Projets et candidats lauréats

Les traitements actuels permettent rarement de guérir les patients chroniquement infectés par HDV. De nouveaux agents ciblant directement la réplication de HDV pourraient donc permettre d’améliorer l’arsenal thérapeutique actuel. L’objectif du projet est d’apporter la preuve de concept que l’utilisation d’oligonucléotides antisens (ASO) dirigés contre les ARNs HDV seraient efficaces pour cibler l’infection HDV et de décortiquer précisément leurs mécanismes d’action. Nous avons synthétisé 112 ASOs ciblant HDV et les avons criblés pour leur effet antiviral dans des cellules HuH7-NTCP différenciées. Dix-huit candidats ASOs ont permis une diminution de plus de 80% du nombres de cellules infectées par HDV sans toxicité avec une dose de 1 µM. Parmi eux, 6 ont été sélectionnés pour confirmation de leur effet antiviral avec différentes doses. Les EC50 obtenues ont atteint le nanomolaire.

Objectif #1: Comprendre le mode d’action direct des ASOs anti-HDV. Nous déterminerons si les ASOs anti-HDV induisent une dégradation des ARNs HDV par des expériences de stabilité des ARNs combinés à des RT-ddPCR spécifiques. Si c’est le cas, nous déterminerons si la RNAse H est impliquée dans le processus par des expériences de pertes de fonction. Nous utiliserons également des digestions avec la RNAse R et des fractionnements cytoplasm/noyau pour comprendre si les ASOs anti-HDV peuvent agir sur les ARN HDV en conformation bâtonnet ou s’ils agissent uniquement sur les multimères linéaires nucléaires formés pendant l’amplification en cercle roulant d’HDV. Nous étudierons des mécanismes alternatifs possible d’inhibition de HDV par les ASOs anti-HDV. En fonction de la séquence qu’ils ciblent, les ASOs pourrait inhiber la synthèse des ARN HDV, son activité ribozyme, sa ligation ou l’association des antigènes viraux à HDV-G ou HDV-AG par encombrement stérique par exemple. Toutes ces hypothèses seront testées par analyses des ARN naissants, électrophorèse native et immunoprécipitation ARN.

Objectif #2: Déterminer si les ASOs anti-HDV ont aussi un mécanisme antiviral indirect. En raison de leurs propriétés physiques, les ASOs peuvent aussi stimuler les récepteurs de l’immunité innée et donc présenter un mode d’action antiviral secondaire via l’activation de réponses innées. En utilisant des cellules rapportrices, des cellules sanguines humaines ainsi que des hépatocytes immunocompétents, nous évaluerons les propriétés immunostimulatrices des ASO santi-HDV. Si nous en mettons en évidence, nous déterminerons si celles-ci participent à l’effet antiviral des ASOs anti-HDV en utilisant des milieux conditionnés pour traiter des cellules dHepaRG infectées par HDV.

Objectif #3: Détermination d’un possible effet synergique/additive des ASOs anti-HDV et anti-HBV in vitro. Comme la sécrétion des particules HDV dépend de la synthèse d’HBsAg, des ASOs ciblant les ARN HBV devrait en théorie limiter la propagation d’HDV. Nous testerons cette hypothèse, encore inexplorée avec un ASOs HBV dans le cas de co-infection HBV/HDV. De plus, nous déterminerons si la combinaison d’ASOs anti-HBV et anti-HDV augmente l’effet antiviral sur HDV.

Objectif #4: Validation in vivo de l’efficacité d’un ASOs anti-HDV pour bloquer l’infection HDV et détermination d’un effet synergique/additif avec un ASOs anti-HBV. Tout d’abord, nous testerons l’effet d’un candidat ASOs anti-HDV en combinaison ou non avec du Bepirovirsen dans des souris humanisées pour le foie infectées par HBV et HDV. Enfin, si des propriétés immunostimulatrices ont été mise en évidence pour les ASOs anti-HDV, nous validerons notre nouvelle approche thérapeutique dans un modèle de souris immunocompétentes (souris exprimant une version humanisée chimérique de NTCP infectées par HDV et des AAV-HBV) pour évaluer la contribution de l’effet indirect des ASOs anti-HDV dans l’effet antiviral global.

Les données générées permettront d’aller vers le développement de stratégies utilisant des ASOs pour traiter l’infection HDV chronique.

