Projets et candidats lauréats

L’identification de nouveaux modulateurs viraux est à la base de notre compréhension des interactions entre hôte et pathogène et un certain nombre de laboratoires ont, et consacrent à présent, leurs efforts vers cet objectif. Compte tenu de l’intérêt que représentent les cellules de la lignée myéloïde et la stimulation par l’interféron dans la régulation de la réplication du VIH, nous avons par le passé réalisé un criblage génétique basé sur des shRNA de gènes régulés par l’interféron dans des cellules de type macrophage THP-1-PMA pour identifier des modulateurs des étapes précoces de l’infection virale. Cette analyse a été complété par un criblage évolutif pour identifier gènes ayants un rôle potentiel aussi dans la transmission lentivirale entre les primates.

Ces analyses ont conduit à l’identification de plusieurs candidats d’intérêt en soi, ou pour les rôles qu’ils jouent dans des voies cellulaires plus complexes. Ce projet vise à caractériser en profondeur le rôle de deux de ces protéines. La première est TRIM69, membre relativement mal connu de la famille TRIM, très récemment décrit comme un régulateur négatif de l’infection par les Rhabdovirus et pour lequel nous avions déjà accumulé des preuves d’un rôle régulateur lors de la transcription inverse dans un contexte de type cellulaire myéloïde contre le VIH-1. Dans ce cas, nous proposons un certain nombre d’expériences supplémentaires que nous jugeons nécessaires et qui visent spécifiquement à comprendre les relations entre TRIM69, SAMHD1, ainsi que les capsides virales et les protéines cellulaires associées.

La seconde est la protéine Absent in Melanoma 2 (AIM2), classiquement décrite comme un senseur d’ADN et inducteur de l’inflammasome.AIM2 est une protéine de liaison à l’ADN de la famille PYHIN, comme IFI16, et n’a pas été jusqu’à présent directement liée à la réplication du VIH-1. Étant donné que notre crible la met en évidence comme un régulateur négatif des phases précoces de l’infection par le VIH dans un environnement induit par l’IFN, nous explorerons si et comment cette protéine seule ou dans le cadre du complexe inflammasome peut moduler l’infection virale.AIM2 joue un rôle clé dans l’assemblage de l’inflammasome, un processus qui, en réponse à une infection virale ou bactérienne, conduit à la formation d’un complexe dépendant de la protéine ASC et qui aboutit à l’activation de la protéase caspase 1 et, par conséquence, à la sécrétion d’IL1b/IL18 et/ou à la pyroptose (mort cellulaire induite par l’inflammasome. Cependant, la régulation et les conséquences de l’activation de ce processus sont bien plus complexes que cela et leur relation avec le VIH reste méconnue. Malgré des rapports initiaux sur l’engagement exclusif de la voie pyroptotique dans les cellules T des ganglions lymphatiques, il existe des preuves de l’activation de l’inflammasome dans des cellules du sang périphérique. Ici, nous déterminerons plus systématiquement si, quand et dans quelles cellules l’inflammasome peut être activé lors de la réplication virale et parmi les conséquences de cette activation, nous porterons une attention particulière aux modifications possibles de la sensibilité des cellules cibles à l’infection.

Dans l’ensemble, nous visons à fournir une caractérisation plus complète d’au moins deux nouveaux acteurs de l’infection par le VIH dont l’un impliqué dans une voie de défense cellulaire complexe, dans un projet qui constitue un axe de recherche important pour notre laboratoire déjà soutenu par l’ANRS.

L’objectif de ce projet est de déterminer le bénéfice thérapeutique d’anticorps contre le domaine de fixation au récepteur (RBD) de COVI-19. Ce domaine, interagissant avec le récepteur angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) de l’hôte, a précédemment démontré son intérêt thérapeutique et vaccinal. Des anticorps monoclonaux (mAbs) dirigés contre le RBD du coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient ou MERS-CoV, responsable d’une épidémie au moyen orient en 2012, ont démontré des fortes activités cross-neutralisantes. Cependant, ces anticorps interagissent très faiblement avec le RBD du coronavirus émergé en 2019, suggérant que le domaine RBD de COVID-19 a des caractéristiques particulières.  De plus, des activités de facilitation de l’entrée du virus potentiellement délétères ont été décrit in vitro pour certains mAbs dirigés contre le RBD, une caractérisation fine des fonctions de ces nouveaux anticorps sera réalisée.

