Projets et candidats lauréats

L’incidence du cancer anal a augmenté au cours des 30 dernières années. Les HPV à haut risque oncogéniques (HPV16) sont responsables de plus de 80 % des cancers de l’anus. Parmi les facteurs de risque identifiés pour développer un cancer anal, le fait d’être un homme ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH) augmente le risque de 20 fois par rapport aux hommes hétérosexuels. La sous-étude HPV de l’essai ANRS IPERGAY a permis de décrire l’épidémiologie HPV sur 3 sites anatomiques sur des prélèvements réalisés tous les 6 mois pendant 2 ans chez 162 participants HSH VIH-négatifs. Une analyse génétique viro-centrée basée sur la technologie Capture-HPV (capture et séquençage haut-débit) a été réalisée sur les prélèvements anaux dans le but d’identifier des signatures moléculaires spécifiques liées à l’évolution des lésions: persistance, intégration virale (financement complémentaire ANRS/Fondation Bill et Melinda Gates). Les résultats des examens cytologiques disponibles à l’inclusion et à la fin de l’essai permettent d’étudier leur association à la présence des signatures HPV. Cependant, le test cytologique est un test de dépistage et non un test diagnostic. De plus, les processus tumoraux induits par l’HPV mettent en général une dizaine d’année à se développer. Notre projet consistera à proposer aux participants de l’essai IPERGAY (inclus entre 2012 et 2014) de bénéficier de l’examen de référence pour le diagnostic de lésions de haut grade/cancers, c’est-à-dire l’anuscopie haute résolution (AHR). Nous pourrons ainsi associer nos résultats génétiques « viro-centrés » (signatures HPV) aux résultats du diagnostic des lésions de haut grade 10 ans après l’inclusion des participants dans IPERGAY. Nous pensons que nos résultats permettront de découvrir de nouveaux outils de dépistage du cancer anal afin d’optimiser l’orientation des patients vers l’AHR dont l’accessibilité est limitée (équipement spécifique et  personnels formés).

Les infections causées par le virus de l’hépatite B (VHB) constituent un problème majeur de santé public. Malgré l’existence de vaccins efficaces, plus de 250 millions de personnes dans le monde sont infectées de manière chronique par le VHB, ce qui aboutit à environ un million de décès par an. À ce jour, il n’existe aucun traitement antiviral spécifique et direct approuvé pour guérir d’une infection chronique par le VHB. De manière frappante, les études au niveau fondamental sur les réponses immunes contre le VHB, et qui mettent en jeu les lymphocytes B et les anticorps qu’elles produisent font étonnamment défauts. En effet, malgré le fait que les anticorps puissent jouer un rôle crucial dans l’élimination du VHB chez les individus guérissant spontanément à la suite d’une infection chronique (en rémission), et dans leur protection contre la réinfection, aucune caractérisation approfondie de l’immunité humorale contre le VHB n’a encore été réalisée. L’objectif global du projet proposé est donc de comprendre les fondements moléculaires et les mécanismes fonctionnels des réponses anticorps contre le VHB. Notre recherche propose de: (i) étudier les réponses anticorps des cellules B mémoires contre le VHB chez les individus en rémission séro-virologique et chez les sujets chroniquement infectés (ii) disséquer les propriétés antivirales des anticorps mémoires humains anti-VHB. Pour se faire, nous allons capturer, cloner et caractériser à un niveau moléculaire et fonctionnel, à la fois in vitro et in vivo, des anticorps monoclonaux humains dirigés contre les antigènes de surface du VHB, qui seront produits à partir des cellules B mémoires d’individus en rémission et de sujets infectés chroniquement. Par ailleurs, nous proposons également de décoder l’immunité humorale contre le VHB chez de nombreux individus guéris fonctionnellement en utilisant une approche d’analyse systématique sérologique. Ce projet devrait permettre d’identifier les corrélats humoraux associés au contrôle naturel de l’infection par le VHB. D’un point de vue plus translationnel, l’objectif à long terme de cette étude vise à utiliser ces connaissances pour développer de nouvelles stratégies thérapeutiques, notamment les immunothérapies utilisant de puissants anticorps neutralisants contre le VHB.