Alors que depuis près de vingt ans, la lutte contre le VIH/sida a été réorganisée à l’échelle globale autour des « populations clés », le public des hommes qui n’en font pas partie reste une population peu prise en compte tant par les recherches que les actions de lutte contre l’épidémie en Afrique subsaharienne. Pourtant la littérature établit un constat sans ambigüité : dans cette région, les femmes sont plus touchées par le VIH/sida mais les hommes (hors « populations clés ») ont plus de retard dans le recours aux services de santé liées au VIH/sida, en particulier concernant le dépistage et l’accès aux traitements.

Face à ce retard, ce projet de recherche socio-anthropologique a pour objectif d’analyser les liens qui existent entre la construction des normes de la masculinité et les comportements de santé, dans trois pays d’Afrique de l’Ouest : la Côte d’Ivoire, le Nigeria et le Sénégal. Il propose une analyse conjointe de l’expérience intime et sociale des hommes face au VIH/sida et de la place qui leur est conférée dans les dispositifs de lutte contre l’épidémie. Il vise ainsi à pallier un manque dans la littérature récente en sciences sociales sur les hommes et le VIH/sida en Afrique de l’Ouest, en comparant trois pays et en tenant compte du contexte actuel d’essor de la prévention biomédicale.

Les objectifs spécifiques sont d’analyser : 1/ Les conceptions et pratiques masculines liées au VIH/sida, aux risques et à la prévention. 2/ Les conceptions et pratiques masculines liées aux thérapeutiques et aux soins. 3/ Les conceptions et pratiques masculines en matière de conjugalité, de sexualité et de santé reproductive. 4/ L’« échange économico-sexuel » du point de vue masculin. 5/ La place des hommes et des masculinités dans la lutte contre le VIH/sida.

L’enquête sera menée principalement auprès d’hommes, mais aussi de femmes qui pourront livrer leurs perspectives sur les masculinités. La méthodologie de l’étude comprendra des entretiens biographiques et semi-directifs, des observations ethnographiques, des analyses documentaires. Nous prévoyons de réaliser dans chaque pays des entretiens avec cinquante hommes et vingt femmes, auxquels s’ajoutera une vingtaine d’entretiens avec des acteurs de la lutte contre le VIH/sida.

L’ambition de ce projet est d’apporter tant des connaissances qui permettent de répondre à des enjeux de santé publique, en aidant à mieux comprendre les raisons du retard des hommes, que des analyses plus fondamentales des logiques de production du genre au travers des comportements de santé ou sexuels.

Contexte : L’hépatite Delta est la forme la plus sévère des hépatites virales, accélérant la progression des complications hépatiques chez les personnes déjà atteintes d’hépatite B. En Afrique subsaharienne, environ 25 % des 64,7 millions de personnes vivant avec l’hépatite B (pvVHB) chronique sont également infectées par le virus de l’hépatite D (VHD). À ce jour, aucune cohorte publiée ne décrit l’histoire naturelle de l’infection par le VHD en Afrique. Les données disponibles restent limitées à de petites études nationales, insuffisantes pour refléter la diversité de l’épidémiologie, des génotypes et des capacités diagnostiques du continent

Objectifs : Le projet HEPSA-D vise à évaluer la faisabilité de la mise en place d’une cohorte multicentrique permettant de refléter la diversité régionale, de générer des données fiables sur l’histoire naturelle de l’infection par le VHD et d’orienter les stratégies de diagnostic et de suivi en Afrique subsaharienne.

Méthodologie : Environ 7 000 personnes vivant avec le VHB (pvVHB) ont été dépistées pour le VHD dans les quatre pays participants. Nous prévoyons de tester environ 2 500 pvVHB supplémentaires au Sénégal et à Madagascar. La cohorte finale comprendra 250 participants co-infectés VHB-VHD (~50 par site), suivis sur deux ans selon un protocole harmonisé incluant examen clinique, évaluation de la fibrose, surveillance échographique du carcinome hépatocellulaire, et analyses virologiques (charge virale et génotypage). La faisabilité sera évaluée selon la capacité des sites à recruter et retenir les participants et la complétude des mesures clés. Les échantillons biologiques seront centralisés pour analyse dans un laboratoire de référence (CNR Delta) avec transfert de compétences vers les sites africains. Une étude cas-témoins (500 témoins mono-infecté B) imbriquée permettra d’identifier les déterminants de la co-infection.

