Projets et candidats lauréats

Le VIH-1 doit spécifiquement sélectionner et encapsider son ARN génomique (ARNg) parmi un vaste excès d’ARN cellulaires et d’ARN viraux épissés. L’encapsidation de l’ARNg est une étape clé dans la production de virus infectieux ; cependant, de manière surprenante, peu de choses sont connues sur la manière dont le VIH-1 reconnaît son ARNg. Élucider les mécanismes moléculaires gouvernant l’encapsidation de l’ARNg pourrait permettre le développement de stratégies antivirales novatrices et l’amélioration des vecteurs rétroviraux potentiellement utiles dans le traitement du VIH-1 et d’autres maladies humaines.

Il est généralement admis que l’encapsidation de l’ARNg est assurée par des interactions spécifiques entre le précurseur protéique Gag (Pr55Gag) et une région de l’ARNg appelée Psi. Malgré des progrès récents, les interactions permettant la reconnaissance spécifique de Psi par Pr55Gag restent méconnues. D’une part, la nature exacte de Psi a été l’objet de débats intenses et la région de l’ARNg requise pour la fixation spécifique de Pr55Gag n’a été déterminée que récemment à résolution nucléotidique. D’autre part, tandis qu’il est connu depuis longtemps que le domaine de nucléocapside (NC) du précurseur Gag lie l’ARN et est un déterminant essentiel de l’efficacité et de la spécificité de l’encapsidation de l’ARNg, nous (l’équipe Marquet-Paillart) avons montré que le domaine C-terminal p6 est un facteur clé de la spécificité de fixation de Pr55Gag à l’ARN. De plus, nous avons démontré que Pr55Gag est capable de discriminer entre l’ARNg et les ARN cellulaire ou les ARN viraux épissés de manière directe, lors de l’étape initiale de fixation, mais les mécanismes moléculaires gouvernant ce processus restent mal compris, principalement à cause de l’absence de structure tridimensionnelle du complexe Pr55Gag/ARN Psi. Il reste aussi à clarifier si d’autres facteurs, tels que des protéines cellulaires liant l’ARNg et/ou Pr55Gag affectent l’encapsidation de l’ARNg.

Le but de ce projet  est de disséquer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l’encapsidation spécifique de l’ARNg du VIH-1 dans les particules virales par une combinaison d’approches structurales et fonctionnelles.

Nos objectifs spécifiques sont :

Objectif 1 : Quelle est la structure du complexe Pr55Gag/ARN Psi ?

Objectif 2 : Des protéines cellulaires et/ou virales liant le domaine p6 de Pr55Gag régulent-elles la spécificité de fixation du précurseur aux ARN ?

Objectif 3 : L’ARNg ou des protéines cellulaires promeuvent-elles l’assemblage des particules virales ?

 Pour atteindre le premier objectif, nous tenterons de  résoudre la première structure  du complexe Pr55Gag/ARN Psi par cryo-microscopie électronique et par cristallographie aux rayons X. Une telle structure révèlerait les contacts protéine-ARN qui assurent une reconnaissance spécifique de l’ARNg par Pr55Gag.

L’objectif 2 sera atteint en comparant la fixation de Pr55Gag à l’ARNg et à des ARN viraux épissés en absence et en présence de protéines se liant au domaine p6 de Pr55Gag (Alix, Tsg101, Vpr) dans des tests biochimiques et biophysiques. Il pourrait révéler pour la première fois, que la spécificité de fixation de Pr55Gag à l’ARNg est modulée par des facteurs cellulaires (Alix, Tsg101) ou viraux (Vpr).

Pour atteindre l’objectif 3, nous développerons le premier test quantitatif d’assemblage/encapsidation, de manière à comparer l’efficacité de l’assemblage viral en présence d’ARNg et/ou d’acides nucléiques hétérologues et d ‘analyser le rôle de ligands de p6 dans l’encapsidation de l’ARNg.

La phase aiguë de l’infection par le virus de l’hépatite B (VHB) est une étape clé dans l’histoire naturelle de la maladie. Caractérisée par des niveaux de réplication virale élevée, cette phase est associée à un risque important de transmission du virus et son évolution est conditionnée par des facteurs viraux et des facteurs liés à l’hôte. Le suivi prospectif et la collecte d’échantillons depuis plus de 10 ans au décours d’hépatites B aiguës a permis d’identifier des clusters de transmission dont un lié au génotype A du virus. La disponibilité de ces échantillons constitue une réelle opportunité pour étudier de manière approfondie les formes virales circulantes au décours de cette entité particulière, en particulier pour ce génotype peu étudié. Notre objectif est de caractériser les formes virales circulantes du VHB au décours de l’hépatite B aiguë. L’approche méthodologique reposera sur la réalisation de gradients de vélocité, technique maitrisée au laboratoire, et l’analyse précise des fractions obtenues au moyen de tests quantitatifs et standardisés disponibles à ce jour. La caractérisation et la quantification des ARN-VHB circulants lors de la phase aiguë, élément  également novateur, sera effectuée à partir des fractions générées après gradient de vélocité. Une analyse moléculaire, après obtention des séquences génomiques virales complètes, par séquençage haut débit dit de nouvelle génération (NGS), permettra d’étudier la quasi-espèce et de conduire des analyses phylodynamiques afin de caractériser les chaînes de transmission. Les profils de gradients générés pour ces patients en phase aiguë pourront être comparés à ceux obtenus pour des patients en phase chronique avec ou sans AgHBe infectés par un virus de génotype A. Ainsi, nous pourrons déterminer si la production des différentes formes virales en début d’infection est sensiblement différente de celle observée alors que l’infection atteint une forme d’équilibre avec l’hôte. Cette étude permettra d’améliorer les connaissances virologiques actuelles sur la phase aiguë de l’infection.