Comment promouvoir l’acceptation, l’adoption et l’adhésion aux mesures de santé publique prises pour la prévention et le contrôle du COVID-19 ? Quels sont les approches les plus efficaces pour aborder les facteurs sous-jacents au développement de la peur, de l’anxiété, des rumeurs, de la stigmatisation et comment améliorer la connaissance, la sensibilisation et la confiance du public durant la phase de réponse à la pandémie ? Dans un contexte caractérisé par de graves frictions politiques exacerbées par un faible niveau de confiance envers les dirigeants politiques, ce projet propose une approche innovante pour contribuer à combler ces lacunes en matière d’information et accompagner, à la fois, les mesures de santé publique et à affiner les efforts publics en matière de communication.

Ce projet se concentrera sur les enjeux liés à la confiance publique et ses rapports à  l’autorité politique au Cameroun. Il s’appuiera sur une approche globale tirant des enseignements de l’anthropologie (dynamiques et figures du blâme et de l’héroïsation), de la sociologie politique (les modalités et logiques de construction et de remise en question des relations État-société), des études sociales des sciences (fondements de l’autorité scientifique et dynamique des controverses) et des sciences sociales numériques (utilisation des médias sociaux par le public profane et les activistes). Une attention particulière sera accordée à la pluralité des voix autour des problématiques scientifiques et politiques et aux réactions du public face à des informations contradictoires. Une combinaison équilibrée des sciences sociales computationnelles (analyse des réseaux, linguistique computationnelle), de l’ethnographie et d’une approche qualitative fondée sur l’anthropologie du web, offre une perspective riche pour atteindre nos objectifs. Les résultats de cette recherche éclaireront directement l’élaboration des politiques pendant la pandémie et amélioreront les connaissances et la sensibilisation sur les moyens les plus efficaces de s’attaquer aux facteurs de divers ordre qui entrainent la peur, l’anxiété, les rumeurs et la stigmatisation dans le sillage de la progression de la pandémie du COVID-19.   

 Objectifs : 1) Réduire la dissémination du COVID-19 dans le Centre référent de prise en charge de la drépanocytose du Mali (CRLD) et chez les familles de patients et optimiser la prise en charge des patients drépanocytaires atteints de COVID-19, 2) rechercher les spécificités cliniques initiales et évolutives du COVID-19 chez ces patients, 3) déterminer les spécificités immunologiques du COVID chez les patients drépanocytaires.

 Situation du sujet : L’épidémie COVID-19 progresse en Afrique sub-Saharienne où la drépanocytose est un problème majeur de santé publique (priorité OMS). Au 13/04/2020, le Mali compte 105 cas d’infection COVID et 9 décès, chiffres probablement très sous-estimés du fait des cas non diagnostiqués. Une déferlante épidémique est attendue à laquelle le système de santé ne permettra pas de répondre. Trois centres ont été désignés pour la prise en charge des patients COVID+. Le CRLD à Bamako, quant à lui, suit une cohorte de 12 000 patients drépanocytaires.

 Problématique : Chez le patient drépanocytaire, les infections virales, particulièrement à tropisme pulmonaire, sont des déclencheurs connus de complication grave (crise vaso-occlusive, syndrome thoracique aigu engageant le pronostic vital). Il s’agit donc à priori d’une population plus fragile ou au moins distinctive dans le contexte d’une infection COVID. Le CRLD doit donc mettre en place d’urgence une procédure adaptée d’identification précoce et de prise en charge spécifique des patients COVID+. Parallèlement, les équipes médicales des centres COVID ne sont pas formées aux spécificités de prise en charge des patients drépanocytaires. Ces patients présentent une inflammation chronique à l’état de base, aggravée lors de complications aigues. Il n’est pas établi si cette caractéristique constitue un facteur péjoratif lors d’une infection COVID. L’implémentation de stratégies dédiées par des équipes multidisciplinaires hautement compétentes et la définition des spécificités de l’infection COVID chez les sujets drépanocytaires sont une priorité.

 Méthodes : Projet de recherche/action, collaboratif entre le CRLD et les 3 centres COVID à Bamako, et à Paris : le service de médecine interne de l’Hôpital Européen Georges Pompidou, un des centres de référence des syndromes drépanocytaires et secteur COVID, et l’UMR 1134 Inserm/Université de Paris/Institut National de la Transfusion Sanguine (INTS). Projet composé de trois volets : 1) organisationnel : formation du personnel médical (médecins, infirmiers, biologistes, techniciens de laboratoire) capable d’identifier les patients drépanocytaires suspects de COVID et réciproquement de former le personnel  des Centres COVID aux spécificités de prise en charge des patients drépanocytaires, 2) recherche clinique : recrutement de 3 groupes, appariés en âge +/- 5 ans : 200 patients drépanocytaires admis aux urgences du CRLD et suspects de COVID, donc isolés dans un secteur dédié (100 patients PCR COVID+ et 100 PCR COVID-), 100 patients non drépanocytaires PCR COVID+, hospitalisés au centre COVID de l’Hôpital du Mali, 3) recherche translationnelle : caractérisation des paramètres inflammatoires chez les patients drépanocytaires COVID+ en comparaison aux groupes témoins (drépanocytaires non infectés et non-drépanocytaires COVID+) par le dosage de cytokines dans des plasmas congelés envoyés en carboglace par avion à l’INTS à Paris.