Considérations éthiques : L’OMS recommande le dépistage systématique du VHD chez les pvVHB, et ce projet renforce cette pratique dans les sites participants. Les équipes disposent des autorisations éthiques pour la collecte et l’analyse de données anonymisées. Ainsi, des amendements aux protocoles seront soumis aux comités éthiques locaux pour couvrir les activités spécifiques de ce projet. Les inclusions se feront sur consentement éclairé, avec respect strict de l’anonymat et de la confidentialité.

Résultats attendus : La mise en place d’une cohorte multicentrique de 250 personnes co-infectées VHB-VHD dans quatre pays permettra de générer des données sur la prévalence et la distribution des génotypes de VHD. Les résultats cliniques préliminaires (cirrhose, CHC, mortalité) refléteront le fardeau local. Nous prévoyons une suppression de l’ADN du VHB chez ≥80 % des participants sous TDF et un renforcement durable des capacités diagnostiques de l’hépatite D au niveau des pays participants.

Conclusion : Ce projet permettra de confirmer la faisabilité d’une cohorte multicentrique sur l’hépatite Delta en Afrique et de renforcer les capacités locales de dépistage, de suivi et de recherche. Il posera les bases d’études prospectives de plus grande ampleur pour la compréhension de l’histoire naturelle de l’hépatite D en contexte africain.

Durée de l’étude : 3 ans

L’Organisation mondiale de la Santé (OMS) a classé Mycobacterium tuberculosis, l’agent responsable de la tuberculose, parmi les pathogènes prioritaires en terme de danger sanitaire. Si de nouvelles stratégies de lutte contre la tuberculose paraissent indispensable, l’histoire révèle une cohabitation plurimillénaire entre l’agent pathogène et l’être humain, qui a su discriminer les manifestations cliniques associées aux mycobactéries dès l’Antiquité. La réévaluation de ces connaissances, soutenue par les outils analytiques et biologiques modernes, pourrait tout à fait contribuer à enrichir ce panel de stratégies innovants.

Fruit de millénaires d’observations, d’expérimentations et d’optimisations thérapeutiques à travers le monde, cet ensemble de savoirs issus de cultures, de pratiques et d’environnements variés constitue en effet aujourd’hui un riche vivier ethnopharmacologique. Ce patrimoine médical, longtemps transmis et affiné, suscite un regain d’intérêt en tant que source potentielle d’alternatives thérapeutiques complémentaires ou de composés bioactifs innovants, contre Mycobacterium tuberculosis. Ce projet repose sur un Réseau Thématique (IRGAP, https://atpmf.unistra.fr/) en pleine émergence, sur une méthodologie historico-déductive mise récemment en place et des premières pistes de préparations anti-tuberculeuses étudiées. Ces études préliminaires permettent de proposer un programme, divisé en 3 WP.

Objectifs et méthodes. Nous proposons d’établir la preuve de concept de l’existence de pistes originales/intéressantes de lutte contre la tuberculose à travers une démarche historico-déductive, et de consolider une suite d’analyses pour caractériser l'effet d'une préparation ancienne pour soigner la tuberculose. Il s’agira ainsi d’identifier différentes préparations issues de corpus gréco-romains et médiévaux arabes (WP1), de développer un outil informatique regroupant ces informations, et permettant des analyses à façon de ces corpus (WP2). Enfin il s’agira de tester sur un exemple de préparation, les méthodes adéquate pour les reproduire, les étudier et identifier des molécules d’intérêt (WP3). Ceci permettra une première évaluation de la faisabilité d’un tel projet à l’aune de la science moderne.

Echéancier. Le projet sur douze mois propose dans un premier temps de rassembler l’ensemble des corpus, manuscrits d’intérêt centrés sur quelques auteurs de la période gréco-romaine et médiévale, de définir les symptômes les plus pertinents tout en mettant en place des outils d’analyses informatiques via une interface Mediawiki, et des outils de culture et d’étude de la bactérie Mycobacterium tuberculosis – la version déclassée P2- dans l’ensemble des laboratoires impliqués qui proposent des laboratoires type L2. Dans un deuxième temps, les étudiants impliqués dans le projet mettront à profit ces environnements pour identifier des préparations d’intérêt, les analyser à travers les outils informatiques mis en place et sur un exemple de préparation déjà à l’étude, d’identifier des molécules actives.