La transplantation rénale (TR) est le traitement de référence de la maladie rénale chronique terminale. En 2022, un traitement immunosuppresseur reste nécessaire pour la survie du griffon à long terme. The traitement se traduit par une moindre réponse vaccinale. L’exemple récent du SARS-CoV-2 a montré des différences de réponse vaccinale en fonction du traitement immunosuppresseur, lorsqu’on compare par exemple le tacrolimus et le belatacept.

La vaccination contre le virus de l’hépatite B (VHB) est recommandé dans l’insuffisance rénale chronique. Toutefois, post-transplantation, une perte de séroprotection est constatée chez ~30 % des patients. Un rappel vaccinal VHB est recommandé dans un tel cas, mais l’évaluation de la réponse à ce rappel vaccinal est limitée.

Dans l’étude Viral Immunity in TrAnsplanted patients depending on iMmunosuppressIoN (VITAMIN), nous investiguerons l’effet sur le système immunitaire d’un rappel vaccinal anti-VHB, en comparant les patients transplantés rénaux traités par belatacept et ceux traités par tacrolimus. L’étude VITAMIN est une étude prospective observationnelle qui recrutera des patients transplantés rénaux à partir d’un rappel de vaccination anti-VHB, sur une période de 6 mois. L’idée est de bénéficier de cet événement immunisant très particulier qu’est la vaccination, réalisé à un moment bien identifié, pour investiguer la réponse immunologique au VHB, chez des patients transplantés rénaux sous immunosuppression.

L’état immunologique sera décrit au travers de 1/ la mesure des anticorps anti-HBs, 2/ son phénotype (en explorant par cytométrie en flux à la fois le compartiment T et le compartiment B, notamment les cellules B mémoires) et 3/ la réponse fonctionnelle (au travers d’une évaluation ELISpot de la réponse T contre l’antigène HBs du VHB). Des prélèvements sanguins successifs seront réalisés, pour obtenir des cellules blanches mononucléées périphériques (PBMC). Nous évaluerons en particulier les cellules B mémoires spécifiques du VHB (antigène HBs) pour détecter de potentielles cellules productrices d’anticorps.

Ce projet fournira une description longitudinale de tous les compartiments immunologiques stimulés par la vaccination. Cette analyse longitudinale sera comparée entre les patients traités par tacrolimus et les patients traités par belatacept.

L’objectif principal de l’étude est de comparer la réponse sérologique (anticorps anti-HBs) entre les patients traités par tacrolimus et les patients traités par belatacept. L’objectif secondaire est de décrire et de comparer les phénotypes et les réponses fonctionnelles T et B entre les patients traités par tacrolimus et ceux traités par belatacept.

En comparant différents régimes d’immunosuppression au travers des réponses immunologiques, l’objectif est d’améliorer la personnalisation du traitement immunosuppresseur.

Les infections à Papillomavirus Humains (HPV) représentent l’infection sexuellement transmissible (IST) la plus fréquente au monde ; 100% des cancers du col de l’utérus sont attribuables aux HPV, mais aussi 88% des cancers anaux et 30% de cancers ORL. La persistance de l’HPV est un phénomène clé de l’évolution vers la cancérogénèse, et également la co-infection par le VIH.Ainsi, les populations à risque élevé d’exposition au VIH sont également à risque élevé d’infection à HPV, représentant principalement les hommes ayant des relations sexuelles avec d’autres hommes (HSH), les professionnelles du sexe (PS) et les personnes transgenres (TG).

L’objectif principal de la recherche est d’estimer la prévalence des infections à HPV dans une population de sujets TG. Les objectifs secondaires de la recherche sont :

1- Estimer la prévalence des infections à HPV au niveau génital, au niveau anal et dans la sphère ORL, globalement et selon le statut sérologique VIH ;

2- Décrire les types d’HPV au niveau génital, au niveau anal et dans la sphère ORL ;

3- Estimer la prévalence des lésions dysplasiques anales selon le statut sérologique VIH ;

4- Estimer la prévalence des IST bactériennes : Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatiset Syphilis, globalement, selon le site anatomique et selon le statut sérologique VIH.