Pour ce projet, nous proposons de produire de nouveaux mAbs dirigés contre le RBD de COVID-19, en immunisant des souris avec des protéines recombinantes RBD, produites à partir de séquences RBD d’Iran et de France. Des mAbs seront générés et leurs profils fonctionnels seront caractérisés de manière fine. Une collaboration étroite sera engagée entre le laboratoire de C. Moog (U1109 INSERM) et de F. Shokri (Tehran University of Medical Sciences) afin de couvrir de manière large les études fonctionnelles de ces anticorps.

La découverte de mAbs démontrant des activités de neutralisation à large spectre contre COVID-19, en absence d’effets délétères de toxicité ou de facilitation, seront des indications fortes pour proposer le développement de ce types d’anticorps comme molécules thérapeutiques. Ces résultats donneront également des indications fondamentales sur le type d’immunogènes à utiliser pour le développement de vaccins contre COVID-19 et les futurs coronavirus émergeants.

La cohorte PRINCESSE ANRS 1238, est une cohorte de travailleuses du sexe (TS) actuellement en cours de recrutement en Côte d’Ivoire (objectif n=500 TS, 100 VIH+ et 400 VIH-), qui a pour objectif principal de développer, documenter, et analyser une offre de soins communautaires combinant dépistage, prévention combinée dont prophylaxie préexposition (PrEP), traitement immédiat du VIH, prise en charge de l’hépatite B et santé sexuelle et reproductive (SSR). En raison de l’importance des ISTs asymptomatiques chez les femmes en général et les TS en particulier, il est prévu que le dépistage syndromique trimestriel soit complété annuellement par un dépistage systématique (PCR Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae, test rapide syphilis) à M0, M12 et M24. La présente étude ancillaire, qui portera sur les échantillons à M0 et M12, a pour objectif de venir compléter les questions scientifiques explorées dans la cohorte PRINCESSE par l’ajout d’une composante biologique.

En effet, il est nécessaire de documenter les ISTs dans cette population et d’évaluer leur impact par rapport aux recommandations de prise en charge actuelle. Les objectifs principaux de cette étude biologique seront les suivants : (i) évaluer l’impact du microbiote vaginal sur les infections bactériennes, les infections à HPV et les lésions cervicales associées à M0 et M12, (ii) évaluer l’impact de la distribution des différents types HPV identifiés à M0 et M12 sur la stratégie vaccinale et l’intérêt de la PCR HPV pour le dépistage primaire du cancer du col, (iii) évaluer l’impact des résistances aux antibiotiques sur les recommandations de prise en charge thérapeutique des ISTs bactériennes (Neisseria gonorrhoeae et Mycoplasma genitalium).

L’analyse du microbiote vaginal se fera par amplification du gène ARN16S et séquençage haut débit à M0 et M12 et celle de l’infection à HPV au niveau génital et anal à M0 et M12 par PCR en temps réel. Le dépistage de l’infection à M. genitalium ainsi que la recherche des résistances aux macrolides et aux fluoroquinolones seront également réalisés par PCR. Enfin, la recherche des résistances aux macrolides, aux fluoroquinolones et aux céphalosporines de 3ème génération pour les échantillons positifs à N. gonorrhoeae sera faite par biologie moléculaire.

Par l’analyse approfondie du microbiote vaginal, des infections à HPV et des lésions cervicales associées et enfin des résistances associées aux principales IST bactériennes, cette étude aura plusieurs impacts potentiels : (i) décrire la biodiversité bactériennes associées aux différentes ISTs et déterminer celles qui pourraient potentiellement prédire un risque d’infection, de rechute ou de persistance, (ii) déterminer l’apport de la vaccination pour prévenir le cancer du col de l’utérus en Côte d’Ivoire mais également la possibilité d’implémenter un dépistage primaire par PCR HPV afin de faciliter l’accès au dépistage dans cette population à risque, (iii) appréhender la prévalence des bactéries porteuses de résistances aux antibiotiques et éventuellement d’adapter la prise en charge thérapeutique actuellement recommandée en Côte d’Ivoire.