Résultats attendus. Nous comptons augmenter le répertoire de préparation identifiés dans des manuscrits anciens à au minimum une cinquantaine d’ingrédients et/ou préparations. Dans une approche similaire sur les collyres, nous avons réuni une collection de près de 200 collyres et > 100 ingrédients fréquemment utilisés (WP1). La base de données sera également alimentée de ces nombreuses préparations et permettront les premières analyses sur des questions ‘tuberculose’(WP2). Par ailleurs, au vu des résultats préliminaires sur une première préparation à l’étude, l’identification de différentes molécules inhibant M. tuberculosis est tout à fait envisageable (WP3).

Perspectives. Nous souhaitons ouvrir par la suite cette approche à d’autres sources, relatives à d’autres périodes, plus récentes ou issues d’autres traditions, ainsi qu’aux pratiques traditionnelles actuelles, qui sont les héritières des connaissances anciennes. L’ensemble de ces données permettra de constituer une base de donnés importante, d’où nous pourrons identifier les préparations les plus pertinentes à étudier.

RETRANSMEM s’inscrit dans le prolongement d’une enquête sur la mémoire de la lutte contre le VIH/sida à Marseille ayant donné lieu au repérage et à la constitution d’un corpus de données, riche dans sa diversité et complexe par leur dissémination et la variété de leurs régimes d’encadrement.

L’objectif de cette recherche est d’analyser les usages et pratiques des acteurs et actrices impliqués dans le cycle de vie des données liées à cette mémoire, les distances observées entre le droit dans les livres et le droit dans les actes quant aux catégories (données pour la recherche/mémoire pour la communauté, archives/objet, etc.), et quant aux processus qui interviennent tout au long de la chaîne patrimoniale, de l'accès à la réutilisation en passant par la conservation, le traitement et la diffusion. 

RETRANSMEM propose de piloter une réflexion interdisciplinaire sur les enjeux juridiques et éthiques, archivistiques, politiques et sociaux que soulèvent d’une part les données produites dans le cadre de recherches qualitatives en SHS dans le champ de la santé publique et d’autre part les données patrimoniales conservées au sein de différents dispositifs de conservation du passé (musées, centres d’archives publics ou privés). Le projet est organisé autour de trois axes : 
       
(1) un état des lieux des projets récents liés aux enjeux de mémoires épidémiques, avec une attention portée à leurs politiques d’archivage des données ;      
(2) une analyse des dispositifs de conservation patrimoniaux et associatifs et la mise en œuvre du traitement des entretiens enregistrés issus de l’enquête ;   
(3) l’élaboration collective de dispositifs de partage interopérables pour ces données disséminées, dans le respect des cadres juridiques et des attentes exprimées par les premiers concernés.

L'infection par le virus de l'hépatite D (VHD), un défi majeur de santé publique à l'échelle mondiale, ne survient qu'en présence du virus de l'hépatite B (VHB) et entraîne une aggravation significative des issues cliniques, notamment une progression accélérée de la fibrose et un risque accru de carcinome hépatocellulaire (CHC). Malgré la gravité de la co-infection VHB/VHD, les mécanismes moléculaires sous-jacents restent mal compris. Cette étude vise à élucider l'interaction entre le VHB et le VHD en utilisant des approches transcriptomiques avancées et des analyses spatiales de résections hépatiques provenant d'une cohorte mongole atteinte d'hépatite delta chronique (CHD).

En exploitant la transcriptomique spatiale, l’immunofluorescence et le séquençage de l'ARN « bulk » et « single cell » (scRNA-Seq), nous étudierons comment la localisation et le statut infectieux des hépatocytes influencent la progression de la maladie. Plus précisément, nous analyserons des échantillons appariés de tissus tumoraux et non tumoraux de 25 patients atteints de CHC lié au VHB et 25 patients atteints de CHC lié à la CHD afin de :

1. Caractériser la distribution spatiale des hépatocytes infectés par le VHB et le VHD dans les tissus tumoraux et non tumoraux adjacents.
2. Évaluer comment les populations d'hépatocytes infectés modulent les interactions avec le microenvironnement hépatique, l'infiltration immunitaire et les profils métaboliques à travers différents stades de fibrose et d'inflammation.

La Mongolie, qui présente le taux de mortalité par cancer du foie le plus élevé au monde ainsi qu'une prévalence endémique du VHD, constitue un cadre unique pour cette recherche. Les études transcriptomiques existantes ont identifié des sous-classes distinctes de CHC ; cependant, les analyses en masse ne capturent pas la complexité cellulaire ni la dynamique des infections. Des découvertes récentes indiquent que le VHB et le VHD présentent une ségrégation spatiale au sein des foies infectés, influençant ainsi les réponses inflammatoires locales et l'infiltration des cellules immunitaires. En intégrant une résolution unicellulaire et une cartographie spatiale, cette étude apportera un éclairage inédit sur la manière dont le VHD et le VHB contribuent différemment à la pathogenèse du CHC.