Déroulé de la recherche :

Il s’agit d’une étude transversale, non interventionnelle, avec une seule visite conduite chez des personnes TG. Cette visite aura lieu lors d’une consultation de suivi pour les personnes vivant avec le VIH, ou au CeGGID pour les sujets non infectés par le VIH inclus dans le cadre d’une consultation « PrEP ».

Un prélèvement sanguin, un prélèvement génital, un prélèvement anal et un prélèvement de la sphère ORL seront réalisés et les participants répondront à un questionnaire sur leurs habitudes de vie.

L’inclusion de 197 personnes transgenres dans l’étude permettra d’estimer la prévalence de l’infection par HPV avec une précision de 2,5% et un risque de 5%.

Echéancier de la recherche :

Sept. 2019 – Déc. 2019 : Aspects réglementaires et mise en place de l’étude ;

Janv. 2020 – Mars 2020 : Inclusion des participants ;

Avril 2020 – Juin 2020 : Réalisation des analyses virologiques, bactériologiques et cytologiques ;

Juillet 2020 – Oct. 2020 : Analyse des résultats et rédaction de la publication.

Résultats attendus :

Cette étude permettra de disposer de la 1èredescription de l’épidémiologie des infections à HPV couplée à celle des IST bactériennes dans la population clé des TG en France et ceci dans trois sites anatomiques distincts. De plus, cette étude permettra de vérifier que les types d’HPV les plus prévalents dans cette population sont bien inclus dans les vaccins. Enfin, ce projet va permettre de décrire la prévalence des lésions dysplasiques anales, ce qui pour le moment n’est pas décrit pour la population des TG en France.

Rationnel : Les consommations de nouveaux psychotropes de synthèse (NPS) par les HSH exposent les usagers à la forte toxicité psychotrope et cognitive de ces substances ou des produits de coupe associés, à des risques supplémentaires liés au partage de matériel pour l’inhalation ou l’injection des substances, aux pratiques sexuelles à risques associées à des prises de risques accrus avec un impact négatif sur les IST dont le VIH, des troubles psychiatriques et à des risques d’inobservance de la PrEP. Dans l’essai ANRS-IPERGAY Les consommations des drogues dans les 12 derniers mois précédant l’inclusion (ecstasy (MDMA), crack, cocaine, crystal, speed (amphétamine-GHB/GBL) par auto-questionnaire concernait : 44 % des personnes dans le bras Truvada® et 48 % dans le bras placebo [Molina al NEJM 2015]. Au cours d’une sous étude [Chas J et al CROI 2018] des échantillons de cheveux, la consommation de drogues évaluée par patient a été détectée chez 76.8% (53/69). Il est prioritaire de proposer aux consommateurs de Chemsex des méthodes de réduction des risques (RdR) [Stardust Z 2018] puisqu’il a été clairement démontré que les chemsexeurs sous Prep ont plus de partenaires occasionnels, plus de multipartenaires, plus de rapports hard, plus de rapports sans préservatifs associés à la PrEP et plus d’IST [Roux P JAIDS, 2018 ].

Méthodes :  Sous-étude pilote d’acceptabilité/rétention d’un programme de RdR/chemsex proposée aux trois centres ayant inclus le plus de personnes répondant au critère principal d’inclusion (avoir déclaré au moins un épisode de consommation de au moins deux drogues en contexte sexuel dans les 3 dernières visites. Le programme comporte : 1) Le testing des drogues (nombre de substances, pureté, concordance avec l’emballage) ; 2) Analyse sur les cheveux des NPS (1 cm renseigne sur un mois de consommation) ; 3) Formation des équipes soignantes ou communautaires non encore formées à l’approche du chemsex (AIDES) ; 4) Proposition d’orientation vers un des dispositifs existants d’addictologie et pour les slameurs, proposition d’accompagnement à l’injection type AERLI; 5) Application smartphone d’aide à la RdR-chemsex (Webapp) sous forme de guide interactif des produits qui incluent les résultats individuels commentés. Il est prévu de proposer l’étude jusqu’à 120 participants, à concurrence de 60 inclus. La sous-étude comporte 5 visites (+ 2) sur six mois.

Objectifs : L’objectif primaire est d’analyser l’acceptabilité globale d’un programme innovant de RdR, et outil par outil, en renseignant très précisément les refus. Et secondairement d’évaluer l’impact sanitaire le tout comme préalable nécessaire à une possible étude ANRS randomisée.

Résultats attendus : Cette sous-étude est le premier essai d’une stratégie innovante de réduction des risques en matière de Chemsex. Elle permettra d’analyser la demande de prise en charge et les outils déployés. Préalable nécessaire a de futurs essais randomisés.