des facteurs socio-économiques, d’un suivi irrégulier ou non dans les soins ;

3. Du statut clinico-immuno-virologique, des sujets, au dernier suivi, à long terme après l’initiation du traitement, et les facteurs associés, en tenant compte des facteurs socioéconomiques, d’un suivi irrégulier ou non dans les soins.

Les objectifs secondaires de PDVCOH sont de :
– Déterminer le nombre et le pourcentage de perdus de vue du soin (défini par l’absence de suivi dans aucune des cohortes, depuis au moins 18 mois à la date de point), à court (survenue dans les 2 première années), moyen (survenue entre 2 et 10 ans) et long terme (survenue entre 10 et 15 ans), par l’analyse de la base ainsi combinée de l’ensemble des données des cohortes. Une analyse sera également faite avec une définition reposant sur un gap d’au moins 12 mois, et également d’au moins 24 mois
– Comparer la perte de suivi du soin entre les sujets diagnostiqués dès la primo-infection, les sujets diagnostiqués à un stade plus tardif de l’infection, et les sujets avec un phénotype extrême (HIV controllers, post traitement controllers)
– Comparer l’évolution du maintien du contrôle virologique dans le temps, selon que le traitement a été initié en primo-infection ou au stade plus tardif de l’infection (avec un délai plus ou moins rapide de l’initiation du traitement, à des niveaux de CD4 plus ou moins bas, en lien avec l’évolution des recommandations), en tenant compte notamment des facteurs socio-économiques, d’un suivi irrégulier ou non dans les soins ;
– Comparer les caractéristiques des sujets des cohortes PRIMO, CODEX et COPANA identifiés dans la cohorte ANRS CO4 FHDH à celles de ceux non identifiés dans la FHDH.

Problématique et contexte

Selon le rapport 2021 de l’OMS sur la résistance du VIH aux antirétroviraux, sur les 38,4 millions de personnes qui vivent avec le VIH dans le monde, 27,5 millions recevaient un traitement antirétroviral (TAR). Ceci représente une augmentation significative de 25% à 75% de toutes les personnes vivant avec le VIH qui ont eu accès au traitement entre 2010 et 2021. L’accès à la thérapie antirétrovirale hautement active (HAART) a été le plus impressionnant en Afrique subsaharienne. Ainsi, le nombre de personnes vivant avec le VIH et recevant une multithérapie est passé de 0,1 à 1,3 million entre 2003 et 2006, ce qui correspond à une multiplication par 13 en seulement 3 ans. Sur les 44 pays/territoires africains qui ont communiqué à l’OMS leurs données de couverture antirétrovirale entre 2010 et 2021, une variation géographique comprise entre 2 % et 49 % en 2010 et entre 15 % et 98 % en 2021 est observée. Cette utilisation accrue du TAR pour le traitement ou la prévention (PTME, PrEP) a conduit à une détection plus fréquente des mutations de résistance aux médicaments chez les patients non traités des pays à revenu élevé ou faible.

Madagascar est, dans la Région africaine de l’OMS, le pays où la couverture antirétrovirale est la plus faible (15 %) en 2021. En ce qui concerne la résistance du VIH aux médicaments, le rapport 2021 de l’OMS sur le sujet indique que le pays ne présente aucune donnée.

Objectifs

L’objectif principal de ce projet est donc d’estimer la proportion de mutations du VIH-1 associées à la résistance aux médicaments antirétroviraux chez les personnes vivant avec le VIH à Madagascar.

Le projet a 3 objectifs spécifiques: (1) Déterminer la proportion de mutations de résistances transmises (PDR) chez les personnes vivant avec le VIH à Madagascar; (2) Déterminer la proportion de mutations acquises chez les personnes vivant avec le VIH et sous multithérapie à Madagascar et (3) Caractériser, dans des échantillons de patients en échec virologique et sous traitement contenant un inhibiteur de l’intégrase, la séquence complète du génome pour estimer la proportion de virus porteurs de mutations dans d’autres gènes que dans la polymérase.

Méthodes

Pour atteindre rapidement ces objectifs, nous réaliserons une étude rétrospective sur des restes de plasma récemment archivés prélevés pour un test de charge virale et conservés au Centre d’Infectiologie Charles Mérieux (CICM) de Tananarive, Madagascar. Nous adapterons les recommandations de l’OMS pour les protocoles de surveillance de mutations transmises (TDR) et acquises (ADR) afin de sélectionner 300 échantillons pour chaque catégorie. Pour le génotypage, nous utiliserons le protocole PCR de ANRS pour les tests de résistance génotypique. Nous utiliserons les NGS sur les plateformes Illumina pour le séquençage. Les données obtenues seront analysées à l’aide des algorithmes ANRS et Stanford. Le projet est prévu pour une durée de 24 mois, avec les 3 premiers mois consacrés à la sélection des échantillons et les 9 mois suivants aux PCR, au séquençage et l’analyse de ces séquences. Les résultats obtenus seront rendus immédiatement aux médecins prescripteurs pour le bénéfice immédiat des patients. De 4 à 6 mois seront consacrés à la détermination des génomes complets et leur analyse. Le dernier trimestre sera consacré à la communication scientifique et au rendu des résultats aux autorités locales.

Résultats attendus

Les résultats attendus comprennent la mise en œuvre de tests génotypiques de résistance aux ARV à Madagascar grâce à la formation d’un jeune scientifique malgache et au transfert de technologie. Le projet apportera également aux autorités sanitaires et à la communauté scientifique des données fiables et récentes sur la prévalence de la résistance du VIH aux antirétroviraux à Madagascar.