Cette recherche approfondira notre compréhension mécanistique du CHC associé au VHB et au VHD en identifiant les principales voies moléculaires impliquées dans la progression tumorale et la modulation immunitaire. Les résultats obtenus favoriseront le développement de stratégies d'oncologie de précision et d'interventions thérapeutiques ciblées pour les patients co-infectés par le VHB/VHD, répondant ainsi à un besoin clinique critique en hépatologie et en traitement du cancer du foie.

Le projet PROMET-PRIMO vise à caractériser les altérations métaboliques et immunitaires associées au vieillissement accéléré chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) ayant initié un traitement antirétroviral (ARV) lors de la primo-infection. Ses objectifs principaux sont :

• Identifier les signatures protéomiques plasmatiques associées à la restauration immunitaire, l'inflammation chronique et les troubles métaboliques précoces.
• Évaluer l’impact du schéma thérapeutique (BIC/TAF/FTC vs. DTG+TDF/FTC) et du sexe sur ces profils biologiques.
• Intégrer la quantification de l’ADN du Torque Teno Virus (TTV) et le statut sérologique CMV comme marqueurs dynamiques de l’activation immunitaire chronique.
• Corréler ces profils moléculaires aux issues cliniques (prise de poids, obésité, syndrome métabolique).
• Appliquer des méthodes d’inférence causale pour explorer les interactions entre traitement, profil protéogénomique et comorbidités à long terme.

Contexte
Les comorbidités non-SIDA (maladies cardiovasculaires, syndrome métabolique) sont devenues un enjeu majeur de santé publique. Ces complications résultent probablement d’une interaction complexe entre la toxicité des ARV, l’inflammation persistante, les co-infections virales chroniques (ex. : CMV) et la susceptibilité génétique individuelle. Malgré la suppression virale, des signes de sénescence immunitaire persistent chez de nombreux patients. Les marqueurs cliniques classiques ne permettent pas de prédire les complications à long terme. La protéomique à haut débit a révélé que les profils protéiques circulants peuvent refléter ces processus biologiques sous-jacents. Cependant, aucune étude n’a à ce jour examiné longitudinalement les trajectoires protéomiques depuis la primo-infection, ni intégré données protéomiques, virologiques, cellulaires et génétiques dans ce contexte.

Méthodes
Le projet s’appuie sur un sous-échantillon de la cohorte ANRS-MIE PRIMO (280 participants diagnostiqués lors de la primo-infection VIH, traités par BIC/TAF/FTC ou DTG+TDF/FTC). Les échantillons biologiques (plasma, PBMCs) sont déjà stockés à M0, M12 et M24, avec autorisation de réutilisation pour la recherche.

Le protocole inclut :

• Protéomique plasmatique (>5 000 protéines),
• ADN du TTV par qPCR à 3 temps,
• Statut CMV à partir de sérums stockés,
• Phénotypage cellulaire (activation/sénescence des LT),
• Analyses protéogénomiques avec données GWAS (cis/trans-pQTL),
• Phénotypes cliniques (sexe, prise de poids >2 kg ou >5 kg, IMC, obésité, syndrome métabolique).

Analyse

• Approche exploratoire : clustering non supervisé, modèles de classes latentes.
• Comparaisons guidées par hypothèses (traitement, sexe, phénotype).
• Inférence causale (modélisation structurelle, TMLE) pour estimer si les profils biologiques médiatisent les comorbidités chroniques.

Échéancier

• Année 1 : autorisations, sélection des participants, extraction et nettoyage des données cliniques et biologiques, QC des échantillons, dosage CMV/TTV, lancement des analyses protéomiques et génétiques.
• Année 2 : fin des analyses protéomiques, phénotypage cellulaire, analyses statistiques et bio-informatiques.
• Année 3 : modélisation longitudinale et causale, analyses stratifiées (sexe, CMV), valorisation et rédaction.