 Échéancier des travaux : semaine 1 : comité d’éthique, création de la base de données, semaine 2-> mois 3 : recrutements, suivi clinique et biologique standard, implémentation de la base de données, constitution de la plasmathèque ; mois 4-5 : dosage des cytokines, valorisation des résultats.

 Résultats attendus : 1) Contrôler la propagation de l’épidémie COVID-19 et réduire la mortalité au sein de la population de sujets drépanocytaires particulièrement fragiles au Mali, 2) Mise en évidence des particularités épidémiologiques et cliniques liées à l’infection au COVID-19 chez les patients drépanocytaires dans le contexte africain, 3) Définir les profils inflammatoires des 3 groupes étudiés en Afrique où la population est soumise en permanence à une haute pression infectieuse.

Les inhibiteurs de l’intégrase sont un pilier de l’arsenal des antirétroviraux utilisés en clinique. Les anti-intégrases inhibent très efficacement l’intégration du VIH-1. Cette étape d’intégration est présentée comme essentielle dans le cycle de réplication virale puisqu’elle assure la stabilité du génome viral ainsi que la production de particules virales infectieuses. Contrairement aux inhibiteurs de première génération (raltégravir et elvitégravir) pour lesquels 3 voies principales de résistance ont été bien caractérisées, quelques mutations sont décrites pour le dolutégravir mais qui ne permettent pas de conclure de façon claire sur le moyen d’échappement utilisé par le virus pour contrecarrer l’action de cet inhibiteur. D’autre part, il n’a pas été mis en évidence jusqu’à présent de mutation de résistance dans le gène de l’intégrase chez les patients naïfs de traitement antirétroviral en échec sous dolutégravir. Le mécanisme d’échappement du virus au Dolutégravir reste donc entier et constitue un sujet de recherche important en vue de l’amélioration de la prise en charge des patients.

Nos laboratoires travaillent en collaboration depuis plusieurs années sur la caractérisation des mutations de résistance aux anti-intégrases. Dans le cadre de nos recherches, nous avons sélectionné, in vitro, un virus résistant au dolutégravir. L’analyse des séquences de l’intégrase chez ce virus montre une séquence intégrase parfaitement identique à celle du virus sauvage. Ces résultats ont fait l’objet d’une publication dans Mbio. Il est important de signaler que des mutations analogues ont été récemment détectées, par un groupe indépendant, chez des patients échappant au dolutégravir sans mutation au niveau de l’intégrase.

L’analyse de notre virus résistant au niveau de plusieurs autres régions du génome a permis de mettre en évidence des mutations au niveau du motif 3’PPT dans le gène nef, en amont du 3’LTR. De plus, ces modifications ont pour conséquence un décalage du cadre de lecture conduisant à une protéine Nef tronquée. Cette séquence 3’PPT mutée montre une certaine stabilité au cours du temps dans nos expériences.

Nos travaux montrent que ce virus, reconstitué par mutagénèse dirigée, est résistant au dolutégravir. La résistance de ce virus au dolutégravir est supérieure à celle de mutants récemment caractérisés et publiées par nos équipes. D’autre part, ce virus 3’PPT mutant est réplicatif dans les cellules MT4, et montre une infectiosité atténuée par rapport au virus sauvage.

A notre connaissance, le fait qu’un virus sélectionné in vitro, soit infectieux, résistant à un inhibiteur de l’intégrase, et ne montre aucune mutation au niveau de l’intégrase est un résultat tout à fait nouveau. Après la description phénotypique de ce virus qui a fait l’objet d’une publication, notre projet vise à comprendre les mécanismes à l’origine de la réplication et de la résistance de ce virus au dolutégravir.

Le mécanisme de réplication de ce virus pourrait être original. En effet, une hypothèse émise serait que le virus ne nécessite pas de réaction d’intégration pour se répliquer. Nos premières expériences montrent que l’efficacité d’intégration du virus mutant est extrêmement faible et peut être comparée à celle d’un virus sauvage en présence d’une forte concentration d’inhibiteur anti-intégrase.