2DM2K – « Dou Dèmè Muso Ka Keneya » Santé et parcours migratoires des aide-ménagères à Bamako : état des lieux et acceptabilité d’une offre communautaire de santé sexuelle

Objectif :  Ce projet de recherche communautaire concerne les aide-ménagères de Bamako. L’objectif général est d’étudier leurs connaissances, attitudes, croyances et comportements en termes de santé (y compris sexuelle), dans un contexte de vulnérabilité liée à la migration cyclique (allers et retours au gré des saisons sèches et de pluie) ; et évaluer l’acceptabilité d’une offre de prévention et de soins intégrée dans les activités de l’ADDAD Mali (Association de Défense des Droits des Aide-ménagères et Domestiques).

Situation du sujet et problématique : A Bamako, il y aurait plus de 100 000 aide-ménagères originaires des zones rurales. La plupart d’entre elles quittent leur village à un âge très jeune, entre 11 à 19 ans. En général, elles arrivent en ville après les récoltes, pendant la période de sécheresse qui débute en Septembre. Certaines retourneront dans leur famille pour la période d’hivernage suivante (saison des pluies), et d’autres attendront plusieurs années. Sans éducation scolaire ni protection familiale, elles sont exposées à de multiples dangers : violence physique et morale, viol, avortement, abandon d’enfant, maladies sexuellement transmissibles. Elles sont complètement démunies, concernant leur santé physique et mentale. Elles deviennent alors une population « passerelle » pour le VIH et ses comorbidités.

Méthode : Ce projet répond au besoin exprimé par l’ADDAD, concernant la faible fréquentation des services de santé par les aide-ménagères. Il propose une offre de soins communautaire, capable de s’adapter à leurs besoins.

Une enquête qualitative préliminaire (48 participantes), sous forme de groupes de discussion, précisera leurs spécificités, leurs besoins et leur situation sanitaire. Ces données seront cruciales pour élaborer la campagne d’information et construire les outils d’enquête. Une campagne d’information sera déployée dans les régions de Koulikoro, Mopti, Ségou, Sikasso et à Bamako. L’association ARCAD Santé PLUS, proposera ensuite une offre de soins gratuite, qui sera intégrée aux activités de l’ADDAD à Bamako. Un dépistage rapide systématique sera proposé pour le VIH, VHB, VHC. Le médecin pourra également proposer un test de grossesse, recherche de tuberculose et un prélèvement gynécologique.  Une enquête quantitative (1150 participantes), sous forme de questionnaire en face-à-face. Une enquête qualitative (25 participantes), sous forme d’entretiens individuels, précisera certaines situations particulières.

Echéancier des travaux : Janvier – Mars 2021 : préparation administrative et des guides d’entretien, comité d’éthique. Avril – Août 2021 : enquête qualitative préliminaire et analyse. Septembre 2021 – Mars 2022 : activités de sensibilisation et communication (Bamako et régions), construction des outils d’enquête et de l’offre communautaire de soins. Janvier – Mai 2022 : enquêtes quantitative et qualitative. Juin – Décembre 2022 : Analyse des données et valorisation.

Résultats et retombées attendus : Cette étude permettra de mieux connaître la situation des aide-ménagères et leurs besoins en matière de santé (y compris sexuelle). En effet, cette population « passerelle » est particulièrement vulnérable et représente un enjeu important en matière de santé publique en Afrique de l’Ouest. Les résultats permettront à l’ADDAD d’intégrer une offre de soins adaptée, en collaboration avec ARCAD Santé PLUS. Ils pourront aussi identifier des activités pour permettre aux jeunes filles de rester dans leur village d’origine (i.e. éviter la migration contrainte). Les retombées alimenteront un plaidoyer au Mali et en Afrique de l’ouest, grâce aux partenaires de l’ADDAD.