Résultats attendus
Nous anticipons l’identification de profils protéomiques et virologiques reflétant la restauration immunitaire, l’inflammation et les dysfonctionnements métaboliques précoces. Les taux d’ADN TTV refléteront probablement la fragilité immunitaire. Le statut CMV pourrait moduler les voies inflammatoires et de sénescence. L’intégration de ces données multi-omiques avec les données cliniques visera à définir des biomarqueurs prédictifs des complications métaboliques. Ce projet s’appuie sur une cohorte unique et des échantillons biobanqués, garantissant sa faisabilité et sa pertinence. Il contribuera à la compréhension des comorbidités liées au VIH et au développement de stratégies personnalisées de prévention.

Le virus de l’hépatite E (HEV) est le 1er agent viral d’hépatite à l’échelle mondiale. Il peut être responsable d’une hépatite E chronique, définie par la persistance du virus pendant plus de 3 mois, chez les patients immunodéprimés. Des virus recombinants ayant incorporé des fragments de gène humain dans la région riche en proline (PPR) de leur génome ont été décrits au cours des infections chroniques. Ces fragments de gène humain possédaient une origine variée : protéine ribosomale S17, S19, tyrosine aminotransférase, inter alpha trypsine inhibiteur et favorisaient la réplication du HEV in vitro. Nos travaux les plus récents ont mis en évidence que 5 variants recombinants présentaient un avantage réplicatif : RNF19A, ZNF787, KIF1B, RPS17 et EEF1A1 tandis que 2 en étaient dépourvus : RNA18 et RPL6. Les mécanismes conduisant à cet avantage réplicatif comparativement aux virus dépourvus de fragment de gène humain sont actuellement inconnus. Des travaux antérieurs ont montré que les résidus lysines étaient indispensables pour l’amélioration de la capacité réplicative. Cependant, certains variants possédant un avantage réplicatif sont dépourvus de résidus lysines mais sont riches en résidus arginine. Des prédictions in silico suggèrent que ces acides aminés pourraient appartenir à des motifs linéaires courts (SLiM) dont le rôle est crucial dans la signalisation cellulaire. Ces insertions pourraient également permettre la translocation nucléaire de la protéine virale via un Signal de localisation nucléaire (NLS).

Le projet proposé a pour objectif :

– d’identifier les résidus basiques (lysine, arginine et histidine) indispensables à l’acquisition de l’avantage réplicatif,

– de confirmer l’implication de ces résidus basiques dans l’interaction avec certains ISGs identifiés dans nos travaux en cours,

– de comparer les profils des ARN messagers induits par les variants possédant un avantage réplicatif à ceux induits par les variants ayant perdu l’avantage réplicatif suite à la mutation des résidus basiques.

 Dans la première partie de ce projet, nous allons étudier l’impact de la mutation des différents acides aminés basiques sur la capacité réplicative des 3 variants : RNF19A, ZNF787, EEF1A1. La souche Kernow ainsi que le mutant Kernow 44/45A qui a perdu son avantage réplicatif du fait de la mutation des résidus lysine en position 44 et 45 seront utilisées comme témoins. La capacité réplicative de chaque virus recombinant sera évaluée par quantification par RT-qPCR de l’ARN viral dans le surnageant de culture ainsi que les lysats cellulaires. Le nombre de foyers infectieux à J5 sera déterminé par immunofluorescence. L’ajout d’un tag au sein de la polyprotéine permettra d’étudier sa localisation cellulaire (cytoplasmique ou nucléaire) en fonction des mutations introduites dans la PPR afin d’explorer l’hypothèse selon laquelle les fragments de gènes humains contiendraient un signal de localisation nucléaire (NLS).

Dans la deuxième partie de ce projet, nous allons étudier par western blot l’impact des mutations des résidus basiques sur l’interaction de la PPR avec des ISGs que nous avons récemment identifiés par spectrométrie de masse.

Dans la troisième et dernière partie de ce projet, une approche RNAseq sera utilisée afin de mettre en évidence des différences d’induction ou de répression des ARN messagers entre les variants recombinants sauvages et les variants recombinants mutés ayant perdu leur avantage réplicatif.

Ce projet permettra:

– d’identifier les résidus nécessaires à l’amélioration de la capacité réplicative des variants recombinants,

– de confirmer qu’un mécanisme possible améliorant la capacité réplicative des variants recombinants est lié à des motifs SLiM permettant l’interaction avec des protéines de la cellule hôte, notamment des ISG,

– de mettre en évidence les voies de signalisation impliquées dans l’amélioration de la capacité réplicative, ce qui ouvrira de nouvelles perspectives en terme de prise en charge des infections par le HEV.