Ainsi, la mutation identifiée pourrait conduire le virus à se répliquer faiblement, par une voie mettant en jeu les molécules non-intégrées du VIH-1, comme les molécules circulaires 1-LTR et/ou 2-LTR. Ne passant pas par la voie intégrative, ce virus, infectieux, serait totalement résistant au dolutégravir mais aussi aux autres inhibiteurs anti-intégrase comme le Raltégravir ou l’Elvitégravir.

Ce projet, basé sur des résultats originaux dont une partie est publiée, pourrait conduire (i) à mettre en évidence un mécanisme de réplication et de résistance tout à fait original (ii) à expliquer les échappements des patients traités par les inhibiteurs de l’intégrase sans mutations de résistance identifiées.

Trouver des moyens pour cibler les réservoirs de VIH dans les cellules et les sanctuaires tissulaires représente un enjeu important dans la recherche sur le VIH. Des travaux récents ont identifié les cellules T auxiliaires folliculaires (Tfh), situées dans les follicules à cellules B dans les ganglions lymphatiques, comme un compartiment cellulaire important pour la persistance virale. Il est à noter que les singes verts africains (AGM) ne progressent pas vers la maladie, malgré une virémie élevée et une déplétion partielle en lymphocytes T CD4 + dans la muqueuse intestinale. Les principales caractéristiques distinctives de l’infection par le SIV chez des hôtes naturels incluent la résolution rapide de l’inflammation d’origine virale et l’absence de translocation microbienne. De plus, le contrôle rapide de la réplication virale dans les organes lymphoïdes secondaires (SLO) pourrait être un autre élément important de l’équilibre empêchant la progression vers la maladie.

Récemment, nous avons démontré que les cellules Natural Killer (NK) jouent un rôle clé dans le contrôle du virus dans les follicules B lors d’une infection par SIVagm in vivo. Les cellules NK sont connues pour exprimer une combinaison de récepteurs activateurs et inhibiteurs, y compris le récepteur inhibiteur hétérodimérique CD94 / NKG2A qui se lie au CMH-E. Les résultats préliminaires du laboratoire montrent que les cellules Tfh expriment des taux élevés de MHC-E et que, de manière frappante, les fréquences des cellules MHC-E + Tfh diminuent dans les ganglions des AGM infectés par SIVagm mais pas dans celles des macaques infectés par SIVmac. De plus, les peptides nonamères dérivés de la séquence leader Env du VIH-1 et du SIV étaient capables de se lier aux molécules MHC-E. Les cellules NK provenant d’AGM et de macaques non infectés étaient inhibés par le peptide SIVmac contrairement au peptide SIVagm qui n’inhibait par l’activité lytique des cellules NK. De plus, les cellules NK de l’AGM ont fortement inhibé la réplication de SIVagm dans les cellules T CD4 + primaires autologues, mais pas la réplication d’un SIVagm codant pour le peptide SIVmac derivé de la séquence leader du gène ENV SIVmac. Afin de comprendre l’impact de l’interaction des récepteurs CMH-peptide E / NK sur l’activité des cellules NK et le contrôle viral dans l’infection VIH / SIV in vivo, et de démontrer in vivo que le peptide leader SIVmac inhibe l’activité des cellules NK alors que le peptide SIVagm ne le ferait pas, nous proposons d’infecter les AGM avec le clone SIVagm de type sauvage ou le clone SIVagm recombinant codant pour le peptide de la leader sequence ENV SIVmac. Nous émettons l’hypothèse que les cellules NK dans l’AGM infecté par le virus recombinant présentent une réplication virale supérieure dans le LN que les AGM infectées avec le SIVagm de type sauvage, car le peptide SIVmac se lie au MHC-E sur les cellules infectées et inhibe la lyse des cellules NK. Nous allons infecter 6 AGM avec le SIVagm de type sauvage et 6 AGM avec le SIVagm recombinant. Les deux groupes d’animaux seront suivis pour les différences de charge virale dans le sang et les tissus (virémie, ARN et ADN viraux associés aux cellules, FISH), les cellules NK (phénotype, fonction de suppression dépendante du MHC-E et indépendante, expression génique, distribution tissulaire), inflammation tissulaire et évolution in vivo de la séquence codant pour le peptide. Cette étude devrait permettre de mieux comprendre le mécanisme par lequel les cellules NK contrôlent un réservoir viral tissulaire dans le modèle AGM.