La transmission mère-enfant est le principal mode d’acquisition de l’infection VHC chez l’enfant. Les mères co-infectées VIH/VHC ont plus de risque de transmettre le VHC a leurs enfants que celles infectées par le VHC seul. Le traitement par AAD est recommandé par l’OMS pour tous les adolescents âgés de 12 à 17 ans et des données de bonnes efficacité et tolérance commencent à être rapportées chez les enfants de 6 a 11 ans dans les pays du Nord. 

Comme la majorité des femmes co-infectées VIH/VHC vont être évaluées par le programme national VIH Cambodgien pour être traitées par AAD, c’est une opportunité unique de mettre en place un dépistage du VHC chez les enfants de plus de 6 ans et de démarrer une étude thérapeutique pilote chez ceux présentant une infection VHC active. 

Les objectifs de l’étude sont 1/ d’évaluer l’efficacité, l’observance et la tolérance de l’association sofosbuvir/ledipasvir chez des enfants de plus de 6 ans et des adolescents avec ou sans co-infection VIH 2/ d’évaluer la prévalence de l’infection VHC avec et sans co-infection VIH chez des enfants de plus de 6 ans, nés de mères co-infectées VIH/VHC 3/ d’evaluer l’exposition plasmatique du sofosbuvir, du GS-331007 (principal métabolite circulant du sofosbuvir) et du ledipasvir. 

Pour cela une cohorte thérapeutique va être mise en place. Dans un premier temps, une étude de prévalence sera conduite auprès de tous les enfants de plus de 6 ans et les adolescents nés de mères coinfectees VIH/VHC en utilisant un test rapide VHC et une confirmation par ARN VHC en cas de réactivité du test. Puis les enfants et adolescents présentant une infection VHC active (ARN VHC positif) seront référés vers une consultation spécifique qui aura lieu dans le même centre de traitement que celui de la mère. Le lien vers les soins sera évalué et tous les enfants auront une évaluation de la maladie hépatique. Puis tous les adolescents de plus de 12 ans seront traites par une association sofosbuvir/ledipasvir pendant 12 semaines à doses adultes et tous les enfants de 6 a 11 ans par la même association pendant 12 semaines à demi-dose adulte (200/45 mg). Pour tous les enfants et adolescents, une concentration résiduelle plasmatique des médicaments sera réalisée après 2 semaines de traitement. Pour les premiers 20 enfants et adolescents inclus, une analyse pharmacocinétique complète sera réalisée avec des mesures avant la prise des médicaments et +1h, +2h, +6h et +10h après la prise (mesure AUCtau et Cmax). 

Le critère de jugement principal sera la proportion de patients présentant une réponse virologique soutenue 12 semaines après l’arrêt du traitement (RVS12). 

Tous les enfants âgés de 6 a 18 ans seront inclus dans la phase de dépistage et tous ceux présentant un ARN VHC positif seront inclus dans l’étude thérapeutique.  En cas de coinfection VIH, celle-ci devra être documente et l’enfant devra être traites depuis plus de 6 mois pour le VIH avec un taux de CD4 > 50/mm3 et une charge virale VIH < 1000 copies/mL. 

Au regard des données disponibles, on prévoit que plus de 90% des enfants seront en succès (RVS12) et nous souhaitons conclure que le traitement sera efficace pour au moins 80% des enfants. Avec un échantillon de 82 patients, nous pourrons conclure que le taux de succès est d’au moins 80% si le nombre total d’échec ne dépasse pas 10 (alpha 0.05, puissance 80%, méthode de Fleming). 

Cette étude permettra d’évaluer l’efficacité et la tolérance des AAD chez des enfants de plus de 6 ans et adolescents en Asie du Sud-Est-ce qui est peu décrits et d’apporter les premières données pharmacologiques de ces médicaments dans une population pédiatrique Asiatique. Et, en complétant le programme thérapeutique par AAD des adultes, de tendre vers l’élimination du VHC dans la population VIH au Cambodge.